同治三年秋，清廷又改派汉官杨岳斌为陕甘总督，以汉官李季高为宁夏镇总兵，调穆图善、庆昀、刘蓉、都兴阿、常升、杜戛尔等将，率30000清军同3000蒙古骑兵，再度对回民军发动攻势。《清实录》同治三年八月癸酉（1864年9月5日）：又宁郡迤南之纳家闸、王家团庄两处为逆首纳万镒占踞，与郡城为掎角之助。拟派团首入山招集数百人，凑合官军共千名以上，即由常升统带，先将纳家闸之贼与郡城划而为二等语杜嘎尔之军渡河后，五战皆捷，并克宝丰县城，北路援兵军威丕振，该将军等拟先攻郡南之纳家闸贼巢，亦牵掣贼势……
《清实录》同治三年八月甲申（1864年9月16日）：庆昀即知照常升，在纳家闸一带择要屯扎，牵掣贼势，以通南堡运道。在清军猛烈攻击下，回民军处于敌众我寡之势。《清实录》同治三年九月己亥（1864年10月1日）：宁夏将军庆昀奏：移营纳家闸迤西，分拨兵勇扼要扎营，以分贼势而通粮道。
《清实录》同治三年九月辛丑（1864年10月3日）：庆昀仍当督饬将弁固守宁夏城池，并着知照进规纳家闸之常升一军，务须严密稳固，并随时侦探，期与都兴阿所派之兵遥为声援，一俟杜嘎尔一军逐渐南趋，声势可以联络，即着合力夹击，以竟全功。
期间，平凉、固原、同心等地回民军约万人相继败退到宁夏北部川区，分别驻到金积堡、王疃庄、纳家闸以及银川、灵州等地。当时王疃庄、纳家闸积粮甚多，两地为退入川区的回民军解决了军需之急。
《清实录》同治三年八月甲申（1864年9月16日）：庆昀另片奏，近日侦探平固败贼入金积堡，为马化挑选收集，次入纳家闸、王家团庄以及郡城等处，已麇聚六七千名，并闻郡城中有西、同两府投来入伙之贼。此等匪徒聚集多人，必图大逞。
同治五年（1866年），在宁夏回民反清斗争的第二次抚局期间，占据宁夏达两年之久的宁夏府城回军首领马万选向清军将领都兴阿投诚，并于十二月初三将回民军首领、千总纳万有杀害。马万选命全部回军退出府城，移住纳家闸。
《清实录》同治五年正月癸亥（1866年2月17日）：回目马万选等恳请投诚，经都兴阿会同穆图善批准，勒限献城缴械。据穆图善奏称，该回众于十二月初二日俱已遵批将城池圩卡全行撤空，各堡回人俱移往纳家闸一带，缴出枪炮刀矛多件，并陆续呈缴银米，将倡乱之千总纳万有送营正法。
不料，清军入城后，对受抚军民大杀两天，使府城3000多军民人头落地，竟将投书立保的11名回民首要人物杀害，连马万选等人也未能幸免：
兹据穆图善奏，都兴阿于十五日卯刻，派员提拔该将军所部队伍，并将递禀之回目保立等悉行诛戮；是日酉刻，兵勇又复入城焚烧杀掠，提督黄金山等弹压不从，宁夏城内火光冲天，居民烧毙者无数，并将已缴银米抢掠殆尽等语。
同治八年（1869年）九月二十九日，刘松山在灵州一带屠杀回族军民一万数千之多，因而激起宁、灵地区回民再度反抗。马化龙一反就抚，派骑兵5000人反攻陕甘重镇柠条梁，并出兵重打灵州。灵州回民军参将铁秉忠和陕西回民军首领马和、马生彦、白彦虎等合为一军，攻入灵州。马化龙命平罗上下18堡回民军，集中于通贵、通昌、纳家闸、王疃庄、王元桥等地，共1万余人，在首领纳万源、纳万邦率领下，第二次进攻宁夏府城。同年十月四日，清将金顺派常福率马队由平罗驰援宁夏府城，围攻陕西回民军，回民军退至王泰堡、王弘堡一带。
