秦朝建立之前的战国时期，百家争鸣的学术讨论气氛异常浓厚，而到秦初，很多儒生们还保留着他们敢于直言、相互争鸣的学术传统。
公元前213年，秦始皇在咸阳宫大宴群臣和儒生们。在本是很轻松愉悦的宴会上，众儒生之间发生了激烈的争论。以博士生淳于越为代表的官员们主张实行分封制，而丞相李斯则主张郡县制，并指责淳于越等人不思进取，就知道看古人如何而不考虑今日的现实情况。虽然秦始皇采用了李斯的观点，但是这次争论也给了他很大的触动，所以他后来第二次采用了李斯的建议――焚书以及后来的坑儒。
对于焚书坑儒，历史上的主流思想都认为是一贯崇尚法家思想的秦国在统一全国后，为了钳制思想、巩固自己的统治而采取的较为极端的方法，“焚”是为了“禁”。
但另一种说法认为，虽然从表面上看来，焚书坑儒是为了钳制思想，其实，在这冠冕堂皇的借口背后是秦始皇不可告人的秘密。
秦始皇称帝以后，整天想着怎样才能长生不老。他迷恋仙道，并不惜重金先后派遣徐福、韩众、侯生、卢生等人求仙问道。经过几次长时间的求仙问道未果，秦始皇非常生气，脾气也随着年龄的增长越来越暴躁。有一次，秦始皇见李斯车马很多，大有超过自己的气势，面露怒色，便说了句：“李丞相这么喜欢车和马啊？”后来，他身边的人将这个消息告诉给了李斯，李斯感到不妙，立即减少了车辆和马匹。秦始皇知道了此事，深深感觉到自己身边的儒生们给他带来的威胁，于是一再询问是谁泄露的消息，但无论他怎么追问都始终无人承认，一怒之下，他将所有当时在场的儒生都杀了。
侯生、卢生是秦始皇身边较为得势的方士，但尽管如此，由于多次寻访无果，他们很是担心自己的性命。因为在秦朝，按照法律，如果求药不得或是不应验就会被处死，再加上他们的皇上是那么的暴戾，所以，他们怎么想怎么觉得自己时日不多。为了保住性命，侯生、卢生二人不得不撒起谎来。就在卢生刚刚回到求仙药若渴的秦始皇的身边时，他就对秦始皇说：“臣等求仙药、灵药以及仙人总也不能遇到，我认为好像有什么东西阻碍着我们。臣等以为，皇上您应该经常出来走走，这样就可以祛邪避鬼。鬼躲开了，仙人自然就来了。如果陛下所居住的地方是众所周知的，也不利于仙人的来到。如今陛下您治理着如此广大的天下，是不能够做到清心寡欲的。如果住处不被大臣们知道，就可以安心修养，仙人的灵丹妙药就会不期而至了。”别看秦始皇非常精明，但对卢生的这番话却深信不疑。很快，他就下令将咸阳周围200里内的宫殿用270条暗道连接起来，用帷帐遮住，里面设有钟鼓，又强迫大量年轻美貌的妇女住进去，不准随便搬迁。同时，皇帝住在哪里，哪里就要封锁消息，一旦消息泄露则立即对泄密之人处以死刑。
所以，很长一段时间，秦始皇为了能够寻到仙人与仙药，与群臣完全隔离开来，也与社会隔离开来，自然就会作出一些与社会现实状况十分不符的决定，更加深了社会矛盾，天下人对他的怨恨与日俱增。这种越来越深的矛盾也加剧了秦王朝的灭亡。
虽然秦始皇按照卢生等人的说法做了，但是，日复一日，年复一年，仙人、仙药还是一无所获。卢生等人非常害怕，在万般无奈之下，他们选择了一个下下之策：逃跑。在一个静谧的夜晚，卢生与侯生悄然离开了咸阳城。这件事让秦始皇非常震怒，于是他立即下令，对所有在咸阳的方士进行严刑拷问，非要查出欺君、畏罪潜逃的侯生、卢生这两人。方士们本多是文弱书生，受不了那般酷刑，也为保全自己的性命，只得相互告发。秦始皇最后圈定了460余人作为嫌疑犯。一日，秦始皇命人在骊山温谷挖坑，以冬季瓜熟的奇异现象为由，让这些方士们去骊山观看，并引诱他们争论不休、各抒己见，秦始皇趁机下密令杀了他们，并且用土埋下。四百多名儒生就这样全部被活埋在山谷里。从此，骊山温谷就得了个坑儒谷的名字。
秦始皇为了一己私欲，杀掉了四百多名跟寻访仙丹有关或无关的方士和儒生，他的残暴是惊世骇俗的，是与他的功绩无法相抵的。也正是因为秦始皇的残暴本性才会有这种说法的世代相传。但秦始皇焚书坑儒的真正目的恐怕只有他自己知道了。
