内部控制的威胁因素是指那些普遍存在的妨碍内部控制目标实现的消极现象。即使一个设计科学的内部控制系统，也可能因忽视内部控制运行的威胁因素而使其难以发挥作用。因此，我们必须充分认识并正视这些威胁因素，只有这样才能更好地在企业内部控制系统中查找出错弊来。
1.管理者不够正直
内部控制主要是为了使诚实人能保持诚实，并不能有效防范管理者的道德风险。在一个组织中，管理层（又称白领阶层）如果不能很好地遵守道德规范将会严重干扰控制系统的有效运行。
2.合谋
对不相容的岗位和职务，即使采取职责分开的控制手段，如果员工们企图串通和欺诈的话，控制所防范的风险和不测事件仍会发生。
3.利益冲突
对组织而言，利益冲突，特别是高级管理人员与组织利益的冲突，会对控制系统构成显著的威胁。
4.环境变化
一个良好的内部控制系统可能会因其运行环境发生变化而削弱。管理者一定要密切注意环境的变迁和组织运行方式的变化，这种变化要求不失时机地调整和改进内部控制系统。
5.管理当局的忽视
对任何控制系统的严重威胁是管理当局的不重视。一个设计良好的内部控制系统如果管理者把它搁置一边，便等于没有内部控制。同时，管理当局对内部控制的忽视，为组织的员工开了一个危险的先例，长此以往，这种风气便会盛行，在激烈的竞争中，这无疑置组织于危险的境地。
