秦汉帝国建立后，“建皇帝之号，立百官之职”，封建官僚机构日趋庞大。与之相适应，宦官制度也趋于完善，机构渐设，人数渐增，且正式被纳入官僚体系之中，成为国家政权的重要组成部分。由此，宦官同时拥有了双重身份：既是侍奉君主生活起居的家奴，又是参预国家政治的官员。宦官机构被纳入官僚系统及宦官身份为转变，实际上也为宦官的干预朝政，进而专擅朝权提供了现实的可能性。
秦始皇像秦汉时期宦官机构的隶属系统比较分散，也比较复杂，尚未形成统一的宦官主管机构。就使用宦官的范围言之，有皇帝、皇后以及皇太后、太子、王子、公主诸宫；就宦官的隶属系统言之，有为君主服务的少府系统、为皇后服务的大长秋系统以及为皇太后、皇太子服务的诸宫卿系统。尽管宦官的员额与机构呈现出明显增长的趋势，但不同系统之间的宦官，彼此不相统属。
秦汉时期的中央高级官员主要是所谓的“三公”、“九卿”，少府即为诸卿之一。少府掌管帝室财政，与执掌国家财政的大司农有明确分工，所谓“司农领天下钱谷，以供国之常用；少府管池泽之税及关市汉代鎏金熏炉之资，以供天子。”其实，少府所辖并不仅限于帝室财政，而是涉及到帝王生活的方方面面，实际上充当了内廷大总管的角色，因而宫中宦官大多也就归属少府管辖。然而，少府乃是朝廷九卿之一，本身并非宦官，而且少府系统下辖机构众多，只有一部分例由宦官主领，主要分两类：一是侍从于皇帝左右，承宣传达、关通中外的中常侍、小黄门等；二是负责内廷供养及杂役事务的掖庭令、御府令等。相较而言，前者地位较高，但无从属机构；后者地位虽有所不及，但掌管实际职事，且辖有僚属。所以秦汉时期的宦官多以前者的身份，兼领后者的职事。
除了少府系统所属宦官外，还有大长秋系统的宦官机构。汉代的大长秋乃由秦代的詹事和将行两职逐步演化合并而来，主管皇后宫事，其属官基本上都是宦官，就连大长秋之职本身亦多由宦者担任，地位稍低于作为九卿之一的少府而略高于中常侍。东汉时期皇太后屡有临朝听政者，大长秋尤其尊显，权阉郑众、江京、曹腾诸人均先后任过此职。
西安城楼秦汉时期的皇太后宫、皇太子宫及诸侯王宫也有宦官机构的设置。皇太后宫宦官地位最高者为太仆、卫尉、少府，即所谓“太后三卿”。为了与皇帝及朝廷所辖官员相区别，一般在其前面加太后所居宫殿的名称，故而史籍中便有了“长乐少府”、“长信卫尉”之类的官称。从总的看来，太后三卿的执掌与主管皇后宫事的大长秋卿类似，但两者也有区别，即皇太后宫的宦官机构并非常设，有太后则置，无太后则废。东汉时期皇太后屡有临朝称制者，皇太后宫中宦官的地位亦随之尊显莫比。
秦汉时期各宦官系统中，最引人注目的是“中常侍”。“其重要性可简单地概括为地位高、权势重、任职专、兼领广、员额宽五个方面”。中常侍秩比二千石，没有定员，众多的权阉可以同时就任中常侍，而且担任这一职位的阉宦还可以兼领其他署卿之类的官职。中常侍出入禁中，传达内外，能够“手握王爵，口含天宪”，地位相当特殊。也正是由于其地位特殊，使阉宦之外的朝廷官员无法染指。在宦官势力急剧膨胀的东汉时期，中常侍已成为最重要的职务，那些能够专权擅政的宦官大多都任此职。东汉汉武帝刘彻像灵帝时期的张让、赵忠等“十常侍”，更是时刻随侍在皇帝左右，并趁灵帝年少无知而代其览阅朝臣章奏，进而把持朝政，挟制幼帝。昏庸的灵帝竟甘心受制，公然称张让为“父”、赵忠为“母”，成为历史奇闻。
