一般来说，一个生态农业园区往往包含多个项目。生态农业园区总体规划，要以项目规划为依托，或后台支撑。项目规划，要顾及到以下10个方面的因素：
（1）科技含量。所谓考虑科技含量，是指进入农业科技园的项目，要具备技术的先进性。如果没有领先的技术，科技园区就难以起到示范作用，无法产生辐射力，更谈不上形成新的经济增长点。
（2）功能需要。考虑功能需要，是指对项目的设置要考虑有助于园区整体功能的完善。有的项目，单独看可能科技含量不高，也可能没有什么经济效益（如管理中心、接待中心等），但如果没有它，将带来园区管理和运作的不便，这样的项目就是功能性配套项目，从提高系统总体效率的角度，还是需要列入的。
（3）经济效益。这是园区项目选择的核心指标，农业科技园如果没有自身的经济效益，就不可能长期持续发展。经济效益表现在单体项目上，就是该项目的赢利能力，可用净现值、内部报酬率、投资回收期、成本利润率等指标来具体衡量。
（4）社会影响。社会影响也即是社会效益，农业科技园的社会效益应十分明显，特别是政府主办的生态农业园区更应如此。因此在选择项目时，要考虑农民的利益和接受的程度，尽量避免可能会产生负面社会影响的项目。
（5）环境保护。环境保护是人类所面临的日益严峻的课题，也是农业科技园理应有所贡献的领域。但并不是所有的农业项目都对环境有利。生态农业园区的项目选择，应以改善环境、优化环境为重要参考指标，包括减少化肥流失、减少农药残留、防止水土流失、提高土壤肥力、净化空气、净化水域、降低噪声污染和降解重金属污染等。
（6）投资风险。投资风险是任何项目选择所必须考虑的重要因素。对一个综合性的农业科技园来说，在项目的配置上应该平衡，既要有高风险、高回报的项目，也要有风险小、利润一般的项目。对具体的单体项目来说，任何项目的选定，必须要做可行性研究，在可行性研究中要有风险分析。
（7）开发难度。开发难度是一个可操作性问题，对项目的选择影响很大，与投资风险也有一定的关系。开发难度大，投资风险也就大。生态农业园区不排斥开发难度大的项目，但在启动阶段，成功是最重要的，只有成功，后续开发才有可能。因此，生态农业园区的启动项目，开发难度越小越好。
（8）政策支持。政策是否支持，是生态农业园区项目设置首先应该考虑的问题。当地主管领导的支持与否，往往是一个项目运作成败的关键。因此，在选择项目之前，应该研究最近几年星火计划项目、火炬计划项目、863项目、948项目、科技型中小企业技术创新基金重点资助项目等支持的范围及变化，在这个范围内选择项目，不仅其科技含量得到社会和市场的认同，而且可能得到政策所给予的经济实惠。
（9）本地特色。本地特色是生态农业园区在竞争中取胜的法宝。一种文化，只有是民族的，才是世界的。一个农业项目，只有有效挖掘并利用了当地的资源优势、市场优势、文化优势、社会条件优势之后，才真正具备对异地进行辐射的独特能量，竞争者才难以仿效，市场份额才能得到长期的巩固与扩大。
（10）有利招商。有利招商不仅仅是开发区类型的园区所考虑的问题，也是其他类型的园区基于运作的一种考虑。生态农业园区的建设，特别是大型园区的建设，只靠发起单位自身的力量而不去招商，往往是不行的。
