世宗登位后，并没有急于收拾允禩、允禟等政敌，而是静观时机，寻找机会，《永宪录》记载：“但伊等种种恶逆，中外及八旗军民人等尚未遍知，故将此辈好恶不忠不孝大罪备悉言之，使知此辈正法亦属当然，即朕姑留之，亦不过数名死人耳。尔等谨记此旨，录出传与京城内外八旗军民人等一体知之。”可见，雍正的策略把他们的罪状彰显于众，使臣民知道他们罪有应得，使得自己不负杀弟之名。因此，康熙居丧的第二天，雍正下令允禩、允祥、大学士马齐、理藩院尚书舅父隆科多四人为“总理事务”大臣，处理日常国事，规定“所有启奏诸事”均交四大臣；凡皇帝谕旨，“必经由四大臣传出，并令记档。”
雍正在人事安排方面可谓用心良苦，他以新君即位，鉴于兄弟之间的矛盾，也有一些大臣介入其中，各有拥立皇太子的活动，难以信任，就寻找忠于自己的人。先说隆科多，他是康熙去世之前留在身边的托命重臣，雍正继位的遗诏就是由他传达的。他原任步军统领，负有京师治安与安全保卫之责，因为拥戴之功得到重用。为使恩宠，刚举行完即位大典，世宗马上给隆科多进爵，准予承袭其父终国维一等公爵，与大学士马齐同赏阿达哈哈番世职，命隆科多为吏部尚书，兼管步军统领，还指示内阁，今后对隆科多“应称呼舅舅”，启奏时则书写“舅舅隆科多”；马齐在康熙朝任大学士，因参与拥立皇八子允禩为太子受到圣祖的严厉谴责，差点儿丢了脑袋，但雍正重新起用后立即加以重任，马齐感恩图报；皇十三子允祥，还在雍正做亲王的时候，就和他的感情最深，所以，允禩尽管身为总理事务的四大臣之一，但在当时的情况下，实在翻不起大浪。
尽管如此，雍正仍然面临反对派的强大压力，他即位才两个多月，针对他用人和封爵，各种流言蜚语不时袭来。雍正元年二月，他召集总理事务王大臣和诸王大臣，发泄心中的怨气：“外间匪类，捏造流言，妄生议论”；如处分一人，就认为“朕抱复旧怨”；如提拔一人，又说“朕恩出于私”。迫不得已，雍正下定决心，惩治允禟王府中几个不法太监，不料竟传出“朕凌逼弟辈”的恶言，雍正不禁愤怒地说：如此“扬言无忌，悖乱极矣！”更严重的问题是，允禩和他的同伙继续与雍正做对。他们消极怠工，对世宗的谕旨并不认真执行，甚至公开对抗。《永宪录》亦云：“其封王时，妻家为伊贺喜，乃云我头不知落于何时？”说明允禩对自己未来的命运已有充分的估计，同时也流露出他对世宗的敌对情绪。雍正命允禟赴西宁，他迟迟“不肯起程”，再三催促，却屡次推诿，还故意迁延时日。允禩优封亲王、任为总理事务大臣，不但没有痛改前非，仍“肆行悖奉乱，奉乱，干犯法纪”，办事不出实心，每每草率从事。
命允锇护送胡土克图龛座出使喀尔喀，不肯前往，谎称世宗命其进口，竟在张家口居住！还有允禟，差往西宁居住，擅自派人前往河州买草，“抗违军法，肆行边地。”但一经允禩指示”，马上“遵行”，却无视雍正皇帝的谕旨，世宗忍无可忍，就在诸王大臣面前，屡次点名痛斥他们“妄为”，命革去王爵，调回京。但由于时机不成熟，依然没有对他们采取措施，只是在言词方面对其严加警告，世宗对满汉文武大臣们说：“朋党最为恶习，明季各立门户，互相陷害，此风至今未息……尔诸大臣内，不无立党营私者，即宗室中，亦或有之。”他警告诸臣特别是他的兄弟们：“有则痛改前非，无则永以为戒。”此外，他一再提醒诸兄弟和王大臣：“天子简用所知之人，乃份内之事，非臣下所可妄议也。”又说：“朕为普天率土之主，尔等莫非王臣，若任尔等之纵朕何以对圣祖恣皇考乎！”如此等等，他苦口婆心地说了很多，就是要朝廷内外诸臣同他一心一德，保持绝对一致，无条件地效忠于他。
