明朝十六代皇帝，除了自缢而死的崇祯外，现仅存十四处皇陵（即位于北京北郊的十三陵和位于南京的明孝陵），独缺第二代皇帝惠帝的陵墓。这是因为明惠帝被其叔父篡权而逊国，最后不知是死还是逃亡、不明下落的缘故。
明洪武三十一年（1398），明太祖朱元璋死，由皇太孙朱允炆继位，即明惠帝，国号建文，所以后来人们称他为建文帝。朱允炆品性仁孝，忠厚而寡断。太祖在位时，曾将24个儿子分封为王，为中央政权建立屏藩。但是到了建文帝时，因为各地的藩王势力越来越大，勇武跋扈，甚至觊觎皇帝宝座，于是建文帝决定削藩。建文帝的四叔燕王朱棣（即后来的明成祖）以此为借口，起兵叛乱，其实是不满朱元璋传孙不传子。这场战争历时三年，史称“靖难之役”，祸及河北、山东、安徽、江苏数省。1402年，最终朱棣以胜利者的身份登上皇位，而建文帝在位仅4年。
攻下南京都城后，朱棣连续在皇宫内寻找了数天，均未见建文帝的身影，连个尸首也没找到。当时攻城的大火一直蔓延至皇宫，皇宫火光冲天，烧得只剩一片败瓦颓垣，皇后也被烧死在这场大火中。另外还有一具已被烧成焦炭的死尸，朱棣以为是建文帝，俯身对着焦尸大哭一通，但是心里却一直怀着一个疑团。他即位多年以后，还不停地派人四处打探建文帝的下落。朱棣篡位后，将建文帝所倚重的一批朝臣如兵部尚书齐泰、大常卿黄子澄及方孝孺、茅大芳等统统诛杀，还妄杀了许多无辜的宫女，一时“里落为墟，流放者更不可胜计”。
明末清初以来，人们对建文帝的下落开始质疑。有人认为建文帝被焚于攻城的大火，但更多的人则认为建文帝并没有死，他趁着大火逃出了京城。建文帝的下落引起人们的种种猜测，其实是因为史籍上对其记载各不相同，互相矛盾所致。《明史·成祖本纪》和《明史·方孝孺传》都说建文帝见大势已去，于是下令焚宫，然后携皇后跃入火中自焚，妃嫔侍从等也随其蹈火而死，燕王入宫后闻宫女所言，并从灰烬中找到一具面目全非的焦尸，“以天子礼葬建文皇帝”。而据《明史·恭闵帝本纪》载：“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”只提到建文帝下落不明，并未肯定烧死了。而《补本》等其他一些史籍则说：“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。”“上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫……因指烬中后骨以为上。”可见朱棣将灰烬中随便一具死尸诈称是建文帝，葬之而后自己称帝，至于建文帝其实早已换上僧人衣服逃脱了。现在，研究者们大都认为建文帝确实没有死于大火，而是在城陷之际逃出去了。
《明史纪事本末》成书早于《明史》，所辑录的资料更加原始，可信度也更高。根据《明史纪事本末》的有关记述，当日燕王军队攻入南京金川门后，建文帝见大势已去，痛哭流涕，曾想一死了之。此时，翰林院编修程济提出出亡计策，太监王铖也跪奏说，太祖朱元璋驾崩时曾留下一个铁箧，吩咐遭大难时交给建文帝，铁箧现藏在奉先殿。建文帝赶紧命人取来，程济打开铁箧一看，里面有三张度牒（僧人的身份证明），还有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀等工具，白银十两以及逃跑线路图，度牒上标明法名：一张是应文，一张是应贤，一张是应能。毋庸置疑，“应文”是建文帝，“应贤”是监察御史叶希贤，“应能”则是吴王教授杨应能。铁箧内还有一纸书，上写：允炆从鬼门出逃，其余人从水关御沟出逃。于是，建文按照祖父的指引，换掉龙袍，穿上袈裟，带领一众随从自地道逃出京城，为避免朱棣斩草除根，他后来还将自己的名字改为“让銮”，暗示逊国退帝位之意。
建文帝出宫后究竟逃向了何处？对此研究者也说法不一。其一认为逃到了湖北武当，其二认为是苏州穹隆，其三是云南浪穹，其四是贵州安顺，其五则认为逃到了青海瞿昙寺。民国《创新渭源县志》卷九《艺文志》中“五竹寺记”记载：“建文于夏六月庚申十三日未时，由癸门出，比时愿扈驾车二十二人……君臣奔窜崎岖，昼伏夜行。历滇南、巴蜀，建文至乐都瞿昙寺……”这可以作为一项参考资料，表明建文帝有可能逃亡到了青海瞿昙寺。还有一种说法认为，建文帝等人为避人耳目，分几路外逃，他自己则与随从自长江往南，辗转来到武昌罗汉寺，甚至还有的人认为建文帝后来经泉州逃至海外，种种说法不一而足。在民间也到处流传着建文帝曾经到过某地的传闻，以及朱棣派人以寻访知名道人张三丰为名，暗查建文帝下落的故事。台湾出版的《明惠帝出亡考证》一书称，奉朱棣命外出查访的官员一直没有查出结果，为了交差，就谎称建文皇帝跑到了西洋一带。于是朱棣又派自己的亲信宦官郑和下西洋，表面上是为了通商，实则是为了暗查建文皇帝的下落。
