时溥见尚让来降，乃对尚让说：“识时务者为俊杰，公既然投降朝廷，那就多立战功，将功补过吧。”时溥知道尚让跟随黄巢甚久，于是令其与大将陈景瑜追击黄巢，尚让在莱芜西南发现了黄巢的行踪，于是通知陈景瑜率军赶到，黄巢见朝廷大军到来，退到狼虎谷，双方大战，黄巢大骂尚让叛徒，见身边的将士大部分战死，黄巢计蹙，谓林言说：“我欲讨国奸臣，洗涤朝廷，事成不退，亦误矣。汝若取吾首献天子，可得富贵，毋为他人利。”林言不忍。黄巢乃自刎，没有死，林言仰天长吼，一刀把黄巢的头砍下，把黄存、黄鄴、黄揆、黄钦、黄秉、黄万通、黄思厚，还有黄巢的妻子全部杀死，悉函首，将诣时溥。而太原博野军见黄巢已死，个个争功，杀林言，与黄巢的首级俱上武宁节度使时溥，时溥见黄巢已死，尚让已成丧家之犬没有了利用价值，于是把尚让也杀了，把他的头颅和黄巢的首级传送到长安，僖宗看到黄巢的首级，大喜，诏以其首级献于太庙。
消灭黄巢大军，李克用功居首位，僖宗封李克用为陇西郡王，封时溥为巨鹿郡王，封朱全忠为检校司徒、沛郡侯。朱全忠见时溥出力不多被封王，自己却是封侯，不服，与时溥争功，说：“汝不过是检了个大便宜、走捷径才得到黄巢的首级的，你何德何能封王？”时溥大怒说：“汝不过是个反贼，投靠朝廷才有今天的位置，你有什么资格跟我争功？”朱全忠拔剑大怒说：“你们刀口上见高低。”时溥拔剑，双方将士都拔剑，李克用大怒说：“我等都是为朝廷卖力，皇上封赏我们作为臣子的只有接受的份，不服从皇上的旨意就是反朝廷，谁不服孤立即领兵击之。”朱全忠见李克用和时溥势大，不敢再争功，朱全忠从此和时溥有了嫌隙。徐州小史李师悦得巢伪符玺，上交朝廷，拜湖州刺史。
黄巢从子黄浩率领七千人，为盗江湖间，自号“浪荡军”。天复初，“浪荡军”浪荡到湖南，陷浏阳，杀略甚众。浏阳镇将邓进思杀出重围，回到家乡湘阴，立即招纳壮士，邓家乃当地的强家，早已“阴养死士千人”防乱，黄浩率“浪荡军”一万余人自浏阳入湘阴，邓进思与其弟邓进忠设伏金鸡山，杀黄浩。朝廷进授邓进思岳州刺史，累官紫金光禄大夫，上柱国，录军国重事，中书门下同平章事，赐紫金鱼袋，封武阳关国，邑七百户。
黄巢死，其残兵败将纷纷投靠蔡州秦宗权，秦宗权势力甚张，昭宗假朱全忠都统节以讨贼。李罕之守东都洛阳，被秦宗权领兵来击，李罕之出城挑战，秦宗权大将孙儒飞马而出，李罕之和他大战八十回合，不胜，弃城而向西逃往渑池自保。秦宗权攻城，洛阳城失守，孙儒焚烧宫阙，屠杀居民。诸葛爽带领大军来支援李罕之，孙儒和诸葛爽大战于洛水，秦宗权健将刘建锋和马殷领军逆渡，追斩登岸，诸葛爽大败。孙儒乘胜进围郑州。当时，朱全忠率兵屯中牟，因畏惧孙儒势盛，不敢前进。孙儒部众乘夜登城，郑州刺史李璠出奔，诸葛爽听闻郑州被破，一病而亡，其部将刘经推诸葛爽的儿子诸葛仲方为帅。刘经害怕李罕之不受控制，自己引兵镇守洛阳。李罕之部将李瑭、郭璆二人不和，都想加害对方。李罕之知道很生气，斩杀了郭璆。郭璆的兵士向李罕之发起进攻。刘经乘李罕之内部不和在渑池袭击李罕之。李罕之部队退保乾壕。刘经趁势猛攻，但被李罕之击败。李罕之转守为攻，乘胜追至洛阳。刘经军占据洛阳敬爱寺，李罕之占据洛阳苑中飞龙厩。两军在洛阳城中不断混战，李罕之激励士卒攻打敬爱寺。刘经死守，李罕之部乘风放火，大烧敬爱寺，刘经军士到处奔逃，刘经逃回河阳。
占领洛阳后，李罕之在汜水陈舟、巩县筑营，准备渡河攻打河阳。当时诸葛年幼，军政大权在刘经手上，河阳诸将心中大多不向刘经。刘经派张全义前去抵敌，张全义竟与李罕之结为同盟，调转矛头进攻刘经，河阳部将张言也暗中与李罕之结交；刘经知道了张言的阴谋，准备对张言发起进攻，张言害怕便引兵渡河归附李罕之。李罕之听说张言到来，大喜，与张言、张全义合力攻河阳，李罕之轻兵深入，被刘经击败。李罕之与张言退怀州自保。牛存节对同辈说：“天下汹汹，当择英主事之，以图富贵。”遂归于朱全忠。孙儒听闻河阳内乱，大喜，立即对河桥发起进攻，孙儒攻克河桥，进据河阳，留后诸葛仲方出逃，投奔朱温。孙儒于是自称河阳节度使。朱全忠驻营于河阴，不断出疑兵袭扰，才迫退了孙儒大军。秦宗权啸会逋残，有吞噬四海意。
