1644年6月5日，击败了李自成起义军的清军在吴三桂的引领下，由多尔衮率领经东华门进入北京城。
正当吴三桂抢回陈圆圆与她在绛州享受着鱼水之欢的时候，北京城里也热闹非凡。多尔衮组织人马隆重地迎接清世祖顺治帝入关，在北京建立了大清朝廷，准备全盘接管整个江山。为了表彰吴三桂开关请兵之功，清廷册封他为平西王，并赏银万两，吴三桂竟然也不假思索地接受了。这样一来，当初请兵相助的初衷完全变了质，吴三桂成为不折不扣开关迎敌的民族叛徒。
清顺治二年，吴三桂继续协助清兵西讨，由山西渡黄河入潼关，攻克西安，将李自成的力量彻底消灭。随后，他又风尘仆仆，东征西讨，为清廷拿下了西南一带，并将最后一个南明小朝廷——永历皇朝赶往缅甸。清廷诏令他坐镇云南，总管西南军民事宜。此时已是顺治十四年，吴三桂可以说是功成名就，他将五华山的永历皇宫重加修葺，建成了平西王府，踌躇满志地经略所辖领地，俨然就是西南边境的土皇帝。
在吴三桂戎马倥偬的那些年里，陈圆圆紧随其左右，为他消愁解闷，简直成了他的精神支柱。在昆明稳定下来后，吴三桂冠冕堂皇地以王爷自居，并提出要封陈圆圆为平西王妃，不料陈圆圆却不肯接受，
她提出：“我出身卑微，德薄才浅，能蒙将军垂爱已属万幸，实在不配贵为王妃，宁愿做侍妾追随将军左右！”陈圆圆此举着实令吴三桂费解：别的女人不惜争风吃醋为的就是一个名位，她竟然把送上门的恩惠拱手让出。这是为什么呢？
原来，经历了十几年的坎坷，看惯了人世间的沉浮起落，生生死死如过眼云烟，陈圆圆对一切都已看淡。何况她也明白，为了自己，吴三桂不惜引外族入关，背弃朝廷，落下了重重罪名。这一切虽然谈不上是她的过错，可毕竟与她有关，让她自感罪孽深重，哪里还有什么心思去做王妃。
顺治十八年，吴三桂以兵势从缅甸索回了永历皇帝，陈圆圆认为这是拥明复清的好时机，连忙力劝吴三桂趁此机会推出永历帝，对清廷反戈一击，并深切地说：“如果这样做的话就可以成就千古的奇功！”然而吴三桂却不想放弃到手的权位仍然将永历帝绞杀了。天下人大失所望，陈圆圆更是心灰意冷，深感已到万劫不复的地步。
后来吴三桂又将“四方观音”、“八面观音”等美女纳入府中，陈圆圆退而念佛养心，更不与吴三桂一心了。
康熙年间，吴三桂在云南宣布独立，康熙帝出兵云南。她清醒地看到吴三桂定不能成事，更加心灰意冷，住进了佛庵。
有一说法是，吴三桂死后，陈圆圆亦自沉于寺外莲花池，死后葬于池侧。一代佳丽就这样香消玉殒了。
