在刘牢之和猛人刘裕的追击下，孙恩第二次遁入海岛。
朝廷里那一帮脑子里装满浆糊的官员以为乱事已平，举杯相庆。安帝授命谢琰为会稽内史，刘牢之班师，仍旧在江北布防。
谢琰，东晋名相谢安次子。在中国历史上，谢安是有数的几个名臣之一，淝水一战，运筹帷幄，力拒苻坚雄兵百万，才使得东晋朝廷偏安江东百余年。就是这么一个雄才大略的人，却生了几个长着草包脑袋的儿子，很不幸，谢琰就是其中之一。史载其“无绥抚之能，而不为武备”，并放言：“苻坚百万，尚送死淮南，况孙恩奔衄归海，何能复出”。他不知道，拒苻坚，统帅是他老爹，拒孙恩，统帅则换成了他，而他身上，没有继承到一点谢安的优秀基因。
孙恩不是蠢人，谢琰有多大的能耐他看得清清楚楚，于是，隆安四年（公元400年）五月，孙恩再次登陆，攻打州郡。攻余姚，破上虞，抵山阴县北之邢浦。等孙恩过来的时候，谢琰又大言：“灭此寇而后食。”刚开始晋军还能打一阵，但晋军后告不利，谢琰退至千秋亭，被帐下都督张猛所杀，执头降孙恩。
临海失守，
山阴告急，宁朔将军高雅之大败，
……
接着，孙恩军推进得非常顺利。
会稽失守，
东晋朝廷大震。
刘牢之再次被征调，统帅北府兵，都督浙东五郡兵民对孙恩军反扑，当然，他没有忘记猛人刘裕，任命刘裕戍守句章。
句章，大致在今浙江宁波市慈溪地区。当时的句章城很小，能上阵打仗的战士还不足百人，就是在这种情形下，刘裕面对气势汹汹的孙恩军，仍然毫不畏惧，常常是孙恩军一到，不管是正在吃饭，还是正在睡觉，刘裕总能在第一时间来到阵前，“披坚执锐，为士卒先”。
一路顺利的孙恩军，在刘牢之和刘裕面前没讨到一点好处，连续失败，眼看战事不利，孙恩第三次退入海岛。
那时候的东晋，陆军还有北府军和一干猛人撑腰，海军则纯粹是摆设，空军，不好意思，还没有那个概念。孙恩逃往海岛后，那些平时在陆地上打惯了的猛人，也只能干瞪眼，这其中也包括刘裕。
隆安五年（公元401年）二月，孙恩再次登陆，这次目标很明确——句章。
“刘裕，你屡次害了我的好事，没有你，我早就打到建康了，为了我的大业，我必须拔掉你这颗钉子。”
“来吧，孙恩，我要让你知道，句章，绝对是你越不过去的坎。”
最后的胜利者，当然还是刘裕。在句章城下，孙恩继续被打得没了脾气。刘牢之很快又带兵增援，同年三月，孙恩第四次遁入海岛。
没过多久，老油条孙恩再次登陆，攻海盐，这儿仍然是刘裕的范围。刘裕在海盐筑城，阻击孙恩军。孙恩军日夜不停的攻城，刘裕见城内兵力太少，再次发扬了他赌徒的特性，以小博大，才是最让人刺激的赌法。
他挑选了几百敢死队，都脱去甲胄，手持短兵器，呐喊着冲出城门，向孙恩军猛冲过去。说白了，孙恩军就是一群无组织，无纪律的乱民，看到这一群亡命之徒来势凶猛，哪还有战斗力可言，大家惊恐异常，纷纷逃跑，刘裕率领敢死队乘势追击，大胜。
虽然获得了胜利，但是刘裕也不是没脑子的人，他很明白，双方实力悬殊，这样的突袭只能获取一时胜利，对方的实力依然远远超过他。这时候，他玩了一把空城计。
刘裕乘夜偃旗息鼓，将精兵埋伏在城内，只留几个老弱残兵在城上。第二天天明，孙恩军发现城上旗帜全无，城门大开，以为刘裕已经撤退了，就直逼城下，问城上留守的士兵询问刘裕的去向，士兵回答：已经乘夜撤退了。
孙恩军大喜，纷纷拥入城内，全不防备。刘裕待对方入城后，突然率领伏兵杀出，并随即关上城门，孙恩军进退无路，除了被杀死很多以外，还有许多人自相践踏而死，大败。
孙恩再次被打得没了脾气，以打不起躲得起，不跟刘裕玩的战术绕过海盐，北上沪渎（今上海吴淞江），沿长江西进。六月，抵京口，逼近建康。
首都危急，东晋朝野一片混乱，当权者吓得直烧香求神，求神灵保佑。刘牢之所统帅的北府精兵驻扎在山阴，未能截击到孙恩。只能派刘裕前往增援，而东晋朝野，也把发生奇迹的希望寄托到刘裕身上。这样好的机会，刘裕怎么能不拼命表现呢？
接下来，就是见证奇迹的时刻。
刘裕率领不满千人的部下，昼夜兼程，居然和孙恩一起到达丹徒。丹徒守军根本没有斗志，而丹徒百姓都荷担而立，随时准备逃跑。孙恩率领数万人马鼓噪登蒜山，刘裕也率领人马与对方争夺制高点。刘裕的人马虽然很少，而且已经十分疲劳，但有刘裕这个亡命徒带头，而且他们大都是丹徒的侨民子弟，在本土作战，更是格外拼命。这一群亡命徒借着山势从高处冲下来，孙恩军头都大了，根本抵挡不住，结果遭到大败，还有上万人被挤到水里淹死。孙恩勉强逃得性命，不得不放弃进攻建康的计划，第五次退回海岛。
元兴元年（402年）三月，孙恩贼心不死，再次出山，进攻临海，这也将是他最后一次登陆作战，他也记不清自己退了几次，攻了几次了，每一次都能遇到刘裕这个克星，阴魂不散，到处缠着他。这一次，他同样没能逃过失败的厄运，第六次退回海岛。在岛上，他只感到锐气尽失，失败，失败，失败……他的雄心壮志这就在一次次的失败当中消磨殆尽。在发出“既生恩，何生裕”的感叹下，投海自尽，家人、部下跟随投海者百余人。余众推他妹夫卢循为首，修养生息，在后面的历史中，他们还将点燃另一把更加声势浩大的火。
孙恩被镇压下去了，东晋朝廷取得了暂时的安宁。记住只是暂时的，因为另一股势力正在蠢蠢欲动。
