同年十月，刘豫军队切断了朝廷通向川、陕的交通，也直接威胁湖南、湖北的安全。岳飞接连不断地向朝廷写奏章，建议及早进兵中原，收复襄阳等六州。在奏章中，岳飞指出襄阳等六州地形险要，是恢复中原的基本。他已经厉兵秣马，只等朝廷批准，立即北向。宰相朱胜非和参知政事赵鼎都是主战的人物。朱胜非完全支持岳飞的建议。赵鼎也指出：熟悉上流利害，没有人比得上岳飞。在朱胜非和赵鼎的劝说和鼓励下，赵构勉强同意岳飞的计划，任命岳飞为制置使，把收复襄、邓等州的重任完全托付给了他，并把熟悉襄汉一带地利的勇将牛皋调到他军中。
五月初一，朝廷命岳飞领兵出征。岳飞大军出发的那天，以绣着“精忠岳飞”四字的大旗在前引导，士兵们浩浩荡荡地离开了江州（江西九江），沿江西上，经过鄂州，在初五到达郢州（湖北钟祥）城外。
郢州城的伪齐守将荆超骁勇强悍，有“万人敌”之称，拥兵一万多人。岳飞派张宪去劝说荆超归降。荆超恃勇拒绝，还在城头上肆无忌惮地辱骂。岳飞怒不可遏，命令全军一旦攻下郢州城，一定要活捉这个无耻之徒，重重治罪。
第二天拂晓，岳飞在郢州城外摆开阵势，擂起战鼓，命令全军发起攻击。战士们齐声呐喊，冒着箭雨，奋勇登城。守城的金、齐军早已听说“岳爷爷”和岳家军的厉害，现在亲眼看到岳飞的军队无比勇猛，早已吓得六神无主，勉强抵挡一阵后，边战边退。没有多久，岳家军占领了城头，打开城门，放下吊桥，大军乘势冲进城内，杀死敌军七千人。荆超走投无路，跳崖自杀。
岳飞旗开得胜，一举攻下郢州。稍事休整，即派张宪、徐庆分兵攻取随州（湖北随县），岳飞亲自领兵直趋襄阳府。
襄阳府守将李成原是岳飞的手下败将，探知郢州已经失守和岳飞提兵压境，急忙引兵出城四十里，准备迎战。双方交战，李成军前排的战马都被岳家军的长枪刺中，后排无路可退，连人带马被挤进江中。李成的步兵被岳家军的骑兵来回冲杀，死伤无数。李成军大败，连夜狼狈逃跑。岳飞顺利地收复了襄阳府。
张宪、徐庆带兵往东攻打随州，连攻一个多月，还是没有得手。岳飞得报，派牛皋前去支援。牛皋临走，请求带三天的粮草，不等粮草用尽，便攻下了州城，俘获知州王嵩以下五千人。此后，岳飞按照预定的计划，在不到三个月的时间内，迅速收复了襄、邓等六州，有力地保卫了长江中游，打开了川陕通向朝廷的道路。与此同时，击溃了伪齐的主力李成大军，伪齐从此一蹶不振。
岳家军本来可以乘胜长驱直入，收复中原更多失土。但是，赵构并非真想收复中原，他只是迫于形势，不得不派岳飞出兵。他害怕过于刺激金朝统治者会招惹对方更大的报复。所以，在岳飞领兵出发之前，就用“三省、枢密院同奉圣旨”的名义，告诫岳飞：这次出兵，只准收复襄阳等六个州军的土地，不得越出这一界限；敌军逃遁出境，不需远追；不得提出“提兵北伐”“收复汴京”之类的口号；此仗打完，大军回江上屯驻。遵照这些规定，岳飞在收复六州后，很快就任命新的地方官，分拨人马镇守，安顿流亡百姓，然后下令班师，带领大军回到鄂州。
岳飞的这次胜利，是南宋抗金战争中一次重大的胜利，增强了宋朝军民抗敌的勇气和信心。
襄、邓前线捷报传到临安，朝野一片欢腾。岳飞被提升为清远军节度使、湖北路荆襄潭州制置使，兼管新成立的襄阳府路（包括襄、邓六州）。不久，进封武昌郡开国侯。宋朝建国以来，节度使成为贵族和官员的最高荣誉职位，从来不轻易授人。这时，宋朝带节度使衔的，只有刘光世、韩世忠、张俊三名大将。岳飞以三十二岁的年龄而持节封侯，这在当时是史无前例的。
挺进河南反议和
绍兴六年二月，坚决主张抗金的张浚以宰相兼都督诸路军马事的身份，召集各路将领商议北伐，岳飞进驻襄阳府，准备收复中原。临行，张浚勉励岳飞说道：“这件事是你的宿愿，希望你好自为之。”
