三次忍界大战如火如荼，由于绳树没有阵亡，也就没有发生纲手提出医疗忍者上前线的事件，也就没有加藤断支持纲手而让两个人成为恋人的事情，纲手依然在前线为木叶村发光发热。
大蛇丸也没走对复活忍术那么热衷，只是像一个普通的禁术那样做研究，他现在的视线依然在纳米研究方面，顺带做一些纳米与生物结合让肢体再生的尝试。
至于自来也，也基本摆脱了辅助系统的桎梏，形成了独有的战术体系，不过他并没有卸载控制系统，只是当做一个聊天工具，来述说自己对这个世界的思考和对纲手的有色心没色胆。
漩涡辛久奈因为没办法出村，所以每天都会来宇智波狸家里大发无聊的时间，在宇智波狸的教导下学习怎么成为一个贤妻良母，不过教导的信息稍微有些偏差，对付男人方面却越来越娴熟，那些手段让波风水门苦不堪言又乐在其中。
水门在自来也的带领下，技战术越来越出色，尤其是他对通灵术一类的时空忍术非常的精通，瞬身术也非常的出彩。
自来也用自己的功勋给自己的徒弟兑换了二代火影的成名忍术“飞雷神之术”，他认为水门很适合修炼这个忍术，有一个封印世家漩涡家的女朋友，再加上本身空间感非常好，没理由修炼不成这个忍术。
要说水门还真的适合飞雷神之术，在第一次尝试空间跳跃的时候，就成功了，虽然发动的准备时间有些长，耗费查克拉有些大，跳跃距离有些短，但是这些都不是问题，有了一个好开头，其他的都可以通过修炼来改善。
看着两小只这么小就喜欢四处撒狗粮，杜远游是不待见他们的，就连宇智波一平他都不待见，任何在他面前秀恩爱的都是他的阶级敌人。
杜远游眼不见不烦，不过为了自家男朋友，辛久奈总是以来找杜五毛玩为借口，不停的围着杜远游转悠，而且每次她离开杜远游总会发现仓库里的忍具少了一些，面对狸，千夏和辛久奈讨好的眼神，他也没办法说什么，也就默认了辛久奈的存在。
不过杜远游对波风水门可一点也不友好，每次都会拉着跟随辛久奈而来的水门以切磋的名义进行单方面的殴打，打的遍体鳞伤，然后给他治疗，治疗好了再殴打，直到辛久奈晚上回家之前水门都会痛并快乐着。
水门并没有因为杜远游下狠手而退缩，虽然面对杜远游没有任何的还手之力，但是他清楚的知道自己在对战中对自己的保护越来越好，神经的反应速度也越来越快，如果说波风水门在杜远游这里也算天才的话，那就是挨打的天才。
波风水门发现，自从跟随杜远游“修行”之后，面对外村忍者自己受伤的几率下降了，这也是他每次回村之后乐此不疲的跟随辛久奈来杜远游的小院来拜访的原因。
而且每次辛久奈都会偷偷的塞给他许多非常精良的忍具，他的忍者公寓都可以开精品忍具展销会了，赚大发了。
不过他还是没有把这些精品甚至可以传世的忍具拿出去卖，他知道辛久奈可以偷，他可以用，甚至他可以把忍具交给他的朋友，但是不能用这个来牟利，因为这个不符合他的忍道，当然了，如果真的卖了牟利，自己和辛久奈与杜远游的缘分就尽了，这是他最不愿意看到的。
前线有三忍坐镇，后方的三代火影正值壮年，虽然木叶“白牙”自杀，但是所有的火影忍者都不认为第三次忍界大战失败的会是木叶一方，即使敌对的忍村把人柱力搬上战场，在木叶忍者众志成城之下，各国也没走什么进展。
木叶村的计划是集中力量先击溃砂隐村，因为砂隐村的攻击最疯狂，几乎没有和解的可能，只有彻底的击溃他们杀掉大部分砂隐村的有生力量才能让火之国和风之国的和平真正到来。
至于土之国，两天秤大野木是一个机会主义者，只要击溃砂隐村，再切断土之国岩忍的前线补给，那以大野木的性格，战争有可能真的打不下去了。
最麻烦的是云隐村，这个村子就像牛皮糖一样，不打不和，就这样始终对峙，让木叶没办法抽调雷之国方向的忍者支援其他方向。
还有水之国，这个疯狂的村子现在还没有进军大陆的计划，但是没有不代表不防备，万一在木叶与风之国鏖战的时候从背后捅刀子，这个是木叶无法承受的，所以大蛇丸就被抽调到了水之国防线防备雾隐村的突袭。
自来也在土之国边境，“狂鬼”也代替了“怪童”成为了自来也新的名号，因为他作战狂野，大开大合，而且有巨大的通灵兽协同作战，稳如老狗。
