独眼巨人、百手巨人与奥林帕斯众神结成联盟。独眼巨人和赫淮斯托斯合作，为宙斯打造了闪电权杖。这把闪电权杖蕴含了巨大的能量，只有宙斯能够举起。宙斯试着用了一下闪电权杖，一个霹雳从天而降，高贵泰坦和妖怪们吓破了胆。独眼巨人又为波塞冬打造了三叉戟，为哈迪斯打造了双股叉。三叉戟蕴含的能量可以制服海洋，双股叉的能量可以压制亡灵。
宙斯兄弟们很高兴，认为可以向亚特兰蒂斯进攻了。耶和华道：“强有力的宙斯，尊敬的奥林帕斯众神。克罗诺斯作为神王，可以征调上百颗殖民星球的军队。故攻击亚特兰蒂斯的要点是摧毁传送门广场，别让外星部队抵达原星球。”
“说得对，”宙斯道，“雅典娜，快通知阿堪透斯，让他做好准备，准备远征。”
阿堪透斯从萨拉米斯海湾打捞了一艘亚特兰蒂斯沉船，让奥林匹亚科斯人模仿着建造战舰。考虑到奥林匹亚科斯人不擅长海战，为此他在战舰上设计了接舷吊桥，能够钩住敌方战舰甲板，形成吊桥，让士兵们从吊桥上冲过敌方战舰上去战斗。
阿堪透斯和帕尔修斯率领一队战舰进攻第七区，阿堪透斯看到西绪福斯作为代理执政官指挥第七区舰队就来气，因为西绪福斯出卖了他的儿子克洛斯。
阿堪透斯让战舰接近西绪福斯的战船，放下接舷吊桥。阿堪透斯第一个冲过吊桥，无人能挡，他走到西绪福斯面前，用长矛刺穿了这个叛徒的身体。第七区舰队士兵们讨论，他们的执政官本来就不是西绪福斯，而是阿堪透斯，他们应该听从阿堪透斯。于是第七区士兵不停地喊：“第七区舰队欢迎阿堪透斯执政官回归，接受执政官指挥！”
第七区倒戈的消息传到亚特兰蒂斯城里，克罗诺斯大怒，一面命令大部队围剿第七区，另一面组织一支精良部队进攻第二区的迷思学园，要迷思学园交出克洛斯。
迷思学园上下惊恐，智者们纷纷要求柏拉图献出克洛斯。柏拉图拒绝，他将一封信交给克洛斯，道：“好孩子克洛斯，将这封信送到奥林匹亚科斯大陆色雷斯形而上学园的亚里士多德。”
“老师，”克洛斯道，“您不是说亚里士多德伤了您的心吗？”
“但他毕竟是我的学生。”柏拉图道。
“老师您不跟着走吗？”克洛斯哀切地问。
“学园在，我就在；学园不在，我就不在。快去吧！”柏拉图边说边推克洛斯走。克洛斯含泪离开老师，向形而上学园而去。
智者们都不理解柏拉图的行经，柏拉图对众智者道：“迷思学园现在解散，各位智者各奔前程吧！”
这话在智者们炸开了锅，有的不能接受学园解散，有的冷静后离开学园，有的誓死跟在柏拉图身边。亚特兰蒂斯的军队来了，第二区执政官要柏拉图交出克洛斯，柏拉图道：“这不可能！”
执政官怒道：“你不想活了吗？”
“我将追随我师而去。”柏拉图道。
执政官下令，“烧了学园！”迷思学园被毁。
卡德摩斯和坦塔罗斯率领的另一支舰队进攻第三区，他们把赫淮斯托斯的黄金巨人、白银巨人、青铜巨人和黑铁巨人也带过来了。他们上岸后直奔磁欧石矿场，杀了那里的守卫。然后和巨型蜘蛛搏斗，付出巨大伤亡后，取回两船的磁欧石原矿石。波塞冬让他们把磁欧石原矿石交给他。
亚特兰蒂斯的主力部队都在第七区，阿堪透斯不停地鼓舞士兵战斗，帕尔修斯用墨杜萨的头让许多亚特兰蒂斯士兵、树妖、翼人等变成石头，但对机械人和其他人造人无效。阿堪透斯部队渐渐处于劣势，宙斯抛下一个闪电，阿堪透斯鼓舞道，“弟兄们看啊，宙斯在帮助我们了！”于是阿堪透斯的军队士气大振，战场形势出现了转变。
克利俄斯带着许珀里翁和忒亚赶过来援助，这边雅典娜迎战克利俄斯。阿波罗和阿尔忒弥斯再次找许珀里翁和忒亚决斗，四位神祇从第七区打到第八区的神山猎场。
波塞冬和阿瑞斯进攻第三区，伊阿帕托斯迎战。当卡德摩斯和坦塔罗斯得到磁欧石原矿石后，波塞冬过去接应，只留下阿瑞斯牵制伊阿帕托斯。
