谷王朱橞，成祖对他算是最好了，可是他的坏心思却最多。他弄死了忠诚伯茹瑺、长史虞廷纲，“招匿亡命，习兵法战阵，造战舰弓弩器械。大创佛寺，度僧千人，为咒诅。”还弄了几个手下成天算计，写信给蜀王，希望对方在他起事后援助，蜀王却回信斥责。建文当年曾因为谷王想造反而把他抓到京师关起来，没想到朱橞却声称当年失踪的建文正在他手中，他准备要申明大义了，真是一个反复无常的可怕人物。蜀王把这番怪论告知成祖，谷王的手下也去向成祖坦白，成祖非常不情愿地相信了这个事实，命令手下去召谷王进京。谷王来了之后也是伏地请死，成祖于是将他和两个儿子都废为庶人，手下谋事的官属也杀了个七七八八。最倒霉的是建文的弟弟，正是白狗偷吃，黑狗当灾，成祖害怕以后有人再打建文家人的旗号作乱，私下里把他弄死了。
到此为止，成祖将朱元璋的不太听话的儿子们基本上全部收拾得服服帖帖。削藩这个始于建文的大任在这个造反的藩王手中得到了完成，成祖的阴阳手段在过程中彰显无疑，端得是面慈心冷下手狠辣。
朱元璋的《祖训》说起。祖训中说到，“朝无正臣，内有奸恶，必训兵讨之，以清君侧之恶。”燕王由此发挥，在典礼上陈词说“如今这祸害欺压到我头上来，我实在只是想求生，不得已而为之。正义和邪恶不共戴天，我今天奉了老天的命令前去讨伐，安定社稷，‘天地神明，照鉴予心’。”燕王的这段话其实非常狡猾，处处说自己是奉天讨伐，并不是打算自己做皇帝，但是又没有否定自己打算做皇帝的可能性，因此最后敢大发毒誓“天地神明，照鉴予心”。
靖难之役，明成祖在血腥的杀戮中继承皇位首开永宣之治。
朱棣入京后，立即揭榜（悬赏捉拿）黄子澄、齐秦、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通过风报过信的没老二太监。他又迁建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟。建文帝七岁太子朱文奎于乱中“不知所终”，肯定是被朱棣杀掉。另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来不知所终，想必也是被朱棣派人弄死以绝后患。（也有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辩马牛，完全被禁锢成一个痴呆）。朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书（朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下“读书种子，”绝不可杀）。方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿衰桎白衣大哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。
朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”
方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”
“他自焚而死！”朱棣答道。
方孝孺又问：“何不立成王之子？”
朱棣回答：“国赖长君”（意指他自己）
方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟？”（意思是建文帝几个弟弟都已成年），朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”
方孝孺夺过诏纸，在上乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草！”
朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗？”
方孝孺大喝：“便诛十族又奈我何！”
此时，朱棣已皇位在座，顿呈残暴本性。他命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共八百七十三人，依次碎剐杀戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年四十六。
方孝孺临刑前做绝命诗，曰：“天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
时至今日，几个号称笃信基督的“智识分子”肆口狂骂方孝儒的选择是漠视他人生命，这种歪论，真是歪曲时代和生命的价值观念，唐突古代仁人烈士。
建文帝兵部尚书铁铉被逮至京。朱棣坐于御座，铁铉背立殿廷，至死不转身面对朱棣。朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“此肉甘甜否？”
铁铉历声回答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”
于是朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。