七月，岳飞派牛皋、王贵、董先率领偏师攻打伪齐的镇汝军。牛皋、王贵等率领的岳家军到达唐州后，得悉薛亨再次来犯，立即出城迎战，经过一番激战，薛军大败，薛亨和伪齐河南府中军统制郭德等七人被活捉。八月下旬，岳飞派王贵等攻取卢氏县，全歼伪齐守军，缴获粮食十五万石，进而攻下虢略（河南灵宝）、朱阳（河南灵宝西南）、栾川（河南栾川）等虢州其他三县。九月初，岳飞命王贵派偏将向西收复商州（陕西商县），向东经栾川攻克顺州（今河南嵩县西南）。
岳家军这次主动出师进攻，收复了伊（水）、洛（水）的险要之地，声震河、洛，在军事上给敌人以沉重打击。同时，夺取和烧毁了大批粮食和物资，使敌人在经济上受到很大损失。
十月底，金与伪齐军分成数路向岳飞防区反扑过来，企图夺取淮河上游地区。岳飞指挥统制官王贵、寇成、崔邦弼等，逐路粉碎敌人的进攻。十一月初，岳飞亲率大军深入蔡州城下。他看到蔡州的城壕又深又阔，城头上敌人防守严密，自己的军队只带十天的口粮，难以进行旷日持久的攻坚战，因此决定撤兵。
狡黠的刘豫得知岳飞从蔡州撤兵的消息，派李成、孔彦舟等尾随在后，打算在岳家军的归途中伺机狙击，然后直捣鄂州。岳飞撤兵时，命董先、王贵等带领部分人马在后掩护。董先、王贵等撤到唐州境内名叫牛蹄的地方，李成等带兵追到。金与伪齐几千名骑兵正在渡河，董先领兵冲杀过去，敌骑拥入河中，死伤极多，董先所部活捉敌骑三千多名，缴获战马二千多匹及衣甲、器仗等物。不久，岳飞统率大军回来救援。李成等人遥遥望见岳家军，吓得六神无主，急忙夺路逃走，岳飞领兵渡过泌河（河南境唐河），追赶三十多里，生俘伪齐将领几十人、兵士几千人。回到鄂州，岳飞因为这次战功，官阶由少保提升为太尉。
刘豫连续派兵南侵，屡屡失败。绍兴七年（1137）十一月，金下令废黜刘豫为蜀王，取消齐国政权。挞懒等人主张将河南、陕西地区归还给宋朝，要求赵构向金称臣，贡纳岁币。金熙宗与群臣议定后，就将宋朝在金的使臣王伦放回，让他回去报告金朝准许和议的消息。
十二月，王伦向赵构转达了挞懒的口信，还把金朝允许归还“梓宫”（徽宗的灵柩）和皇太后，以及退还河南各州等事告诉赵构。赵构得报大喜，立即厚赏王伦，决意加紧与金议和。为了准备和议，赵构重新想起了秦桧，认为秦桧是乞和的最合适人选，于是不顾几年前发布的“永不复用”秦桧的命令，第二次任命他为右相兼枢密使。
秦桧再次任相，完全摸透了赵构急于求和的心理，便尽力迎合；同时，打击和排挤所有反对和议的官员，扶植党羽。许多大臣都因反对和议而相继被罢官。
秦桧与赵构沆瀣一气，十分露骨地向金朝统治者乞降，引起宋朝文武官员和广大人民的激烈反对。福建安抚大使张浚连续五次上书，驳斥秦桧等人的谬论。韩世忠连上十多道奏章，要求拒绝议和，发兵决战。吏部尚书张焘等联名上书反对。临安城内外连续喧腾了好几天，街头巷尾出现了“秦相公是细作”的匿名揭贴，甚至有些人准备要刺杀秦桧。
在全国上下反对与金议和的热潮中，岳飞一直在准备对金用兵，策划如何北伐。他要求朝廷乘金人废刘豫之机，发兵出征，以雪积年的耻辱。他写信告诉枢密副使王庶说：“今年如果再不举兵北上，我当纳节请求退闲。”随后，又上奏书说：“我们对金国的深仇大恨，哪一天都不应该忘记。臣愿意带领战士收复三京（汴京、西京、南京）陵墓，然后设法攻取河北，恢复旧疆。”岳飞到临安朝见赵构，赵构把金朝派遣使者议和的情况告诉岳飞，岳飞回答说：“敌人难以相信，和好难以依靠，宰相（秦桧）不好好地替国家着想，恐怕要叫后代人讥议。”这一席话说得赵构沉默不语。赵构当然最清楚，与金议和是他的既定国策，秦桧不过是积极推行者；岳飞说后代人将讥议秦桧，实际更主要的是讥讽他这个皇帝。
