努尔哈赤正式伐明是在天命三年（1618年）二月壬寅，他以“七大恨”祭告天地，宣布不承认对明朝的附属关系，率两万步骑向明朝发起进攻。努尔哈赤分兵两路，左四旗进攻东州、马根单二城，很快攻下；右四旗攻打抚顺，抚顺城以东诸堡大都为后金军所攻占。
明朝降清第一人李永芳，就是在抚顺正式臣服的。努尔哈赤欣喜若狂，将在明军中没有品级的游击李永芳任命为三等副将，并将自己的亲孙女、阿巴泰的长女许给李永芳做老婆。李永芳受宠若惊，誓死效命，以报恩赏，后来晋升三等总兵，还得了太祖“免死三次”的特权，荫庇子孙。此为后话。
后金军袭占抚顺、清河后，曾打算进攻沈阳、辽阳，但因力量不足，两翼受到叶赫部的威胁，同时探知明王朝已决定增援辽东，便于九月主动撤退。
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“七大恨”不过是宣传书而已，但努尔哈赤早在万历十一年（1583年）以十三副遗甲起兵索报祖父仇时，就开始积蓄伐明的力量了。
努尔哈赤家族虽在关外，但从其六世祖孟特穆（即后来被追尊的肇祖原皇帝，明朝与朝鲜文书中写作“猛哥帖木儿”或“猛哥帖木尔”）起，就是明朝皇帝的臣民。猛哥帖木儿为女真斡朵里部首领，被蒙元朝廷封为斡朵里万户府的万户，明元大战时他率部东移，归附朝鲜王，仍为万户。明永乐帝继位后，大力招抚女真，设立卫所，并遣使朝鲜，强迫朝鲜新王放回猛哥帖木儿一部。朝鲜王恩威并施，也想留住猛哥帖木儿，怎料猛哥帖木儿见到永乐帝的收复敕谕和使节后，一面对监视的朝鲜官员说“我等不从朝廷招安”来麻痹朝鲜王，使其放松警惕，一面寻找机会随从明朝使臣王教化前往京师（应天府，今南京）觐见明朝“天皇帝”。天子坐明堂，封官又赏物。此后，猛哥帖木儿家族就世袭明朝建州卫指挥使、都督等职，掌管卫所事务，同时向朝廷进贡，并率部随明军征战。
努尔哈赤的祖父觉昌安是建州左卫枝部酋长，为明都指挥使，人少势弱，与其子塔克世早期依附建州“强酋”亲家王杲。努尔哈赤的父亲塔克世继任建州左卫指挥使，母亲喜塔腊氏为建州右卫都指挥使王杲（《清史稿·后妃传》作“都督阿古”，二者为同一人）的长女。
努尔哈赤十一岁、舒尔哈齐五岁时，生母去世，家事由继母纳喇氏主持。继母为人刻薄，对塔克世吹枕边风，与二子分居，且给的财产很少。无奈，舒尔哈齐便跟随哥哥离开家，寄居在外祖父王杲门下。
万历二年，明朝辽东总兵李成梁率军攻陷王杲的古勒寨，努尔哈赤和舒尔哈齐双双被俘，被充作幼丁，随军征战。每次作战，明军都让女真俘虏打头阵去玩命冲杀。几仗下来，大部分女真俘虏兵都战死，只有努尔哈赤兄弟侥幸活下来，并且练就了一身健壮的体魄和精湛的武艺。
万历十一年，努尔哈赤的祖父觉昌安和父亲塔克世被建州左卫图伦城主尼堪外兰诱杀，死在明朝的乱军之中。努尔哈赤兄弟悲痛欲绝，一起离开明军，决定为死去的亲人报仇。此仇，后来被努尔哈赤写进了反明檄文《七大恨》：“我之祖父，未尝损明边一草寸土，明无端起衅边陲，害我祖父，此恨一也。”（《清太祖高皇帝实录》卷五，天命三年三月壬寅）
但是，努尔哈赤势孤力薄，远不能与拥兵百万的大明“天皇帝”交锋，乃诿过于尼堪外兰，指责其唆使明兵杀害父祖，奏请明臣执送。不料这一要求竟惹恼了骄横跋扈的明朝边将，被视为无理取闹而一口拒绝，明将并宣称要于甲版（今抚顺东甲邦）筑城，令尼堪外兰为“建洲国主”，因而尼堪外兰威望大升，“于是国人信之，皆归尼堪外兰”，甚至连亲族子弟也“对神立誓”，欲杀努尔哈赤以归之。尼堪外兰则乘机逼努尔哈赤“往附”，俨然以建州国主自居。
努尔哈赤只好向李成梁低头，同时以建州右卫指挥使长子的身份向朝廷臣服，得“敕书三十道，马三十匹，封龙虎将军，复给都督敕书”。努尔哈赤重整父祖旧部，又得额亦都、安费扬古等一批能臣猛将归附，于是制定了优遇女真（满洲）、联合蒙古、“豢养尼堪”三项既定策略（后被称为国策）。
努尔哈赤不敢正面叫板明朝辽东守军，而是主动屈膝示弱，同时阳尊明帝，向朝廷进贡。与此同时，他玩阴谋，首战打掉了杀父仇人、图伦城主尼堪外兰的势力，选择时机征服了浑河部、董鄂部、苏克素浒部、哲陈部、完颜部、朱舍里部、讷殷部，统一了建州女真。
对于尼堪外兰及叶赫部与努尔哈赤的恩恩怨怨，蔡东藩在《清史通俗演义》中说：“图伦城主尼堪外兰，与叶赫部主纳林布禄，名为满洲之仇敌，实皆满洲之功臣。自古英雄豪杰，不经心志之拂乱，未必能奋发有为，故敌国外患之来，实磨砺英豪之一块试金石也。”
