历史上的黑水城三面临水。其中古居延海，就有726平方公里，水域辽阔，烟波浩渺，天下闻名。此外，这里还有一条东起阴山、中经居延、西至天山的路，这就是东西方最早的通路，人称丝绸之路居延路。
史料上关于黑水城的记载少之又少， 有说它毁于一场战乱，有说它藏有大量珍宝。藏有珍宝的传说在20世纪初引来了一批批外国探险者，留下了一处处挖掘的痕迹。据说俄国人科兹洛夫从这里运走的宝贝，用骆驼驮装了40箱约上万件！这些宝贵的文物文献在圣彼得堡展出，引起极大的轰动。黑水城也因此名闻世界。西夏学从此诞生。
那些文物当年藏身的西夏佛塔，在距离黑水城西城墙大约400米远的地方。
黑水城，西夏城名，今内蒙古额济纳旗东北。西夏十二监军司之一黑山威福司治所。最初是因额济纳河而得名，额济纳，原是西夏党项族语，意为“黑水”。该河来源于祁连山的雪水。每年，祁连山上融化的部分雪水，都要汇成河流，向北流向内蒙古阿拉善盟的额济纳草原，最后注入最北端的居延海中。这条由雪水汇成的河流，就是古代人称为“黑水”的额济纳河。
黑水城，位于额济纳河下游的巴丹吉林沙漠的边缘地带，因旁边有黑水河流过，所以取名为黑水城。元代时又称“亦集乃城”、“哈拉浩特”，仍为黑色都城之意。黑水城中有黑水流过的沙土还是呈现黑色的。
传说过去黑水城是西夏都城，最后一位君主号称黑将军。他英武盖世，所向无敌，在与汉族争霸中原时，出师不利，退守孤城。中原大军久攻不克，见城外额济纳河流贯其间，便以沙袋塞其上流，断绝城中水源。守城者于城内掘井，至极深而滴水未见。黑将军被迫全力出战，未战前，以所存白金八十余车连同其他珍宝倾入井中，又亲手杀死自己的妻小，以免落入敌手，然后率士卒出战，终因寡不敌众战败身亡。
中原军队攻陷黑水城后，大肆搜寻而未能得见宝藏。关于这段历史还有另外一种说法：黑将军战败后并没有死，而是向东南方向撤退。在距今内蒙古自治区阿拉善左旗巴音浩特不远的地方，曾留下了他的盔甲和战袍。这一有传奇色彩的故事与历史事实相去甚远，但其中藏宝的传说却吸引着不少人。俄国的科兹洛夫就是着迷于神秘的黑水城的人物。
黑水城始建于公元11世纪初，是西夏王朝设在北部边境的一座重要的军事城堡，也是西夏十二军司之一黑山威福军司的治所，故又有“威福军城”之称。城堡早在西夏王朝正式建国以前就已建成。尽管城市规模较小，但因它是河西走廓通往漠北的必经之路和交通枢纽，所以，战略地位极为重要。
在西夏建国以前，黑水城一带就已有大量居民，在这里耕耘牧猎、繁衍生息。西夏建国后，为了加强这一地区的管理，以防东面辽国和漠北蒙古的侵入，西夏王朝曾先后调集两个统军司来驻守黑水城及整个居延地区。并将大批人口迁到黑水城一带定居，让他们在当地屯垦造田、生产粮食，以满足大批军民的生活需要。
到西夏鼎盛时期时，黑水城已不再是一座单纯的军事城堡，逐渐变成一座经济、文化都较为发达的繁荣城市。当时的黑水城内，官署、民居、店铺、驿站、佛教寺院以及印制佛经、制作工具的各种作坊布满了城区，一派繁荣昌盛的景象。这种情况大约持续了近200年之久。
公元1226年，北方“蒙古汗国”的成吉思汗率领大军征伐西夏，首先攻克了黑水城，并由此南下，直取西夏的国都中兴府，次年，西夏灭亡。元朝建立后，黑水城依然沿用。而且受到元朝统治者的重视。当时这一地区划归甘肃行省，称“亦集乃路”元朝在这里设置了亦集乃路总管府，管辖这一地区及西宁、山丹两州。
由于黑水城是漠北通往内地的重要交通枢纽，元朝统治者不仅派遣了大量军队来黑水城驻防，还从各地迁来许多汉族和蒙古族人，来这里与当地人共同发展农牧业生产。当时，各族人民利用额济纳河的水利资源开渠造田，经过数十年的奋斗，先后屯田近万亩。
