奥皇弗兰西斯为了保住他对意大利的控制，下定决心，不惜任何代价，要为曼图亚要塞解围。而法军司令如不迅速攻下该要塞，就会腹背受敌：既要同兵力大得多的敌军作战，而后方还会遭到曼图亚守军的威胁。
奥地利正在作出空前的努力，要把这位狂妄的青年将军从意大利驱逐出去。这个地方奥地利历来视为它的禁地。弗兰西斯决心收复他在意大利的属地。
到1795年6月初，拿破仑不仅从奥地利总督费迪南大公手中夺回了整个伦巴第，而且还出师中立的威尼西亚共和国。
他这样做并非师出无名，因为博利厄为了确保自己能退往特伦提诺，已经占领了威尼西亚的佩斯基耶腊要塞。博利厄率领1.4万名奥军固守在曼图亚要塞，等待着援兵的来临。
拿破仑来到威尼西亚境内后，即将曼图亚包围起来，封锁了阿迪杰河的右岸。到6月底时，奥地利增派了老将维尔姆泽带着4.7万人前来解围。
7月29日，维尔姆泽开始发起进攻，经过一天交战，奥军迫使法军的马塞纳师从阿迪杰河与加尔达湖之间的中心地带向后撤退了20公里。
面对这一打击，拿破仑立刻从防线撤回所有部队，并把他们集中在加尔达湖以南地区。
维尔姆泽此时将部队转而西进，企图与其右路纵队科斯达诺维奇会合，但拿破仑已命马塞纳师和奥热罗师在斯蒂维耶雷挡住了去路。双方于是在斯蒂维耶雷展开了激战。
由于奥热罗和博阿蒙率领的一个骑兵旅从左翼奔袭成功，维尔姆泽在死伤6000人后不得不退回到明乔河一线。
在斯蒂维耶雷，拿破仑曾处于十分危急的局面，假如维尔姆泽与科斯达诺维奇取得联系，那么法军早就被打垮了。由于拿破仑的反应敏捷，行动神速，才使法军转败为胜。
现在，维尔姆泽率部转而向东，企图经巴萨诺和维琴察进军曼图亚而迂回包抄拿破仑。而拿破仑却沿法尔索加纳和上布仑塔河谷穷追维尔姆泽。
到9月8日，法军追上奥军，经过又一场激战，法军俘敌3000名并缴获35门火炮。维尔姆泽残部逃进曼图亚，该要塞再次被法军围困了。
表面看，奥地利这支庞大而精锐的军队在如此之短的时间内即被打得落花流水，是由于拿破仑的机动灵活。
但实质上还在于维尔姆泽作战犯了兵家大忌，他兵力分散，互相隔离，因而全局的优势变成了局部的劣势，给了拿破仑以集中优势兵力，各个击破的可乘之机。
奥军分兵的根源在于对法军的轻视，他们没有，也不可能从被各个击破的角度上来制订自己的进军计划。这是一切久负盛名而养成狂妄自大军队的通病。
当得知维尔姆泽被困以后，奥地利宫廷放弃了德国战场上的节节胜利，不是从正面威胁法国心脏地区，迫使法国倾全国之兵来回巡防莱茵战线，而是从节节胜利的莱茵战线抽调两个军团共60000余人，由阿尔文齐元帅指挥，命令他去解救曼图亚和维尔姆泽。
这种过分计较一城一地之得失，过分重视帝国荣誉的做法，又一次给拿破仑以可乘之机，从而彻底丧失了对法作战的主动权。
假如奥军具有战略眼光，以得胜之师猛攻法国的洛林地区，并进而威胁法国心脏，必然迫使拿破仑退出意大利战场，再度翻越阿尔卑斯山，以疲劳之师去防守洛林，则不仅意大利战事可解，拿破仑前功尽弃，法国也将岌岌可危。
可奥地利没有这样做，而是自己去翻越阿尔卑斯山，劳师远征去解救曼图亚。
这种作战指导思想是相当陈旧和愚蠢的，在拿破仑面前注定了又一次的失败。
11月15日到17日，拿破仑从阿尔科拉侧翼猛攻奥地利军团。其中，阿尔科拉桥争夺战最为激烈。战斗进行了3天，阿尔科拉桥三易其主，中间反复争夺，双方牺牲都很大。
在决定胜负的关键时刻，拿破仑手擎战旗，率先冲到桥上，并把法国军旗竖在桥上。统帅率先垂范，全军欢声雷动，一鼓作气，夺取了阿尔科拉桥。阿尔文齐军队被粉碎了。
双方苦战，都很疲倦。休整一个月后，1797年1月14日在阿迪杰河口处的利沃里高地，两支大军又展开了3天血战。
拿破仑此时培养了一大批得心应手的将领，参谋长贝尔蒂埃就是其中之一。
贝尔蒂埃于1753年出生于凡尔赛，他的父亲是路易十六时代的地形测量工程兵团司令，他在父亲的关怀下从小就受到了良好的军事教养。