哈迪斯和赫尔墨斯潜入第四区的地狱之门，守护地狱之门的地狱兽凶猛异常，它们攻击任何来犯者，不管是人是妖怪还是泰坦或神祇。哈迪斯第一次使用双股叉，将所有的地狱兽击倒。哈迪斯和赫尔墨斯通过地狱之门，去解救瑞亚、俄刻阿诺斯和泰西斯。
宙斯来到亚特兰蒂斯城上空，用闪电击毁了两座星际飞行器停靠站，当他要击毁第三座星际飞行器停靠站时，克罗诺斯出现并阻止他。克罗诺斯和宙斯父子俩又打起来，这一次有闪电权杖在身，宙斯占据明显优势。克罗诺斯被闪电击中了好几次，但不时有其它星球军队从传送门出来帮助克罗诺斯，宙斯不得不分神去打击这些外星援军。
这时，波塞冬坐着海底车从外海通过河道赶到亚特兰蒂斯城内湖底，将磁欧石原矿石安放在这里。宙斯见状抛出一个大闪电，然后就跑了。
波塞冬听到这个作为信号的大闪电，就用三叉戟挥打磁欧石原矿石，让里面的磁欧石爆炸。磁欧石爆炸又引爆了能源馆里的磁欧石和沙瓦武器等大规模杀伤性武器，引起整个亚特兰蒂斯大陆大地震和大海啸，繁荣的亚特兰蒂斯城被冲击波摧毁；亚特兰蒂斯大陆被撕成无数碎片，纷纷沉入海底。
克罗诺斯向空中咆哮：“宙斯，波塞冬，看看你们做的好事！整个亚特兰蒂斯都毁了！”
哈迪斯和赫尔墨斯及时将瑞亚、俄刻阿诺斯和泰西斯从地狱火中解救出来。许珀里翁和忒亚看着亚特兰蒂斯沉没，许珀里翁首先对阿波罗和阿尔忒弥斯道：“不要打了，不要打了！我们投降。我们的儿女太阳泰坦赫利俄斯和月亮泰坦塞勒涅交给你们做人质好吗？”
阿波罗同意了。阿波罗和阿尔忒弥斯见到神山猎场的独角兽、云鹿、风马、刚野猪，心痒痒地想打猎，他们觉得神山猎场沉没海中怪可惜的，于是抓住了许多猎物，送到奥林匹亚科斯大陆各处猎场。
宙斯突然想起他曾许诺要把圣园的金苹果送给赫拉，决不能让圣园沉没。于是他来到第一区的圣园，他刚到这里，就见到厄庇墨透斯和墨诺提俄斯。他俩见到闪电护身的宙斯就出来投降。宙斯道：“要投降保命可以，但首先要先保护圣园。”
宙斯、厄庇墨透斯和墨诺提俄斯就一起抬升圣园，防止圣园被海啸摧毁。这时阿特拉斯来了，他先是训斥两个弟弟：“厄庇墨透斯和墨诺提俄斯，你们两个窝囊废，竟然在帮助宙斯！现在是杀宙斯的好机会！”
宙斯正在抬升圣园，腾不出手来操作闪电权杖。他只好尝试着骗阿特拉斯：“阿特拉斯，刚才你听到那声巨响了吗？亚特兰蒂斯将要沉没，比这更可怕的是天空乌拉诺斯就要塌下来了。如果天空塌下来，我们都保不住性命。我现在只能恳求你出手相助，去顶住将要坍塌的天空。”阿特拉斯并不聪明，他相信了宙斯的话，迎着走向天空，用肩膀死死地顶住天空泰坦乌拉诺斯。
宙斯又道：“阿特拉斯，坚持住啊，千万别松开啊！”
然后，宙斯和厄庇墨透斯、墨诺提俄斯护住了圣园，他们就离开了，留下愚蠢的阿特拉斯独自支撑天空。
当亚特兰蒂斯大陆沉没时，卡德摩斯和坦塔罗斯已经在回奥林匹亚科斯的船上，但阿堪透斯和帕尔修斯还在战斗。雅典娜救出了阿堪透斯，当再要去救帕尔修斯时却来不及了，帕尔修斯随着亚特兰蒂斯一起沉没。
泰坦之战终于结束了！宙斯将克罗诺斯、克利俄斯和伊阿帕托斯关进地狱塔尔塔洛斯深渊的最深处，由三个独眼巨人和三个百手巨人看守。许珀里翁和忒亚被严密监视，阿波罗监视赫利俄斯，阿尔忒弥斯监视塞勒涅。阿特拉斯永远支撑天空。普罗米修斯还是被限制在奥林帕斯山周围。蓬托斯、陶玛斯、福耳库斯、刻托和欧律比亚被释放。福耳库斯和刻托生下的众多妖怪遍布奥林匹亚科斯及周边海岛海域。
宙斯成为新一任神王，他封赫拉为天后。但宙斯、波塞冬和哈迪斯三兄弟对于如何分配战后秩序产生了分歧。