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努尔哈赤征战女真，明朝总兵李成梁也没坐观虎斗，而是支持另一个强大的叶赫部联手乌拉部，与努尔哈赤不时火拼。
努尔哈赤与叶赫部本有联姻关系，其第三任大福晋是叶赫部首领纳林布禄的妹妹孟古哲哲。纳林布禄和努尔哈赤后来水火不容，但纳林之父、叶赫部老首领杨吉砮却对努尔哈赤青眼有加，将只有八岁的孟古哲哲许配给了努尔哈赤，说等到孟古哲哲长到出嫁的年龄，一定把她送往建州完婚。当时，努尔哈赤很乐意与叶赫部联姻，以壮大自己的势力。六年后，孟古哲哲嫁给了努尔哈赤，并为他生了后继之君皇太极。
孟古哲哲生下皇太极第二年，即明万历二十一年（1593年）九月，叶赫部首领布斋（杨吉砮之侄）纠集了海西女真扈伦其他三部的哈达部、乌拉部和辉发部，长白山二部的珠舍里部、纳殷部，以及蒙古科尔沁部、锡伯部和瓜尔佳部，集结三万兵力，组成九部联军，分三路进攻努尔哈赤的建州女真。面对汹汹强敌，努尔哈赤表现出了卓越的军事才能。激战的结果是，努尔哈赤以少对多，完胜九部联军，叶赫首领布斋被杀，乌拉部贝勒布占泰被擒。
四年后，叶赫部为了向努尔哈赤示好，曾以布斋之女（即传说中的叶赫老女）许婚努尔哈赤，但又反复另配他人，激怒了努尔哈赤，努尔哈赤说：“此女之生，非同一般者，乃为亡国而生矣！以此女故，哈达国灭，辉发国亡，乌拉国亦因此女而覆亡。此女用谗挑唆诸申国，致启战端。今唆叶赫勾通明国，不将此女与我而与蒙古，其意使我为灭叶赫而启大衅，借端构怨，故与蒙古也！我即得此女，亦不能长在我处，无论聘与何人，该女寿命不会久长。毁国已终，构衅已尽，今其死与将至也。我纵奋力夺取此女，亦不能留于我处。傥我取后迅即殒命，反流祸于我矣！”（《满文老档》“太祖皇帝”第四册《叶赫以努尔哈齐所聘女改适蒙古》）
电视剧《太祖秘史》将叶赫老女虚构成东哥，与努尔哈赤爱得死去活来、天荒地老，这不符合史实。在历史上，努尔哈赤对此女并不感兴趣，他们甚至缘悭一面，努尔哈赤只是将叶赫老女写进了伐明的“七大恨”：“明越境以兵助叶赫，俾我已聘之女，改适蒙古，此恨四也。”（《清太祖高皇帝实录》卷五，天命三年三月壬寅）
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李成梁在大力资助努尔哈赤对手的同时，也在积极挖他的墙脚。努尔哈赤的得力助手和主要战将为其亲弟舒尔哈齐。在长期的征战中，舒尔哈齐的军功越来越多，声望越来越高，成为威望和受礼与努尔哈赤不分伯仲的二号人物，但他和努尔哈赤的关系也越来越微妙。原来兄弟俩平起平坐，后来君臣有别。尤其舒尔哈齐两次代表努尔哈赤进京朝贡、述职，大开眼界，故而生出了取代努尔哈赤成为女真之主的野心。
明王朝统治者似乎看中了舒尔哈齐的野心，也不停地抬高他的地位。明政府先是给他都指挥使的正二品武职，与努尔哈赤的都督品级相等。后来明辽东左都督李成梁又让儿子李如柏娶舒尔哈齐的女儿为妾，在当时有歌谣“奴酋女婿作镇守，未知辽东落谁手”。又有明朝遗臣黄道周留下记载，连努尔哈赤的长子褚英都对明朝十分忠诚。这是抗清名臣的反间计，还是李成梁也对其玩攻心计？这没有真实记载，权作猜测而已。
外忧未除，内患又起。努尔哈赤在灭掉乌拉、叶赫二部后，又囚杀亲弟，诛杀长子。万历四十四年，努尔哈赤在赫图阿拉称“覆育列国英明汗”，建国“大金”（史称后金），改名天命。此时的努尔哈赤，已经攻占了大部分女真部落，决意和明朝撕破脸。
两年后，即后金天命三年（明万历四十六年，1618年）正月，大汗努尔哈赤对诸贝勒宣布：“吾计已决，今岁必征大明国！”（《清太祖高皇帝实录》卷五，天命三年正月丙子）继而，他以“七大恨”告天，起兵伐明。当时的努尔哈赤起兵，总兵力不过数万，必然自知远远不足以撼动强大的明军，但他仍然敢以身涉险，无疑是抓住了明朝廷天子昏聩、宦官乱政、将相争权等弱点。当然，他当时的心态，也许只是向长期压制在自己头上的“太上皇”、辽东都督李如柏发出抗议。
李成梁在万历四十三年已经死了，而其子李如柏与努尔哈赤的后金大军在萨尔浒大战，引军防懿路，出鸦鹊关，甫抵虎拦路，未遇敌即溃，死者千余，被弹劾还京，最后无法承受世人非议，于天启元年（1621年）九月十三日于宅中自杀。