绍兴八年十二月，秦桧以宰相的身份，到临安金朝使臣的宾馆，跪拜在金使的脚下，诚惶诚恐地接受了金朝的诏书。金朝答应把陕西、河南“赐还”给宋朝，并归还徽宗及其皇后的灵柩；宋朝向金称臣，每年进贡银二十五万两、绢二十五万匹。赵构、秦桧一伙就这样使宋朝变成了金的属国。绍兴九年正月，赵构以和议达成布告全国，大赦天下，以示庆祝。满朝文武百官也因之加官晋爵。
岳飞在接到朝廷颁发的议和赦令后，必须上表致谢。在谢表中，岳飞再次申述他一贯反对“和议”，坚持抗敌的主张。他列举一些历史事实来证明“夷虏”背信弃义，往往盟约的墨迹未干，他们便又兴师侵犯中原。为了暂时解除国家的危难而议和，决不是长远之计。为了国家的前途，他坚决表示愿意制定方略，收复河东、河北，直捣燕云，为国复仇。岳飞这篇充满爱国激情的谢表，道出了广大爱国人士的心声，士大夫们争相传诵，以致很快就家喻户晓。这篇谢表实际上变成一道讨伐投降派的檄文，因此，秦桧对岳飞恨得咬牙切齿。
为了粉饰太平，取得武臣对“和议”的支持，赵构授予刘光世、张俊、韩世忠三大将新的封号和官爵，也提升岳飞为开府仪同三司。岳飞连上四奏，提出了辞免新头衔的要求。在奏章中，他指出“虏情奸诈”，“现今的形势是只能引以为危而不能引以为安，只足以使人忧虑而不足以使人祝贺，应该加紧训练士兵，以备不测，而不应该论功行赏，被敌人耻笑。”要求朝廷追回成命，以便“保全臣节”。
岳飞坚决反对“议和”，引起赵构的不满，更引起秦桧的仇视。但他们自己心虚，对岳飞一时也无可奈何。
传捷报频传反班师
绍兴九年秋，金熙宗以谋反的罪名处死了挞懒等大臣，提升兀术为都元帅。兀术认为，把陕西、河南疆土归还给宋朝是最大的失策，决意发兵夺回，并进一步灭掉南宋。绍兴十年五月，金熙宗采纳兀术等人的建议，撕毁和约，下令元帅府伐宋。金兀术决定一改秋季出战的常规，在盛夏用兵。金军分成四路，向宋发动大规模的进攻。在短短一个多月的时间里，金朝归还的土地重新全部陷落。
赵构和秦桧一伙慌了手脚，急令各军分头进行抵抗。
岳飞接到赵构命令他“乘机战胜”金军的亲笔诏书，立刻调兵遣将，准备出击。这时，顺昌被围，情势危急，岳飞派遣张宪、姚政带领一支兵马，日夜兼程赶去应援。岳飞自己则统率大军，从驻地鄂州出发，大举北伐。
六月十三日，岳飞部将牛皋深入京西境。牛皋旗开得胜，大败李成的金军。二十二日，岳飞大军到达德安府（湖北安陆）。这时，赵构和秦桧派出“计议军事”的特使，司农少卿李若虚也来到这里。李若虚向岳飞传达赵构“兵不可轻动，宜且班师”的旨意。原来赵构在发出“乘机战胜”金军的命令后，很快就感到后悔。他和秦桧合计，觉得金军兵强马壮，本朝军队能否招架得住，实在难说。所以又派出李若虚等三名文臣，分别到岳飞、韩世忠、张俊三大将的军营中去，以“计议”军事为名，实际上是去命令他们对敌人不得主动进攻，只能采取守势。岳飞听完李若虚的传达，立即表示拒绝。李若虚看到岳飞的态度如此坚决，不禁受到感动。他对岳飞说：“皇上的旨意只是说不宜轻动，现在大军既然已经进发，势必不能再退回去。朝廷如果追究不肯奉命停师之罪，由我一人承担。”岳飞得到李若虚的支持，信心倍增，便按照原来的计划，继续向北推进，派王贵、牛皋、董先、杨再兴、孟邦杰等提兵分路进攻河南各州，又命梁兴带领游击军渡过黄河，重返河北，会合忠义民兵，剿杀金贼，夺取河东、河北州县，切断和骚扰金军的供应线。岳飞自己率领主力，正面推进，以扫清汴京外围。正式发兵的那天，岳飞跟部将们告别说：“希望你们好好努力，让我们收复河北后再胜利会师吧！”
二十三日，岳家军的先头部队进入陈州（河南淮阳）、蔡州境内。闰六月二十日，前军统制官张宪及傅选引兵攻克颍昌府（河南许昌）。二十四日，张宪领兵乘势收复了陈州。
