强迫到迁徙地之后，封闭的地理环境，物产的极度贫乏，再加上行动自由受到限制，都决定了回民经商活动的非可能性。强制的迁徙使西北回族社区逐渐分散，规模缩小，回族的商业贸易遭到破坏，经商的回民被迫迁徙至贫困山区，成为垦荒的农夫。例如，处在丝绸之路上的商业重镇肃州、陇西等地，经过战乱和迁徙后，这里再也找不到回族商人了。这就造成了这些地区经济结构上的单一化，使西北回民长期局限在贫困的小农经济之中，这也是近代这些地区长期贫困的重要根源之一。
“复其古教，禁绝新教”是左宗棠处理陕甘宗教的一项特殊政策。左宗棠在处理复杂的民族问题时，一方面比其他官吏有更高明之处，他注意尊重回族的风俗习惯，反对强制的“同化”政策。另一方面，他又明确提出“所应禁者新教，而老教断无禁革之理”。可见，左宗棠所谓的尊重回族的风俗、宗教信仰，也是以不危害清朝统治为前提条件的。为了防范回族反清，对老教派也施行一定的限制政策。
当回民要求修建清真寺时，他批示说：“回教之建立清真寺，例所不禁。”为了防止以后用于军事，他规定清真寺“高不得过二丈四尺，宽不得逾十丈……墙厚不得过二尺五寸，寺内外不得修建高楼，以示限制”。
左宗棠在镇压陕甘回民时所采取的一系列善后措施，其宗旨就是要用他精心编织的政治、经济、军事的网，将陕甘回民紧紧地捆缚起来，借以换取清朝封建统治在西北的“数十年之安”。这种严厉的歧视、防范、孤立、削弱、限制政策，不仅严重地伤害了回汉人民的民族感情，还严重地破坏了回族经济的内部结构，阻碍了回族传统的商业活动，以至西北地区社会经济文化发展缓慢。
应该说，这些善后安置活动使回族反抗封建统治、维护本民族利益的能力大大减弱。自左宗棠安置陕甘回民后，回族群众虽时有反抗反动统治的运动兴起，如光绪二十一年（1885年）的河湟事变、民国十七年（1928年）马仲英事变、抗日战争中三次西海固回民起义等，但这些都是局部性的，得不到其他地方回族群众的广泛支持和响应，像同治年间的那种全民族性的反抗运动，再也没有出现过。
另外，左宗棠在陕甘地区筹兵、整军、筹饷、筹粮、筹转运过程中，不仅形成了一套行之有效、独具特色的方法，而且也渗透、贯穿着他的民本主义思想。比如，在治军方面，他不仅一贯坚持“精兵”的原则，大力裁汰疲弱，杜绝虚冒，而且反复强调各军必须“恤民”、“爱民”。他在所颁《楚军营制》中对军纪作了具体规定，如不准搬民家门片板料，取用蔬菜、家具平买平卖，不准抢掳民船和践踏百姓禾菜等，还经常申令各军不准强取民粮、擅入民房等等。他在陕甘解决粮饷的过程中，不仅从军事角度，而且从政治角度考虑问题，注意协调军队、地方官府和人民三方面矛盾。他在竭尽心力“裕军食”的同时，反复强调要适当保护农业经营者（包括农民和地主）的利益，使其有余力从事再生产活动。为此，他免除以前强加给人民的一些不合理负担。如派其学生周开锡去甘南，免除粮捐、面捐、草捐等苛杂捐税，地丁钱粮亦由过去折价（随意规定折价而苛征巨款）而改收本色（粮食），并且改定了当、契等税，使以前无法存活的人民能得以喘息，因此“民情大悦”，在政治上收到较好效果。左宗棠在饬令州县官吏代办军粮时规定，地方有向过往军队提供粮食的责任，但这些粮食，州县官吏可以用本应上解省库的地丁正款“照时价采买”，同时又规定，“发粮以后，各军如有现银可领，即领取归款，如无现银发给者，即取该军印资司（藩司）核扣，断不使该州县丝毫赔累”。他还嘱咐下属说：“官与民交涉，总须官肯吃亏，但不可太亏耳”，如若“民情不便，事多窒碍”那就不应施行。由于左宗棠比较注意协调官、军、民三方面的利益，所以这些政策实行起来比较顺利，得以解决前任没有解决的种种难题。
