在《法华玄义》中，智顗坚持了他从宗教实践中所体验的论点，认为一切现象都由心造。他把此心归结为真如之心。“其一(心)法者，所谓实相，实相之相，无相不相”。真如心既显现有为法，又显现无为法，具染净二门。简单地说，即一念三千。一心具有天、人、阿修罗、地狱、饿鬼、畜生、声闻、缘觉、菩萨和佛六凡四圣十法界。智顗还认为“性具善恶”，一切诸法都具足三千，互摄互融，并无差别。十法界不是固定不移的，“六凡”可以向上到达于“佛”的地位，而“佛”也可以现身在“六凡”之中。因此要成就佛道，最关键的是实修一心三观，在一心中明达诸法实相。至于修观的行仪，则有常坐、常行，半坐半行、非行非坐等四种三昧。
《法华玄义》比起智顗早期在天台的撰述来有一些差别。如果说他早期重在传播止观并行的修行原则，主要是提倡一种创新的宗教修持原则，那么这时他的重点是要揭示佛教真理的具体内涵，特别是要解决缠绕着他整整一生的矛盾冲突，他必须从佛教的角度说明佛教最高真理到底与现实生活有什么本质的联系。从智顗晚年的结论来看，他是以一种高度的辩证法取消了真理与现实的矛盾。他认为真理就在矛盾之中，真理就是矛盾。他引证《法华经》最多的经文就是此经对于矛盾的令人震惊的销解。《法华经》说：“一色一香，无非中道。”引申开来，“淫房酒肆，尽是道场”。它告诫人们不要对一切现象包括对佛教的真理产生执着，应该以无所谓的态度放任事物的自生自灭。这些教诲也许使智顗产生了比早年初读此经时更加深切的共鸣，也许使他在回味他的一生时发现对于现实价值的一点点执着，就会使自己忧患俱生，就会使他发现他的忧患也无助于事情的解决，历史就是这样令人无能为力，就是这样不以人的意志为转移。智顗从而也冷峻地宣告：在无论怎样叫人难以忍受的恶劣现实境遇之中，总是有佛教的真理照耀，真理就是依凭它而得以显现。
智顗的这种理论当然有它的现实意义。后来的人们指斥他宣讲了“凡现实的都是合理的”这样极端庸俗的道理。确实，按照智顗的教导，人们不必有什么理想、有什么价值目标，必须安于现状。但智顗的理论也并不因此就是对现实存在的完全肯定。他号召人们在安于现状时也否定了人们对于现实政治价值的积极追求，最后还是要人们深深体会精神生活的意义，成为一个独立而又不危害他人的人，成为一个向佛教真理回归的人。
智顗实际上开创了中国佛教的第一个宗派，这个宗派人们称之为天台宗。《法华玄义》、《法华文句》、《摩诃止观》被称为“天台三大部”，是天台宗思想理论的奠基着作。到此时为止，智顗可以说已经对梁齐之际的佛教理论方向作出了自己的回答，他当之无愧地成为当时佛教界最有影响的理论权威。
在智顗归隐天台山期间，杨广于开皇十七年(597)四月曾遣使入山参问。九月杨广又遣使人天台迎请，智顗随使下山。这次下山也许是智顗感到他在人世的时间已经不多，想再见杨广一面。他在这年曾作了一梦，梦见大风吹坏宝塔，又有梵僧跟他说，他的“机用将尽，傍助亦息”。他还梦到他的业师慧思和法喜禅师令他说法，他把自己最感疑难的“三观三智”对亡师和亡友说了，他们招约他到一个美妙的地方去。于是在接到杨广的邀请后，他扶病下山。到达剡石城(今浙江嵊县)时，智顗已经无法前行。杨广得知后马上派人探问，并祝愿他很快恢复，十一月二十一日，智颉也作了最大努力，发愿请诸佛考虑他的要求，如果诸佛觉得他“形命停留，能生物善，不污佛法”，就让他早日康复，如果觉得他“命虽未尽，方多魔障，损物善根，污乱佛法”，就让他早日灰灭。同时，他又给杨广写了遗书。《遗书》详细地回顾了他一生的经历，说他有六大遗憾。其中第一大遗憾是他“内无实德，外召虚誉，学徒强集，檀越自来，既不能绝域远游，而复依违顺彼，自招恼乱。道退行亏，应得不得，忧悔何补？上负三宝，下愧本心”。看来他还是认为他没有痛下决心、远离尘世而耽搁了他的修行。