对于高迎祥的狂傲，朱由校并没有放在心上，安抚完朱常洵的王妃邹氏及世子朱由崧后，他秘密召见了一直潜伏在西北的戚报国。原来朱由校早就安排锦衣卫四处打探李自成、李岩、张献忠等人的下落，如今叛军虽然声势浩大，却也给了朝廷将他们一网打尽的机会。
戚报国此番入京喜忧参半，谨慎的说道：
“臣奉旨打探李自成、张献忠的下落，终于在甘肃境内找到了李自成，此人外号枣儿，在甘州府参将王国手下做把总，因作战勇敢很得士兵的拥戴，颇有一定的威望。高迎祥举事后，他很快便加入到叛军当中，目前已经成为闯贼的心腹骨干。
张献忠外号黄虎，原在延绥镇当一名边兵，此人生性刚烈，爱打抱不平，因此得罪了不少军官，后来便跟随宣大总督董汉儒到汉中平叛，颇有战功，现任游击。现在他就在宫外候旨，陛下是否召见？”
一想到李自成、张献忠这两个败类，朱由校就气不打一处来，一个贪恋女色，一个贪图财富，都是祸国殃民的刽子手。要不是他们的叛乱，汉人不至于让满清入关，将万里河山拱手相让，将中华民族带入万劫不复的灾难之中。
戚报国见皇帝脸色阴晴不定，以为对自己的差事不满意，慌忙下跪请罪。朱由校赶紧收了思绪，笑着说道：
“报国何罪之有，你在西北办事辛苦，结果也让朕非常满意。你的伯兄祚国袭得少保的爵位，升任济南府掌印都司；仲兄昌国封为武忠侯，任职兵部侍郎、九门提督，负责京师的治安；季弟兴国封为孝忠侯，统领朕的羽林卫队。
戚家世代忠于朝廷，朕已属意你为协忠侯，不过眼下你先去长崎投奔南居益，在日本建立功勋后再名正言顺的受封。至于张献忠，你先将他押到诏狱，稍后朕会亲自过去一趟。”
戚报国在西北蛰伏三年早已是满脸的风霜，能得到皇帝的体谅本已宽慰，闻听皇帝要封他为协忠侯，一时激动的汗毛直立，他终没有辜负戚少保的英名。对于朱由校的安排，他没做片刻的迟疑，当即命人将张献忠五花大绑的捆到牢房，先是用流水的刑具招呼一通，然后等着小皇帝的到来。
朱由校忙完后已是丑时，他连夜前往诏狱，看到张献忠后就是一顿皮鞭伺候，打的他浑身皮开肉绽。此时张献忠还是明朝的一名游击，浑然不知自己犯了什么罪，除了求饶竟也无话可说。为了让他死的明白，朱由校伏在耳边轻声说道：
“在朕看来你和甘州把总李自成一个德行，早晚会起兵反抗朝廷，与其让你们祸国殃民，不如现在就送你去阎王爷那里报道。”
说完朱由校接过戚报国的佩剑，狠狠的在他身上刺了几个窟窿，瞬时血如泉涌，躺在地上一动不动。朱由校上前踢了两脚，又补了几刀才作罢，冲着张献忠的尸体啐了口唾沫后骂道：
“民族败类！”
对于朱由校的愤怒，在场的人完全不明就里，他们搞不懂小皇帝为何会亲手处决一位下级军官。此事朱由校也不便解释，他下一步的打算是诱使高迎祥的叛军进入河北境内，然后设下包围圈活捉李自成。
太行山下，高迎祥意气风发。攻克汉中、洛阳等大城市后，他摇身一变成为闯王，决定集结所有兵力直捣顺德、真定两镇，进而逼近京师。初入河北的叛军连战连捷，这让高迎祥非常骄狂，他以为明军的主力全部调往南京和日本，此时他就是陆战之王。
当然他什么也不是，唯一的价值就是帮助大明精英刷经验。此时留守京师的戚昌国早已率领一支皇家陆军前往保定，与黄得功率领的陆军军官学院的将士们汇合，一同前往真定阻击叛军。同时西北总督卢象升和宣大总督董汉儒的大军也收复洛阳，沿着叛军的路线尾随到了河北境内。
高迎祥本来抱着必胜的信念命令部下发起冲锋，没想到刚一交手便胜负立判，这些只知道打家劫舍的土匪哪里是皇家陆军的对手，在天启大炮和击发枪的火力压制下，交战呈现一边倒的局面。面对明军碾压式的推进，不到两天的时间叛军就已全线崩溃，高迎祥死于混战中后，李自成连夜带着他的女人和金银财宝往太行山逃跑。
对于明军的围追堵截，李自成果断命令部下放弃抵抗，一面派人商谈投降来迷惑卢象升等人，一面马不停蹄的往西逃窜。若是在平时卢象升肯定会信以为真，毕竟不战而屈人之兵是将军的最高境界，但是朱由校已经给他发了一道密诏，告诫他要提防叛军的诈降，不活捉李自成决不罢休，另外还允许他越境追捕叛军。
卢象升看完这封密诏后仰天长叹一声，心里对小皇帝的敬佩简直是五体投地，对于叛军的投降他本来犹豫不决，此时如醍醐灌顶，对李自成恨得咬牙切齿。自打明朝西征以后，朝廷在西北设置吐鲁番、青海、宁夏三个新的布政使，连同甘肃共同划设西北四省总督，此时正是他在这里大有作为的时机。
汉中的瑞王被灭门后，他每日如坐针毡，山西虽然是宣大总督董汉儒的地盘，但此时他握有越境指挥的特权，当仁不让的命令西北军潜入太行山脉，想亲手活捉这些贼首后前往南京负荆请罪。可是董汉儒也面临同样的难题，李自成炖的那锅福禄汤早已让他声名在外，不将他们碎尸万段难解他心头之恨。
两人争持不下，各不相让，西北军和秦兵见长官如此，自然也是较着劲的追赶叛军。如此一来可就苦了一心想喘口气的李自成，等到朝廷发下海捕的文书，悬赏重金捉拿叛军首领，罗汝才、李岩等人相继落网，通过他们的供述很快找到了李自成的藏身之所，一同押解到南京后凌迟处死。
这场本该愈演愈烈的农民起义，因被朱由校剧透而提前结束，同时他命魏忠贤立即停止在西北四省摊派军饷，并安排卢象升和董汉儒开仓放粮赈济灾民，很快便控制住了灾情。至此他已经完全没有了后顾之忧，不但李自成、张献忠这样的大恶人伏法，而且瑞王、福王的惨案让其他藩王如惊弓之鸟，纷纷请求皇帝调拨羽林护卫他们的安全，作为回报他们愿意舍弃俸禄和部分封地。