因为陕甘大部分地区不通水运，旱地又“砂迹荒远”，加以人畜稀少，一经兵祸，丧亡流徙，劳力更为缺乏，所以，在转运方面的困难是非常大的。“驮则骡马难供，夫则雇觅不出。”而需要运送的饷银、粮秣和其他各种军需却长年不断，而且数量很大。雍正时，内地往陕甘运送军粮，每石耗运费达30两，十数倍于粮价。同治年间，军队粮饷都欠缺很多，所以官府和各军均用强拉民夫、强征民间车马的办法以解燃眉之急，遂使大批民夫倒毙道途，牲畜亦多被军队扣夺。左宗棠批评这种“倒行逆施”的筹运方法，说它既不合人情，亦悖逆“物理”，必须改弦更张。
为了解决这个问题，左宗棠下令改革陕甘的徭役办法。以前，各州县为支应各种差务，如兵差、粮差、流差等，均强派民间供应车马民夫，名为照粮出车，按亩出费，实则随意苛征强派，军队、地方官和衙门胥吏借此残酷地盘剥人民（包括中小地主），甚至强夺车马，以致“民皆逃役”，更加剧了转运的困难。于是，州县官吏便先期将人民拘禁，届时强令出差，更加闹得天怒人怨。左宗棠遂通令取消流差，将差务限于专运粮、饷、军火、军装四种，并取消了按亩出费的旧规，变通车马征用方法，由营务处统一经营，定明某县、某庄车马若干，拨归某营、某旗，在规定的站段役用，一律“用民价雇办”，而且须在送到规定站段后“照数给还”，如果牲口受伤了，要按规定赔偿费用，如果死了，则要对使用人处以三倍的罚款，强制超过规定路程的，要加罚五倍。这样的措施，使得艰难困苦中的人民少受虐使和损失，愿意留在家园而不再流亡，粮械也能按时运到指定地点。
在这里，左宗棠在关心民众疾苦，爱惜民力，注意恢复发展生产的同时，又残酷地对待敢于起义造反的各族人民，这种矛盾现象深深地植根于中国传统的民本主义思想的两重性之中。民本主义虽是我国传统文化的精华所在，但从秦汉以后，随着我国中央集权、君主专制制度的建立和发展，民本主义被纳入替皇权服务的轨道。这样，爱护“良民”和镇压“乱民”，便构成左宗棠民本主义思想的基本特征。
兵燹之后，左宗棠对甘肃的治理与开发，既是其巩固西北的国防战略的体现，也是其善后政策的延伸。左宗棠深知陕甘问题的复杂性与特殊性，他决计要为西北筹“长治久安”之策：“臣之立意仿汉赵充国，议开屯以省转馈，抚辑以业灾民，且防且剿，且战且耕，不专恃军威为戡定之计。”他以为镇压回民起义与剿办太平军、捻军等“群寇”不同，“陕甘事势与各省情形各别，将欲奠此一方，永弭后患，则固不敢急旦夕之效，而忘远大之规也”。左宗棠的“远大之规”，在眼前而言，就是要搞好善后，虽含有镇压回民起义、镇压回族反抗的意图，但也明白宣示了恢复甘肃社会秩序、发展西北经济、改善各族人民的生产和生存环境的思想；从长远来说，他也试图通过加强对西北的治理与开发，调整好民族关系、巩固西北边防、维持清王朝在西北的统治。左宗棠自出山以来表现出了卓越的政治、军事才干，不怕担风险的无畏精神以及运筹帷幄和统观全局的雄才大略，决胜千里的坚定意志和吃苦耐劳、踏踏实实的实干作风。这一切都表明了，在当时清朝腐败的统治集团中，这个年逾花甲的地主阶级军事家、政治家左宗棠，是在国家多事之秋和危难之时，缓和社会危机、稳定封建统治秩序的不可多得的干练之才。