光启元年二月，秦宗权在蔡州称帝，大封亲信，乃遣弟秦宗言和大将孙儒寇荆南；大将秦诰、赵德諲出山南，攻襄州，陷之，进破东都，围陕州；使秦彦寇淮、肥；秦贤略江南；宗衡乱岳、鄂。秦宗权的大军非常残暴，所至屠老孺，焚屋庐，城府穷为荆莱，自关中薄青、齐，南缭荆、郢，北亘卫、滑，皆尸体满路，至千里无舍烟。惟赵犨保陈，朱全忠保汴，仅自完而已。然秦宗权无霸王计，惟乱是恃，兵出未始转粮，指乡聚说：“啖其人，可饱吾众。”官军追蹑，获盐尸数十车。蔡州秦宗权攻宛丘，陈人惧焉。赵犨恐众心携离，乃于众中扬言说：“忠武素称义勇，淮阳亦谓劲兵，是宜戮力同心，捍御群寇，建功立节，去危就安，诸君宜图之，况吾家食陈禄久矣！今贼众围逼，众寡不均，男子当于死中求生，又何惧也。且死于为国，不犹愈于生而为贼之伍耶！汝但观吾之破贼，敢有异议者斩之！”由是众心靡不踊跃。无何，赵犨开门与贼接战，每战皆捷，贼众益怒。秦宗权于郡北三四里起八仙营，如宫阙之状，又修百司廨署，储蓄山峙，蔡人济以甲胄，军无所阙。凡围陈三百日，大小数百战，虽兵食将尽，陈州然人心益固。赵犨因令间道奉羽书乞师于朱全忠，朱全忠素多犨之勇果，乃许之。四年四月，朱全忠引大军与诸军会于陈之西北，陈人望旗鼓出军纵火，急攻秦宗权寨，贼众大溃，重围遂解。
朱全忠和赵犨虽破陈州之围，但是蔡州叛军势力日盛，招讨军无法取胜。秦贤略宋州及曹州，朱全忠见秦宗权势大，好书约和，秦贤遣张调请分地，自汴以南归之蔡，全忠阴许，而秦贤引兵济汴水，肆意烧杀抢掠，无恶不做。当时朱全忠正在和张调谈判，全忠听说秦贤的恶行，大怒，斩张调而还，怒说：“我出十将，必破此贼。”进与秦贤大战，杀获甚众。秦宗权大怒，令大将出兵十万急攻许州，许州节度使鹿晏弘乞师于朱全忠，朱全忠师未及出，秦宗权已破晏弘，秦宗权进攻郑州，取之。击河桥，遂守河阳，放兵侵汴西鄙、北鄙。
朱全忠壁酸枣，和蔡军大战，朱全忠领大将葛从周和张延寿对蔡军发起攻击，蔡军锐不可挡，朱全忠临阵马踣，蔡军来追甚急，葛从周扶朱全忠上马，步行与蔡军格斗，伤面，矢中于肱，身被数枪，奋命以卫全忠。赖张延寿回马转斗，从周与朱全忠俱免，退军溵水。朱全忠检回一命，乃下令诸将并削职，擢从周、延寿为大校。朱全忠裨校郭言屡将兵与蔡寇战于浚郊，每以少击众，出必胜归。全忠嘉其勇果，谓宾佐说：“言乃吾之虎侯也。”朱全忠见秦宗权势大，乃命郭言董数千人，越河、洛，趋陕、虢，招召丁壮，以实部伍。再派葛从周到山东青州招兵买马。秦宗权屯边村，使秦贤营双丘，侵板桥，大将卢瑭引兵进屯万胜，夹汴水而栅，断汴军粮运，再以张晊在汴北，围困汴京以济师。朱全忠派大将徐怀玉破蔡贼于板桥，收秦宗权八寨，再派大将霍存以三千人夕犯张晊营，破之。霍存复用本部骑兵败秦贤军，杀五千人，连破四寨，尽得其辎重。此时，大将葛从周刚刚平定山东青州，听说卢瑭如此嚣张，立即赶回汴州，对众将士说：“不诛杀卢瑭，不许后退。”于是马不停蹄，人不卸甲，直奔板桥击蔡州兵，朱全忠壮之，出兵相助。汴军攻破卢瑭大营，卢瑭慌不择马，葛从周领军前压，汴军勇不可挡，卢瑭跳水溺死。秦宗权四面大军被破三面，大怒，悉军十五万列三十六屯，逼汴。朱全忠惧，乃拜大将朱珍为淄州刺史，刘捍为监军，令其募兵于淄青。同时向天平军节度使朱宣求救，朱全忠对朱宣书函说：“兄长在上，弟全忠拜上，你我借姓朱，五百年前是一家，秦宗权背叛朝廷，暴戾无情，弟虽拼死抵抗，但兵少将薄，力所不支，兄雄才伟略，猛将如云，恳求帮助。”朱瑄鉴于秦宗权嚣张，唇亡齿寒，于是派自己军中最勇猛的将领堂弟朱瑾为先锋，自己率军五万前去营救。
秦宗权派健将屡次叫阵汴营，朱全忠问：“谁敢出战？”都将李唐宾应声而出，李唐宾和蔡将大战七十回合，不敌，落慌而逃，马踬而坠，蔡将勇猛杀来，敌将眼看就要杀到李唐宾，汴将李思安飞马而出援槊刺追者，李思安一枪将秦宗权的健将刺于马下，李唐宾复其骑而还。秦宗权大将柳行实见状，大怒，出马和李思安战，李思安与其大战五十回合，当阵生擒柳行实而回。蔡军大惧，从此不敢再叫阵。