根据史籍中提供的些许线索，以及多年来先后发现的疑为建文帝流亡避难或隐居过的故址综合分析，建文帝逃出京城后流落在西南地区为僧，曾到过湖北、湖南、四川、云南、贵州一带。其中较为确切的大概要数近年发现的蜀北广元青川县青溪镇华严庵遗址，经考古专家实地勘考，已经确认是建文帝在蜀时的避难地。
青溪古镇处川、陕、甘“鸡鸣三角地”，秦汉特别是三国以来，阴平古道、褒斜道、景谷道、金牛道等经过或紧邻这里，陆路连接秦陇十分方便，青溪水路可经白龙江入嘉陵江通达各地。华严庵就在镇南约七公里处的莲花山上，占地面积超过百亩，东西两面是草木丛生的山沟，西侧山沟内有巨石垒砌的双层中空明代石墙。庵内有明石碑、石佛、九五方圆塔、清皇历书等遗址和遗物，其中两块古碑“广佛碑”和“华严庵重建碑”记叙了建文帝于宣德六年到此，与《明史纪事本末》卷十七“建文逊国”中宣德六年文帝由西安入蜀的记载正好吻合。广佛碑立于清康熙八年，高1.7米，宽0.90米，上有《鼎建华严庵碑志序》：“有古刹名曰华严庵历稽典籍启自元时又为明初建文皇上隐跸之所……”华严庵重建碑立于康熙五十八年，碑高1.70米，宽0.92米，上有《重建华严庵碑记》：“华严庵之设也，其说有二，一曰肇自建文隐跸之时……盖建文钟其意于始玉峰径其丧事于后也。”两碑为建文帝入蜀避难提供了实物佐证。
华严庵所处的位置颇有龙脉之象，周围簇拥着座座山峰呈莲花形状，华严庵所在的山顶却像一把巨大的椅子，两边的陡峭山脊就像椅子的扶手，庙后荫翳蔽日的丛林遮盖的龙洞岩则像椅背。同时，华严庵深藏于海拔1200米的山峰上，峰下藤缠棘绕，易守难攻，是藏身的绝好地方。庵的四周有建于明代的石墙包围，从庵内有地道与石墙相连。庙的右侧后方一座2.75米高的石塔，从上至下用大大小小五圆四方共九块石头垒成，顶上还竖着一块高帽子一样的尖石。石塔后边丛林掩映着一个占地700多平方米的大土堆，明显系外移堆积而成。专家推测，这个土堆应该是一座坟墓。联系到五圆四方的石塔，让人不能不产生这样的大胆联想：它是象征“九五之尊”吗？如果真是这样的话，那么坡林内的坟墓就很有可能是建文帝的陵寝了，也就是说，建文帝颠沛流离，最后死于华严庵。
然而，一切都必须等待发掘后才能得出确切的答案。但愿扑朔迷离的建文帝下落之谜会有一个令人信服的证明。
《明史纪事本末》“建文逊国”一章记录了据说是建文帝流落西南时作的一首诗：
阅罢楞严磬懒敲，笑看黄屋寄团瓢。
南来瘴岭千层迥，北望天门万里遥。
款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍。
百官此日知何处？唯有群鸟早晚朝。
木鱼在手，江山非我，整首诗流露了建文帝失掉江山之后，百无聊赖、心有不甘但又无可奈何的复杂心情。
《万历二年十月实录》记载：“上（明神宗）从客与辅臣语及建文皇帝事，因问曰，闻建文尝逃免，果否？辅臣张居正对言，国史不载此事，但先朝故老相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。至正统间，忽云游在云南，邮壁上题诗一首，有流落江湖数十秋之句，有一御史觉其有异，召而问之，老僧坐地不跽，曰吾欲归骨故国，方验知其为建文帝也。御史以同，遂驿召来京，入宫验之，良是。时年已七八十，后莫知其终。上因命居正诵其诗之全章，慨然兴叹，又命书写进览云云。”
传说中建文帝经历明成祖、仁宗、宣宗三朝仍在世，至英宗朱祁镇时才道出自己就是建文皇帝。被送往京城后，当年曾服侍过建文帝的老太监吴亮尚在，建文帝一见吴便问：你不是吴亮吗？吴答：不是。建文帝说：我当年有一次在便殿时，你伺候我吃饭，我吃了鹅，有一片肉掉在地上，你手里拿着壶，趴在地上把这片肉吃了，没有这回事吗？吴于是抱着建文帝的脚伏地痛哭。
建文帝在明朝无谥号，清乾隆元年（1736），乾隆皇帝召大臣议定，正式追谥建文帝为“恭闵惠皇帝”。