岳家军分兵进击，在短短四十多天时间内，先后收复了中原许多重镇，对汴京形成了弧形包围圈。岳飞清楚地知道，自己的军队虽然歼灭了许多敌人，夺回了一些城市，但是，因占地甚广，造成兵力分散。同时，兀术亲率的金军精锐尚未被消灭。因此，岳飞决定重点进攻兀术一军。这时，岳家军有十万人。岳飞故意分散兵力，自己仅以少数轻骑驻守郾城（河南郾城），佯示郾城防御力量十分薄弱，同时，每天派一支小部队向金军挑战，让兵士们在阵前痛骂敌人，引诱兀术出战。
七月初八，兀术侦知郾城兵力很少，便集中兵力，抄小路进逼郾城。在郾城以北二十多里的地方，宋、金两军相遇，各自摆下阵势。岳飞首先命令长子岳云道：“你带领两支骑兵直闯敌阵，一定要得胜；否则，先斩你的头！”岳云得令，挥舞双锤，冲向敌阵，与金将鏖战几十回合，杀死大批金兵，缴获战马几百匹。
兀术眼见不能取胜，决定孤注一掷，出动“铁浮图”和“拐子马”这两支骑兵，共一万五千人，向岳家军杀来。“铁浮图”又称“铁塔兵”，是头戴双层铁盔，身披重甲的骑兵，以三匹马为一组，用皮带相联；他们的后面放着拒马子，用来阻止战马后退，战马每前进一步，拒马子便前移一步。铁浮图常常担任正面冲锋的任务，推进时就像一堵铁墙，对敌军造成极大的危胁。铁浮图的左、右两翼，配备着叫做拐子马的轻骑兵，常常在跟敌军战斗到白热化时突然出击，往来冲杀。兀术曾用这两支骑兵多次大败宋军，因此有“常胜军”的称号。
岳飞早就盼着兀术能倾巢出兵，等敌军临近阵前，他立即命令步兵拿一种叫“麻札刀”的大刀和大斧上阵。步兵们弯着身子，低着头，用刀斧专砍马足。马一摔倒，人就跟茬摔了下来。一匹马躺下，另两匹马就不能前进。两军短兵相接，一场惊心动魄的大决战开始了。激战几十回合，岳家军步、骑密切配合，战士个个奋勇争先，从午后一直杀到天色将黑，金军铁浮图纷纷倒地，拐子马非死即伤。金军终于全线崩溃了。兀术带着残兵败将，急忙向北逃跑。岳家军一路猛追，直杀得金军尸横遍野，弃甲如山。兀术看着七零八落的人马，不禁嚎啕大哭，说道：“从海上起兵，全靠铁浮图和拐子马打胜仗，现在一切都完了！”
郾城之役大胜之后，岳飞预料兀术必定还会卷土重来，就命令岳云从速带领背嵬军前往颍昌，支援驻守在那里的王贵。果然不出岳飞所料，兀术重整旗鼓，纠集了步兵十万人、骑兵三万人，向颍昌府杀来。兀术在西门外摆开一字阵，长亘十多里，阵地上金鼓震天。岳云手执双锤，带着八百名骑兵，正面冲杀，两翼步兵跟着推进。从上午到中午，双方血战几十回合，直杀得人变成血人，马变成血马。正当两军胜负未分、相持不下的时候，董先、胡清带领一支生力军从城中杀出，金军抵敌不住，全线崩溃。岳家军乘势迫杀，大获全胜。战斗结束，战场上横七竖八地躺着五千多具金军的尸体，其中包括兀术的女婿。岳家军还俘虏了二千多名战俘，缴获战马二千多匹、金印十枚。兀术狼狈逃走，副元帅粘罕孛堇身受重伤，抬到汴京就死去了。
经过许多次战役，尤其是郾城之战，岳家军显示出强大的战斗力。金军被岳家军打得闻风丧胆。他们不得不承认：“撼山易，撼岳家军难。”形势对岳家军极为有利。岳飞向赵构上书，报告河北人民盼望宋军前去解救和金兀术已经命令其老小渡河北撤的消息，指出现在正是“陛下中兴之机，金贼必亡之日”，如不乘此机会，必定留下后患。他请求尽早命令各路兵马火速并进，发动总反攻。与此同时，岳飞亲自带领全军从郾城继续北上，进军朱仙镇，距离汴京只有四十五里了。困在汴京城里的兀术，在前有岳家军，后有忠义民兵的夹击下，几乎成为瓮中之鳖。为了挽救自己覆灭的命运，兀术一度倾巢出动，带领十万兵出城，与岳家军对阵。岳飞用骑兵出击，击败金军。兀术抱头鼠窜，连夜逃回了汴京。