1796年3月，贝尔蒂埃晋升为少将，担任拿破仑的总参谋长。他伴随拿破仑参加了所有的意大利战役，两人配合默契、相得益彰。贝尔蒂埃顽强而有活力，具有海格立斯般的体魄，对作战的一切细节，例如各个军的运动，部队人数、宿营和指挥人员，他具有惊人的记忆力；他执行任务迅速，对他永远可以信赖；他仔细认真，非常善于使用地图，能十分锐利地判断地形的特点，擅长以简明的语言报告最复杂的军事行动；他经验丰富，十分机智，在战斗时知道应该向哪里下达命令，并且能够亲自监督执行这些命令。
在战场上，贝尔蒂埃简直就是司令官的活电报。在司令部的办公桌旁，他是司令官的不知疲倦的自动打字机，他是总揽司令部一切高级职权的将领的一个模范参谋。
拿破仑评价贝尔蒂埃说：“他工作非常积极，每次我实地勘察和外出巡视他都陪侍左右，而又从不耽误自己的公务，他具有一个优秀参谋长的一切素质。”
拿破仑还评价说：“他很会识图，通晓一切侦察手段，总是亲自发布命令，对于较为复杂的部队调动都能指挥自如、有条不紊。”
拿破仑具有巧用地形天险的天才，他命令马塞纳从左面突破奥军，又令儒贝尔的步兵和勒克莱尔的骑兵在奥军进攻阿迪杰河谷向利沃里高地前进时，从仰坡上居高临下发动冲锋。
虽然法军在布兰塔河上守住了阵地，但是提罗耳的法军却被迫沿着阿迪杰河谷败退。这支法军损失甚大，以致拿破仑不得不下令全军向维罗纳退却。
他看出从维罗纳这个中心位置可以制止阿尔文齐的军队从维琴察向西挺进，并使其不能与达维多维奇率领的奥军会师。
当时达维多维奇正力图把沃布瓦师从利沃里高原逐出。但是，在拿破仑于维罗纳城郊向阿尔文齐挑战之前，他先到利沃里高原上的法军驻地进行了一次匆忙的视察，对动摇的人进行斥责，并以他自己的大无畏精神鼓舞全军。
拿破仑把这两团兵排列在他的周围，然后以悲伤和愤怒的声调对他们讲了话。他斥责他们不该在慌张中放弃了他们的坚固阵地，并命令他的参谋长在这两个团的团旗上写上这个不祥字句：“他们不再属于意大利方面军了。”
士兵们受到斥责，羞愧难当，哭着恳求这位将军对他们的勇气再考验一下，而不要马上让他们蒙受这一终身耻辱。这位青年指挥官早已算到，对法国士兵讲这番话必然会产生这样的效果。于是他答应了他们的请求。
果然他们在以后的战斗中英勇杀敌，把一切污点都从他们的团旗上洗刷干净。他就是用这样的行动来鼓舞他的部下以寡敌众，扭转危局的。
战场上只见战马嘶鸣，刀光闪闪，枪炮声响成一片。奥军的前锋先被摧毁，后续的1.5万兵力被击溃。全部的大炮和军需品被法军缴获，法军大获全胜，阿尔文齐踉跄逃窜，败退提罗耳，哪里还顾得上去解救曼图亚要塞。
仓皇中，阿尔文齐吓昏了头，他忘记了如何去支援担任佯攻任务的普罗韦拉部队。但拿破仑并没有忘记这个关键问题，他命令儒贝尔乘胜追击，自己则率优势兵力飞速南下，直扑普罗韦拉的近20000人马，将普罗韦拉及其手下近20000人全部俘虏，拿破仑又打了一个大胜仗。
阿尔文齐和普罗韦拉的接连失败，彻底断绝了困守曼图亚奥军坚守待援的希望。
1797年2月2日，老元帅维尔姆泽率领一群疲兵向年轻的统帅拿破仑无条件投降。维尔姆泽交出曼图亚要塞，率领部下18000人向法军投降，并献出了大批军火和军需品。
此时的拿破仑又成为一个政治家和心理学大师。他十分慷慨地拒绝了某些将军终生企盼的接受对方最高统帅放下、交出宝剑的投降仪式，给了维尔姆泽这位70岁的老元帅优厚的礼遇，向未来的谈判对手奥地利表示了谦逊和宽厚的姿态。
这场奇异的战役的结局，由于拿破仑的宽大行动而更增添了光彩。这位久历戎行的奥军元帅得到了宽大的待遇。
他对维也纳那些屡次造成大错的军机大臣们的忠心耿耿的盲从对照之下，却更突出地显示了这位青年将星的慎重、大胆和善于应变的才华。
利沃里的胜利和攻克曼图亚后，拿破仑打开了整个威尼西亚领土的大门，他立即利用这一大好形势，派儒贝尔率领3个师追击逃向蒂罗尔的阿尔文齐，命令马塞纳自维琴察和巴萨诺向布伦塔河谷开进以支援儒贝尔。同时，他本人则再次南下以对付教皇庇护六世，因为他认为教皇庇护六世在履行去年6月签订的波伦亚条约的条款方面，似乎有些拖拉。
