1947年，基辛格回国后，名牌大学中只有哈佛大学还继续吸收新生。24岁的基辛格决定从二年级读起。
基辛格在选择同屋时虽然仍要求是犹太人，但他从不跟同屋谈犹太主义。他甚至强烈反对以色列的崛起，认为这会造成阿拉伯人的不友好，损害美国利益。“我有一个印象”，他的犹太同学说，“基辛格在童年时代遭受的反犹太主义的痛苦比我小时候在新泽西遭受的要轻得多。”
他给同屋的印象是特别用功、特别成熟。早上7点钟起床后就去读书，直到傍晚才回宿舍。他虽然对运动有职业兴趣，但不曾参加任何一项，他从不追逐女人，似乎还是那么腼腆而不善交际。
他在所有的功课上都是A等。
他曾想选化学专业，为此跟化学教授吉斯田尔科斯基探讨过。教授建议他不要这样做，这是他一生中的幸运时刻。“我跟吉斯田尔科斯基开玩笑说，如果他允许我当了一名平庸的化学家，可省去我多少年的麻烦。”
于是，基辛格怀着忐忑不安的心情去见政治系教授埃利奥特。当他到达教授的办公室时，教授正在奋笔疾书。“倒霉，又是一个辅导生。”埃利奥特说着开了一张25本书的清单要基辛格阅读，并写出一篇论文。
别人都觉得埃利奥特这种傲慢的打发人的方式很可笑，可基辛格立刻去了图书馆，把书单上的书一一阅览一遍，用3个月时间，以每天工作到深夜2点的劲头完成了这篇论文。
一天早上，他把论文交给埃利奥特。
下午，电话铃响了，是埃利奥特要召见他。因为从来没有一个学生把所有这些书看完，并写出如此连贯的论文。
埃利奥特是个体形、个性、自我都很庞大的人，他平生最大憾事就是没有从政。从政对他来说既是个人野心的实现，也负有一种使命感。他把这一点传染给了基辛格。
埃利奥特的指导对本科生基辛格到终生教授的基辛格起了巨大的推动作用。在他为基辛格写的推荐信中这样写道：“我可以说在过去五年里，从没有一个学生具有基辛格先生的思想深度和哲学洞察力。另一方面，他有一副条顿式、彻底系统化的、缺乏典雅的头脑。他带有某种感情用事的倾向，这可能跟他的难民出身有关，但总体上看，他的头脑非常均衡而公正。”
在埃利奥特的指导下，基辛格创造了一个哈佛之最。他写出了一篇383页的论文，这在哈佛本科毕业生中从来没有过。尽管哈佛人才济济、英杰辈出，大家仍对此不由得发出惊叹。这篇题名为《历史的意义》的论文，其内涵之丰富，规模之巨大，真是前无古人，后无来者。他把历史上发生的一切都汇入其中。
在这篇论文中，基辛格大唱悲观主义论调：“生活就是痛苦，出生蕴含着死亡。”他还阐明了自己欧式保守主义的观点，强调国家利益和势力均衡的重要性。这些观点在他后来的博士论文中得以充分发挥。基辛格在大学三年级时结婚了，对象是中学舞蹈课上的同学安妮·弗莱歇尔。基辛格在军队就早已放弃宗教崇拜，但为了父母，他和安妮仍在一座犹太教堂举行了婚礼。那年他25岁，安妮23岁。
小俩口搬进了阿林顿高地的一个小套间。“安妮帮他一心一意地扑在研究上”，亨利的弟弟瓦尔特说“他受不了轻浮的学院生活。我俩都无法跟宿舍里那些预备学校出身的家伙融洽相处。与安妮结婚使他更加严肃认真。”
的确，他写作的时候，安妮只能轻手轻脚，除非必要，平时连话都不敢跟他讲，这种状况经常要持续好几个月——这对任何女人都是不堪忍受的。
他们的日子过得紧巴巴的。基辛格的奖学金付掉他的学费后所剩无几。安妮找到一份图书保管员的工作来维持他们的生计，另外还料理家务，帮他打印清稿。
埃利奥特教授对于基辛格，与其说是一个学问授予者，不如说是私人保护者。他知道他这个辅导生在思辨能力上已超过了他，但他是基辛格的哈佛同事中难得的一位不表示嫉妒的人。相反，他尽其所能地帮助基辛格，帮他找工作，赚钱，在对基辛格颇为冷淡的学术团体里为他打下社交和政治基础。
在埃利奥特的推荐下，基辛格主持了哈佛夏天国际研讨会，研讨会成员都是欧亚各地前途远大的青年，基辛格对他们殷勤周到。他有一种本能，知道该邀请到那些日后会成为他的东道主的人。
这些人中间许多人在基辛格当政时就已成为各自国家的重要人物，或新闻记者、银行董事长。基辛格受益匪浅，甚至到90年代，他还跟这些人保持着工作关系。
在哈佛就读的这段日子，基辛格给人印象是个没有童年的人。他老是一本正经的样子，老是来去匆匆，好像世界上就属他最忙。
他在哈佛最强有力的对手是后来成为卡特的国家安全事务助理的布热津斯基。布热津斯基回忆说：“基辛格对他怀有竞争心理。”基辛格声称正好相反。也许俩人说得都对。布热津斯基后来没有捞着哈佛终生教授的职位。
基辛格顺利通过了博士论文，因为他那傲慢、难以相处的脾气和那掩饰不住的、想在政界谋求发展的勃勃野心，哈佛也拒绝给予他终生教授的职位，哈佛需要献身教育而不是把哈佛当做跻身于权力中心的台阶的人。
1955年，设在纽约的对外关系协会聘请基辛格作为一个研究小组的报告人。这一小组负责考察国务卿约翰·福斯特·杜勒斯1954年倡导的针对苏联的“大规模报复”战略的含义。基辛格迫不及待地接受了这个工作，因为它像国际研讨会一样提供了一个接触外交政策精英集团的机会。
进入这个研究小组后，基辛格才发觉哈佛只不过是远离世界权力中心的一潭死水。
研究小组的中心议题是美国有可能需要发展进行局部战争也就是使用小型核武器的战争能力，基辛格负责整理会上讨论项目并写出一本书。他把专家分成小组，要求每一组就一个具体问题提出建议，经过两年努力，他以个人名义出了一本书——《核武器与对外政策》。
在对外关系协会的历史上，头一次一个研究小组变成专为帮助报告人写书的顾问班子。
无名教师写的有关国防政策的严肃书籍很少能上畅销书榜。令出版商和他本人吃惊的是，1957年这本书出版后，连续14个星期高居畅销书榜首。《纽约时报》数星期把此书列为头版头条。“氢弹之父”爱德华·泰勒对基辛格大加赞赏，尼克松还有一张拿着这本书的照片。总之，这本书的广泛流传，使基辛格一跃成为外交政策研究方面的名人。