朱仙镇之捷，更增强了岳飞乘胜渡河收复河北的决心。他再次上书赵构，要求深入敌境，恢复旧疆，报亡国之耻。他急切地盼望着朝廷能批准他的请求，发出渡河进军的命令。他鼓励部下说：“这一次进军，直捣黄龙府，一定跟大家喝个痛快！”这时，河东、河北的忠义民兵听说岳家军马上就要渡河，都拿起武器、扛着粮食，或者顶盆焚香，准备迎接。大批百姓拥向黄河北岸，等待着岳家军。金军看到这种情景，又急又惧，徒唤奈何。燕京（今北京市）以南，金朝号令不行。兀术企图征兵继续顽抗，河北各州没有一人愿意从军。不仅汉族百姓进行抵制，连女真族百姓也痛恨这场长期的无休无止的掠夺战争。兀术哀叹道：“自我起兵北方以来，没有像今天这样挫败过。”他不敢再战，只求能安全撤回北方。
正当宋朝军民精神振奋，迎接即将到来的胜利时，突然从临安传出了一个惊人的消息。原来赵构既怕岳家军打败，又怕岳家军全胜。打败了，南宋小朝廷难保，他自己可能沦为阶下囚；全胜则又担心岳飞功勋太大，有震主之威，难以驾驭。尤其令他担心的是，如岳飞完全恢复失地，金将钦宗送回，自己就要将皇位让与钦宗。这是他的一块大心病。秦桧更怕岳飞打胜，因为他是为金朝主子效劳，以主和起家的。岳飞得胜之日，便是他性命难保之时。他摸透了赵构的心理，指使一名官员上书赵构说：“现今兵弱将少，民困国乏，岳飞如果深入敌境，岂不危险！希望陛下命令岳飞暂且班师，待将来兵强将众，粮食充足，再兴师北伐，当可一举而定，这才是万全之计。”赵构本来心怀鬼胎，一见奏书，正中下怀，立即下令各路大军停止进击，一律撤回原来的驻地。
岳飞接到朝廷的命令，一面让将士整装待发，一面在七月十八日上奏力争。他在奏章中说：“金贼屡次败衄，锐气丧尽，内外震骇；打算弃掉辎重，迅速渡河。况且现今豪杰闻风响应，将士奋不顾身，天时人事，谁强谁弱，已一目了然。大功即将告成，时机不可轻失。”他坚决要求乘胜北进，扩大战果。但是，岳飞的这一奏章还没有送到临安，赵构已在一天之内用金字牌（朱漆的木牌，长一尺多，上面刻着金字，是用来传递皇帝发下的特急件的一种标志，按规定不分昼夜，鸣铃走递，一天行四百到五百里）发出十二道诏书，催促岳飞班师，理由是“孤军不可久留”。
一道道诏书使岳飞悲愤不已。岳飞泪流满面，悲伤地说：“十年的努力，一旦付之东流！收复的各州，一朝全部丢弃。社稷江山，难以中兴；乾坤世界，无由再复！”诸将也痛哭流涕。就这样，岳飞被迫下令撤军。在撤军前，为防备兀术闻讯派兵偷袭，故意放出风声，说明天将要渡河。金兀术害怕汴京城内百姓作岳家军的内应，连夜弃城，北逃一百多里。
岳家军班师的消息不胫而走，百姓们纷纷赶来挽留。他们挡住岳飞的坐骑，痛哭失声地诉说：“我们顶香盆、运粮草，迎接王师，金贼知道得一清二楚。现今相公一走，我们就没法活命了。”岳飞勒住马头，流着泪，拿出赵构的诏书，让百姓们观看，说：“朝廷有诏书，我不能不走呵！”他只好再三安慰百姓，劝他们南撤到襄、汉一带。为此，他命令留兵几天，掩护百姓撤退。
岳飞率军从郾城班师。
金兀术听说岳家军已经撤走，不禁拍手称庆，紧接着便派兵重新夺占了中原地区的许多州县。
千古罪名“莫须有”
金兀术曾秘密写信给秦桧说：“你一天到晚请求讲和，而岳飞却正想进攻河北，还杀死我女婿，此仇非报不可。必须杀了岳飞，才可以讲和。”他向秦桧明确提出以害死岳飞为议和的条件。
绍兴八年，岳飞多次要求增添兵力，赵构加以拒绝，说“宁可缩小防区，也不能添兵”。要防止“尾大不掉”。岳飞曾当面建议赵构早建皇储，赵构更大为不满，说：“武将不应干预朝政。”岳飞重创金军主力，声威大震，这在赵构看来是武将挟震主之威，更难于容忍。加上岳飞始终不渝地反对苟安投降，坚持抗战，以“直捣黄龙”为目标，这就更难为赵构所容忍。
绍兴十一年正月，金兀术再次征兵十多万，侵犯淮西，赵构命令韩世忠、张俊等大将合兵淮西。二月初，金军已占领庐州。岳飞二月九日接到前往江州应援的诏令，稍作准备，十一日便领兵上道。三月四日，金兀术采用郦琼的计策，发兵急攻濠州，八天后破城。张俊会合杨沂中、刘軏所部，回兵救援，为金兵所败。接着，韩世忠在濠州附近也被金军打败。十三日，岳飞率部赶到濠州定远县（安徽定远）。这时，张俊、杨沂中、韩世忠等部宋军已经败退，而金兀术听说岳家军开到，立即引兵退回淮北。
