徐福从韩国济州岛“西归”中国之后，曾第二次面见秦始皇，在获得更大的人力、物力、财力后，南下中国东南沿海。公元前210年，因秦始皇东巡会稽，徐福隐迹不成，在第三次面见秦始皇获得军队和武器装备后，决计东渡日本。
（一）日本佐贺
日本佐贺是徐福东渡的成功登陆地之一。相传徐福第三次面见秦始皇后是由南线，也就是中国南方直航日本的。当时徐福的船队约有80艘之多。船队劈波斩浪，经历了无数辛劳和危险，最后进入日本九州有明海一带，但不知何处可以登陆。徐福祭告海神后，在大船下放了一些“浮盃”（即浮杯，好像是红色的木桶之类）。“浮盃”顺潮水漂入内港，徐福的船队就随之进港，结果在佐贺县诸富町靠岸。因岸边芦苇丛生，于是部下用手扒开芦苇登陆。结果有很多芦苇就被撕落了苇叶。据说直到现在，诸富町海港边的芦苇，还是半边长叶，半边不长叶。当地人称之为“半叶苇”。据民间传说，被徐福一行拨落的苇叶在海港中变成了“鲚鱼”，现在还生长在内港中。这种“鲚鱼”，就是象山人常说的“鲚苗”，也叫“刀鱼”、“杀猪刀”，学名称“凤尾鱼”。徐福放入海中的“浮盃”的靠岸之处，现在的地名还叫“浮盃”。
徐福在日本佐贺留下的遗迹较多，有徐福登陆处，有徐福手挖的水井，首建的徐福桥，手植的千年古柏，立有徐福神像的“金立神社”等（有人研究：金立山最早由徐福等人在此开凿金矿）。近年兴建的徐福“长寿馆”是比较现代化的，而吉野里历史公园的考古发现，则证实徐福东渡走“南线”的重要证据之一。
（二）日本熊野
日本熊野是徐福船队东渡日本的又一登陆地。当地民众还保留有徐福东渡的遗物——秦国的“半两钱”和先秦陶碗。
徐福曾把登陆处的小山称为“蓬莱山”，徐福的墓葬也在熊野。
日本也存在生殖崇拜。徐福墓地，至今仍有此类香火。徐福墓旁的两棵树也生得奇怪。
（三）日本新宫
日本新宫市紧临熊野市，是徐福在日本活动的重要地区之一，新宫花神祭祀和象山“二月二”纪念“百花娘子”的习俗同源同宗。
新宫徐福公园是由中日韩徐福崇敬者捐资建造的，公园里有徐福墓、不老池、祖元诗碑。徐福手下的七位重臣死后也葬在这里，称为“七人冢”。
（四）日本八女市
日本八女市傍海依山，相传因徐福船队的八名童女首先漂流到此而得名。附近的童男山，也因部分童男童女死后曾埋葬在这里，形成“童男山墓葬群”，成为后人凭吊瞻仰之地。
八女市川崎小学每年都要举行徐福纪念活动，在徐福像附近，现建有青少年活动基地。
（五）日本其他地方
徐福船队在公元前210年首先抵达佐贺一带，然后沿九州岛西海岸南下，到达“日向”之地，又沿濑户内海东进，到达今大阪一带。又经今和歌山县绕过伊势半岛，经过新宫在熊野波田须登陆，并在附近停留了一段时光。然后向自然条件更好的名古屋和热田一带发展，据说曾在橿原称王建都，并修筑过三百里的“长城”。此后又向三保松原和富士山一带发展。在日本，“富士山”和“不死山”几乎是同音同义。
徐福在中国生有四子一女，到日本后曾与日本姑娘“阿辰”相恋，但未曾成亲。徐福在日本后来又生过三个儿子。史载徐福在日本登陆时，有名有姓留传于世的人物就有580多人。
徐福死后，他的七个儿子及其亲属，分率徒众居住于日本各地，后世遂有“福田”、“福冈”等有关称谓。三千童男童女，亦自称秦人，甚至以“秦”为姓。前日本首相羽田孜就直言，自己是“秦人后裔”，三百年前，家人都姓秦，日本进行姓氏改革后，家人才改姓“羽田”。
在东京以西八十公里左右的藤泽市妙善寺墓地里，还有徐福后代的墓碑。碑文云：“居士讳肃政，称正兵卫，其先出于秦徐福。徐福避始皇之乱航海来我神州，而下居于富士山周麓，故子孙皆以秦为姓，其以福冈为氏者亦取徐福一字也，且近地有秦野者，盖系政肃一族之旧址，亦足以征为祖先之地矣，我子孙其永记勿忘焉。”
