桓玄称帝，假意依附桓玄的刘裕自然要去恭维一番，在建康的皇宫，宾主进行了一番友好而又热烈的会谈。
刘裕强调：“我坚持奉行一个帝国的原则，从此效命大楚，绝无二心。”
桓玄非常高兴，当即表示：“朕初登大宝，还望刘爱卿多多出工出力，国家需要你这样的人材啊，徐兖二州刺史我给你留着呢。”
并且在刘裕到访的这几天，桓玄天天举行盛大的酒宴招待刘裕，有时候还亲自向刘裕敬酒。同时，赏了大批的宝贝珍玩给貌似“忠心耿耿”的刘裕。每次游玩集会，也对刘裕态度优礼有加，比之曹操对待关羽有过之而无不及。
通过一系列的表演，桓玄自认为已经完全笼络了刘裕，刘裕也认为他已经完全蒙住了桓玄。但这毕竟是表演，是表演就有露馅的时候，桓玄没看出来，但他的老婆刘氏看出来了。
刘氏便对桓玄说：“刘裕表面上对你卑恭屈膝，但他下来龙行虎步，视瞻不凡，肯定不会甘于做你的臣属，你不如早点杀掉他。”
但被刘裕捧得飘飘然的桓玄哪里听得进去：“我正要平定中原，只有刘裕这样的人才英武可用。等到关、洛平定，我再想除他的办法。”
不久，刘裕借口金疮复发需要回京口修养，桓玄批准并亲自送行。他没想到的是，他失去了一个杀掉刘裕的最好机会，从此以后，他再也没有了同样的机会。
和刘裕一起回到京口的，还有他的老赌友何无忌。二人在船上积极地为举事展开了气氛热烈的讨论，他们真切的发现要以一个国家作为对手，面对一个硕大的国家机器，就必然需要制定一个同样硕大的计划。
而制定这样一个宏大的计划，不是一个两个人这样策划能策划出来的，他们觉得还需要同志。还需要一些和他们有相同抱负的同志一起参与其中。而有个人竟也很快就出现在了他们的视野中。
刘裕的另一个老赌友——刘毅。
刘毅和刘裕一样，也是个不安分的主，他对桓玄称帝同样表现出了强烈的不满。刘毅首先找到了何无忌，开门见山地表明了自己的来意：“兄弟，桓玄篡位，咱哥几个可趁此干番大事，联手做掉桓玄如何？”
何无忌大喜，当即表示没问题。于是转告刘裕，赌友一起，在畅叙了离别之情后转入正题，开始共同策划整个事件。
策划的结果是，咱哥仨干这大事仍嫌人手不够，不如再拉些人入伙。很快，通过走后门拉关系，又有一些志同道合的人加了进来。
而这其中，不乏一些当世的猛人。诸如后来被称为宋室长城的檀道济，其他还有孟昶、诸葛长民、刘裕的弟弟刘道怜等人。
众人经过周密的研究，决定在京口、广陵、历阳三处重镇同时发难。刘裕、何无忌杀桓修在京口起兵；刘毅去江北，与时任桓弘中兵参军的刘道规和主簿孟昶一同杀桓弘于广陵起兵；豫州刺史刁逵左军府参军诸葛长民杀刁逵占据历阳起兵；王元德、辛扈兴和童厚之则在京都建康做内应。
计议妥当，众人分头行动。发动军事政变，所冒风险不言而喻，把自已和全家的性命都压上，没有必死的精神和道义的支撑是做不来的。
孟昶有个很有钱的老婆，为了举事他想将家产尽数变卖以充军资，于是私下里和他老婆商量说：“我在桓玄那里没有出路，现在我准备造他的反，你和我离婚吧，如果我侥幸事成，我再迎你回来。”
周氏当下拒绝，并且表示自己将会继续侍奉公婆，不会离他而去。孟昶听完妻子的话，表情落寞的正准备起身离开。周氏突然叫住孟昶，恍然大悟的说，你不是来找我这个妇道人家商量这个事情的，你不过是打算从我这里得到一些钱财罢了。好办！
周氏于是把家里所有的财物全部取出来交给孟昶，又骗自己的妹妹说，“我昨夜做了个梦，不吉利，你把绛色的布匹都给我，镇一镇它。”她妹妹相信了，全都给了她。周氏要绛布做什么用？晋朝的军服是绛色，她全部秘密缝成军士袍，家人谁都不知道。
何无忌回到家中，出于谨慎，连夜藏在屏风后头起草檄文，他母亲刘氏悄悄地踩着板凳罩着灯烛在屏风上头偷窥。刘氏是刘牢之的姐姐，常思为刘牢之报仇，估计刘氏眼力极好，当她看清何无忌起草的是檄文后，泪流满面，抚摸着何无忌的头说：“我肯定比不上东海吕母（西汉末年人，为给儿子报仇，曾率数万人反对王莽的政权），你能报仇，我再没有可恨之事了。”
一切准备就绪……
公元404年二月，刘裕以和大家一起打猎为由，将一百多号人光明正大地召集了起来，并在京口城外换上了事先准备好的衣服，秘密设下埋伏。
第二天一早，京口的城门刚一打开，何无忌就穿着晋朝皇帝使者的衣服大步走入京口城，并且一边走，一边说自己是皇帝的信使，同时颁布东晋皇帝诛杀桓玄的檄文。而跟随的一百人也高声喊着预先统一过的口号，口号的大概意思是东晋皇帝已经复位了，命令他们清剿桓家的余党。周围的官军一听到这个消息，也没有人再敢阻拦他们，都各自逃散了。他们一路顺利杀进城，以迅雷不及掩耳盗铃之势做掉了桓修。
桓修的司马刁宏得到消息后，率领大队人马前来救援，义军人数太少，要硬憾刁宏希望是不大地，并且就这么一点家底，牺牲一个元气都会大伤。怎么办？关键时刻，刘裕再次展现了他的表演天赋。
刘裕登上城楼，神色从容地对下面的刁宏大军喊话：“江州刺史郭昶之已奉皇帝在寻阳重建大晋国，我等受密诏诛除逆党，贼臣桓玄的人头已经枭于大航。诸君难道不是大晋的臣子吗？你们想干什么！”
晋安帝退位后，居住在寻阳，所以刘裕说江州刺史郭昶之复兴晋国，刁弘被刘裕唬住，信以为真，收兵退走。
与此同时，刘毅与孟昶等人在广陵攻杀桓弘，带领部众从江北赶到，刘裕急命他杀了刁弘，众人共推刘裕为盟主，举兵匡扶晋室。
虽然做了盟主，但手下都是些有勇力没脑袋的人，尽管本人智商不低，但事情太多，一个人还真忙不过来。如果有个军师岂不更好。
刘裕把这个想法对何无忌一说。何无忌稍微琢磨了一下就对刘裕说出一个人来。刘裕听后会心一笑，哥俩同时想到了一个人。
