1937年卢沟桥事变后，侵华日军大举向我腹地进攻。7月底平津沦陷、华北许多大城市被侵占；8月13日又进攻上海，11月上海失守；继而出动大批飞机狂轰滥炸国民党政府所在的南京，钟山上空弥漫着战争烟云，国民党的要员们，扔下饥寒交迫的民众，纷纷外逃。
一天，地质研究所接到研究院朱家骅代理院长的通知：“现在情况紧急，这个地方全部被南京防空司令部征用。限你们三日内全部迁移，过时则不准出入。”朱家骅命令各研究所负责人，跟蒋介石迁去重庆，如果不去，就停发经费。
1937年12月13日，南京沦陷，1938年10月，广州、武汉失守，国民党政府在武汉没有站住脚，就又仓皇逃到重庆了。当时地质研究所所长李四光、社会研究所所长陶孟和、物理研究所所长丁西林等人，都是一向反对蒋介石，有爱国民主思想的进步学者。他们经常在一起商量：往哪里搬迁呢？李四光提出：“我们南迁，决不听朱家骅的命令，决不跟蒋介石走，我们到广西去。”
李四光和吴燕生（本书作者在重庆大学地质系的尊师）、马振图、张文佑等人，亲自钉箱子，捆行李，托人找了两条帆船，把地质资料运往广西桂林。李四光和家人其他几户家属和地质研究所全体工作人员，分乘这两条船，向长江上游进发。社会研究所、物理研究所的工作人员，乘另外的船只，紧跟在地质研究所船只的后面。
长江江面上，大小船只来往如梭，都是逃难的。那些达官贵人，坐在大轮船的甲等舱里，带着大批金银细软，逃往重庆。侵华日军的飞机不断地在天空盘旋、扫射、扔炸弹，江面上笼罩着烟雾，江水中漂浮着残缺不全的尸体和船板，浪涛里可以看到殷红的斑斑血迹。滚滚的长江，流淌着中国人民的血和泪，倾吐着炎黄子孙的苦和难。
此时此刻，李四光心潮起伏，思绪万千。长江日夜奔流，它必将荡涤一切污泥浊水，日本帝国主义只能猖狂一时，蒋介石阻挡不住历史的滚滚洪流，苦难的中国人民一定会取得最后的胜利。
逆流而上，船只行驶比较困难，再加上逆风天气，更是雪上加霜。行进时有时需要船工到岸上拉纤。这是1937年的11月，天气阴冷，寒风凛冽。李四光看见船工从船上跳下去，趟过一段浅水，倾着身子拉纤，也连忙挽起裤腿，脱了鞋袜，下船来到岸上，背起了纤绳，和船工们一起拉纤。他的学生们看到老师都这样做，也跟着干起来了。李四光默诵着：青山遮不住，毕竟东流去。踏着号子的节奏，手攀着岩石，脚蹬着黄沙，艰难地拉着纤绳，一步一步地前进着。
船到了江西九江，刚刚靠岸，一群国民党的“遭殃军”就蜂拥而来了，他们吆喝着叫李四光等船上的人下船，说是这船被征为军用了。李四光挺身而出，大声地告诉他们：“我们是中央研究院往后方搬家的船，你们不能抢占！”“遭殃军”不予理睬，李四光就上岸给士兵们讲道理，他说道：
“现在国难当头，日本鬼子已经包围了南京，我们科学研究机关，不得不往后方撤退。你们是拿枪杆的军队，理应枪口朝外，对着日本鬼子，保护老百姓。可你们现在拿枪对着我们，你们的良心何在？再说，船上载的都是公家物资，出了差错谁负责任呢？”
这一席话把士兵们说的哑口无言，无法应答。李四光向船工们打手势，赶快拔锚起航。船过武汉，通过长江支流，进入洞庭湖，沿着洞庭湖东岸到了长沙。12月19日，李四光参加了在长沙留芳里4号召开的中国地质学会理事会，还到岳麓山左家陇去拜祭了地质学家丁文江的坟墓（丁文江是1936年1月5日去世的），然后，继续乘船沿湘江到衡阳，再转桂林。
在抗战8年的艰苦岁月里，李四光在桂林度过将近7个春秋。
