僖宗更以王铎为诸道行营都统，崔安潜副之，周岌、王重荣为左右司马，诸葛爽、康实为左右先锋，平师儒为后军，时溥督漕赋，王处存、拓拔思恭为京畿都统，处存直左，孝章在北，思恭直右。西门思恭为都监，杨复光监行营，中书舍人卢胤征为克复制置副使。于是王鐸以山南、剑南军营灵感祠，朱玫以岐、夏军营兴平，王重荣、王处存营渭北，杨复光以寿、沧、荆南军合周岌营武功，孝章合拓拔思恭营渭桥，程宗楚营京右，对长安实行战略包围。
王铎以惧内出名。他担任诸道行营都统征讨黄巢时，将妻子留在京城，只带姬妾随行。部下突然来报：“夫人离开京城前来，已在半路上了。”王铎故意惊慌的问道：“巢贼渐渐从南逼近，夫人又气冲冲自北方赶，旦夕之间，就要到达，这可怎么办？”幕僚开玩笑道：“不如投降黄巢。”王铎不禁大笑。
黄巢令朱温以兵三千掠丹、延南鄙，趋同州，刺史米逢出奔，朱温据州以守，黄巢以朱温为同州刺史。六月，黄巢听说朝廷大军四面围困长安，问计孟楷，孟楷说：“唐朝各藩镇都想保存实力、迟疑不进，我们应该抓住这个机会，各个击破。”黄巢大喜，尚让寇河中，使朱温攻西关，败诸葛爽，破王重荣数千骑于河上，诸葛爽闭城不出，尚让遂拔郃阳，攻宜君垒，突然，天降大雨雪，不久雪盈尺，尚让兵死十份之三，乃收兵回郃阳。七月，天气转好，尚让攻凤翔，败节度李昌言于涝水，尚让遣骁将强武攻武功、槐里，泾、邠兵败退，独凤翔兵固壁。拓拔思恭兵败后返回夏州，休养生息，八月，拓拔思恭再选锐士万八千，发誓要为其弟报仇，拓跋思恭对众将士说：“大军遇敌，不奋力杀敌者死，临阵脱逃者死，不守军纪者死！”经过一番整训后，拓跋思恭再次请求出战，唐僖宗立即嘉奖，赐其军为定难军。拓跋思恭见尚让兵正盛，鉴于其弟灭亡的教训，暂时逗留不进。
王重荣和朱温对垒，眼看粮食就要吃完，急令后方粮官运粮到夏阳，河中郡粮船三十艘送粮到夏阳，时朱温也缺粮，听说官兵的粮船到，于是使兵夺船，王重荣以甲士三万救之，朱温惧，凿沉其船，王重荣遂兵围朱温于同州。朱温数次领兵出战，都被王重荣打败，朱温请求黄巢支援，孟楷看到朱温的急报，心想：“现在我等都自身难保，哪有什么援兵！”于是沮不报，朱温度巢势蹙且败，而孟楷方专国，于是信心动摇，参谋谢瞳揣朱温有择福意，乃进说：“黄家以数十万之师，值唐朝久安，人不习战，因利乘便，遂下两京。然始窃伪号，任用已失其所。今将军勇冠三军，力战于外，而孟楷专务壅蔽，奏章不达，下为庸才所制，无独断之明，破亡之兆必矣。况土德未厌，外兵四集，漕运波注，日以收复为名，惟将军察之。”朱温说：“我意素决，尔又如是，复何疑哉！”翼日，遂定策，即斩监军马恭，悉众归顺于河中降王重荣。僖宗听说朱温投降，大喜，封其为宣武节度使，并赐名为全忠。王重荣表谢瞳为检校屯田员外郎，赐绯，令奉表于蜀。唐僖宗大悦，召入顾问，锡赉甚厚，以功授朝散大夫、太子率更令，赐紫，为陵州刺史。进拓拔思恭为京四面都统，在马嵬大破朱玫，朱玫率军投降，拓拔思恭敕免其军。朱温既降，王重荣厚遇之，成麟也投降王重荣。李详亦欲献款投降，监军黄思鄴察觉，斩李详于赤水，黄巢以黄思鄴为刺史。
