建文帝削藩，燕王在北平打起了“靖难”的旗帜，双方都有朱元璋的《明皇祖训》作依据，真是公也有理，婆也有理，实质上都是为了争权夺利，抢着坐上皇帝的座位。这南北两支明军，足足打了4年的仗，才以燕王的胜利告终。
这一场内战，从实力来说，应该是建文帝强大，他有朱元璋时期积累下的大量府库做后盾，他可以凭朝廷的命令调集全国各路军马。但是，朱元璋在位时的一场大屠杀，把能够领兵打仗的将军们杀了个干干净净。从领兵打仗，指挥进退，谋划决策方面讲，建文帝都绝对敌不过老于此道的燕王朱棣。所以，仗一打起来，建文帝无法速战速决，形势就逐渐朝有利于朱棣的方向发展，终于导致了朱棣登上皇位的结果。
南北双方开战伊始，建文帝实在找不到合适的统帅，只能任命硕果仅存的老将，长兴侯耿炳文执掌帅印。可是这位侯爷已经70岁了，还会有多少能耐呢？
耿炳文所率大军，号称百万，他先带了10几万大军驻扎到了河北的滹沱河两岸，等待其余部队会集。燕王却不给他等待的时间，当年中秋之夜，南方的军队毫无准备，燕王便出奇兵偷袭，先攻破雄县，全歼了南军的先锋部队9000人，又乘胜追击，在真定城外太败耿炳文，逼得耿炳文龟缩在真定城里死守。而燕王却带着被俘的南军的左右副将，退回北平去了。
第—仗便大伤元气，建文帝顿时大怒，立即召回耿炳文，另派李景隆为主帅，第二次兵发河北。这位李景隆虽说是明初大将李文忠之子，但是从小过惯优裕的生活，只知狂妄自大，兵法却懂不了多少。偏偏同样什么也不懂的建文帝却相信他，赐给他通天犀带，还赐给他斧钺，让他有先斩后奏的大权。
燕王知道李景隆替代耿炳文，不由大喜，他知道这位纨绔子弟不堪一击，便决定诱李景隆前来攻打，然后来个前后夹攻。于是，他把北平留给儿子朱高炽防守，自己带兵去救援被辽东明军围攻的永平。
李景隆听说朱棣出了北平，果然领兵前来攻城。朱高炽奉命坚守，乘十月天滴水成冰的寒冷，每天夜里在城墙上泼水，把城墙冻成一片冰墙。李景隆的士兵就连云梯也架不起来，再也无法攻城，双方就此僵持。
朱棣去救援永平却大有收获。打退辽东军后，他又用计挟持了宁王，把宁王手下8万精兵收为己有，力量变得更强大了。朱棣见李景隆还在北平城外，立即挥兵杀了个回马枪。李景隆腹背受敌，被杀得大败，逃回德州去了。
到第二年(公元1400年)4月，李景隆又集合了60万大军北上，在雄县以北的白沟河与燕王军展开了决战。燕王朱棣身先士卒，冒着暴雨般的箭矢冲锋，坐骑先后被射死8匹，依然换马再战。
正在紧要关头，一阵大风刮来，把李景隆的帅旗吹折了，他手下士卒一时间张皇失措。燕王立刻抓紧战机，发动全面反击。李景隆控制不了败兵，只身单骑跑回德州，又慌忙撤到了济南。燕王又一次取得了重大胜利。
到这时候，燕王虽然屡战屡胜，但自己军队的伤亡也很大，打了胜仗便要撤回北平休整。他所占领的地盘，也仅有河北及山东部分地区。朱棣知道这样打消耗战绝非取胜之计，便摸准了建文帝大军在外，京城反而空虚的情况，决定不再与南方军队纠缠，长驱直入，直逼长江，跟建文帝作一次最后的决战。
建文三年(公元1401年)年底，燕王朱棣带兵南下，一路势如破竹，第二年六月便直抵长江北岸，三天后便渡过了长江。建文帝慌忙从镇江调来守军，结果也被打得大败，许多官兵投降了朱棣。燕王的部队蜂拥而来，到了京都城外。
这时候，建文帝的朝廷内部，却还在追究失败的责任。朝臣们痛恨李景隆，当场七手八脚把李景隆打了个遍体鳞伤。李景隆怀恨在心，当朱棣领兵攻城的时候，他大开金川门，投降了朱棣，就这样，京都被攻破了。
建文帝在皇宫孤孤凄凄，真的成了孤家寡人。耳听得宫外杀声震天，他万般无奈，在紧闭着大门的皇宫里放起了一把大火。等朱棣进得皇宫，大搜了三天，只找到几具无法辨认的尸体。建文帝是自焚而死，还是乘乱逃出了京城，谁也无法说得清楚。
不管建文帝朱允炆是死了，还是逃了，反正堂堂大明已没有了皇帝，这个位置看来非朱棣莫属。于是，好多大臣便来劝进，要朱棣在京都登上皇位。国不可一日无君，朱棣倒也不大推让，只想登基之后迅速安定人心。
对发兵之初便指名道姓说自己是奸佞的黄子澄和齐泰，当了皇帝的明成祖朱棣当然不会轻饶。另一个跟黄子澄、齐泰一样坚决削藩的建文派大臣方孝孺，明成祖起初还不想杀他。方孝孺的文章，当时算天下第一，而且是死硬派人物。明成祖如果能把他劝降了，将会对安定人心起巨大的作用。于是，明成祖决定，自己的即位诏书，要让方孝孺来起草。
可是，明成祖几次三番派人去劝降，方孝孺却执意不肯。这位即将登基的皇上只得亲自出面，把方孝孺带进了皇宫。谁知方孝孺一身孝服，进了宫门便大哭号啕，哭声响彻整个大殿，弄得成祖无法进一言。
好不容易等方孝孺哭完了，明成祖便客客气气请他起草诏书。方孝孺却大声责问明成祖为什么破坏了规矩，害了建文帝。明成祖无法跟他争辩，推托说这是我们朱家的家事，还是要方孝孺写诏书。方孝孺提起笔来，只写了四个大字“燕贼篡位”，便再也不肯动笔了。
明成祖终于大怒，以灭九族威胁方孝孺，谁知方孝孺把脖子一挺，回答说：“便是灭十族，又能把我怎么样？”一句话把明成祖的怒火燃得更旺，他立即下令，把方孝孺的所有亲属全部抓来杀了。凑不满十族，又派人把方孝孺的朋友和学生抓来，算作一族，统统杀个干净。就这一个案子，明成祖就杀了872人。
真是有其父必有其子，在杀人的残忍方面，朱棣和朱元璋确实是一脉相传的。但是，当明成祖登上皇位，并在两年后迁都到北京以后，他倒是颇具政治远见的，也作出了不小的成绩。大明王朝在他治理下，出现了最繁荣的景象。