赵构和秦桧经过密议，以酬赏柘皋之捷的名义，把韩世忠、张俊、岳飞召到临安。赵构任命韩世忠、张俊为枢密使，岳飞为副使。几天后，宣布撤消三大将的宣抚司机构，将所辖人马直属皇帝“御前”。
赵构和秦桧一举剥夺了三大将的兵权，这是他们蓄谋已久的阴谋的第一步。紧接着是解散三大将的军队，防止他们的部属因怀念旧帅而违抗朝廷命令。同时，利用三大将的矛盾，逐个翦除。五月，赵构命令张俊和岳飞出使淮东，检阅韩世忠的兵马，筹措战守之策。实际上，赵构和秦桧布置给张、岳的任务是拆散韩家军、罗织韩世忠的“罪状”。临行前，秦桧向岳飞透露赵构的真实意图，要他到韩家军驻地去搜罗韩世忠的“罪状”。秦桧还假示关怀，要岳飞防备韩家军叛变。生性耿直的岳飞立即回答秦桧说：“韩世忠已经升任枢府，楚州的军队就是朝廷的军队。公相（指秦桧）命我带兵自卫，有什么用处呢？至于叫我去收罗同列的阴私，只会使公相失望。”岳飞和张俊到楚州后，张俊一伙按照秦桧的预谋，诬告韩世忠的心腹将领耿著，说：“耿著企图动摇军心，图谋叛逆，而且还要韩世忠重掌兵权。”岳飞事先已经知道秦桧的阴谋，对韩世忠的遭遇极为感叹，他说：“我和韩世忠一起为朝廷做事，岂能使他无辜被罪！否则，我就对不起他了。”于是立即写信急报韩世忠。韩世忠得报，紧急求见赵构，哭诉了一场。赵构假装不知道这件事，让秦桧审理耿著一案，因而耿著得以免死，以刺配流放了事。
岳飞在韩世忠的问题上秉公尽义，因此更得罪了秦桧，也得罪了赵构。七月间，岳飞从楚州回到临安。十六日，秦桧唆使右谏议大夫万俟呙首先发难，上书指责岳飞“爵高禄厚，志满意得，日渐颓惰”。具体“罪状”有二：一是柘皋之战，违反诏旨，不及时发兵，很久才到蕲、舒；二是扬言楚州不可守，沮丧士气，动摇民心。万俟呙请求罢免岳飞的枢密副使。赵构亲自出场配合，首肯万俟呙的话，说：“岳飞公然声称楚州不可守，修城有什么用，这是因为将士久戍楚州而感到厌烦，想弃城而到别处去，岳飞的用意是附合下级以钓声誉，所以说出这种话来，叫朕去依靠谁！”秦桧乘机推波助澜，说：“岳飞的话说到这个地步，而朝廷内外有的人还不知道。”接着，御史中丞何铸、殿中侍御史罗汝楫也交章弹劾岳飞，大意跟万俟呙所说相同，请求赵构“速赐处分”。岳飞立即连上三奏，要求辞职。八月九日，赵构罢免岳飞枢密副使之职，改任万寿观使的闲职。
岳飞居闲后，既无兵，又无权，但是，赵构和秦桧对岳飞的迫害并不到此止步。他们觉得岳飞虽已罢官，但他的爱将王贵和张宪仍分别担任岳家军的都统制和副都统制；同时，英勇善战的岳家军依旧存在。这些都使他们不能放心。因此，他们又施展一系列阴谋诡计，以达到杀害岳飞和解散岳家军的目的。
还在六月间，赵构和秦桧就已派林大声为湖、广总领官，不仅总管岳家军粮饷，还有权统率各军。林大声到鄂州后，想方设法收集岳飞的材料，网罗败类，企图使岳飞的部将们互相攻击，然后牵连岳飞父子。岳飞手下有一个叫王俊的前军副统制，屡次因奸贪而受到张宪的处罚，对张宪怀恨在心。林大声觅到王俊，如获至宝，便向王俊暗示了秦桧的意图。王俊受宠若惊，觉得这是难得的升官发财的好机会，还可乘机报复张宪。
林大声和王俊经过精心策划，由王俊出面诬告说，张宪曾对王俊谈及，为岳飞罢官，准备裹胁大军由鄂州移屯襄阳，逼迫朝廷释放岳飞，并把兵权交还给岳飞。如朝廷派兵来剿，则请番兵帮助。王俊的状词破绽很多，最明显的是张宪和王俊原来关系并不融洽，王俊又是尽人皆知、专事告密的无耻之徒，张宪决不会跟他推心置腹地商议这种大事。