十月，王铎浚壕于兴平，左抵马嵬，使将薛韬主持修建，由马嵬、武功入斜谷，以通山水，列屯十四，使将梁璩主之，置关于沮水、七盘、三溪、木皮岭，以遮挡秦、陇。王鐸派京左行营都统东方逵击黄巢锐将李公迪。李公迪出战，东方逵和李公迪大战三十回合，手到擒来把李公迪禽拿归阵。东方逵连破敌堡三十，巢军死伤无数。华州卒听说王重荣大军到来，逐黄思邺，黄巢以王遇为刺史，领兵平叛，王重荣兵正锐，一阵横击，王遇大败，投降河中王重荣。黄巢丧二州，怒甚，自将精兵数万壁梁田。王重荣军华阴，杨复光军渭北，掎角攻之，黄巢大败，执其将赵璋，巢中流矢走。王重荣兵亦死耗相当。惧巢复振，忧之，与杨复光计，杨复光说：“李克用大军将到，黄巢死期到矣！”
杨复光刚击败黄巢，家里的奴仆就送信来说：“太君病重，请主公速速返回。”杨复光大惊，把军事交王重荣，立即下令备马，杨复光急急忙忙赶回福建，刚走进家门，其母就去世了，杨复光痛哭流涕。僖宗听说杨母去世，赏银万两以办丧事，赐忠武夫人。守孝之夜，杨复光回想自己当年年幼就入宫，从来没有尽过孝心，心如刀割。其养子杨守宗在旁劝说：“忠孝不能够两全，啊父还是节哀顺便吧。”厚葬其母亲后，杨复光对众亲人说：“为人子者，应该为其父母守孝三年，但现在国家多难，巢贼还没灭，吾不能够以一己之私而负天下。”于是留下财产万千给家族的亲人就离开了福建。
中和三年正月，李克用屯兵乾坑。黄巢军惊恐的说：“鸦儿军到了”。黄巢听闻李克用到来，问：“谁敢击令沙陀兵。”其侄子黄思邺血气方刚，大叫说：“侄儿愿领军出战。”乃率军五万击李克用，李克用在石堤谷设下埋伏，黄思邺到来，李克用出马，黄思邺对李克用说：“将军乃沙陀人，天下纷争是我们汉人的事，将军还是少管为妙。”李克用大笑说：“大唐的疆域东达朝鲜，西接咸海，北达北极，南到安南，我既然是大唐的臣民，而且皇上赐我们皇族李姓就是把我当自己人，你们反皇上就是反我。”黄思邺大怒，领军冲杀，李克用和黄思邺大战五十回合，突然沙陀伏兵从石堤谷突出，黄思邺大败。黄思邺退守渭南，李克用再破思邺于渭南，僖宗听闻后拜李克用为东北行营都统。黄巢令黄揆守乾坑，宦官田令孜见杨复光在镇压农民起义中功劳卓著，为了给他自己以后留条后路，于是建议僖宗下诏免除了充诸道行营都统王铎的兵权，以杨夏光代之。僖宗立即同意。会王鐸与崔安潜皆罢，李克用独引军自岚、石出夏阳，屯沙苑，破黄揆军，遂营乾坑。二月，河中、易定、忠武等兵皆至，李克用乃约黄巢决战。黄巢命王璠、林言军居左，盖洪、尚让军居右，众凡十万，与朝廷大军大战于梁田陂。诸道行营都统杨复光令李克用亲率沙陀骑兵冲击黄巢中军，令王重荣军、东方逵击王璠、林言，令拓跋思恭、王处存击盖洪、尚让、黄巢军大败，被俘数万，横尸三十里，黄巢退守京师。王璠与黄揆收集残兵败将袭华州，据之。李克用掘堑环华州，分骑屯渭北，命薛志勤、康君立夜袭京师，火烧黄巢的粮草，俘虏黄巢的将士而还。