李四光等人，初到桂林有三大困难，这就是住房、轰炸和经费。最初他们与物理研究所合租了一座两层的楼房，可是不久，就被日本飞机炸坍了一半。1938年6月，只好搬到桂林乐群路四会街12号，李四光亲自设计，在院内盖起了两排木板房，作为办公室和宿舍，他们并在大门口挂上“抗战到底”的大灯笼。
经费少是又一难题，地质研究所不仅办公费少，而且连职工生活也难以维持。李四光生活很清苦，穿的是土布灰色衣服，有一次广西省政府主席黄旭初找他谈话，发现他总是用手捂着膝盖，黄问他，是膝盖疼痛吗？当李四光羞愧地移开手时，原来裤子破了个大口。
地质研究所迁往桂林后，决定以鄂西、湘西和广西的找矿为主要任务，其中对煤、铜、铁等矿种尤为注意。抗战以后，长江一带煤的供应特别困难。因此，他们以最大精力找煤，以便解决这些地区的煤荒，经过一段时间的工作，在鄂西香溪河流域找到了可供开采的数层煤，在广西找到了柳域大埔煤田、罗城小长安煤田，为当地民用、工业用煤作出了可喜的贡献。
这时李四光在地质科研方面也取得了成就，例如建立了广西山字形构造体系，对桂北及大徭山地区的第四纪冰川遗迹进行了详细考察。初夏的一天早晨，李四光晨练时，发现了这山上最佳的景色，就特地让人把大家从睡梦中叫醒。当人们赶到他那里时，只见他微笑着站在高处，向东眺望，原来漓江对岸的石林地带，晨雾如海，正沿着开阔的山谷缓慢向下流动，逐渐与层林炊烟交织在一起，这就是“山谷冰川”的再造图。
1939年6月22日至24日，《武汉日报》连续3天刊登湖北省政府关于临时参议会第一届参议员名单的通知。参议员有45人，临时参议员有23人，石瑛被任命为议长，李四光被任命为副议长，但他从不参加会议。9月19日，在湖北恩施举行第一次大会时，他电函请假，电文说：“因事及交通困难，不能出席”；1940年4月5日，第二次大会召开，通知他说：石瑛议长有病，请您主持会议。这时李四光在重庆刚开完中国地质学会第16次年会。不得已，只好从重庆乘船到巴东，湖北省派一辆烧木炭的汽车接他，他主持了一半会议就考察冰川去了。
9月12日，李四光回桂林后，立即给湖北省政府去电报，请求辞去参议会副议长职务。省政府多方挽留，李四光怎么也不肯再出席会议。
地质研究所迁到桂林之后，李四光几乎每年去重庆参加会议，结束时，蒋介石总要宴请他们，但李四光每次都拒绝参加。有一次，李四光的座位被排在蒋介石的右边，但他仍不出席，蒋问地质学家翁文灏：
“李四光先生怎么没有来？”
“重感冒，发烧。”翁文灏回答。
过了一会儿，蒋又问陶孟和，陶也说：
“李先生病了。”
1971年1月，翁文灏逝世，李四光还一直记得这件事，并十分感激地说：“翁文灏曾救过我一条命。”
由于李四光在国内外的声望高、名气大，蒋介石想拉拢他，曾多次要他出任教育部长、大学校长、驻英国大使等职，都被他拒绝了。
后来有一天，钱昌照突然通知李四光，说是蒋介石要抓他。他把这个消息告诉了夫人许淑彬和身边的几个学生。李四光明白，这是与他一贯反蒋分不开的。大家劝李四光避一避为好。1941年8月4日上午，日本侵略军出动飞机21架，由越南侵入桂林市区狂轰滥炸。广西省政府作出决定，增辟避难岩洞，疏散市区人口。一天，李四光和夫人同地质研究所的同事们一道，坐着一辆卡车出发了。他们带着罗盘、地质锤等，人们一看就知道是去调查地质的。然而，这一天他们夫妻俩，一去未返。他们来到一个僻静、风景优美的架桥岭清平乡往下了。
现在看来，李四光的学术成果很多的原因之一，就是他能随遇而安，刻苦钻研。在僻静乡村中，他既避开了蒋介石的追杀，又避开了日本飞机的轰炸，他仍可埋头工作，整理了不少地质资料，草拟了许多篇论文初稿，其中有《二十年经验之回顾》、《山字形构造之实验和理论研究》等重要著作。
