宣和二年（1120）十月，方腊召集教徒一百余人在漆园聚义，在饮酒数行以后，他站起来对大家说：“天下国家，本同一理。今有子弟耕织，终岁劳苦，少有粟帛，父兄悉取而靡荡之，稍不如意，则鞭笞酷虐，至死弗恤。于汝甘乎？”大家齐声说：“不能！”方腊说：“靡荡之余，又悉举而奉之仇雠，仇雠赖我之资益以富实，反见侵侮，则使子弟应之，子弟力弗能支，则谴责无所不至。
然岁奉仇雠之物，初不以侵侮废也。于汝甘乎？”大家又齐声说：“安有此理！”方腊涕泣道：“今赋役繁重，官吏侵渔，农桑不足以供应，吾侪所赖为命者，漆楮竹木耳，又悉科取，无锱铢遗。夫天生烝民，树之司牧，本以养民也，乃暴虐如是，天人之心，能无愠乎？且声色、狗马、土木、祷祠、甲兵、花石糜费之外，岁赂西北二敌银绢以百万计，皆吾东南赤子膏血也。二虏得此益轻中国，岁岁侵扰不已，朝廷奉之不敢废，宰相以为安边之长策也。独吾民终岁勤动，妻子冻馁，求一日饱食不可得。诸君以为何如？”教徒们愤愤地说：“惟命！”最后，方腊向大家提出了这次起义的战略方针：“我但划江而守，轻徭薄赋，以宽民力，四方孰不敛衽来朝，十年之间，终当混一矣。不然，徒死于贪吏耳。诸君其筹之。”众皆道：“善！”
漆园誓师以后，方腊自号“圣公”，建元“永乐”，设置官署将帅，正式宣布起义。方腊率起义军千余人，以诛朱勔为名，攻打地方官府。息坑一战，起义军大败赶来围剿的五千官军，占领了青溪县城，“数日，有众十万”。接着，又攻下睦州（浙江建德）、歙州（安徽歙县）、处州（浙江丽水）等地。十二月二十九日，占领杭州，并进而攻到秀州（浙江嘉兴）及信州（江西上饶）。起义军在三个月时间里，共占领六州五十二县，队伍扩大到上百万。兰溪（今属浙江）灵山朱言、吴邦，剡县（浙江嵊州）仇道人，仙居（今属浙江）吕师囊，方岩山（在浙江永康东）陈十四，苏州石生，归安（浙江湖州）陆行儿都起兵响应，于是四方大震。
当年十二月，宋徽宗接到方腊起义军接近杭州的消息之后，惊恐万状，立即派知枢密院事童贯为江、浙、淮南等路宣抚使，带领大批宋军南下镇压起义军。童贯一到江南，就命部属董耘权作徽宗手诏，称为御笔，罢花石纲以安人心。徽宗也下诏免去朱勔父子及弟侄的官职，企图瓦解起义军的斗志。
方腊原来计划在占领杭州后，继续北上，夺取江宁（南京），然后“划江而守”。不料宋军于宣和三年正月就渡过长江，速度之快，前所未有，大大出于方腊的意外。起义军在抢占长江天险的计划受挫后，便转而南下攻占婺（浙江金华）、衢（浙江衢州）两州。三月，杭州失守。接着，衢、婺、睦、歙等州也被官军夺回。四月中旬，起义军退回青溪县帮源洞。接着，官军在方庚的引导下，蜂拥攻入青溪县，起义军展开了英勇的抵抗，短短数天时间就有七万余人战死。四月二十六日，方腊与其他一些起义军将领在邦源洞东北的石涧中被俘，后被童贯解往开封惨遭杀害。方腊起义军主力失败后，余部向浙东转移，坚持战斗，直到当年八月，浙东起义军才最后被镇压下去。
北宋官军在镇压方腊起义的过程中，不论是对起义军战士还是普通百姓都进行了大规模的血腥屠杀，据史籍记载，起义军被杀的达百余万，平民被杀不下二百万，使那里的社会经济和人民生命财产遭到极其严重的摧残，“江南由是凋瘵，不复昔日之十一矣”。可是，徽宗并没有从这次起义中汲取教训，他在俘获方腊后不久，就下诏恢复了应奉局。对此，甚至童贯也觉得过分，对徽宗叹道：“东南人家饭锅子未稳在，复作此耶？”徽宗听后大怒，虽以童贯镇压起义有功迁为太师，但立即命他致仕，权作手诏罢“花石纲”的董耘也由是得罪。那些被方腊起义军赶走的州郡官吏，包括朱勔在内一度被罢去的贪官污吏，这时都官复原职，变本加厉地对农民进行残酷的剥削和压迫。徽宗末年政治上的腐朽已达到这种不可救药的地步，后人皆以为是蔡京等“六贼”之故，事实表明，徽宗应当负最主要的责任。