黄巢战数不利，军食竭，部下不用命，乃与孟楷谋，孟楷说：“吾等困守关中，官军势大，皇上还是谋退路吧！”黄巢即发兵三万扼蓝田道，使尚让援华州。李克用率王重荣迎战尚让于零口，破之，黄揆见援兵已败，遂引众出走，官军攻下华州。在和大齐政权的对战中，凤翔府库耗竭，郑畋减少了对士卒的犒赏，并削减军饷。士兵多有怨言，大将李昌言知道士兵不满，予以煽动。十月，李昌言把兴元的军队调回凤翔首府凤翔府，作进攻之势。郑畋不希望部下自相残杀，于是让权给李昌言，前往成都会合唐僖宗，僖宗任郑畋为太子少傅，任李昌言为凤翔节度使。是时，诸镇兵四面至。四月，李克用遣部将杨守宗率河中将白志迁、忠武将庞从等最先进，击巢军于渭桥，三战，黄巢军三败。于是诸节度兵皆奋，争先恐后入自光泰门。李克用引身决战，呼声动天，黄巢军崩溃，逐北至望春，入升阳殿闼。黄巢夜奔，众犹十五万，声趋徐州，出蓝田，入商山，委辎重珍赀于道，诸军争取之，不复追，故黄巢军得整军去。
僖宗听说长安再次收复，大喜，令王铎以中书令的身份承制封拜有功将领。杨复光以功加开府仪同三司、同华制置使，封弘农郡公，赐号“资忠辉武匡国平难功臣”。封李克用为检校司空、同中书门下平章事、河东节度使。封王重荣为检校太尉、同中书门下平章事。封拓跋思恭检校司空、同中书门下平章事。封王处存为检校司徒，同中书门下平章事。东方逵为保大军节度使，加同平章事。朱玫为邠宁节度使，同中书门下平章事。其他将领各有封赏。
自安禄山陷长安，宫阙完雄，吐蕃所焚烧，唯衢弄庐舍；朱泚（唐朝中期将领、叛臣）乱唐朝定国百馀年，治缮神丽如开元时。至黄巢败，方镇兵互入虏掠，火烧大内，惟含元殿独存，火所不及者，止西内、南内及光启宫而已。杨复光献捷行在，僖宗诏陈许、延州、凤翔、博野军合东西神策二万人屯京师，命大明宫留守王徽卫诸门，抚定居人。诏尚书右仆射裴璩修复宫省，购辇辂、仗卫、旧章、秘籍。
时，大诗人韦庄因应试正留在长安城中，目赌长安城内的变乱，兵乱中韦庄的弟妹一度相失，自己又多日卧病；离开长安的第二年，中和三年在东都洛阳，韦庄将当时耳闻目见的种种乱离情形，通过一位从长安逃难出来的女子即秦妇的“自述”，写成长篇叙事诗《秦妇吟》：中和癸卯春三月，洛阳城外花如雪。东西南北路人绝，绿杨悄悄香尘灭。路旁忽见如花人，独向绿杨阴下歇。凤侧鸾欹鬓脚斜，红攒黛敛眉心折。借问女郎何处来？含颦欲语声先咽。回头敛袂谢行人，丧乱漂沦何堪说！三年陷贼留秦地，依稀记得秦中事。君能为妾解金鞍，妾亦与君停玉趾。
前年庚子腊月五，正闭金笼教鹦鹉。斜开鸾镜懒梳头，闲凭雕栏慵不语。忽看门外起红尘，已见街中擂金鼓。居人走出半仓惶，朝士归来尚疑误。是时西面官军入，拟向潼关为警急。皆言博野自相持，尽道贼军来未及。须臾主父乘奔至，下马入门痴似醉。适逢紫盖去蒙尘，已见白旗来匝地。扶羸携幼竞相呼，上屋缘墙不知次。南邻走入北邻藏，东邻走向西邻避。北邻诸妇咸相凑，户外崩腾如走兽。轰轰混混乾坤动，万马雷声从地涌。火迸金星上九天，十二官街烟烘烔。日轮西下寒光白，上帝无言空脉脉。阴云晕气若重围，宦者流星如血色。紫气潜随帝座移，妖光暗射台星拆。家家流血如泉沸，处处冤声声动地。舞伎歌姬尽暗捐，婴儿稚女皆生弃。
东邻有女眉新画，倾国倾城不知价。长戈拥得上戎车，回首香闺泪盈把。旋抽金线学缝旗，才上雕鞍教走马。有时马上见良人，不敢回眸空泪下；西邻有女真仙子，一寸横波剪秋水。妆成只对镜中春，年幼不知门外事。一夫跳跃上金阶，斜袒半肩欲相耻。牵衣不肯出朱门，红粉香脂刀下死。南邻有女不记姓，昨日良媒新纳聘。琉璃阶上不闻行，翡翠帘间空见影。忽看庭际刀刃鸣，身首支离在俄顷。仰天掩面哭一声，女弟女兄同入井；北邻少妇行相促，旋拆云鬟拭眉绿。已闻击托坏高门，不觉攀缘上重屋。须臾四面火光来，欲下回梯梯又摧。烟中大叫犹求救，梁上悬尸已作灰。