同治八年（1869年）十月，清将金顺、张曜率兵5000人进攻纳家闸、王疃庄。回民军首领纳万源、王三春会同陕西部分回民军1万余人，在杨和堡四周增设卡垒，坚守阵地。清军进攻多次受挫，清军副都统贵升、参将何维恺被打死。《清实录》，同治八年十月丁巳（1869年11月22日）：金顺奏官军会剿迭胜、踏毁贼垒一折。纳家闸踞逆见渠坝上修筑炮台，纠众直扑工所，王家疃庄亦出贼来袭，经金顺等会派杨春祥各军击败，追至纳家闸壕边，王连三、常福等亦将王家疃庄之贼击退。逆首纳万沅、王三春勾合陕回于杨和堡修扎垒卡，杨春祥等分投压剿，毙贼甚多，该处新筑四垒均经官军蹋毁。其分扰渠西及卫队营迤东各贼，复经何维恺等追杀直抵纳家闸东门。现贼众均集于纳、王两庄，金顺等拟进扎杨和堡一带以图进取，着即会同张曜督饬各队将渠坝炮台赶紧筑成，一面抽拨东面各营乘胜合围，以收聚歼之效。
在清军的合围下，纳家闸的情势日渐窘促。同年十一月，清军逮获回民军首领纳玉溃，令其交出军械马匹、捆献党羽。
纳家闸是什么时候被攻破的？具体情势如何？这个问题似乎有讨论的必要。
一，关于时间。《清实录》，同治十年五月壬寅（1871年6月30日）：以甘肃攻破纳家闸回巢、宁夏两岸肃清，将军金顺、定安、提督张曜得旨嘉奖。
当时是同治十年五月壬寅（1871年6月30日）。但这个时间是金顺、定安、张曜一伙人得旨嘉奖的时间。纳家闸被攻破，应该还要早。我们在纳家户的访问中，也没有得到明确的口碑传说。但纳家户清真寺每年举行的“亡人节”引起了我们的注意，时间是农历三月二十八日。对此“亡人节”的来历，口碑传说很模糊。是否即为纳家寨被攻破的时间，是可以加以考虑的。
二，关于具体的情势。《永宁县军事志》《永宁县志》中有完全相同的一段叙述：纳家闸凭借城墙、护城河、马四寨、王家烧坊、油坊等垒卡和通向王疃庄的秘密地道，加上先后投来的义军总共不足2万人，从1869年11月6日至1871年4月1日，整整坚守了１年零5个月，清军围攻纳家闸、王疃庄，先后共阵亡将士500余人，杀害回民和义军9000余人。当清军攻破纳家闸这座最后一个回民义军据点时，里面不足2000人，且多是妇女、儿童和老人。义军伤员、妇女为节粮饷士，鼓励士气，多持刀悲壮自刎。最后寨内粮尽弹绝，几百名老少在首领纳万源、纳万邦、王三春率领下，于清军登梯上寨之际，高念《古兰经》：“以时光盟誓，一切人确是在亏折之中，惟信道而且行善，并以真理相劝，以坚忍相勉的人则不然……”
念完清真言，他们便放火烧寨，人寨同归于尽。义军纵火自焚的悲壮情景，催人泪下。清军用洋枪洋炮逼使回民义军就抚，没想到会是这种结果。左宗棠说：“这些人宁死不降，纵火自焚的信念由何而来？”
清军在攻破纳家闸之后逼迫回族百姓走上如此惨烈的道路，这当然是可能的。但这一材料从何而来？我们反复翻检史料，没有找到与此相似的记录。倒是一份调研材料提供了与此不同的说法：当时镇压回民起义的头领张跃（按：应为张曜），下令要将纳家户16岁以上、60岁以下的人全部杀掉，纳玉寿挺身而出前去讲理，请求按参战和未参战区别对待。结果，一千多纳家户子弟从刀下留了下来。
比较而言，这可能是一个接近事实的说法。如按《永宁县志》所载，当时纳家户只留下几户人，今天纳家户仅纳姓回族就有869户4000多人，其中还不包括这些年来迁移出去的人口。从1871年至今，不过140多年的时间，从几户人增长到目前这个水平，这是难以理解的。因此，在史料阙如的情况下，我们不便采取这种具有想象成分的说法。