维克托此时已晋升为师长，拿破仑派他去讨伐伊莫拉和法恩扎。这时该轮到严惩罗马教皇了，因为他支持了法国的敌人，是不足道的。他们在推进的法军面前，望风而逃。
法军长驱直入，一下子就到了安科纳。随着进入内地，直捣托伦蒂诺，教皇庇护六世就在那里向法军求和。
在掠夺了教皇的许多财宝并再次以进军罗马相威胁后，1797年2月19日，拿破仑在安科纳以南的托伦蒂诺与教皇的代表签订了一项条约，该条约规定教皇把波伦亚、斐拉拉、罗巴格纳和安科纳等教皇属地割让给法国。这样，拿破仑在亚德里亚海就获得了一个立足点。
3月2日，他在轻而易举地获胜后，回到了曼图亚。
出于进军奥地利和追歼奥军的需要，拿破仑此时请求督政府进一步给予增援，督政府立即派贝尔纳多特将军率一个师的兵力增援拿破仑，使其总兵力达到了50000多人。
这时，奥军也对部队进行了整编。他们从莱茵战场调来了奥皇的弟弟查理大公，让他来指挥奥军在意大利的部队，查理大公年轻能干，但是他所急需的增援却迟迟未到。
1797年3月10日，拿破仑开始新的进军，6天之后，已来到塔利亚门托河，沿途仅遇到轻微抵抗。奥军在撤退中损失了500人和11门火炮。
3月19日，法军在激战后攻克了格拉迪斯卡并渡过了伊松左河。不久又北上到达卡普利托，同时占领了奇维达和乌迪内。
4月2日，法军马塞纳部的前卫进入施蒂里亚省。在此穿过谢弗林和犹登堡向穆尔河谷挺进。到4月4日，奥军的抵抗完全停止。
眼看大势已去，查理大公派出代表与拿破仑会晤，会后双方达成了一项休战协定。
关于拿破仑对奥战役中的其余几个阶段就无须赘述了。直到那时，与他对阵的是一些相当好的军队，尽管这些军队心怀不满，士气消沉，其将领指挥无能，且崇山峻岭又把他们和他们的真正作战基地隔断。
在战役的结尾阶段，与拿破仑作战的对象则是几乎每战必败因而军心涣散的军队。
这时奥军虽由一位智勇兼备的将领查理大公指挥，但他受到种种的牵制：如维也纳的僵硬指示，其他将领的老朽无能，得不到提升的青年军官们对官方用人唯亲的愤怒或绝望，以及意气沮丧的士兵的无心再战。
不论是查理大公的军事才能或是奥军在弗留利和卡林西亚的天险阵地，都抵挡不住一支受到胜利鼓舞，斗志旺盛，且调度十分得当的老练战士的队伍。
在不断的征战中，拿破仑萌生了一个想法，同时给自己提出一个问题：今后要为谁而战？他的答案是显而易见的，他既不想为督政府而取得胜利，也不想为波旁王朝而取得胜利。而且是从这时起，他的信念逐渐坚定起来。
不管是指挥战斗，还是签订和约，拿破仑都是按照自己的意志行事的，他根本不去理会他们的意见。但是，没有人去责备他，因为他的战绩使他获得了无可争议的声望。他把一支纪律涣散的队伍训练成为绝对忠诚的军队，不但什么也不要求，还源源不断地给法国运回财富，并且打赢了许多震撼欧洲的战役，接连使数个国家臣服，他是法国的骄傲。
拿破仑摆出了总督的派头，开始了对意大利北部的治理。他同样两手并举：一方面大量掠夺，不仅解决意大利军团的给养问题，并运回法国巴黎大量金银和艺术品；另一方面，残酷镇压意大利当地人的反抗。
不过总的来看，法军在意大利被当作“解放者”而受到主流社会的欢迎。
拿破仑利用自己的意大利血统，以及意大利人高傲的心理来减轻对法军占领的阻力。
意大利1000多年来始终沦为各种各样人的征服地，古罗马的荣光早成为昨日黄花。
如今看见这位年轻的有意大利血统的拿破仑将军重提古罗马的光辉，怎么能不热血沸腾呢！
他们中的多数对法军热烈欢迎，几乎视拿破仑为当代的恺撒，意大利的国王以受到拿破仑的接见和鼓励为荣。
如果说在意大利战役之前，拿破仑考虑的是如何当好将军，如何打好仗的问题，而在意大利战役之后，首先是拿破仑本人，然后是法国人民，已经不再把拿破仑单纯看成是一个战场上的能手了。
接下来的问题，是如何以军事胜利作为资本，何时登上政治舞台的问题了。
