刘备一入成都，即开府治事。刘备的头衔现在已经不少了，有汉献帝正式任命的左将军、豫州刺史，有群下推举的荆州牧，有刘璋表奏的大司马、司隶校尉。据《三国志》记载，刘备进入成都后，“复领”益州牧。“复领”的意思是再次兼任，意味着之前已经担任过该职。这个说法是错误的，刘备从未担任过这个职务。
但这又不像是陈寿的笔误，推测起来，有可能陈寿也不知道该怎么写更好，上一次在荆州被手下人“推举”，已经很没面子了，现在如果再来一次，其合法性将受到更大的挑战。“复领”与其说是误记或错别字，不如说是装一次糊涂。
在上面所有职务中，刘备认为有两个是实的，其他都没用。一个是左将军，一个是益州牧。开府，就是组建左将军府和益州牧府，一个主武，一个主文，是两套班子。
刘备的这个左将军，相当于“大军区司令”，论军衔比四征将军还要高，按照朝廷制度可以开府治事，组建自己的办事机构。根据《汉官仪》，左将军府中可以设长史、司马各一人，长史主行政相当于“秘书长”，司马主军事，他们二人品秩都是一千石。再往下，设掾属29名，另有从事祭酒、从事中郎等。掾相当于各处的“处长”，掾属是掾的副手，相当于各处的“副处长”。
作为“大军区司令”，左将军可以管辖各将军及部曲、校尉。之前，在刘备以下已有荡寇将军关羽、征虏将军张飞两位有名号的将军，黄忠、赵云、魏延等人的军衔介于偏将军、裨将军、校尉等之间，诸葛亮的军衔是军师中郎将。刘备对他们的军衔重新进行了一番调整，马超新附，其在军中的资历、影响力都远远高于关羽、张飞等人，刘备拜其为平西将军。如果左将军相当于“西南军区总司令”，平西将军就相当于“副总司令”。
他们二人之下，关羽、张飞的军衔已经是将军，此次未变，其他人的军衔得到了擢升。赵云被提升为翊军将军，黄忠之前是裨将军，此次被提升为讨虏将军。魏延之前的身份是“部曲”，由于入蜀后作战勇敢，被提拔为牙门将军。
诸葛亮此前是军师中郎将，刘备升其为军师将军。中郎将之上还有裨将军、偏将军、副将军等，刘备对诸葛亮的任命，是一次越级提拔。此次进入益州作战，诸葛亮独当一面，指挥张飞、赵云等部，但他的军衔并不高，经过越级提拔，在名号上诸葛亮已与关羽、张飞等人同列。
诸葛亮不仅受到破格提拔，而且左将军府的日常事务刘备也交给诸葛亮来处理（署左将军府事），这进一步体现出刘备对诸葛亮的重视。
在诸葛亮建议下，刘备还任命许靖为左将军府长史，此人是豫州汝南郡人，跟袁绍是老乡。当年他跟堂弟许劭在家乡主持“月旦评”，品评当世人物，名气特别大，当年还没有出道的曹操都慕名前去拜访，希望他们能为自己说几句好话。那句“清平之奸贼，乱世之英雄”的著名评价，就是许劭给曹操的。在目前的益州，论知名度无人出许靖之右，把他请出来到左将军府任职，而且还不是闲差，可以为刘备树立一个求贤若渴的好榜样。
担任左将军司马的是庞羲，之前说过，这个人很不简单，是绝对的地方实力派，是个连刘璋也忌惮三分的人物。因为护送刘焉的孙子入蜀有功，庞羲深得刘焉的信赖，手握重权，是刘焉的“托孤重臣”之一。庞羲的女儿嫁给了刘焉的长子刘循，他们还是儿女亲家。庞羲此人一向居功自重，刘璋上来后对他并不信任，但也拿他没办法。刘备征庞羲为司马是一着好棋，既解除了庞羲的兵权，又利用了庞羲在益州的影响力。庞羲自到刘备手下后便偃旗息鼓，不再生事。
左将军府的长史、司马类似于“秘书长”的角色，以下是左将军府各曹，相当于各个“处室”，其中西曹因职掌人事而最重要，刘备任命刘巴为西曹掾，相当于左将军府“人事处处长”，这项任命一来出于对刘巴为化解经济危机立下功劳的回报，二来可能出自诸葛亮大力推荐。刘备尽管承认刘巴是人才，但内心里还是不怎么喜欢他。不过，刘巴脾气不好也不尽是坏事，对于人事工作来讲，不愿意得罪人很难干好，请刘巴负责人事，倒也正符合他的个性。
其他担任左将军府各曹的掾及掾属者无法细考了，只知道有一个是马良。马良与诸葛亮关系一向密切，上次诸葛亮曾派他给刘备送信。马良本在荆州，雒城攻克后，马良曾给诸葛亮写信说：“听说雒城已拔，此乃天意。尊兄应接受上天安排，辅佐圣君，光耀国家。”从这封信里，可以看出马良和诸葛亮之间无话不谈。对于未来如何治国，马良也有自己的一番思考，他向诸葛亮建议一要广泛征集人才，二要加强国家治理，营造一个安定的局面，建立盛事。
左将军府还设从事祭酒、从事，类似于“高参”“顾问”的角色，初期担任过此职的有何宗、秦宓、伊籍等。何宗字彦英，是益州蜀郡人，汉朝司空何武之后，少时拜益州本地人任安为师学习《诗》《书》以及图谶、天文推步之术，刘璋时曾任犍为郡太守，刘备任命他为从事祭酒，相当于“参谋处长”。秦宓字子敕，益州广汉郡人，少有才学，州郡征辟皆称病不去，刘备听说他的名声，又加上当地太守的推荐，任命他为从事。伊籍字机伯，他既不是益州人，也不是荆州人，他的祖籍在兖州的山阳国，早前追随刘表，后依附于刘备，《华阳国志》视其为麋竺、简雍一类的人物，现在担任从事。
总的来说，刘备以左将军的身份统一领导军务，稍下是军职略低一些、更多在于名义的马超，再下是关羽、张飞、赵云、黄忠、诸葛亮等一批有名号的将军。刘备的军事指挥机构是左将军府，平时的日常事务由诸葛亮负责，许靖、刘巴、马良、何宗、伊籍、秦宓等人是诸葛亮的助手。
