所谓调查方法，就是指审查人员通过观察、查询、函证、专项调查、专案调查等方式深入实际，对账内账外某些客观事实所进行的内查外调，以便判明真相或查找新的线索的一种审查方法。这种方法有利于查明问题，寻找线索，尤其对于贪污盗窃，严惩违法乱纪等专案审查，具有重要的作用。很多隐蔽复杂的案情，往往都是由于调查方法的配合，才能得以查证，水落石出。
调查方法主要包括有观察法、查询法、函证法、专用项审查调查法和专案审查调查法。
1.观察法
所谓观察法，就是指审查人员在现场（如车间、工地、仓库、科室等）对被审查单位的经济活动及其管理制度，内部控制制度的执行，仓库保管等情况所进行的实地查访，以发现其中存在的问题和薄弱环节的一种方法。例如，审查人员观察仓库保管员收发材料的操作情况；观察出纳人员收付现金及凭证传递的技术操作情况；请被审单位有关人员介绍生产经营管理，财务会计工作的情况；等等。审查人员在观察过程中，可以提问，但不要过多地发问。必要的提问，有利于把问题调查清楚；过多地发问容易引起对方的反感，给调查、观察带来一定困难。
就地观察还不足以解决问题时、观察法还要与查询法结合起来使用。
2.查询法
所谓查询法，就是指审查人员通过发问的方式，向被审单位的干部职工或经办人员或向外部有关单位了解事实真相，以取得必要的资料或证实一些经济问题的一种办法。在审查调查中、审查人员对发现的问题尚不明了或没有把握时，可采用查询的调查方法。查询可以通过口头发问，也可以通过书面发问。
口头发问，就是直接找有关人员谈话，从谈话中了解情况，解决问题。在找人谈话时，应事先拟好谈话提纲，要安排好时间、地点、方向等。例如向会计人员询问账簿、单据的存放情况，向采购部门询问有关采购的情况，向销售部门了解应收账款收回的可能性，等等。在进行口头询问时，要做好记录。口头询问结束后，要把记录送给被询问人签字，或请被询问人写出材料，作为审查证据。
书面发问，就是将需要发问的问题，全部用书面提问的形式，请求被询问人答复的一种查询方式。对重要事项的调查，最好用书面发问的方式。例如，对企业内部控制制度健全性和执行情况的调查，对企业管理情况的调查。局面查询可采用调查表的方式，即根据需要调查的问题，事先拟定一定格式的调查表，可以是问答式、是否式、填充式等不同形式，由被询问人填报。在实践中书面询问的作用受到的限制，主要因为被询问人可能不真诚回答，或顾左右而言他。但也能为进一步审查提供线索。因此，书面发问也是一种重要的审查方法。
3.函证法
函证法，就是指审查人员为了弄清某个问题，通过发言与有关单位或个人进行查对，并向对方取得证明材料的一种调查方法。审查人员在审查过程中，对于外埠往来账款，外来凭证和购销业务不能确认或有疑问的情况下，都可以采用函证法。
函证法运用范围较广，包括以下内容：函证往来账款；向被审查单位的开户银行询问其存款与银行借款的种类和数额，抵押和贴现的情况；向被审查单位的法律顾问询问有无未决定的法律诉讼案件的情况；向保险公司询问保险情况以及向其他单位询问委托保管的商品、物资情况，等等。但运用最多的还是函证往来账款，特别是函证应收账款。在函证应收账款时，按照答复方式的不同，分为肯定式（亦称积极式，答复式）与否定式（亦称消极式，默认式）两种。肯定式询证函是函询债务人，要求其答复所欠金额是否正确，无论“对”与“不对”，均需函复审查人员。函证上的欠款金额应按业务内容、发票号码、结算方式、欠款日期、购货金额、还款日期、已还金额、尚欠金额等明细项目，详细填列在对账单中。肯定式询证函及其回单的参考模式。
使用否定式应收账款询证函，具有较高的风险。因为受询单位可能因忽略了查询函，以致没有回复，这就可能被发函单位误解为对方默许。而使用肯定式应收账款询证函，将会收到债务人函复有关债务的证据，其风险较低。因此，对于账户金额较大的，长期结欠的，存有疑问的应收销货款，一般采用肯定式询证函。相反，除重点客户外，对于户数较多、余额较少、往来不多的账项，为简化手续，可用否定式询证函。
4.专项审查调查法
专项审查调查法，简称为专项调查，指各级审查机关对某一行业，或某一地区，或全国范围内选择一些专项问题进行的一种大量调查方法。为了适应宏观调控的需要，各级审查人员需要对经济生活中出现的一些新情况、新问题，进行专项审查调查，及时反映情况提出建议，为政府制定决策服务。随着经济的发展，改革的深入，专项审查调查越来越显示它的重要作用。
例如：某省审查机关对本省88家股份制改组企业进行了专项审查调查，调查结果除表明企业面貌发生了深刻变化的种种情况外，也发现了股份制改组中的一些严重问题。如没有建立完整的组织机构，一哄而起；未符合公司法有关规定；改组前没有全面清产核资，等等。专项审查后，要根据调查结果，写出专项报告，并提出改进建议或控制办法，向政府反映，并建议政府采取措施。
审查要在宏观监督和促进政府加强宏观调控方面发挥更大作用，就必须重视这种专项的大量调查。
5.专案审查调查法
专案审查调查法，简称专案调查，是指在财务审查或群众举报的基础上对被审查单位或个人的严重侵占国家资财，严重损失浪费，严重贪污行为和其他违反财经法纪的案件所进行的调查。对一些手段隐蔽，错综复杂的经济犯罪，要根据审查或群众举报取得的线索，进行深入的实地调查，顺藤摸瓜、跟踪追寻。哪怕蛛丝马迹也不错过，多方调查，取得论据和新的线索，又在新线索的基础上深入分析比较，调查取证，直至案情真相大白。