纲手的医疗忍术天克砂隐村傀儡师的剧毒，所以现阶段桔梗山前线的指挥官是纲手，那些傀儡师在她巨力之下没有一合之敌，什么东西都给你一拳搞定，什么毒药隔天就给你搞出解药，让傀儡师的绝招在木叶忍者面前没有用武之地，憋屈的可以想象。
至于云隐村方向，木叶的各个家族以白眼一族为主的联军让雷之国快冲快打的战术无法奏效，尤其是白眼的全方位观察，让整个雷之国的忍者眼红。
木叶村为了结束战争大量的征召退役忍者，就连宇智波的忍者也来者不拒，宇智波狸和一平也在征召之列。
对于村子的征召他俩无法拒绝，只能把冶太和千夏拜托给杜远游，重新穿上戎装赶赴前线。
宇智波狸走后，漩涡辛久奈没有理由再来杜远游这里，一个是团藏的极力反对，他不信任杜远游，也不信任宇智波，要知道九尾就是宇智波斑的通灵兽，虽然宇智波狸被认为可以信任，但是难免其他宇智波会在这个时间对九尾有什么想法；还有一个是防止敌对村子在村子防御力最低的时候对九尾人柱力做些什么不好的事情。
三代火影亲自来杜远游的小院来解释这个情况，战争期间，时间宝贵，三代火影在解释完就离开了，没有和杜远游聊太多，不过也释放了一个村子对他和杜五毛绝对信任的信号。
猿飞日斩这一辈忍者，现在除了他之外只有志村团藏、水户门炎、转寝小春还战斗在第一线，秋道取风因为常年的使用秋道一族的化蝶，身体早就不能承受激烈的战斗，现在在族中修身养性，顺便教导族中的孩子。
至于宇智波镜，万花筒的经常使用，再一次秘密任务中不幸阵亡，就连他的万花筒也不知所踪，木叶和宇智波联合调查了很久都没有找到行凶的凶手，成为了一个悬案，也成了木叶和宇智波相互猜疑的一个事情，猜疑一起，就不会消散，随着时间的推移会变得越来越大，甚至产生裂痕。
志村团藏不甘心在幕后做一个文职人员，他想修复自己的身体，但是现在有两个方向，一个是移植初代火影千手柱间的细胞，当年千手柱间的生命恢复力可是有目共睹，大小损伤转瞬就恢复，但是又一个难点就是身体的排斥反应，到现在还没有找到一个可以抗过排斥反应的案例，几乎是十死无生。
还有一个就是大蛇丸现在研究的纳米技术，纳米编织可以凭空制造肢体，而且相对于移植初代火影的细胞要安全的多，不过又一个不太理想的就是，这个技术不能提高身体素质，基本原来是什么样，修复好还是什么样，提高实力依然要靠自己修炼，这不是团藏想要的。
志村团藏拿出了不少的禁术尤其是二代火影的研究资料，成功的让大蛇丸心动，而且纳米技术和血继限界的结合是一个非常有意思的研究方向，所以在木叶把大蛇丸从更容易赚取功勋的雷之国边境调往水之国方向，他欣然接受，因为水之国的血继限界并不比火之国少。
志村团藏要移植肢体那就要最好的，所以初代火影的细胞也到了大蛇丸手中，有了初代的细胞，做为一个科研狂人，大蛇丸按耐不住自己的科研之魂，几乎是废寝忘食，就连忍者基地的指挥也是让影分身代劳，他的真身在基地下方的实验室里一直没有出来。
为了支援大蛇丸的研究，根部忍者不得不深入水之国，绑架那些落单的血继限界忍者，所以水之国方向的火药味也浓郁起来。
纳米技术还真的是一个和生物技术相辅相成的技术，在对比了初代火影、尸骨脉的辉夜一族、冰遁的水无月一族、水化的鬼灯一族还有木叶的宇智波和日向一族之后，大蛇丸有了一个惊人的发现，这些血继限界忍者的细胞遗传物质有很大的重叠性，在对比了数十个普通忍者和数百的不能产生查克拉的普通人之后，所有忍者全都来源于同一个祖先的论断被他确认。
忍者和普通人可以算两个不同的生物亚种，因为忍者的细胞遗传物质中都有与普通人完全不同的片段，真是一个可以震惊天下的发现。
至于血继限界和普通忍者的区别就是与站在金字塔顶端的先祖的亲近程度和对遗传片段的发掘程度，所以说有血继限界的忍族都是先祖的直系后裔，像他这样的普通忍者就是旁系的旁系。
在发现了这个之后，大蛇丸就有了一个从来没有过的梦想，那就是改造自己，让自己返祖，能够演化出多姿多彩的忍者，那先祖就是他的目标了，说句不客气的话，超越先祖成为自己独有的一系，多么让人激动。
超越之路是艰难的，尤其是要融合所有的血继限界，但是越难越有挑战性，拥有科研之魂的大蛇丸舍我其谁！