但允禩等人还是不以为然，雍正只好另辟蹊径，为了提高效率，雍正指示大将军以下，各路将军，及各直省督抚、提镇等，有奏疏即派人来京“照常启奏，无得沉隐停滞”，如若违犯“照大不敬律治罪”。为了通达下情，康熙曾经建立了“密折”制，要求朝廷内外大臣在各自向皇帝的“请安”折内，附奏机密要事，主要是揭发所见官员的种种不法事，以及民情、政情的动向等。密奏之事，只给他一人看，其他任何人不得知道。世宗把“密奏”办法进一步具体化，把它作为一项制度加以推行。
他规定：在京的满汉大臣、外省的督抚提镇等中央与地方官员，均行“密折”制度，尤其是在京的科道监察官员每人每天上一道“密折”，一折只说一件事，不论事之大小，都要据实写明，即或无事可言，在折内亦必声明无事可奏的原因。所言正确，他就采纳施行，说得不甚妥当，他就把折子“留中”，不批转朝臣，不使任何人知道。如涉嫌报复，诬陷好人，他也能分辨清楚。密折内容，不许与他人商量再写，如泄露给他人，知情者即可举报。至于能当面揭发，或弹劾权臣，或更革弊端，不妨仍以奏章公开明言。这一密折制度，使群臣相互监督，相互揭发，更有科道等专职监察官员进行公开督察，朝廷内外官员的一言一行，不论是明的，或是暗的，都在他们的视野监视之下。每个官员都对世宗负责，也就是说，他们都在世宗的掌握之中，其权力都集中到世宗之手，达到了集权的目的。
随着时间的推移，雍正的皇位日趋巩固，特别是在外部，年羹尧主持西北军事，平定了准噶尔部罗卜藏丹津的叛乱，青海全境安堵如故，进一步稳定了政局，加上社会安定，呈现出继续向前发展的好势头。雍正利用这一有利的形势，凭藉已稳操到手的最高权力，开始有步骤有计划地消除允禩集团。雍正元年十月，雍正第一次点名批评了允禩，雍正二年五月，世宗在诸王大臣面前，又点名批评允禩办案“草率拟罪”，并连及结党允禟的苏努父子，当即革去苏努的贝勒爵位，命令其发往右卫居住。同年八月，公开点名允禔、允禵、允禟、允禩等，早在圣祖时已经“结为朋党”，十一月，世宗再次公开点痛斥允禩，口气愈加严厉，一开始就说：“廉亲王存心狡诈，结党营私。
自朕即位以来，凡遇政事百般阻挠……”这时候，他宽宏大量，只是“切加训诫”，并未降一级、罚一俸，但允禩竟不识抬举，全“无改悔之心”。接着，他又分化瓦解那些曾经追随廉亲王的党羽，“在廷诸臣尚为廉亲王所愚，反以朕为过于苛刻，为伊抱屈。”由此看来，“党援终不能解散也。党援必由众人附和而成，若廉亲王一人，何所恃而如此行为乎！”“凡事欲激朕怒以治其罪，加朕以不令之名。”又说：“每事烦扰朕之心思，阻挠朕之政事，惑乱众心，专欲激朕杀人。”雍正的所著的《大义觉迷录》有这样的记载：“皇考升遐之日，朕在哀痛之时，塞思黑突至朕前，箕踞对坐，傲慢无礼，其意大不可测。若非朕镇定隐忍，必至激成事端。”又据《世宗实录》：“圣祖仁皇帝宾天时，阿其那并不哀戚，乃于院外倚柱，独立凝思，派办事务，全然不理，亦不回答，其怨愤可知。”宗人府为此主张削夺允禩爵位，雍正居心“宽大”，务欲保全骨肉。