张宪原准备去临安朝见赵构。等张宪经过镇江时，王俊的诬告状已送到了张俊手中。张俊立即在镇江将张宪拘押起来。根据宋朝的法制，枢密院无权审讯犯人，但张俊求功心切，不等将张宪解往临安，就在行府私设刑堂。张俊使用种种毒刑，把张宪打得体无完肤，企图逼迫张宪承认收到过岳飞的亲笔信，信上命令张宪设法使朝廷将兵权归还岳飞。并把王俊叫来当堂对证，但张宪宁死不屈，不肯诬认。张俊见动刑和对证都不能使张宪屈服，便假造供词，上奏说：张宪已供认“在收到岳飞文字后谋反”。
按照事先的策划，不论指使王俊诬告，或者胁迫王贵，拷打张宪，无非是为了顺藤摸瓜，以牵连岳飞父子。十月十三日，赵构传下“圣旨”，命令在刑部大理寺设立制勘院，以审理此案，然后“闻奏”。于是岳飞和岳云都被逮捕，押送到大理寺狱之中。与此同时，朝廷还出榜公布，说张宪一案“其谋牵连岳飞，遂逮捕归案，设诏狱审问”。此案由赵构亲自审理，可见关系重大。
岳飞被投入牢狱后，由御史中丞何铸、大理卿周三畏共同审讯。何铸原来附和秦桧，曾参预弹劾岳飞。审讯时，何铸传岳飞到庭，要岳飞交待“谋反”的罪行。岳飞撕开衣服，袒露背部，叫何铸看他背上刺着的“尽忠报国”四个大字。这几个字深深透入肌肤，是他老母姚氏早年亲手刺上的。何铸不禁深受感动。在继续审讯时，何铸逐步发现王俊的状词、张俊的奏章等都是无实据的诬陷之词，说明岳飞蒙受了不白之冤。他把这一看法禀告秦桧。秦桧听罢，大为不满，便向何铸透露，这次逮捕和审讯岳飞不是他秦桧的主意，而是“圣上的意思”。何铸不听，仍然据理力争，说：“我何铸岂止是为了一个岳飞！强敌未灭，无故杀一名大将，会失去士卒的信心，不是社稷长久之计！”秦桧无言以对，愤愤而去。
何铸为岳飞鸣冤，审讯工作自然毫无进展。赵构和秦桧就用别的名义，将何铸调离御史台，不久后又将他贬官。十一月二十一日，改由万俟呙、罗汝楫、周三畏等人重新审理岳飞这一案子。
万俟呙以前任湖北提点刑狱时，岳飞宣抚荆湖，曾对万俟呙很不客气，万俟呙一直耿耿于怀。这次，万俟呙主动要求负责审讯岳飞，显然不怀好意。岳飞和张宪第一次受审，被带到堂上，蓬头赤脚，浑身血染，戴着沉重的枷锁镣铐。万俟呙等人向岳飞大声呵斥道：“国家哪里亏待你们，你们二人却要谋反？”岳飞理直气壮地说：“对天起誓！我绝对不辜负国家。你们既然主持国法，就不该损陷忠臣。否则，我到冥府也要与你们对质到底！”万俟呙又追问岳飞说：“你既然不想谋反，你记不记得游天竺寺时，在壁上题有‘寒门富贵在何时’一句，这是什么用意？”罗汝楫等陪审官员一齐随声附和说：“你既然写这些东西，岂不表明想造反吗？”岳飞看到这些审讯官员无一不是秦桧的党羽，跟他们讲道理还有什么用处呢？不禁长叹一声说：“我现在才知道已落入国贼秦桧手里，使我为国尽忠之心都白费了！”说罢，闭上眼睛，再也不说一句话，任凭狱卒去拷打。
在以后的许多次审讯中，岳飞屡经酷刑的折磨，但始终以坚强的意志、非凡的毅力，忍受肉体上的极大痛苦，拒绝回答万俟呙们提出的任何问题，拒绝承认王俊、张俊等人捏造的“罪状”。为了表示抗议，岳飞开始绝食。连续好几天，岳飞一口粥也不吃。他终于病倒了。
秦桧、万俟呙还继续派他们的党羽搜检岳飞的文书档案，又派党羽分头到各地去罗致别的“罪证”。他们说，在当年淮西战役中，岳飞故意藐视同朝大将，而且是想残害友军。又说，岳飞有一次召集诸将开会，他忽然扬言：“国家今天的景况不得了啊，官家（指赵构）又不修德！”这是“指斥乘舆”，即攻击皇帝。他们还说，几年前，岳飞第一次作节度使时，曾经高兴地向别人夸耀说：“我三十二岁建节，自古少有。”而在这个年纪做节度使的，只有开国皇帝宋太祖。这是与太祖皇帝相提并论，显然怀有不测的野心。此外还编造说：岳飞罢兵权后，曾经命幕僚孙革写信给张宪，叫张宪“采取措施，另行筹画”，又指使张宪谎报金兀术大军侵犯襄、汉一带，以便占据襄阳作乱。万俟呙等人还捏造了岳云的一些罪名，说他写信给张宪，要张宪想法把岳飞弄回军中来，并说这封信已经焚毁。