怨恨之下，朱棣又把铁铉八十多岁的老父老母投放海南做苦役，虐杀其十来岁的两个儿子，并硬逼铁铉妻子杨氏和两个女儿入教坊司充当妓女，任由兵士蹂躏。对建文帝刑部尚书暴昭，由于陛见抗骂，朱棣先去其齿，次断手足，以刀慢割脖项而死。
对礼部尚书陈迪，由于责问不屈，朱棣命卫士绑送他及其六个儿子一起至刑场凌迟。朱棣先派人割下陈迪儿子陈凤山的鼻子和舌头，塞进这位忠臣嘴里逼他下咽。陈迪虽为文士，至死不屈，怒骂而死。
对建文帝右副御史练子宁，也因殿上怒骂，朱棣命人先割掉其舌，此后寸磔而死，其宗族被杀者一百五十一人。
对建文帝兵部尚书齐秦，也是因其不屈，送刑场凌迟。
对太常卿黄子澄，也赤其三族，凌迟处死。
对建文帝监察御史高翔，因其丧服入见，朱棣命卫士杀之于殿上，没产诛族，又掘发高氏宗族墓地，焚骨抛尸，交杂狗骨马骨四散丢弃。
对建文帝监察御史王度，宗人府经历宋征、监察御史丁志、监察御史巨敬，朱棣皆施以族诛之刑。
建文帝大理寺丞刘端弃官逃去，被抓入殿。朱棣问：“练子宁、方孝孺是什么样的人？”
刘端笑答：“忠臣也！”
朱棣问：“汝逃，忠乎？”
刘端回答：“存身以图报耳！”
朱棣狼性大发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“作如此面目，还成人否？”
刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见皇祖！”
朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端捶击而死。
除了多位建文帝忠臣自己或全家自杀外，朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。因此，清初史家谷应秦这样叹道：“嗟乎！暴秦之法，罪止三族；强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”
话说回来，对建文忠臣杀则杀耳，杀之可成其千秋万世之名。王朝皇族更迭，诛杀前臣也不算太过份的罪行。“古者但有刑诛，从无玷染。”而朱棣秉承朱元璋老混蛋血脉中淫暴凶残的因子，把多位忠臣孝子的大好清白妻女送入教坊司（公家妓院）做性奴，每天受二十多精壮汉子轮奸，生下男丁当家奴，生下女孩长大后接着做妓女，死后便下旨“着抬出城门喂狗吃了”……——“此忠臣义士尤所为直发冲冠，椎胸而雪涕者也！”（谷应泰语）
如无建文帝先前不许加害燕王的诏书，朱棣再有十条命也已报销掉。“是役也，燕王数危甚，诸将奉诏，莫敢加刃”。朱棣自己也得便宜卖乖，每战皆挺身而出，与明军短兵相接。加上他本人精于骑射，每次燕兵大败，他常常一人一骑殿后，搭箭发矢，毙伤追兵成百上千，使所部能安然得脱。这种不公平竞争，明兵明将只得自认倒霉，望人兴叹。“不得伤害朕叔父”朱棣在位期间，文治武功，可比汉、唐。然而他性情暴戾，制造了几起血腥大案，如瓜蔓抄、诛十族、后宫惨案等，“革除之际，倒行逆施，惭德亦曷可掩哉”。
建文帝即位后，一口气削夺了五个藩王。
虽然燕王尚未被削，但是他的周围已经布满了新皇帝的诸多眼线，北平也被重兵包围，形势岌岌可危。朱棣没有坐以待毙，私下里培养了一批死士，还在燕王府里打造兵器，但这些进行得十分隐秘。他在王宫后苑修建了很大的地下室，圈以高大的围墙，围墙下埋着缸瓮，以防止声音传到外面。同时养了许多鸭鹅，用鸭鹅的叫声掩饰打造兵器和操练的声音。没有不透风的墙，建文帝听到一些燕王的行迹，愈发猜忌朱棣。由于还没有准备充分，朱棣决定亲自去南京，借以缓和气氛，争取时间。他当然知道此行的风险，说不定会有去无回，但是他相信自己会回来，会使仁弱的建文帝相信自己没有谋反之心，还可以探听朝廷的虚实。建文元年二月，朱棣来到了南京。对于燕王自投罗网，户部侍郎卓敬劝说建文帝将燕王徙封南昌。这的确是个不错的办法，然而建文帝优柔寡断，没有采纳卓敬的建议，几天后将燕王放归北平。朱棣的这次自投罗网，体现了一位雄才伟略的政治家的成熟和胆色，收到了奇效。五个月后，一切准备妥当的朱棣毅然以八百骑兵举事。
建文元年六月，燕山护卫百户倪谅向朝廷告发朱棣的两个部下为燕王招募死士。二人经过审问，供认了朱棣的一些阴事。建文帝没有更多的证据，所以没有削燕王，而是下诏训责。朱棣害怕这是削藩的前兆，遂生一计，用以迷惑建文帝。北平的人听说燕王突然疯了，建文帝听到传言，命北平布政使张和都指挥使谢贵探听真情。二人来到燕王府，看见朱棣围坐在火炉旁边，浑身颤抖，似乎很冷的样子。看见张、谢二人前来，朱棣手拄拐杖，走路踉跄。张、谢二人被朱棣精湛的演技欺骗了，上奏朝廷，建文帝信以为真。早在周王被废之后，他就一直称病不出，借以韬光养晦，麻痹对手。同年4月，燕王派他的三个儿子老大朱高炽，老二朱高熙、老三朱高燧到京城祭奠他老爹朱元璋，朱棣刚送走三个儿子，就后悔的直跺脚，生怕他们出现什么意外。齐泰请求他们做人质，黄子澄表示反对，他认为，这样会引起燕王怀疑，不如遣返。这时候，朱棣也借口身体不适，请求建文帝让三个儿子归府照顾自己。这是一箭双雕之策：如果朝廷放归三个儿子，则免去了质于人的情况；如果不同意放归，可以探知朝廷的意向，早做谋划。
