顺治三年（公元1646年），清军进到泉州时，征南大将军贝勒博洛就设法招降郑芝龙。
郑芝龙接到降书后，已经心动了。当他得到贝勒的许诺让他掌闽、粤总督大印时，他便决心降清了。
许多人劝他，说明“鱼儿不可脱于渊”的道理，不希望他降清，而郑芝龙并不理会。他认为大丈夫应当识时务，知天时时势。明朝以长江天堑，再加上四个镇的兵力守备，还没有挡住清军的进攻，而偏安一隅的福建更是难于抵抗。如果放弃降清的机会，很可能造成画虎不成反类犬的后果。
郑芝龙从自身利益的角度出发，为了“顺时势”而决定降清。他自拥立唐王之后，个人财产便遍布福建、广东等地，已为天下巨富。他不愿失去自己来之不易的财产，于是他不听别人劝谏，写了降表，答复了贝勒的要求。
郑成功非常伤心，对父亲充满了愤怒。在叔父郑鸿逵的劝说下，为了阻止郑芝龙将郑成功劫持降清，便带着部属到金门暂时躲避起来，以图另外的打算。
郑芝龙满心想当闽广总督，只带500名护卫赴福州会见贝勒。他临行前给郑成功写信，约郑成功同行。郑成功忍受着最后和父亲绝裂的痛苦，悲伤地回信说：“从来父教子忠，没听说父亲教儿子投降的。现在父亲不听儿子的忠告，决意投降，已无法挽救了。将来倘有不测，做儿子的只有缟素报仇而已。”郑芝龙见信非常恼怒，说：“这小子太狂悖了！他哪知道做父亲的心思，哪懂得做父亲的苦心，只知道一味地愚忠已不存在的明国。”便带小儿子前往福州降清。
贝勒派遣泉州绅士郭必昌向郑芝龙招降之事终于有了结果。到福州后，郑芝龙拜贝勒博洛，二人握手言欢，折箭为誓，设酒宴饮达三日三夜。博洛很了解在郑芝龙诸子中郑成功不可小看，一直等郑成功前来，但了解到郑成功不愿降清之后，于第三天夜半，挟持郑芝龙去面清君。郑芝龙也感到情况不妙，对博洛说：“北上面君，本芝龙本愿，但子弟多不肖，今拥兵海上，倘有不测，奈何？”博洛知道他的用心，是想以子弟拥兵相威胁，便说：“此与尔无与，亦非吾所虑也。”不予理睬。
郑芝龙投降以后，本以为郑家可以免遭清兵暴掠，因而并无防备。哪料到他一离开，清兵马上涌进安平，烧杀抢掠，奸淫妇女，郑芝龙家也不例外。郑成功母亲田川氏被污辱而自缢，郑成功大为痛恨，他用倭刀剖开田川氏的小腹，掏出肠子，洗除污秽又重新装好，盛殓安葬。
国难家仇，更坚定了郑成功抗清的决心。田川氏的惨死，给郑成功以极大的打击。他对田川氏有着非常深厚的感情，母亲的死，使他悲痛欲绝。
国家的危亡，民众的苦难，父亲的投降，慈母的惨死，这一切都使郑成功心肺欲裂。复仇的怒火，更激励了他胸怀已久的爱国豪情，更坚定了他同清廷斗争到底的决心。
他认为，要救国，要恢复明朝的江山，光靠读书的清谈是不行的。过去的科举仕进光耀门楣之志已经行不通了。他决计起兵兴师以报国恨家仇。
这时的郑成功，不仅具有忠君爱国的思想，而且是敢于为忠君爱国而付出生命的，已超出了许多清谈爱国的人。许多文人武将，此时都已向清廷投降，就连他过去最尊重的老师、大学问家钱谦益，在南京失陷后也投降了。这一切并未动摇郑成功抗清到底的决心。在伤心之余，他瞧不起那些苟且偷生而失去忠义的人。
他带着自己穿戴过的儒巾蓝衫，来到了文庙，要在这里与至圣先师告别。文庙是纪念和祭祀孔子的祠庙，每个读书人都要在此朝拜先师孔子。当年，郑成功考中南安县学为廪生时，就曾在这里拜领儒服。
由于当时的县府设在丰州，孔庙也就设在本州镇旁。由于连年战乱，人们已无法安心读书，再加上这文庙处于山野之中，这时就更加显得荒凉、凄清。
郑成功来到孔庙，泣不成声地祝告说：“昔为儒生，今为孤臣，向背去留，各有所用，请先师谅鉴。”说罢，命人把带来的儒服点火烧着了，自己换上铠甲，佩上宝剑，义无反顾地慷慨而去，自此走上了抗清的武装斗争道路。这一年他才24岁。
郑成功与他的父亲彻底决裂了。他树起了“杀父报国”的旗帜，成为名昭史册的逆子忠臣。
人们为了纪念郑成功，就把他曾焚烧过青衣、投笔从戎的文庙改名为“焚衣亭”。这座文庙的遗址至今犹在，它位于南安丰州路下村的魁星阁下。其左有一石坊，坊边有一株苍老的古松，相传此松植于郑成功焚青衣时。另外还有一座纪念碑，上面刻有文字，以志其事。
郑成功不相信明朝的天下就此完结，他要凭自己的勇气和信心，团结反清复明的爱国志士，重振大明的江山。
“焚衣亭”是他告别文笔走向武装抗清的转折点。至此，南国的抗清复明运动掀起了一个又一个高潮。
