这次佐佐木道誉的倒戈，帮助足利尊氏很快占领了京都，消息传到前线，正在围攻楠木正成的幕府军立刻作鸟兽散，金刚山解围。听到足利尊氏翻脸的消息后，北条高时惊慌失措，正准备想办法对付呢，又一个爆炸性的消息传来：新田义贞朝镰仓打过来了！算起来，新田义贞也是皇族血脉，属河内源氏一脉，是足利高氏的一族人，在幕府里做一个不起眼的小官。本来上面命令他参加围攻楠木正成的战斗，他却称病还乡了。当后醍醐天皇发布讨幕圣旨，号召天下的英雄豪杰起来勤王时，他的病竟不药而愈，还招集了一百多人，杀气腾腾地奔幕府来了。并且，这一路上，加入他队伍的人如滚雪球一样越来越多，竟从最初的一百多人发展到了二十万（号称）。有了人马就好办事了，新田义贞兵分三路，直捣镰仓。
镰府军兵败如山倒，军无斗志，很快镰仓所有的防线都被突破，北条家族虽拼死抵抗也难挽回灭亡的厄运。最后，新田义贞带兵攻陷镰仓，北条高时自杀，有八百七十多死忠分子追随他而去。《梅松论》记录了镰仓被攻陷时的惨状：山内、巨袋、极乐寺及镰仓内的各关口，杀声震天，人马刀枪之声不断。人们所爱慕的那种荣华富贵恐始是前代少见，但乐极生悲，相模守高时禅门于元弘三年五月二十二日在葛西谷自杀。此事虽然可悲，一族数百人自杀才可怜啊！曾辉煌一时、掌管日本大权达一百二十年之久的北条氏就此灭亡了。至此，存续了一百四十九年之久的镰仓幕府也宣告终结了。后醍醐天皇的梦想终于实现了！在众人的前呼后拥之下，后醍醐天皇大摇大摆、威风八面地回到了京都，重新坐上了他的天皇宝座。后醍醐天皇以为，自己推翻幕府、重建天皇政治的功绩可以与中国东汉时期光武帝复兴汉朝相提并论，于是他就效仿光武帝的年号，改年号为建武，并在全国推行“建武新政”。
建武新政的目的是恢复以前“天皇独裁”的王权政治。后醍醐天皇一心想过那种“唯天皇独尊”、天皇专制、万人膜拜的、自由自在的、随心所欲的生活。所以，建武新政的内容就是着力恢复旧秩序。后醍醐天皇首先把权力收归己有。他取消院政、关白、摄政，一切大事都由天皇裁决。其次是把没收的幕府领地重新进行分配。后醍醐天皇还竭力维护贵族、寺院等旧势力的利益，回京都才三天，就恢复了伏见上皇和花园上皇等皇族的领地。并且，后醍醐恩赏不公，有功的将领赏赐过多，那些没有功劳的人，也通过走后门、裙带关系捞了不少好处，分得了不少土地，最后竟导致“今六十六国内，已无赏给武士立锥之地”。
另外，战乱刚刚平息，民生凋敝，百业待兴，但是后醍醐天皇却忙于个人享受，他下令大修宫殿，搞摊派，农民不但出钱还得出力。“兵革之后，世局未稳，国费民苦”，正是那时的写照。后醍醐天皇上台后的所作所为，令人大失所望，农民、武士集团的不满情绪日益严重，后醍醐天皇的建武政权出现了倾倒的危险。再次翻脸——足利尊氏之王图霸业重新上位后的后醍醐天皇，一味满足自己的欲望，把那些曾经支持过他的农民兄弟和武士集团抛在了脑后。足利尊氏也很不满，作为关东武士的头领，后醍醐天皇仅奉送给他一个字，“尊”，就是把他的原名足利高氏，改为足利尊氏。而足利尊氏最想要的征夷大将军之位被无情拒绝了。足利尊氏非常恼火，不过搁谁也上火。
我们把脑袋别在裤腰带上为你打江山，出生入死、辛辛苦苦的为了什么？还不是为了名誉、权力和土地？现在把你捧上去了，你却把我们忘得一干二净，天下哪有免费的午餐？！俗话说得好，水能载舟也能覆舟，你不仁就别怪我不义了，足利尊氏越想越憋火，心中再次萌生了反意。但是，有两个人他不得不顾虑，这两个人就是护良亲王和新田义贞。其实，护良亲王也早看穿了足利尊氏的野心，知道足利尊氏早就觊觎着征夷大将军之位。