2.宋江起义
在方腊起义的前一二年，宋江领导的起义军已活跃于河北、京东、淮南各地。他们打出“劫富济贫”旗号，杀官吏、除恶霸，把没收来的财产分给贫苦农民，得到广大群众的支持和拥护，迫使宋徽宗于宣和元年（1119）十二月下诏“招抚在山东盗宋江”，但起义军拒绝接受招安，继续坚持战斗。
宋江起义军的人数虽不多，但战斗力却特别强，并以流动作战的方式，与官军周旋，以少胜多，屡次将他们打得大败。据当时官员侯蒙奏称：“宋江以三十六人横行河朔、京东，官军数万，无敢抗者，其才必过人。”为此，他向朝廷献策道：“不若赦过招降，使讨方腊以自赎，或足以平东南之乱。”徽宗立即任命侯蒙知东平府，具体负责招安事宜，但未赴任而卒。按梁山泊在东平府（山东东平）境内，当时湖面宽阔，荷芰遍布，湖汊纵横曲折，足以成为易守难攻的水上据点。加之杨戬、梁师成等在北方大肆搜刮“公田”，规定梁山泊渔民进入泊中捕鱼、采菱荷都必须按船舶大小缴纳重税，使当地渔民和农民失去了生计，对统治者非常仇恨，因而农民起义有一定的群众基础。《水浒传》中所描写的宋江等人在梁山泊安营扎寨，与官军周旋，实际坚持时间虽不长，但当确有其事。后来，起义军或许是为了求发展，或许是为了打破官军围剿，遂转战南下，途经沂州（山东临沂）时，因麻痹轻敌，遭到沂州知州蒋圆的袭击，损失不小，乃“北走龟蒙间”。宣和三年初，宋江起义军集结力量再次南下，进入淮南楚州（江苏淮安）一带。二月，起义军在海州（江苏连云港）遭到知州张叔夜的袭击，包括宋江在内的一部分起义军向张叔夜投降，宋江起义至此彻底失败。
以往，对于宋江有无投降朝廷之事，史学界争论相当激烈。尽管《宋史·张叔夜传》有如下记载：宋江起河朔，转略十郡，官军莫敢撄其锋，声言将至。叔夜使间者觇所向，贼径趋海濒，劫巨舟十余，载卤获。于是募死士得千人，设伏近城，而出轻兵距海，诱之战。先匿壮卒海旁，伺兵合，举火焚其舟。贼闻之，皆无斗志，伏兵乘之，擒其副贼，江乃降。
《东都事略·张叔夜传》所载与以上引文同。又，《宋史·徽宗四》也有“淮南盗宋江等犯淮阳军”，“命知州张叔夜招降之”的记载。但有学者对此宋江是否为彼宋江却始终表示怀疑。后来，人们从“靖康之变”中殉难的官员李若水所作《捕盗偶成》一诗中，终于找到了宋江接受招安而投降的确凿证据。
该诗云：去年宋江起山东，白昼横弋犯城郭。杀人纷纷翦草如，九重闻之惨不乐。大书黄纸飞敕来，三十六人同拜爵。狞卒肥骖意气骄，士女骈观犹骇愕。今年杨江起河北，战阵规绳视前作。嗷嗷赤子阴有言，又愿官家早招却。我闻官职要与贤，辄啖此曹无乃错。招降况亦非上策，政诱潜凶嗣为虐。不如下诏省科徭，彼自归来守条约。小臣无路扪髙天，安得狂词裨庙略。看来宋江等人确实是投降了。但接下来又出现了另一个争论，就是宋江投降后是否去打方腊的问题。从宋代有关史籍的记载来看，宋江打方腊也是一个不争的事实。以往，人们对农民起义拔之太高，对于这种结局似乎难以理解和接受，实际上它完全符合事物发展的逻辑。在中国封建社会里，除朱元璋等极少数人在农民起义中个人获得“成功”以外（但并非起义农民的胜利），绝大多数农民起义的最终结局，要么遭到镇压，要么接受“招安”，绝无胜利之可能。起义领导者一旦被“招安”，便成了统治阶级的鹰犬，奉命镇压别的农民起义，就成为很自然之事。至于宋江打方腊后是否“复叛”，抑或重新遭到统治者的屠杀，因缺乏史料佐证，尚不能作出确切的论断。
宋江起义和方腊起义虽然先后遭到失败，但是残酷的封建剥削和压迫依然存在，阶级矛盾始终没有缓和，因而小规模的农民起义和民变仍不断发生。待金兵南侵时，各地农民起义军大都成了抗金民间武装，走上了民族战争的战场。