在这样的“罪状明白”以后，万俟呙决定立即结案定罪。按照宋律，应该召集此案审讯官和刑部、大理寺官员一起集议。大理寺丞李若朴、何彦由提出，岳飞的罪依法只可判处两年徒刑，不应判死刑。万俟卤等人置之不理，仍然决定岳飞、岳云、张宪三人犯下了“私罪”，应该判处岳飞斩刑、张宪绞刑、岳云徒刑，并将所定罪名奏报朝廷，请赵构最后“裁断”。
正当秦桧、万俟卤等人迫害岳飞的时候，朝廷内外许多主持正义的官员展开子营救岳飞的活动。一个宗室首领力辩岳飞无罪，他说：“中原未宁，祸及忠义，这是忘记二圣，不想恢复中原了。臣愿意以全家百口，担保岳飞没有罪。”福建布衣范澄之上书指出，全国百姓不知道岳飞因犯何罪而被逮系诏狱，但又怕指责为造谣惑众，所以都不敢说话。宰辅大臣献媚虏人，急于求和。陛下正下定决心恢复祖宗大业，岂可叫将帅们互相屠杀！希望陛下特予赦宥，释放岳飞。抗金名将韩世忠不顾个人的安危，亲自责问秦桧，秦桧含糊其词地回答说：“岳飞子岳云写给张宪书虽然不清楚，但是这件事莫须有（也许有）……”韩世忠听了，义愤填膺，说道：“相公，‘莫须有’三字，何以服天下？”从此，“莫须有”成为冤狱的代名词，后代还称冤狱为“三字狱”。在赵构和秦桧一伙操纵下，爱国的官员和士大夫的营救活动都成为徒劳。
岳飞被捕入狱后，赵构、秦桧一伙加紧向金朝投降。十月，赵构派吏部侍郎魏良臣等出使金朝，在兀术面前再三叩头，哀求甚切，兀术才准议和。十一月，宋、金和谈成功，金朝规定宋朝投降的条款为：划定两国的国界，东从淮水、西到陕西大散关以北的土地全部归金朝所有，宋在京西割唐、邓二州，陕西割商、秦二州之半给金；仍向金称臣，每年奉送金朝银子二十五万两和绢帛二十五万匹。
赵构和秦桧一伙屈膝投降后，又按照金朝统治者的意旨，决定对岳飞下毒手，置岳飞于死地。
绍兴十一年冬，岳飞经过许多天的绝食，身体已经极度衰弱。赵构审批尚书省转呈的刑部大理寺奏状，当即下旨：“岳飞特赐死。张宪、岳云并依军法施行，命杨沂中监斩，仍多差将兵防护。”刑部大理寺原来议定不杀岳云，但赵构和秦桧一伙连岳云也不肯放过。
当天，大理寺执法官遵旨进入狱中，作最后的处决。他们再次提审岳飞，逼他在供状上画押。岳飞知道已经到了生命的最后时刻，他仍然坚持自己抗金爱国无罪，决不乞求开恩赦免。不过，他觉得如果老天有眼，一定会证明自己的一生光明磊落，无辜被害，于是他镇定自若地取过笔来，在供状，上写了八个大字：“天日昭昭，天日昭昭！”狱吏拿来毒药，放入酒中，岳飞一饮而尽。张宪、岳云同时也被押赴刑场。三位民族英雄就这样没有战死在抗敌的疆场上，却惨死在妥协投降派的毒刑下。这时，岳飞仅三十九岁，岳云二十三岁。
岳飞等三人被害的同时，岳飞和张宪的家属也受到株连，按照赵构的“圣旨”，被分别押解到广东、福建拘管，家产被查抄，没收入官。岳飞的许多部将都卓有战功，这时都被作为岳飞的同案犯，根据赵构的“圣旨”，被判处流放、监管、杖脊等刑罚。一些曾为岳飞鸣冤的官员也都受到牵连，被贬官或罢官，不一而足。岳家军由张俊的心腹田师中接管，牛皋被毒死，很多将领被田师中用各种名义驱逐。至此，岳家军实际上已被瓦解。
岳飞被害后，不断有人为岳飞喊冤。二十年后，赵构才下诏释放岳飞和张宪的家属，准许他们随意定居。直到宋孝宗即位后，为了平息民愤、鼓励将士抗敌，才正式昭雪岳飞的冤狱，追复他原有的官职，并将他的遗体依礼改葬。后来，在鄂州替岳飞盖造“忠烈庙”，表示纪念，迫封鄂王。宋理宗对岳飞改谥“忠武”。至此，岳飞终于恢复了他的抗金名将的名誉，受到后世的景仰。岳飞一生英勇抗金，体现了高度的爱国主义情操，这已成为中华民族精神财富的重要组成部分。