第二大遗憾是他“欲以先师禅慧，授与学人，故留滞陈都，八年弘法。诸来学者，或易悟而早亡，或随分而自益，兼无他之才，空延教化，略成断种。自行前缺，利物次虚，再负行师百金之托”。他对早年在金陵的传道也不满意，认为当时并没有取到应有的效果。第三大遗憾是他再返金陵，仍然不见一人求禅求慧，没有一个真正对佛教真理有热情的人来向他咨询佛法，这是他对隋灭陈前夕他的工作的侧面否定。第四大遗憾是他到荆湘传教，“虽结缘者众”，但也没有能委以大法的人。“初谓缘者不来，今则往求不得”。这使他感到十分凄怆。第五大遗憾是他修造玉泉寺聚集了一批学僧，但由于官府限制，没有使他的教育事业蓬勃发展。第六大遗憾是他回返江都，真正想干一番事业的时候，他已经年老体弱。智颉最后表示：
生来所以周章者，皆为佛法，为国土，为众生。……命尽之后，若有神力，誓当影护王之土境，使愿法流行，以答王恩，以副本志。
他也希望杨广在他死后，“留心佛法，询访胜德，使义门无废，深穷佛教，治道益明”。
智顗在《遗书》中还将杨广所赠的莲花香炉、犀角如意回赠给了杨广，希望“德香遐远，长保如意”。同时也提出了一些具体要求。一是请将天台将废寺田，拨为天台基业，并修建天台大寺。二是希望杨广为业师慧思写好碑颂，三是请杨广继续任玉泉寺檀越主。在吩咐了这些后事后，智顗于十一月二十四日未时入灭，终年六十岁。
智顗临死时，听唱《法华》经。他感叹地说：“法门父母，慧解由生，本迹旷大，微妙难测，四十余年蕴之，知谁可与？唯独明了，余人所不见，辍斤绝纟玄于今日矣。”言语中充满了对佛法后继乏人的忧虑。门徒智朗问他：“你现在就要离去了，请解开我们最后的疑惑。你将超生在何种地位？我们将以谁作为领袖？”智颉对这种问题非常不满。他说：“你们这些人平时不努力学习佛法，只知道问人家修悟到了什么样的地步，即使得到了回答，亦如盲问乳，如蹶者访路，不会有任何实际好处。……我现在告诉你们吧，如果我不出来传道，必定会六根清净，因为为他损己，只获得了五品位。观音菩萨和我的师友就要来迎接我。至于你们将来以什么作为导师？难道我说得还少吗？我常说四种三昧是你们的明导，教你们放下重担，教你们降三毒，教你们对治四大，教你们解除束缚，教你们超脱大悲大难，你们在我死后，应该以法为师。”然后他告诫僧徒不必哭泣，唱三宝名咖趺而逝。
智顗死讯一传开，在江南引起了佛教界的震动。道俗奔赴，烧香散花，号绕泣拜，如丧考妣。在石城让道俗尽敬十日之后，弟子将他殓人禅龛，送回天台安葬。
杨广自然也难免要有所表示。他完全答应了智颉的要求，并在天台山大兴土木，修建了国清寺。但事势的发展证明，杨广崇敬智颉，并非真心崇拜他的佛教理论修养，而是觉得智颉在江南宗教领袖的地位可以利用。智顗最后的岁月对杨广的真心实意的关切以及对杨广的较高评价有一大半是智顗的一厢情愿。他这位佛教高僧到底也没有摆脱和看透杨广政治手腕的迷惑。如果说杨广对他还有一点真诚的敬重，那也是杨广和常人一样，对智顗的禅法成就莫测高深。在智顗死后次年，他命令寺僧打开禅龛，看看智顗是否有灵异。打开的结果是智顗面貌如生。杨广还是不甘心，当他用尽手段，谋得太子地位，并取得帝位后，于大业元年(605)又命寺僧发龛，这次的结果是智顗尸骨无存。炀帝杨广派来的使者回去汇报后，杨广可能索然寡味。但他还是不能打倒智颉这块牌子，继续支持天台山的佛教事业，至于他的内心深处，也许再也不会对智顗这位和尚有所牵挂。智顗若是知道杨广最后会杀父夺母，最后会对他的尸骨是否有灵异这样感兴趣，不知道会怎样想。
总之，智顗终于结束了他多灾多难的一生，他在人情与佛法、感情与理性的矛盾冲突中对于佛教真理表达了他独到的认识。他好像找到了真理，但这种真理他自己掌握了几分，他似乎也没有足够的自信。他认为他只能生在五品佛位之中，还没有穷极真理。他给后人留下了许许多多的迷惑。