于是，他向后醍醐天皇密奏，说足利尊氏凭借一战之功，妄图攫取大权，趁现在他的势力还没有形成，不如及早讨伐，否则等到他羽翼丰满，再动他可就难了。另外，护良亲王还说，后醍醐天皇能有今天，他也是功不可没的，完全有资格封征夷大将军，可以以此牵制足利尊氏。护良亲王的功劳，后醍醐天皇心里是清楚的，但是对于除去足利尊氏的建议他没有听取，只答应了护良亲王的请求，立他为征夷大将军。足利尊氏要想夺取大权，就必须搬开护良亲王这块拦路石。不过，这次足利尊氏想到了一个借刀杀人的办法。后醍醐天皇有个十分宠爱的女人藤原氏。当年后醍醐天皇被迫逃亡，又被流放到隐歧，藤原氏一直跟在他身边，算得上是患难夫妻。并且藤原氏还为后醍醐天皇生了好几个儿子。
所以，后醍醐天皇宠爱她也是人之常情。但是，作为母亲，藤原氏自然是为自己儿子打算，如果哪天后醍醐天皇驾崩了，那么他留下的最大的遗产——皇位，最有可能落到护良亲王头上。护良亲王既是长子又有拥立之功，当然是最佳人选，而她的儿子肯定没份。所以，护良亲王成了她的眼中钉、肉中刺。因此，足利尊氏和藤原氏因为共同的敌人而走到了一起。两人分工明确，一个主内，主要由藤原氏在床上吹枕边风；一个主外，主要由足利尊氏在朝堂谗言攻击。
其实，后醍醐天皇对护良亲王也心存忌讳，因为在他被流放期间，大部分的倒幕活动都是由护良亲王出面策划的，因此也有一定的威望，这是后醍醐天皇所不愿看见的，他只想唯我独尊，不想让任何人抢了他的光芒，哪怕是对他有恩的亲生儿子。在这样的上下逼迫中，护良亲王不断失势，才做了三个月的征夷大将军就被解职了，以后再也没有担当别的什么重要职位。足利尊氏看时机成熟，便捏造伪证，说护良亲王意图谋反，后醍醐天皇信以为真（或者说他希望这是真的），立马命人将护良亲王看押起来。护良亲王含冤莫名，怀着悲愤沉痛的心情写了一封令看者动容的书信：复生者数，焦思运筹，遂得底诛夷之绩，而不图获罪于此，仰将诉天，日月弗照不孝之子；俯将哭地，山川弗载无礼之臣。
父子义绝，乾坤共弃，臣不敢复有望于世也，倘宥死刑，削籍归佛，臣终身毋悔。抑申生死，而晋后醍醐天皇国乱；扶苏刑，而秦世倾……这封信写出了护良亲王的冤和怨，他举出两个中国例子，一个晋国国君因为想立宠妃的儿子为太子，逼死了自己的长子申生，结果国家大乱；另一个例子是秦始皇听信赵高谗言，贬斥长子扶苏，结果秦国二世而亡。他希望后醍醐天皇能查明真相，不要中了小人的奸计。但是，这封饱含血泪的书信没能传到后醍醐天皇手里，而是被藤原氏拦截销毁了。更让人震惊的是，后醍醐天皇竟将护良亲王押到镰仓，交给足利直义监押。足利直义是足利尊氏的亲弟，这就等于把护良亲王送到了足利尊氏的屠刀下，足利尊氏随时都可以结果了护良亲王的性命。可叹呀，一个赤胆忠心、为国为父、出生入死的有为青年最后竟落到了这样的下场。据《梅松论》载，护良亲王在被监禁镰仓时，有人曾听到他自言自语：“恨君上更甚于武家。”他太恨了，谁能想到他的亲生父亲竟对他如此无情？自始至终只把他当做了谋权夺位的工具。真是福无双至，祸不单行。
不久，当年侥幸逃亡的北条高时之子北条时行，纠集了五万人马，前来攻打镰仓。守镰仓的足利直义撒腿就跑，逃走前，他命人将护良亲王杀掉了。听说镰仓沦陷，后醍醐天皇只得派足利尊氏带兵前去镇压。可是，足利尊氏一反以前恭顺的态度，要求以征夷大将军的名义出征，后醍醐天皇这才意识到足利尊氏的野心，可是为时已晚，但他还是坚决不给足利尊氏征夷大将军的名号，只封足利尊氏为征东将军，这更让足利尊氏不满。足利尊氏领兵出征后，势如破竹，没费多大工夫就收复了镰仓。按理，平定叛乱后，足利尊氏应班师凯旋，可是，足利尊氏不但不回，还占据镰仓，自称征夷大将军。