林肯的当选，对于南部奴隶主的刺激是巨大的，在他们中引起了极大的不满和恐惧。在分离分子眼中，这是分裂联邦的时机。于是南卡罗莱纳州首先“发难”，1860年12月20日，南卡罗莱纳宣布脱离联邦。次年1月，密西西比、佛罗里达、亚拉巴马、佐治亚、路易斯安那等州先后通过了脱离法令。2月，得克萨斯州宣布退出联邦。2月4日，由南卡罗莱纳州牵头，佐治亚、亚拉巴马、密西西比、路易斯安那、佛罗里达和南卡罗莱纳六州的代表，在亚拉巴马州的蒙哥马利市集会。8日，宣布成立“美利坚诸州同盟”，简称“南部同盟”。次日，这些州的42名代表推举杰斐逊·戴维斯为南部同盟的临时总统，亚历山大·斯蒂芬斯为副总统，并通过了一部临时宪法。
南部七州的分离行径，在北部引起的反应是复杂的。共和党激进派坚决主张对南部的叛乱行径进行严厉镇压。1861年1月29日，激进派代表人物撒迪厄斯·史蒂文斯在众议院严正指出，南部诸州的分离是叛国行动，应当严惩不贷。北部自由黑人领袖弗雷德里克·道格拉斯呼吁：“现在已经到了必须用剑、步枪、火药和弹丸去坚决粉碎奴隶主叛乱的时候了，舍此不能保全联邦。”但是北部民主党人对叛乱却抱有同情态度，威廉·加里森、温德尔·菲里普斯等废奴主义者甚至认为，只要让南部脱离就可以解决奴隶制问题。
在这种复杂形势下，1861年3月4日，林肯宣誓就职。在就职演说中他阐述了自己对局势的观点和政策。林肯认为：“从一般法律和宪法的角度来看，各州组成的联邦是永久性的。”“任何一个州都不能单凭自己的动议合法地退出联邦；任何为此通过的决议和法令在法律上都是无效的。”在演说的结尾，他呼吁南部分离分子不要发动内战，他说：“就自然条件来说，我们是不能分离的。我们既不能把各个区域各自搬开，也不能在它们之间筑起一堵不可逾越的城墙。”
就在宣誓就职的同一天，林肯收到了萨姆特要塞联邦驻军司令罗伯特·安德森少校送来的求援信，要塞于3日被南方军队包围。林肯迅速召开了内阁会议，但是7名成员中竟有5名反对救援要塞。同时南部叛乱分子也不断向林肯施压。在这样的情形下，林肯毅然做出决断，下令解救萨姆特要塞。这一消息很快传到蒙哥马利，南部联盟总统杰弗逊·戴维斯召开“内阁”会议，下令进攻萨姆特要塞。4月12日南部军队开始炮击要塞，历时四年的美国内战爆发。
1862年革命立法
随着内战的不断深入和北部的初期失利，为了扭转战局，联邦政府在1862年相继通过了一系列法案。2月25日，众议院通过了禁止使用军队捕捉及引渡逃亡奴隶的法案。3月10日，参议院通过这项法案。4月16日，国会通过在哥伦比亚特区禁止黑人奴隶制的法案。这个法案规定由政府以每人300美元的价格赎买所有奴隶，然后给以自由。
5月20日，林肯签署了著名的《宅地法》。该法案规定：凡身为家长或年满21岁的美国公民，或决定依照美国入籍法的规定填写志愿入籍声明书，同时未曾持械反抗美国政府的人，自1863年1月1日起，只需交纳10美元登记费，即可领得100英亩国有土地；在此土地上耕种5年后，即可领取土地执照而成为所有者。《宅地法》是1862年立法中最具有进步意义的，它的颁布堵塞了奴隶制向西扩张的道路，争取到西部人民对北部的广泛支持，有利于联邦军队在西部战场转入反攻。
《解放宣言》
随着内战形势的变化，1862年3月，林肯提出了逐步有偿解放奴隶的方针。1862年6月，林肯明确表示，解决奴隶制问题的“时刻来到了，它使我感到奴隶制必须死亡，以便国家能够生存”。7月，林肯公开宣称将发表《解放宣言》。由于半岛战役的失利，林肯的这一设想被迫放弃。9月，随着安提塔姆战役胜利的消息传来，林肯获得了发布《解放宣言》的机会。9月22日，林肯在内阁会议上宣读了《初步解放宣言》草稿。9月24日，《初步解放宣言》公布于世。