元朝时期，由于经济的发展和人口的不断增加，原来的黑水城已不能满足需要。于是在原有城池的基础上，对城市进行了扩建改造。扩建后的黑水城，东西宽450米，南北长380米，是原来城市面积的3倍。扩建后的城市，不仅增加了城区面积，而且加强了城市的防御能力。当时的黑水城，城墙高达10米，城内有登城马道7条，设有宽约6米的东、西城门两座，并在城门外加筑了瓮城。在四面城墙的外侧还修筑了马面、角台等御敌建筑。
在当时的城区内，分布有街市、官署，驿站、学府、寺院等区域和百姓、官员、兵卒的住宅区；有直通城门的东、西大街和南北街巷组成的整齐街道。街道两侧，布满了各种店铺，有饭馆、酒店、客栈、钱庄、杂货店、衣帛行、马具作坊等。并有马市、柴市及交换农牧产品的互市场所。黑水城，不仅城内十分繁荣，而且在城外也有百姓集中的居民区和繁华热闹的街市。当时，居住在黑水城一带的固定人口约有七八千人之多。
在黑水城众多的建筑中，宗教建筑是这座古城的一大特色。黑水城，曾是一个多民族聚居的城市。历史上曾建造过许多宗教寺院。有佛教、道教和******教等不同的建筑。其中以佛教建筑最多，而且占地面积也最大。在西北角的城墙上，至今还耸立着5座宝瓶似的佛塔。最高的一座达13米。佛塔是用土坯垒成，虽经数百年的风沙侵袭，今天依然耸立云端，成为黑水城独具魅力的标志。
元朝时期的黑水城，不仅是一座人口众多，经济发达的繁荣城市，而且还是当时“北走岭北、西抵新疆、南通河西、东往银川”的交通要冲和元朝西部地区的军事、政治、文化中心。
公元十四世纪中叶，这里的情况发生了巨大的变化。昔日的绿洲，被沙漠吞噬，变成了一片荒漠。昔日繁华昌盛的黑水城也变成了一座废城。现在它们的痕迹依稀可辨。砖石，瓦块，陶瓷残片，铁器，雕刻，泥佛，风化的白骨，破裂的石磨，块垒等当年的遗物。在古城遗址的西北角上，端坐着12米高的西藏覆钵式佛塔，古朴，圆融，安详，是黑城的标志性建筑。
城内，荒凉满目，流沙下遍布官邸、寺庙和民居的颓垣断壁，到处都散落着各种瓷器和碎片。黑釉刻花、白釉褐彩，以及钧瓷和南方的龙泉瓷等等。城外还有几座残缺不全的喇嘛塔，像是守城的卫士肃然而立。在古城遗址的西北角上，端坐着12米高的西藏覆钵式佛塔，古朴，圆融，安详，是黑城的标志性建筑。
几百年后，人们在勘探黑水城的时候，发现城墙遗址中竟然还嵌套着一个更古老的小城，原来这才是西夏时期的黑水城，而套在它外面的是元代修建的城。公元1275年，意大利人马可？波罗来到这里时，他看到的是一个绿洲之中生气盎然的城市。
那么，导致黑水城衰落的真正原因到底是什么呢？据资料介绍，由于黑水河被人为改道，致使古居延海急剧萎缩，黑水城渐渐变成了一座空城。沙漠终于围拢了过来，每当狂风大作，数以吨计的浮沙便倾泻而下，这里竟成为沙尘暴袭击下一个目标的中转站。
后人虽然为了拯救这座古城和这片绿洲费尽心思，甚至从黄河调水补充居延海，但效果甚微。
现今在黑水城遗址西北角城墙上可以看到一个可容骑驼者进出的洞口，相传就是当年黑将军突围的洞口。在黑水城内偏西北的那个大坑，相传就是当年不曾出水却用来埋藏了全城财宝的那口深井；而被当地人称为“宝格德波日格”的那座高大沙岭，相传就是当年大军截水所筑的大坝。
此后，邻近城池的汉人和当地的蒙古人曾多次前往黑水城试图发现这些珍宝，但不是无功而返就是神秘失踪，据说是黑将军临死前留下了致命的咒语。当地人由于惧怕黑水城的鬼魂和咒语的魔力，尽量避免经过此地。因此“死亡之城”就显得更加神秘恐怖了……
