秦实行郡县制后，分天下为36郡，以原吴越旧境置会稽郡，设郡治于吴（今苏州）。西汉时期，会稽郡治在吴（今苏州），领山阴等20余县。直到东汉永建四年（129年），吴、会分治，钱塘江以北置吴郡，郡治仍在吴；钱塘江以南置会稽郡，郡治设于山阴。会稽郡的体制一直延续到隋统一之前，前后共800多年。这段历史，对绍兴来说有两次文化大融合的过程。一次是秦始皇、汉武帝强行驱赶越国移民到绍兴的周边地区，并把北方汉人迁入绍兴，客观上实现了民族大融合，改造了绍兴的生产生活方式。特别是东汉永和五年（140年），会稽太守马臻筑鉴湖，使长期遭受洪水侵袭和咸潮浸渍的绍兴北部沼泽平原变成万顷良田，旱涝保收，加上铁制农具和牛耕的推广，农业生产发展很快。手工业方面，山阴、会稽两县成为全国铜镜的制造中心。东汉末期，在上虞小仙坛陶瓷窑场首先烧造出青釉瓷器，此后曹娥江两岸瓷窑林立，到三国两晋南北朝时遍及山阴、诸暨等县，大唐帝国又作为大宗外贸产品经扬州、明州远销海外。
第二次文化融合是东晋“永嘉之乱”之后，“中州士女，避乱江左者十六七”，许多士族大姓携宗族、部曲、宾客及同乡同里南迁，随从一户南迁的往往有千余家。会稽远离战乱，社会安定，兼山川秀丽，成为北方士族大姓安家落户的理想之地，出现了“今之会稽，昔之关中”的繁荣局面。这是绍兴历史上第二次民族融合时期。这次融合不仅带来了经济的繁荣，且迁入会稽的多为名臣和文化名士，如王羲之、谢安等，又有高僧隐士如竺潜、支遁等，促进了传统文化和佛学的繁荣，使会稽成为东晋南北朝时期的经济文化中心。
秦始皇南巡大越
秦王政二十五年（前222年），秦将王翦平定楚江南地，降越君，置会稽郡。会稽郡辖地包括今江苏省镇江以南，南至今浙江省金衢盆地。秦在越国故土这片土地上，县的设置大体分两次进行，一次是秦置会稽郡时称大越；另一次是在秦始皇南巡，上会稽、祭大禹时改大越为山阴。
秦始皇三十七年（前210年），秦始皇带领其少子胡亥、左丞相李斯、中车府令赵高等南巡会稽。从咸阳至云梦泽（在今湖北），望祭虞舜后顺长江东下，到达今安徽当涂东北的丹阳，东南行抵达钱唐（今杭州）。秦始皇渡过浙江（即钱塘江），经诸暨，于正月甲戌到大越，留舍都亭。登会稽山，祭大禹，望于南海，刻石以颂秦德。秦始皇为加强和巩固秦朝对大越的统治，除更名大越为山阴外，还采取移民措施。然后，复经诸暨、钱唐北返，至会稽郡治吴。
秦始皇南巡会稽时，将他在越地采取的一些重大举措刻在石头上，立在越地，以此来表明始皇帝对越地教化和统治的决心。秦始皇令李斯作文并书颂秦德的这块刻石，后人称之为“会稽刻石”。《会稽刻石》文，一直在越国故都流传下来。
秦始皇统一全国以后，把越国看作可以倾覆秦王朝的潜在力量。于是，废除大越之名，更名为山阴；强迫移民，把于越人民迁移到远离他们聚居中心的今浙西和皖南地区，以削弱他们的力量。同时，还把汉族罪人充实大越故地，以防备东海外越支持越国遗民的反抗，加强秦王朝的专制统治。另外，还严禁越俗，进行风俗治理。
总之，秦始皇从军事、政治、经济到社会习俗对越国进行全面封杀，大批于越人民不得不逃离故土，四处流散。
吴会分治
东汉开始，杭州湾以南的原越国中心区，随着人口增加，经济发展，地方豪族势力抬头，把越国故都设立为会稽郡治成为山阴县人民的一种政治要求。而会稽郡地域范围过大，政令不便传达，要求合理地设置郡级行政区划，使吴会分治成为势之必然。至顺帝时，会稽郡人终于提出分郡治理的要求。东汉永建四年（129年），朝廷决定以钱塘江为界，南为会稽郡，北为吴郡，实行吴会分治。钱塘江以北13县属吴郡，会稽郡治由吴迁至山阴。会稽郡治移居山阴以后，使山阴成为浙东、闽北的行政中心。
江南大都会
魏晋南北朝时期，由于北方战乱频繁，大批北方人士避居南方。会稽远离战乱，风景秀丽，土地肥沃，鉴湖流域水旱无虑，成为南迁人士理想的落户之地。
大批的入迁人口，为当时会稽经济的开发带来了充裕的劳动力和先进的生产技术。这一时期会稽人民不仅改进了耕作技术，学会了施粪肥，还依靠集体的力量修建了许多水闸、塘堰，进一步保证了农业灌溉。这时农作物的产量得到了较大的提高，会稽成了南方最主要的产粮区之一。
当时的会稽，纺织业普遍成为农家的主要副业。诸暨产丝绸质量很好，专门供应东晋朝廷。嵊州是藤纸的主要产地，藤纸也是朝廷必需的贡品。南朝齐时上虞人谢平以善于炼钢闻名，他创造了“杂炼生鍒法”，把生铁、熟铁混杂起来冶炼，练就的钢质量很好，被后人尊为“中国绝手”，用镜湖水为原料酿造的会稽米酒盛极一时，“女酒”的酿造就始于此时。
当时会稽的商业也十分繁荣，山阴道上，商旅往来不绝于途。会稽为全国绢、米、纸等物品的交易中心。
会稽的城市建设也取得了很大的发展。东晋初年，诸葛恢出任会稽太守，晋元帝司马睿置酒饯行时说：“今之会稽，昔之关中，足食足兵，在于良守。”不仅对诸葛恢寄予厚望，同时也清楚地表达了会稽的重要地位。南朝刘宋年间，朝廷设置“东扬州”，州治就在会稽，会稽成为浙江五都（会稽郡、东阳郡、永嘉郡、临海郡、新安郡）之首府。
南朝陈代时，因生产发展、人口增加，以及城市规模不断扩大，政务日益繁杂，官府决定在会稽境内实行山（山阴）、会（会稽）同城分治。于是，会稽就以城市中心一条纵贯南北的河流为界线，一分为二，东部设置会稽县，西部设置山阴县。从此，一城二县的历史沿袭了上千年。
魏晋南北朝时期的会稽，是继越王勾践建都复兴以后，绍兴经济、社会、文化发展的又一个高峰。韩康伯在《王述碑》中说，会稽是晋王朝“皇基所托”的“泱泱大邦”“都会殷负，提封百万”，足见当时会稽之繁盛。
