苏哈托在其长达32年的统治中，由于担心前总统苏加诺的家人会重返政坛，所以禁止苏加诺家族的人从政。他对苏加诺的儿子进行了多方钳制，迫使他们远离政治。可苏哈托偏偏忽略了苏加诺的女儿们。由于家道中落和父亲的惨死，苏加诺的子女们曾一度发誓不再涉足政坛。梅加瓦蒂因此度过了她一生中最失意的20年。
但她并没有因为父亲的下台和悲惨遭遇而疏远政治。虽然在苏哈推翻了苏加诺政府的苏哈托托执政时期，她很难在政坛上露面，但还是十分关心国内外大事。她时常到印尼各地进行考察，了解基层组织的情况。20世纪70年代，她还在丈夫的陪同下专门到欧洲一些国家考察了那里的政治体制。这些，都为她日后的政治复出奠定了坚实的基础。1975年印尼民主党成立以后，党内派系纷争不断。1982年，当时民主党的总主席苏尔亚迪想到了这个党的创始人苏加诺的女儿、得到群众广泛爱戴的梅加瓦蒂，希望借助她的影响力平息党内纷争。1987年大选前，苏尔亚迪设法说服她担任了印尼民主党雅加达中央分会主席。梅加瓦蒂的参政，使人们将对苏加诺的缅怀之情转移到了他女儿身上。在中爪哇的竞选活动中，只要梅加瓦蒂一露面，群众就会踊跃地前往助威，使民主党在当年的大选中一举夺得40个席位。梅加瓦蒂与她的丈夫陶菲克·基玛斯双双当选国会议员，成为当时惟一的一对夫妻议员。1993年12月，这位开国总统的女儿终于成为其父开创的印尼民主党的总主席。这标志着苏加诺家族东山再起，也引起了苏哈托的警觉。为了防止竞争对手的形成，他直接插手印尼民主党的事务。在政府的压力下，印尼民主党1996年6月召开特别会议，强行将梅加瓦蒂挤出领导机构。这个举动引发了广大民主党员和群众的强烈不满，并进而引发了一个月以后发生在雅加达的20年来最激烈的骚乱。这场严重流血冲突共造成100多人伤亡，其中大部分是梅加瓦蒂的支持者。1998年5月，苏哈托在执政32年后辞职，梅加瓦蒂的支持者夺回了各地的分部。同年10月，梅加瓦蒂率领她的支持者从印尼民主党中脱离出来，组建印尼民主斗争党，并自任主席。在1999年6月举行的议会大选中，梅加瓦蒂领导的印尼民主斗争党提出了比较稳妥和务实的政治和经济纲领。在各地分裂倾向有所抬头时，该党坚持国家统一，反对联邦制；在处理苏哈托及其家族敛财聚富等问题上，主张通过法律手段解决；在最敏感的军队双重职能问题上，提出逐步削弱军队担负的政治社会责任；在经济发展上，主张加强农业、种植业、海洋捕捞业和旅游业，从而以较小的投入换取更多的就业机会。这些主张受到广大中下层人民的拥护和欢迎。竞选期间，无数支持者身着红色党服，举着以“雄牛”为标志的民主斗争党的红旗，把各大城市变成了“红色海洋”。
在人民高涨情绪的支持下，印尼民主斗争党在参选的48个政党中获得了33.73%的选票、154个议席，成为新议会中第一大党，梅加瓦蒂被该党一致推举为未来的总统候选人。当地舆论称民主斗争党为“人民的政党”。人民普遍寄希望于这个曾经遭受迫害的政党，希望梅加瓦蒂领导他们革故鼎新，开创新时代。印尼民主斗争党在大选中的胜利引起了当时执政的专业集团党的高度警惕。该党领导人先后会见了民族觉醒党、国家使命党等数个大党的负责人，试图与他们联合，战胜民主斗争党。另外，几个穆斯林政党还提出了女人不能在穆斯林国家当总统的问题。梅加瓦蒂通过媒体有力地反驳了这些过时的说法，并组成了几个工作队，分别与政界、军界、宗教界保持接触。支持民主斗争党的学术、宗教团体，知名人士及广大公众开始站出来为梅加瓦蒂鸣不平。他们指出，在穆斯林国家巴基斯坦和孟加拉，早已有女总理上台执政，印尼为什么就不能有女总统？