林肯在《初步解放宣言》中宣布：在未参加叛乱的4个边界州中，将实行逐步地有偿地解放奴隶的措施；自1863年1月1日起，凡仍在叛乱的任何一个州或地区，其境内所有奴隶都应永远获得自由。《初步解放宣言》的发表，在美国反响极为强烈。废奴派领袖威廉·加里森称赞宣言是“一个伟大的历史事 件，……它的重要性和善行也使它产生了深远的影响。”
18 63年l月1日，林肯正式颁发《解放宣言》。北部广大自由黑人更是欢呼雀跃，南部黑人奴隶开始大批逃往北部。南部奴隶主谩骂《解放宣言》是“美国历史上空前的最骇人听闻的政治罪行，最愚蠢的政治错误。”《解放宣言》发表后，广大黑人踊跃参军，战斗热情高昂。一位黑人在群众集会上说：“如果我们不参加战斗，就是背叛了上帝、背叛了祖国、背叛了种族、背叛了我们自己。”到1863年10月，北部 8个州和南部 7个州已建立起58个黑人团，兵力达37482人。他们战斗顽强，成为北部一支勇不可挡的力量。
1864年大选
在战火和硝烟中，1864年总统选举开始了。这次选举受到了政治斗争及战争形势的影响，局面十分复杂。1864年6月，共和党继续提名林肯为总统候选人。由于当时北方战况不佳，加之林肯本人在关于战后南部重建问题上与激进派发生分歧，当时共和党内掀起了反对林肯的浪潮。约翰·福布斯攻击林肯说：“林肯是一个衰弱的总统，他缺乏活力、决心、果敢，由于这些原因，国家受了苦难。”他提出让萨蒙·蔡斯当总统候选人。同时一些 激进派人士也攻击林肯“蓄意侵犯人民的立法权限”，到处鼓动要求重新考虑林肯的候选人资格。共和党的不合给民主党创造了机会。他们进行反战宣传，煽动对黑人的种族仇恨，对林肯大肆诋毁，提名麦克莱伦为总统候选人。形势对林肯极为不利，有人劝林肯以议和进行妥协。但是，林肯否定了这一建议。
随着战局的变化，政治形势变得对林肯有利起来。9月10日，谢尔曼在亚特兰大捷报频传，增强了林肯在竞选中的地位。11月8日，林肯终于再度当选为总统。当选后，林肯立即吁请国会考虑通过宪法第十三条修正案，把解放奴隶的措施以宪法形式确定下来。他在12月的国会咨文说：“在我继续留在目前的地位时，我不打算撤回或修改《解放宣言》，也不会把根据这个宣言或国会的任何法案而获得自由的任何人送回去重新当奴隶。”1865年1月1日，众议院以119票对56票通过宪法修正案。1865年末，第十三条修正案正式生效。奴隶制在美国终于被埋葬了。
黎明陨星
1865年4月，南军统帅罗伯特·李投降后，美国内战结束，其后的第三天，林肯发表了他人生中的最后一次公开演说。在演说中林肯重申了对南部重建问题的意见和政策，提出南部只要有10%的白人举行忠诚宣誓并组成州政府，即可重新加入联邦。林肯拒绝逮捕内战元凶戴维斯及其内阁成员，并主张不迫害或杀害过去的敌人。
然而林肯的宽容大度并没有赢得南部奴隶主的欢心，他们对林肯的仇恨在不断加强。1865年4月14日，林肯召开了最后一次内阁会议，决定取消对南部的封锁。当晚，他偕夫人来到福特剧院，参加庆祝胜利的晚会。就在林肯在包厢观看演出时，一个顽固支持南部的演员约翰·威尔克斯·布思混进了包厢，在背后开枪射击林肯。翌晨，林肯与世长辞。
林肯逝世后，150万人瞻仰了他的遗容，自动出来致哀的人达700多万。许多国家的进步人士纷纷举行哀悼仪式，发表演讲和宣言，表达对林肯的敬仰和怀念。林肯受到如此广泛的崇敬与赞美，当之无愧。他领导美国人民进行了一场维护进步与统一的斗争，推动了美国社会的发展。他坚持奉行一切人生而平等的原则，倡导“民有、民治、民享”，其思想闪烁着资产阶级民主主义的光辉。他坚定不移地反对奴隶制，《解放宣言》这一废除奴隶制的历史文献，已永远同林肯的名字联在一起了。