秦汉时期的宦官大致完成了由“刑余”到“官员”的转变以及由“家奴”到“主人”的转变。此时的宦官周旋于君主与朝臣之间，已经具有了家奴与官吏的双重身份。他们有官号、有职事、有秩品、有俸禄乃至有爵位，并可娶妻成家、养子传爵。在某些特定的历史时期，宦官与君主的角色也呈现出互换的情形。宦官赵高视唐三彩宦官俑秦二世一如股掌之中的玩偶，自己形同无冕的“太上皇”，皇帝的篡立与废诛皆操于其手便是一例。东汉自安帝之后，皇帝或直接由宦官策立，或由宦官与外戚共同策立，其皇位与权柄概由本是“家奴”的宦官所决定、所把持，甚至于“主人”的生命亦悬之于“家奴”之手，到了奴大欺主的地步。
秦汉时期宦官的身份地位尽管有了如此重要的转变，但就制度化建设而言，仍然是不完备的。表现为宦官机构的隶属系统分散而复杂，缺乏一个统一的宦官主管机构。机构之间的不相统属必然导致宦官自身势力的分散，宦官专权便在相当大的程度上带有了偶然性。这一情形在隋唐时代发生了根本性的变化，其标志便是集中统一的宦官管理机构——内侍省的设置。由此，宦官专权便有了制度的保证。
内侍省始设于隋唐时期，其名称屡经改易，至唐中宗之后方确定为“内侍省”，并一直延用下来。内侍省设置内侍监二人，以为本省长官，掌内侍奉，并承宣制令。其下设少监二人、内侍四人作为副手。在内侍监、少监和内侍以下，复置掌通判省事的内常侍六人；掌承旨劳问及分判省事的内给事十人；掌仪法、宣奏、承敕令的内谒者监十人；掌诸亲王命妇朝集班位的内谒者十二人；掌纠察宫内不法之事的内寺伯六人；掌皇后出入执御刀冗从的寺人六员。
内侍省的下属机构有所谓的“六局”：
掖庭局。掌宫禁女工、宫人名籍等事，设令二人，丞三人。另设有负责教习宫人书算与众艺之事的宫教博士二人以及负责宫中工役杂作之事的监作四人。
宫闱局。掌侍奉宫闱、出入宫钥等事，设令二人，丞二人。另设有负责承传诸门管钥的内阍人二十名以及负责宫中伞扇的内掌扇十六人。
奚官局。掌奚隶工役、宫官品命及宫人医药丧葬等事。设令二人，丞二人，并设书令史、书吏、典事、药童等佐吏若干人。
内仆局。掌中宫后妃车乘出入导引等事，设令二人，丞二人，下设书令史二人、书吏四人。另有掌习御车舆杂畜驾士二百人及掌检校车乘的典事若干名。
内府局。掌宫中所藏宝货给纳之数以及供应灯烛、汤沐、陈设等事，设令二人，丞二人。另有书令史、书吏、典史、掌固、典事若干名。
唐朝宫苑图内坊局。又称太子内坊局，掌东宫阁内及宫人粮廪之事，其地位高于其他五局，设令二人，丞二人。另设掌序导宾客的坊事五人；掌宫内仪式导引、通传劳问、纠劾非违、察出纳入等事的典直四人；掌帅阍人、内给使以供其事的阁帅六人；掌诸门出入管钥及伞扇灯烛之事的内阍人八人；掌车乘事务的内厩尉二人。此外还设有录事、令史、典事、驾士等佐吏若干名。
隋唐时期内侍省的设置，使得原属皇帝的少府系统、属皇后的大长秋系统以及分属皇太子、皇太后各个系统的宦官机构趋于集中统一。这种变化对后世的影响至为深远。一方面，机构因管理宦官而设，并由宦官自行管理。这就从根本上改变了秦汉时期内廷宦官机构归属非宦官系统的少府管辖的局面，从而使宫廷之中的宦官从组织上独立出来，聚为合力，进而为宦官集团与朝廷官员的对抗提供了组织保证。唐朝中后期持续发展的南衙北司之争，正是其直接的后果。另一方面，各个系统宦官的集聚，必然会大大增强宦官内部的认同感和凝聚力。宦官是宫廷中的特殊群体，他们在遭受阉割后，身体惨遭伤害，精神蒙受摧残，其外在形象与生理机能也因阉割而呈现出自身的特征，因而极易产生深重的自卑感与强烈的报复心理。共同的生理缺陷与生活环境本来就容易使宦官之间产生彼此的认同感，而隋、唐时期宦官系统的集中与统一，则使得这种认同感有了组织上的保证，进而为宦官政治集团的形成与巩固提供了条件。
隋、唐时期内侍省制度经由宋、元两朝的继承与发展，至明代进一步演变为“二十四衙门”。由此，匿官势力极度膨胀，全面介入国家政权的各个方面，从而形成了继汉、唐之后的第三次宦官专权高潮。
