毛文龙的东江军大多数都是从河东难民改编，虽然数量庞大，但真正可战之兵只得四五万，其余的都是些屯田军，说白了就是穿着军衣的农民，没有半分战斗力可言。这些屯田军主要分布在朝鲜，如义州、安州、黄州等地耕种朝鲜划出的军田。
对于收容这十几万难民，毛文龙也是迫不得已之事，这些辽东百姓不愿做后金的奴隶离开故土，又身无长物，若不收留他们，恐怕大部分都得饿死异国。把他们编入军队，他们就能耕种朝鲜人划出来的军田，就能有口饭吃。难道那些宁可流离失所也不愿做奴才的大明百姓不值得救济吗？
亲自巡视过东江军力的给事中王梦尹和编修姜曰广，也说东江有兵十六万。可以肯定地说，姜曰广是很清楚这其中的缘故的，毛文龙是不可能有那么多士兵的，但为了那些可怜的难民，十六万是最低的数字了！十六万军队，每年一百二十万两军饷，这已经是很低的了，实际上最后能到毛文龙之手的只得四十万。跟袁崇焕那四百八十万两相比，真是天差地别，没人相信毛真的有那么多军队，再加上朝廷常常拖欠军饷文龙亦常催饷，“朝臣多疑而厌之”。
为了彻底查清楚东江有多少兵，崇祯元年（1628年）四月初四，崇祯派内臣黄中色至东江核查兵数，单单皮岛一地，“逐名点查壮实堪战者三万六千余名”，“云从、铁山、昌城、满浦、獐鹿、长山、石城、广鹿、旅顺诸地，”“各地精壮兵丁者合计十五万余”。可后来袁崇焕死活不肯相信，坚持按二万八千人的编制发军饷，十多万士卒，二万八千人的军饷，你叫东江怎么活？最为讽刺的是，后来袁杀毛之后自己清点东江士卒，也承认东江兵远不止二万八。
户部以为毛文龙虚冒军饷，派员前往核实，意欲裁减军饷。毛文龙上疏皇上，认为这是把皮岛一地兵员作为他辖境诸岛兵员总数，太昧良心。崇祯皇帝也不同意户部这种做法，在给毛文龙的批复中说，毛文龙辖境，辽民避难，屯聚海岛，荷锄是民，受甲即兵，不能与内地一概而论。他鼓励毛文龙乘机奋勇，著有显效，准得以糜饷为借口。
显然，皇帝不赞成以糜费军饷的口实对毛文龙进行钳制，而主张对远在海外孤军奋战的毛文龙采取特殊政策，不妨在军饷方面稍许宽松一点，以激励其奋勇报国之心。何况，毛文龙为了应付皮岛等岛屿以及金州驻军的开支，除了朝廷固定军饷外，还从经商收入中每月拿出白银十万两尽充军饷。因此崇祯皇帝所说“准得以糜饷为借口”是言之有理的。但是，新任督师蓟辽兼登莱天津军务袁崇焕却不如此看问题。
袁崇焕以钦差大臣出镇行边督师，毛文龙毫无疑问在他的节制之下。在离京前，他与内阁辅臣钱龙锡谈到平定辽东事宜时，并不把收复失地摆在首要地位，而是明确主张“先从东江做起”，集中精力对付毛文龙，所采取的基本态度又是非常冷酷的：可用则用之，不可用则杀之。
作为钦差督师的下马威，首先在经济来源上卡住毛文龙，迫使他就范。在这种背景下，他中严海禁：不许登州一船出海，凡运往东江（皮岛）的物资装备，一概由宁远近海的觉华岛（今菊花岛）经由旅顺口转运至东江；而先前由天津所运的粮料，也改由觉华岛起运，必须经督师衙门挂号方许出海。
这一举措不仅控制了毛文龙粮饷装备的供给渠道，而且切断了他海上贸易的命脉，无疑给毛文龙致命一击。崇祯元年（1628年）十月，朝廷欠东江军饷达四十四万之多，后来虽有部分粮饷解至，但仍欠军饷二十万两。到了崇祯二年（1629年）三月，军饷转至宁远转发，军粮每年应“津运十万，所至止满六七万，余俱报以飘没。”军粮只得七成，军饷更没一两解至！士卒“士皆菜色，马匹甲胃器械全无！”
《明史记事本末》有这么一句话：“朝廷大臣视东江为赘疣，屡断饷道！”真是闻者惊心，这个大臣到底是谁？再加之登州禁海，交通贸易往来断绝，东江军士悲愤地说：这是拦喉切我一刀！“拦喉切我一刀”，道出了毛文龙对袁崇焕的看法。崇祯皇帝对此没有表态，他有他的难处。毫无疑问，他是信任毛文龙的，他甚至连毛的天子剑也没有收回。因为他任命袁崇焕为督师时，已经授予他尚方宝剑，可以全权处置蓟辽及登莱天津一切事宜，当然包括东江在内。
在崇祯眼中，毛文龙是一只牵制袁崇焕的棋子，二者的矛盾肯定是有的。毛文龙见皇上没有表态，再上一疏，倾诉他孤撑海外的苦衷：责臣虚冒军饷，是朝臣终于未明，而使臣心终于不白。并非臣冒领军饷贪图金钱，只不过力图恢复辽土。臣一介末弁，孤处天涯，曲直生死唯命是从，岂敢哓哓取憎？实在是文臣误臣，而非臣误国。毛文龙似乎已经预感到将要发生的祸变，所以对皇上慨乎言之：诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私愤，操戈矛于同室——这是他对袁崇焕此番督师的总体评价。
