非营利性专业技术企业孵化器要想健康发展，需要解决公益性、非营利性、社会责任与公信度、工作效率等问题。而这些问题的解决，离不开评估机制，需要对非营利性专业技术企业孵化器进行评估和监管。有些评估和监管是在非营利性专业技术企业孵化器内部进行的，有些则是在外部（比如政府）进行的。
1.非营利性专业技术企业孵化器的评估
非营利性专业技术企业孵化器的评估一般包括下列内容：（1）非营利性评估；（2）非营利性专业技术企业孵化器使命与战略规划评估；（3）新创企业评估，包括新创企业的需求评估、新创企业的创新性评估、新创企业的灵活性评估等；（4）孵化项目评估；（5）组织能力评估，包括共同的价值观、管理技能、组织结构、工作人员与志愿者、信息管理系统、领导艺术、资源整合、公共关系等。
非营利性专业技术企业孵化器的评估程序是：
第一，建立评估小组，编制评估计划。这是评估工作的首要步骤。通过这一步骤来选择、确定评估小组的成员，建立评估小组，并编制评估工作计划，明确评估小组的工作安排、进度要求、经费预算等。
第二，确定评估目的。对非营利性专业技术企业孵化器的评估有不同的类型，也有不同的评估角度和相关利益群体，例如，专业技术企业孵化器的管理人员、在孵企业、主要捐赠者、中介组织、行业协会等，但是不论什么角度，也不论哪些相关利益群体，都需要确定明确的评估目的。不同的评估可能目的不同。确定评估目的有助于进一步了解和把握评估工作。确定了明确的评估目的，往往可以达到事半功倍的效果；相反，如果评估目的不明确，那么评估工作就会缺乏明确的方向，既浪费了时间和资源，又不能起到评估应有的作用。
第三，确定评估的重点与关键问题。评估面临的工作很多，但其重要程度是不同的，有些是重点与关键问题，有些只是一般性的或者次要的问题。评估小组需要根据评估目的、评估经费与人员力量、不同利益群体的要求等确定评估的重点与关键问题。
第四，选择评估指标，建立评估指标体系。可以根据评估的内容和目的确定评估指标，建立评估指标体系。
第五，确定评估方法。可以采用的评估方法很多。需要根据评估内容、评估目的、评估时间、评估费用、相关利益群体的要求等确定定性评估与定量评估方法，并把这两种方法结合起来使用。
第六，评估小组收集评估数据，进行实际评估工作。
第七，评估数据的分析与处理。
第八，撰写评估报告。评估报告包括内容提要、报告正文、附录三个部分。
第九，评估报告的提交和应用。评估小组是接受委托进行评估的，委托单位可能是非营利性专业技术企业孵化器，或者是其内部的某一单位，也可能是在孵企业、主要捐赠者、中介组织、行业协会等，评估小组需要按时把评估报告交给评估的委托单位，供委托单位参考、应用，使评估工作真正发挥作用。
2.非营利性专业技术企业孵化器的外部监督管理
除了非营利性专业技术企业孵化器的内部监督管理外，还可以利用不同的手段，通过不同的组织进行非营利性专业技术企业孵化器的外部监督管理。
第一，政府对非营利性专业技术企业孵化器的监督管理。政府是非营利性专业技术企业孵化器的主要投资者和运行资金提供者，有权利、有义务、有责任对非营利性专业技术企业孵化器进行监督管理。实际上，政府是唯一具有法律地位的对非营利性专业技术企业孵化器进行监督管理的部门。政府监督管理是对非营利性专业技术企业孵化器进行监督管理的第一道防线。由于非营利性专业技术企业孵化器与政府在体制上完全独立，政府对非营利性专业技术企业孵化器的监督管理只能依法管理，而不能随意干涉非营利性专业技术企业孵化器的内部运行。政府可以通过法律对非营利性专业技术企业孵化器进行监督管理，包括非营利性专业技术企业孵化器的法律形式和登记程序、非营利性专业技术企业孵化器税收优惠的法律规定、非营利性专业技术企业孵化器个人经济收益限制的法律规定、非营利性专业技术企业孵化器商业活动的法律规定、非营利性专业技术企业孵化器内部运行机制的法律规定等。除了法律管理外，政府对非营利性专业技术企业孵化器还可以进行资格审查认定以及监督非营利性专业技术企业孵化器的运行，以保证非营利性专业技术企业孵化器活动宗旨的公益性、非营利性、内部管理机制的合法性等。政府进行的这种外部监督管理一般是通过对非营利组织提供的各种报告或报表审查来进行的。除了管理监督非营利性专业技术企业孵化器的运行外，政府还对非营利性专业技术企业孵化器通过各种途径参与、引导和利用。这些途径主要是政府代表参与非营利性专业技术企业孵化器的决策机构和决策过程、政府提供资金和项目引导非营利性专业技术企业孵化器的活动和行为、政府对非营利性专业技术企业孵化器提供税收优惠以及制定宏观发展计划、重点计划等引导非营利性专业技术企业孵化器的活动。
第二，独立的第三方评估，即独立的机构接受某一方面（如政府）的委托，对非营利性专业技术企业孵化器进行独立评估，为委托方的决策提供依据。这是对非营利性专业技术企业孵化器进行外部监督管理的第二道防线，也是一种比政府监管更有效的一种监管方式。
第三，通过行业协会进行的不同非营利性专业技术企业孵化器之间的同行互律。这是对非营利性专业技术企业孵化器进行外部监督管理的第三道防线，也是一种比政府监督更为有效、更为主要的监督管理方式。
