幼年龙眼生长旺盛，1年可以多次抽梢，但根量少，分布浅，扩展小，施肥的原则应为薄肥勤施，做到以肥引根、以肥养根，促进根群的发育。但在定植4年后，龙眼树即将进入初结果期，阶段发育将由枝叶生长转换成开花结果，施肥不当就容易延迟结果或适龄不结果。因而要科学地调整施肥的时期和数量来调控枝梢生长，相对地减缓秋冬枝叶营养生长势，使之顺利地进入生殖生长而开花结实。因此，在施肥原则上就不能采取薄肥勤施，而应实施攻头补中。
龙眼定植后1个月即可开始施肥，这次引根肥很重要，但施用浓度不得太高，以免灼根而引起幼苗滞呆，可用30％腐熟人粪尿进行根际泼施。以后每隔2～3月施肥一次，全年施3～5次。2～3年内，以增加根量、促梢、壮梢为主，宜掌握“一梢二肥”，即枝梢顶芽萌动时施入以氮肥为主的速效肥，促进新梢迅速生长和展叶；当新梢伸长基本停止，叶色由红转绿时，施入第二次肥，促使枝梢叶片迅速转绿，提高光合效能。施肥量多少依肥料种类、土壤性质、幼树大小而定。化肥宜少，腐熟有机土杂肥宜多；沙质土易流失，冲积土施肥宜少量多次；红壤瘦瘠地宜多。一般定植后第一年根少树小，每株每次可施复合肥25～30克，尿素20～25克，氯化钾15～20克，过磷酸钙50～70克，单施或配合施用，配合施时上述分量应酌情减少，农家肥通常用15％～20％尿水或50％腐熟人粪尿，每次株施3～4千克。基肥足，管理周到的幼树，定植后1周年垂直根生长深60～80厘米，水平根距主干50厘米左右，开始形成骨干根和一定根量，因此第二年起施肥量要相应提高，在前一年的基础上增加40％～60％。定植4年后，施肥次数要减少，施肥量要增加，一般采用重攻头，在春梢萌动时将全年的施肥量一次施完，做到有机、无机肥各半。以促进秋梢早停止，并防止抽发冬梢，枝条早充实，为顺当进入结果期奠定基础。施肥方法可在根际开2～3个浅沟，施后覆土。旱季山地丘陵果园土壤较干，以液施或干施后淋水效果更好。
龙眼的枝、叶、果等都有不同程度的吸收肥料的能力，对树冠进行根外追肥，有利于满足对某种元素的急需，效果较好。
常用的根外追肥的肥料种类有：尿素\[CO（NH2）2\]，使用浓度02％～03％溶液，对缺氮植株见效较快，3～5天可看到叶片转绿。但缩二脲含量高的尿素使用多时，易引起叶片中毒。为此在尿素溶液中混入少量石灰，以减轻毒害。磷酸二氢钾（KH2PO4），使用浓度为03％～05％溶液，有利促进新梢老熟，花芽分化期使用，则能提高花朵质量，增加坐果率。红壤丘陵地果园土壤缺镁、锌、硼，可喷射03％～05％的硫酸镁（MgSO4）、01％～06％的硫酸锌（ZnSO4）、005％～01％的硼酸（H3BO3）加以调节补充。根外追肥的效果受多种因素的影响；温度高，喷雾在叶面的肥液干得快，影响养分的渗入。空气湿度高时，养分吸收快。幼叶生理机能旺盛，比老叶角质层薄，有利于渗透吸收。喷射时间在早、晚或灌溉后叶片气孔开放时，进行喷雾效果最佳。对微量元素的使用量和浓度均应严格掌握，防止过量中毒，要根据具体情况而定，植株生长旺盛的比生长弱的使用浓度要高；春季或雨后宜比夏季、干燥天气时使用浓度高，嫩叶宜比老叶的使用浓度低，几种微肥混合喷洒比单一使用的浓度要低。