“将江山而快私愤，操戈矛于同室”，看来并非耸人听闻之词，因为毛文龙讲此话时已经离死期不远。事实就是如此。令人费解的是，袁崇焕受命督师辽东，为何不调动一切力量一致对外，而要同室操戈呢？崇祯皇帝只好充当和事佬，因为他已经承诺只要袁崇焕实现“五年复辽”的大计，一切可以便宜从事，朝廷不加掣肘，所以他只得淡淡地答复毛文龙：军中一切事宜，当从长商榷。
这位皇帝无论如何没有料到，时隔不久毛文龙就身首异处，再也无法“从长商榷”了！
党争式谋杀：毛文龙之死
袁崇焕杀毛文龙是有计划有预谋的，他在杀毛之后报告说：“自去年十二月，臣安排已定，文龙有生无死矣！”可见袁崇焕要杀毛文龙早已成为定局。他先前所说“可用则用之，不可用则杀之”，前半句不过是一个幌子。“入其军斩其帅，如古人作手”才是袁崇焕所追求的。进士出身的袁崇焕毕竟比行伍出身的毛文龙工于心计，而且督师的官衔和权力也使他处于主动地位，精心策划了一个圈套，让毛文龙来钻。
为了麻痹毛文龙，他一边凑发十万两军饷，以缓解毛文龙的怨气；一边以面授方略，商议东西夹击的军事计划为名，邀请毛文龙离开皮岛赶赴三岔、旅顺间。据日后袁崇焕自己在《蓟辽督师袁崇焕题本》中声称：“凡此，皆愚之也，（毛）文龙果堕彀中。”对大明忠心耿耿的毛文龙，至死都没有识破督师大人算计他的圈套，还特地赶到宁远去参见袁督师，表示对于顶头上司的礼节。
袁崇焕为何不在宁远自己的地盘将毛文龙擒杀？那是考虑到毛的部下不能亲眼目睹，恐怕激成事变而负隅顽抗，残局反而不好收拾。他决定深入海岛，到穴中擒虎，便与毛文龙约定，在双岛再次会晤，兼带检阅东江官兵。
崇祯二年（1629年）五月二十九日，袁崇焕抵达距旅顺口陆路十八里水路四十里的双岛，次日毛文龙从皮岛赶来，双方拜会与回拜，礼尚往来，丝毫看不出有何异常。
六月初三日，袁崇焕弃舟登上双岛检阅军队，毛文龙率东江将官列队欢迎。次日，毛文龙设宴为督师大人接风。席间，两人密谈至晚间，袁督师要毛帅交出兵权告老还乡，毛帅则反唇相讥，大有此地舍我其谁的意思。
六月五日，袁崇焕在双岛召集毛部将士，犒赏随毛前来的三千五百人。毛文龙进入袁崇焕营帐面谢，袁崇焕要将官们也进来，逐个询问姓名，不料都说姓毛，毛文龙在一旁解释：俱是敝户小孙。
袁崇焕说：“你们那里都姓毛，是出于不得已。这样好汉人人可用，我宁远前线将官有许多俸禄，士兵有许多粮饷，仍然不能温饱，你们海外辛苦，俸禄不足以养家糊口，情实酸痛。你们受本部院一拜。为国家出力，自后不愁无饷。”
这一席话既有同情又有煽惑，不加掩饰地流露了要收拾毛文龙，整编其军队的意思。眼看时机成熟，袁崇焕便单刀直入向毛文龙兴师问罪：本部院与你谈了三日，只道你回头是迟也不迟。那晓得你狼子野心，总是一片欺诳，到底目中无本部院犹可，方今圣天子英武天纵，国法岂容得你！
不容毛文龙申辩，袁崇焕立即当众宣布毛文龙十二条当斩之罪：一、九年以来兵马钱粮不受经略巡抚管核；二、全无战功，却报首功；三、刚愎撒泼，无人臣礼；四、侵盗边海钱粮；五、自开马市，私通外夷；六、亵朝廷名器，树自己爪牙；七、劫赃无算，躬为盗贼；八、好色诲淫；九、拘锢难民，草菅民命；十、交结近侍；十一、掩败为功；十二、开镇八年，不能复辽东寸土。
即使袁崇焕所说全是事实，这十二条中也只有二三条够得上称为罪状，其余各条大多为官场和军队的通病，并非毛文龙所独有，如果以此定“当斩之罪”，那么当斩的官僚、将领多得很，何必非斩毛文龙不可？
况且，毛文龙毕竟有牵制后金军队的功劳，这是令毛文龙和旁观者难以心服口服的，然而此时已经没有讨价还价的余地了。袁崇焕说完十二条罪状之后，面向京城方向请命：“缚文龙，去冠裳！”
一向桀骛不逊的毛文龙岂肯在自己的地盘就范。袁崇焕申斥道：你道本部院是个书生，本部院是朝廷一个首将。尔欺君罔上，冒兵克饷，屠戮辽民，残破高丽，扰登莱，尔罪岂不应死？接着向在场的毛部将士大声说：今日杀了毛文龙，本部院不能恢复全辽以还朝廷，愿试尚方（剑）以偿尔命。毛文龙如此罪恶，尔等以为应杀不应杀？若我屈杀文龙，尔等就来杀我。
其实他早已命随行的参将布置停当，毛部将士已无反抗的可能。众将官相视失色，叩头哀告。毛文龙以为处死他是皇上的旨意，只得求饶：文龙自知死罪，只求恩赦。袁崇焕毫不松口：你不知国法久了，若不杀你，东江一块国土非皇上所有。说罢，朝西叩头请旨：臣今诛文龙，以肃军政，镇将中再有如文龙者，亦以是法诛之。臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣。结果，袁崇焕靠着崇祯皇帝所赐的尚方宝剑，把毛文龙“先斩后奏”了。