妾身幸得全刀锯，不敢踟蹰久回顾。旋梳蝉鬓逐军行，强展蛾眉出门去。旧里从兹不得归，六亲自此无寻处。一从陷贼经三载，终日惊忧心胆碎。夜卧千重剑戟围，朝餐一味人肝脍。鸳帏纵入岂成欢？宝货虽多非所爱。蓬头垢面眉犹赤，几转横波看不得。衣裳颠倒语言异，面上夸功雕作字。柏台多半是狐精，兰省诸郎皆鼠魅。还将短发戴华簪，不脱朝衣缠绣被。翻持象笏作三公，倒佩金鱼为两史。朝闻奏对入朝堂，暮见喧呼来酒市。
一朝五鼓人惊起，叫啸喧呼如窃语。夜来探马入皇城，昨日官军收赤水。赤水去城一百里，朝若来兮暮应至。凶徒马上暗吞声，女伴闺中潜生喜。皆言冤愤此时销，必谓妖徒今日死。逡巡走马传声急，又道官军全阵入。大彭小彭相顾忧，二郎四郎抱鞍泣。沉沉数日无消息，必谓军前已衔璧。簸旗掉剑却来归，又道官军悉败绩。
四面从兹多厄束，一斗黄金一斗粟。尚让厨中食木皮，黄巢机上刲人肉。东南断绝无粮道，沟壑渐平人渐少。六军门外倚僵尸，七寨营中填饿殍。长安寂寂今何有？废市荒街麦苗秀。采樵斫尽杏园花，修寨诛残御沟柳。华轩绣毂皆销散，甲第朱门无一半。含元殿上狐兔行，花萼楼前荆棘满。昔时繁盛皆埋没，举目凄凉无故物。内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨！来时晓出城东陌，城外风烟如塞色。路旁时见游奕军，坡下寂无迎送客。霸陵东望人烟绝，树锁骊山金翠灭。大道俱成棘子林，行人夜宿墙匡月。明朝晓至三峰路，百万人家无一户。破落田园但有蒿，摧残竹树皆无主。路旁试问金天神，金天无语愁于人。庙前古柏有残枿，殿上金炉生暗尘。一从狂寇陷中国，天地晦冥风雨黑。案前神水咒不成，壁上阴兵驱不得。闲日徒歆奠飨恩，危时不助神通力。我今愧恧拙为神，且向山中深避匿。寰中箫管不曾闻，筵上牺牲无处觅。旋教魔鬼傍乡村，诛剥生灵过朝夕。妾闻此语愁更愁，天遣时灾非自由。神在山中犹避难，何须责望东诸侯！
前年又出扬震关，举头云际见荆山。如从地府到人间，顿觉时清天地闲。陕州主帅忠且贞，不动干戈唯守城。蒲津主帅能戢兵，千里晏然无犬声。朝携宝货无人问，暮插金钗唯独行。明朝又过新安东，路上乞浆逢一翁。苍苍面带苔藓色，隐隐身藏蓬荻中。问翁本是何乡曲？底事寒天霜露宿？老翁暂起欲陈辞，却坐支颐仰天哭。乡园本贯东畿县，岁岁耕桑临近甸。岁种良田二百廛，年输户税三千万。小姑惯织褐絁袍，中妇能炊红黍饭。千间仓兮万丝箱，黄巢过后犹残半。自从洛下屯师旅，日夜巡兵入村坞。匣中秋水拔青蛇，旗上高风吹白虎。入门下马若旋风，罄室倾囊如卷土。家财既尽骨肉离，今日垂年一身苦。一身苦兮何足嗟，山中更有千万家，朝饥山上寻蓬子，夜宿霜中卧荻花！
妾闻此老伤心语，竟日阑干泪如雨。出门惟见乱枭鸣，更欲东奔何处所？仍闻汴路舟车绝，又道彭门自相杀。野宿徒销战士魂，河津半是冤人血。适闻有客金陵至，见说江南风景异。自从大寇犯中原，戎马不曾生四鄙。诛锄窃盗若神功，惠爱生灵如赤子。城壕固护效金汤，赋税如云送军垒。奈何四海尽滔滔，湛然一境平如砥。避难徒为阙下人，怀安却羡江南鬼。愿君举棹东复东，咏此长歌献相公。