甚至有1000多名梅加瓦蒂的支持者还咬破手指按手印，开展“血印运动”，誓死支持梅加瓦蒂。另一方面，在国会中拥有38个议席的军方对民主斗争党态度也比较友善。大选后不久，印尼武装部队司令发表讲话，要求人们接受大选结果。军队中其他高级将领也表示，军队将接受人民的选择，“不论是男性还是女性”，只要是国家最优秀的儿女就行。在一些保守的穆斯林组织反对由女性担任总统的时候，军方的态度对梅加瓦蒂无疑是有力的支持。但随着“人协”选举日期临近，争夺总统宝座的大战愈演愈烈，梅加瓦蒂开局十分不利，在10月3日和6日人民协商会议主席和人民代表会议（国家立法机构）议长的争夺战中连连失利。瓦希德宣布国家进入紧急状态由改革派、民族主义党和几个穆斯林小集团组成的“中轴集团”意外地联合起来，支持在议会中仅有35个议席的国家使命党主席赖斯夺取了“人协”主席桂冠。紧接着，人民代表会议议长职位又被专业集团党总主席丹戎占据。这两个出人意料的结果使得在国会中赢得154个议席的第一大党——民主斗争党受到排斥，引起其支持者的强烈不满。在问鼎总统宝座最后冲刺阶段中，梅加瓦蒂过分相信政治盟友对她的承诺，对如何排除议会交替中遇到的障碍，没有果断处置。在关键时刻，梅加瓦蒂没能在穆斯林政党中赢得支持，这些政党错误地把她当做是非宗教主义者，与印尼的基督教少数派关系密切，加上民主斗争党在“人协”中建立必要的联盟方面行动缓慢又动手较晚，致使她在10月20日的总统选举中，最终以60张选票之差输给了伊斯兰教师联合会主席瓦希德，只能屈就副总统一职。梅加瓦蒂辛辛苦苦地筹划、准备、行动，反而为瓦希德做了“嫁衣裳”。不过她并未因此而气馁，反而在总统瓦希德舞弄空拳期间，致力安插副总统府的实际治国班底。而在她领导下的民主斗争党扩张的势头，也让外界注意到，她的治国实力其实比外表更强，甚至有望超过瓦希德。“瓦梅组合”政权最初被誉为“绝佳搭档”。然而好景不长，瓦希德四处积怨，执政不久就把过去的所有政治盟友变成了仇敌。他迷信宪法赋予的权力，随意改组内阁；他执法不严，政绩不佳，对颓靡的经济和混乱的政局只会徒呼奈何；他在执政的21个月期间，频繁出访，足迹遍及五大洲，然而对内却疏于治理。鉴于这种情况，梅加瓦蒂决定拉开与瓦希德的距离。
自2001年5月起，她公开躲避这个“阿兄”，印尼正副总统从此渐行渐远。梅加瓦蒂宣誓就任总统由于印尼上下对瓦希德的政绩越来越失望，在瓦希德涉嫌两起贪污案发后，“人协”决定弹劾总统。2001年5月30日，印尼国会以压倒性多数通过决定，要求“人协”于8月1日召开特别会议，由瓦希德向“人协”提呈1999年10月以来他施政情况的责任报告，据此决定是否弹劾瓦希德。这无异于对瓦希德发出了“最后通牒”。瓦希德为保住总统宝座做了多方努力，如撤换了一些政府要职及总检察长、警察总监，试图同各主要反对势力对话，寻求政治妥协，但这些措施不仅遭到各方拒绝，反而使瓦希德陷入了孤家寡人的尴尬局面。7月23日凌晨1时10分，瓦希德突然通过电视讲话颁布总统令，宣布全国立刻进入紧急状态，冻结“人协”和国会，在一年内提前举行大选，并解散专业集团党，为其留任作最后努力。瓦希德的命令一出，立即招致各方的强烈反对。
瓦希德的这种行为，无异于自掘坟墓。上午8时，“人协”特别会议在雅加达召开，除支持瓦希德的几个党派拒绝参加外，其他各党派的601名议员到会。民主斗争党代表谴责瓦希德的总统令，要求特别会议尽快任命梅加瓦蒂为新总统。这一讲话立刻得到其他政党附和。此前，专业集团党领导人已发表措辞激烈的讲话，指责瓦希德无权解散该党，要求“人协”尽快弹劾瓦希德，任命副总统梅加瓦蒂为总统。在特别会议上，印尼最高法院宣读了一份书面声明。声明称，瓦希德总统令的内容是违宪的，人民协商大会（国会）和总统属于同一级别，总统由“人协”选出，因此“总统不能冻结人协权力”；至于解散政党，则是最高法院权力范围。9时，“人协”否决了瓦希德颁布的紧急状态法。下午，“人协”继续开会，在场的全体议员一致投票通过了罢免瓦希德、任命副总统梅加瓦蒂为新总统的决议。当日傍晚5时许，一袭白色衣裙的梅加瓦蒂在雷鸣般的掌声中踏入“人协”会议厅，在大部分“人协”代表、武装部队各领导、各部门高官和各国使节约600多人的见证下，宣誓就任。短短两分钟的宣誓仪式，梅加瓦蒂头顶遮盖着一本《古兰经》，象征上苍的保佑和祝福。她许诺要为国家鞠躬尽瘁，并呼吁各方接受“人协”的决定，抛开分歧，共同建设国家。这位前总统苏加诺的长女终于继承父志，众望所归地领导起美丽富饶的“千岛之国”，成为印尼历史上第一位女总统。