最后，他再次警告某些人如能革心改正以前的错误，那么允禩“党散势孤，朕得以不伤骨肉手足之情。”世宗的此番讲话，明确点到允禩的要害问题是“结党营私”。显然，他对允禩集团的斗争已开始升级。他之所以还不想处分允禩，最主要的原因是，某些不明真相的群臣还在附和允禩，为其辩护，替他叫屈。为了争取主动，雍正当面揭露，警告群臣同允禩划清界限，进一步孤立允禩集团。与此同时，他还逐步清除允禩党羽，如马尔齐哈、常明、阿尔松阿、德宁、鄂伦岱、阿灵阿、裕亲王保泰等人，或被清洗，或被革职、削爵等，允禩集团受到致命的打击，已呈衰微之势。雍正三年（1725年）四月，雍正皇帝向诸王、贝勒、公、大学士、九卿及工部官员宣布“今观允禩之于朕，则情如水火，势如敌国。三个月后，世宗向允禩集团中的核心人物采取政治行动，革去允禟的贝子爵位；十二月，将允禵的多罗郡王爵位革去，降为贝子。雍正四年正月，世宗召集满汉文武大臣，当众痛斥允禟到西宁后种种不法事，指出他与允禩、允等“匪党固结”，又以毛大、佟保、六雅图、那丹珠、云敦、克什图为其亲信，隐瞒罪行。
世宗下令将这几个亲信逮捕，要他们据实揭发允禟“到西宁以后如何妄为”之事。第二天，世宗来到西暖阁，召见诸王、贝勒、贝子、公、满汉文武大臣，发表了长篇讲话，矛头直指允禩集团。他历数允禩在圣祖生前，直到他即位四年来的所有过失。他依据圣祖生前对允禩的批评，把允禩的所有不法的言行，一古脑地都揭发出来，断然说：允禩“自绝于天，自绝于地，自绝于祖宗，自绝于朕，宗姓内岂容有此不忠不孝大奸大恶之人乎？”他一针见血地点明允禩的要害是“希图册立”为太子，谋取皇位。他再也不能容忍允禩“狂悖已极”，当即宣布：“将允禩黄带子革去，以严宗谍”；至于允禟、苏努、吴尔占，“结党构逆，靡恶不为”，此三人“断不可留于宗姓之内”，也都“革去黄带子”，命宗人府将他们四人的名字除去。
这一决定，是把允禩等四人从爱新觉罗家族内开除出去，从此不再属于这个家族的成员了。二月初，命将允禩在宗人府内看守，“圈禁高墙”，加以监禁。允禩束手就擒，其他成员随之而落网：允禟自青海被押解至保定圈禁，允禵从马兰峪被押回京师，于寿皇殿近处，与其子白起同被“禁锢”。因为他们已被除籍，令其自己改名，允禩自改名为“阿其那”；允禟改名为“塞思黑，此名是由诚亲王允祉等人拟定，经世宗批准的。允禩集团的重要成员鄂伦岱、阿尔松阿已被发往盛京，仍不改悔，世宗下令就地立即斩首处决。
苏努、七十业已病故，“照大逆律”，戮尸扬灰；苏努之子勒什亨、乌尔陈在允祉处禁锢，赫世亨、鲁尔金、福尔陈、书尔陈、木尔陈、库章阿分别押往河南、山东、山西、江南、苏州、浙江等处禁锢，其余子孙留在右卫严行看管；七十之子福永被判死刑，缓期执行，另两个儿子珠栋、福明及孙子寿善交给本族人管教，其余都发往船厂披甲严管。还有的因与允禩有牵连，或听命于他，或为他掩饰罪行的，也都给予严厉处分，如和硕简亲王雅尔江阿被革去亲王的爵位，宗室永谦被革去镇国公爵。在将允禩集团主要成员依法处理后，于六月正式公布允禩罪状，共拟了14条、允禟罪款为条、允禵罪款条。所拟罪为行，皆属世宗屡次所提到及他人揭发的材料汇集而成。尽管罪行条目繁多，根本的一条就是允禩与允禟、允禔“结为死党”，希图“大位”，而允禩“实为罪魁”，如圣祖生前所斥：“乱臣贼子，乃吴三桂之再世！”很不幸的是，允禟于八月十四日突然“病故”，九月十日，允禩也“病故”了。自世宗即位四年来，同允禩集团的斗争，实际是圣祖晚年诸子争位斗争的继续，最终以世宗的彻底胜利而告终。