第四，社会公众对非营利性专业技术企业孵化器的监督管理。这是对非营利性专业技术企业孵化器进行外部监督管理的第四道防线。非营利性专业技术企业孵化器的公益性、志愿性和非营利性等特征决定了社会公众对其比较关注。社会公众希望非营利性专业技术企业孵化器能够按照其宗旨健康发展，真正为社会服务。社会公众对非营利性专业技术企业孵化器的意见和评价可以向非营利性专业技术企业孵化器的理事会反映，也可以向政府有关部门反映，因为政府可以利用资金支持等多种手段对非营利性专业技术企业孵化器施加一定的影响。
第五，新闻媒体的监督。这是对非营利性专业技术企业孵化器进行外部监督管理的第五道防线。社会监督是新闻媒体的非常重要的职能之一，而揭露非营利性专业技术企业孵化器的违规现象特别是失范行为是新闻媒体的一个主要取向。新闻记者具有监督的职业灵感，新闻媒体可以反映社会公众的意见和评价。新闻媒体的普及范围广、影响大，对非营利性专业技术企业孵化器具有很强的威慑作用。实践已经反复证明，新闻媒体的监督是非常有效的监督，也是重要的外部监督形式和手段。
3.非营利性专业技术企业孵化器的内部运行管理
尽管有政府等组织对非营利性专业技术企业孵化器进行外部监督管理，并且对内部运行管理制度也进行了相应的规定，但是这种外部监督管理还是比较宽松的。在这种比较宽松的条件下，非营利性专业技术企业孵化器的内部运行管理模式多种多样。非营利性专业技术企业孵化器需要坚持管理的民主性和科学性两条内部管理的基本原则。民主性原则保证了非营利性专业技术企业孵化器的公益性，科学性原则保证了非营利性专业技术企业孵化器运行的高效性。
非营利性专业技术企业孵化器的内部运行管理模式一般是理事会领导下的组织机构负责人制。非营利性专业技术企业孵化器的组织机构包括非营利性专业技术企业孵化器的理事会、孵化器主任（行政主管）、职员、志愿者、独立签约人等。
非营利性专业技术企业孵化器的内部运行与管理制度是：
第一，理事会是非营利性专业技术企业孵化器的最高决策机构。理事会由不同背景的人员组成，一般要求至少有3人。其职责主要是制定内部章程；选聘、评价或罢免主要负责人；制定非营利性专业技术企业孵化器的整体计划及长远性战略性计划；批准计划和预算；评审计划的运行情况；发展和保持与社区的交往和沟通，保证非营利性专业技术企业孵化器的健康运行等。
第二，非营利性专业技术企业孵化器的负责人———孵化器主任一般由理事会选聘，负责非营利性专业技术企业孵化器的日常工作，对外代表非营利性专业技术企业孵化器开展各种活动。
第三，非营利性专业技术企业孵化器可以自由选聘工作人员，并保证工作人员在业务活动中具有自主性和独立性。
第四，非营利性专业技术企业孵化器的工作人员一般实行合同制。
第五，非营利性专业技术企业孵化器工作人员的收入一般与其创造的效益不直接挂钩，而是以岗位设置的收入为主。要求工作人员完成岗位规定的工作任务。
第六，非营利性专业技术企业孵化器财务管理的主要任务是对非营利性专业技术企业孵化器的收支进行预算和控制。
4.非营利性专业技术企业孵化器监督管理的DADS法
对于非营利性组织的监管，丽贾纳·E·赫兹林格根据证券市场管理的经验，提出了“披露（disclosure）—分析（analysis）—发布（dissemination）—惩罚（sanction）”的监管方法，即DADS法（丽贾纳·E·赫兹林格，威廉·G·鲍恩，2000）。我们把这种方法引入对非营利性专业技术企业孵化器的监督管理之中，提出一种非营利性专业技术企业孵化器监督管理的DADS法。
（1）信息披露。
作为非营利性专业技术企业孵化器，有必要进行信息披露。信息披露的内容包括完整的财务报表、非财务性的量化的效益指标、为在孵企业提供服务的数量和质量、非营利性专业技术企业孵化器中高级职员的报酬等。信息披露应该公开进行，特别应该向政府、主要捐款人报告，并要方便查询。信息披露应该一年至少一次，半年或者一个季度一次更好。非营利性专业技术企业孵化器应该为所披露信息的真实性负责。
（2）信息分析。
对于非营利性专业技术企业孵化器来说，没有像一般企业那样明确的可供广泛使用的衡量和评价标准，不能完全像一般企业那样进行评价和分析，而必须充分考虑其特殊性、复杂性和多样性。对非营利性专业技术企业孵化器披露的信息必须根据非营利性组织和专业技术企业孵化器两个方面的特点，进行全面地分析和研究，以准确把握非营利性专业技术企业孵化器的真实情况。信息分析主要由政府、主要捐款者、分析和研究人员等进行。
（3）信息发布。
非营利性专业技术企业孵化器应该按照规定，定期、按时发布信息，让所有关心非营利性专业技术企业孵化器的单位和个人了解非营利性专业技术企业孵化器的真实情况，并接受社会公众和新闻媒体的监督。
（4）惩罚。
如果非营利性专业技术企业孵化器出现问题，应该受到相应的惩罚。这些问题可能是：偏离非营利性、公益性的宗旨；服务效率低，服务质量差，不能满足在孵企业的需要；管理混乱，贪污或挪用公款，谋取个人私利；欺骗政府、主要捐赠者、社会大众等。出现了这些问题，可能会受到政府有关部门的惩罚，或者受到行业协会等组织的惩罚。惩罚的形式有取消非营利性组织的资格；取消税收优惠；政府减少甚至取消财政支持；捐赠者减少或取消捐赠；失去在孵企业的信任；失去社会公众的信任和支持；对相关个人的经济和法律制裁等。
长期遵循这样的程序，可以对非营利性专业技术企业孵化器起到外部监督管理的作用。