这无异于造反，后醍醐天皇气得跳脚，下令让尊良亲王、新田义贞出兵讨伐。但是皇军不但士气不振，还不断有士兵逃亡，这都要怪后醍醐天皇，他赏罚不公，徇情枉法，早就引起了武士的不满，如今谁还肯替他卖命？所以，皇军败多胜少。最后，一代军神楠木正成战死沙场，猛将新田义贞大败而回，足利尊氏很快占据了京都，后醍醐天皇只好匆忙逃到比叡山，依靠僧兵的力量来抵抗足利军。比叡山位置险要，易守难攻，足利尊氏多次强攻都未能成功，于是，他开动脑筋，不玩阳谋玩阴谋了，这可是他的拿手好戏。
他派人向后醍醐天皇提出议和，后醍醐天皇也有息战之心，加上比叡山弹尽粮绝，于是他不顾新田义贞等人的强烈反对，决意下山与足利尊氏“握手言和”。不过，后醍醐天皇并不完全信任足利尊氏，他作了两手准备，在他下山前，命新田义贞护卫皇太子恒良亲王和尊良亲王到北部越前去开辟新据点，积蓄力量，准备日后的反攻。后醍醐天皇一下山就成了足利尊氏的阶下囚，并被迫交出了象征天皇权力的三神器。不过，后醍醐天皇向来都不是一个等死的主，在一个心腹的谋划下，他男扮女装，趁着月黑风高，神不知鬼不觉地逃跑了。并随后在吉野建立了新据点，宣布先前交给足利尊氏的神器是假的，真正的神器还在他手里，他才是真正的天皇。后醍醐天皇在吉野建立的新据点，就是日本史上的南朝，而在京都的政权被称为北朝。日本从此进入了南北朝时代。却说新田义贞护送两位亲王，历经波折终于进入了越前的金崎城。足利尊氏当然不会放过他，派了大将高师泰来攻打。
由于金崎城城小缺粮，难以坚守，不久就被足利军攻陷了。皇太子恒良亲王被俘，送往京都请功；尊良亲王和新田义贞的长子新田义显一起自杀；新田义贞则逃往杣山城。新田义贞在杣山城招兵买马，等候反攻的时机。后来新田义贞势力渐大，占领斯波高经的国府城。再后来，新田义贞率军攻打由平泉寺僧徒固守的藤岛城，但是，这些人都被斯波高经收买了，不买新田义贞的账。新田义贞坐镇灯明寺，指挥全军作战，以为不需多时就可以将藤岛城攻下，但是他等了好久，前方都没有传来胜利的消息，新田义贞实在等得不耐烦了，就带领数十名近卫武士前往藤岛城。哪知就那么巧，新田义贞出了灯明寺不久，就遇到了埋伏。这股埋伏的人马本是藤原城的援军，有三百多人，路经此地，正好看见有几十个敌军朝这个方向走过来，不知道为首的就是新田义贞，只管赶紧埋伏下来，等敌军一进埋伏圈，就一齐放箭。更糟的是，新田义贞带出来的都是保镖，没有带盾牌，也没有弓箭，所以就都成了箭靶子。新田义贞的坐骑中了五箭倒了下来，压住了新田义贞的左腿，新田义贞刚想站起来，又一箭飞来，正中他的眉心，新田义贞自知这次在劫难逃，最后说了一句：“今生到此休矣！”
随后自杀。接二连三的失利给了后醍醐天皇沉重的打击，当年那种屡败屡战的精神已经被消磨殆尽了，而且他的健康也日益恶化，他将皇位传给义良亲王，即日本第九十七代天皇——后村上天皇。临死前，后醍醐天皇左手持一部《法华经》，右手拿了一把剑，在遗诏中说：“应生生世世勿忘者，乃尽灭朝敌，四海泰平也……纵领玉骨已埋南山，魂魄亦当常望北阙。”后醍醐天皇是个悲剧人物，他的皇权政治的梦想不合时宜，虽有屡败屡战的勇气，终难阻挡历史的潮流。又一次翻脸——好色一代男高师直后醍醐天皇含恨而终，吉野的南朝政权顿时失去了支柱。后醍醐天皇指定的接班人义良亲王，才是十二岁的孩子，哪能压得住阵脚？很多人都偷偷收拾好了金银细软，随时准备走人。幸好有个宗信和尚，还有些威望，大说什么希望在将来，大家不要散的话，一部分人就勉强留下来观望了。这时，军神楠木正成的儿子楠正行适时出现了，他听到后醍醐天皇的死讯后，急忙带了两千人马赶来，才算暂时稳定住了局面。
