五月二十六日，明穆宗即崩于乾清宫。六月初十，皇太子朱翊钧正式即位，次年改元万历。
继位后第一次早朝，大学士高拱呈进新政五事，要求其御门听政，亲答奏请，面见辅臣，议处要事，且一应章奏览后俱须发送内阁看详拟票，杜绝内批留中。高拱与冯保不对付，新皇上位他就欲收司礼监之权，归于内阁。高拱是顾命大臣排名最前的被隆庆拉着手托孤，外廷以他为首，但冯保是司礼监掌印太监权力不比他小，此事并未成功。
高拱回到府上写信发动百僚共同弹劾冯保，“冯保深得太后皇上信任又是掌印太监，权力之大若不加以制止他将会是下一个王振，刘瑾。”
冯保这边也不闲着，既然高拱和他撕破脸了他就先先下手为强，冯保即刻前往陈皇后寝宫。屋内皇贵妃李氏和陈皇后正在闲聊，冯保一进门便跪倒在地：“太后，贵妃大事不好啊，高拱他想谋反，皇上刚继位他便在内阁说出：十岁孩子，如何作人主。这种大逆不道的话，他还与诸位大臣密谋拥立藩王。”
皇贵妃和陈皇后大惊。六月十六日早朝，“召内阁、五府、六部众至”，切责高拱擅权无君。到会极门，太监王榛捧旨宣读：“今有大学士高拱专权擅政，把朝廷威福都强夺自专，通不许皇帝主专。不知他要何为？我母子三人惊惧不宁。高拱著回籍闲住，不许停留！”
高拱听旨后，面如死灰，汗陡下如雨，久久伏于地上不能起身。这时从后赶来的张居正将他扶起。高拱颤颤巍巍地走了出去，先皇托孤的顾命大臣就这样草草落幕。
高拱一走了之，可高仪开始担惊受怕了，本来高拱和冯保斗得火热他可从中浑水摸鱼，张居正乃是帝师冯保不敢动他，现在高拱走了冯保下一个目标说不准就是自己。在惊惧中高仪呕血三日而亡。
三个托孤的顾命大臣只剩下张居正，于是，张居正在这一年六月担任了首辅。
朱翊钧回到住所开始计划未来，“一切的事都和历史一样，接下来要找个机会提升存在感，让他们知道皇帝的威严。”
，朱翊钧需要每天于太阳初出时就驾幸文华殿，听儒臣讲读经书。然后少息片刻，复回讲席，再读史书。至午饭完毕时始返回宫内。只有每月逢三、六、九常朝之日，才暂免讲读。即使是隆冬盛暑亦从不间断。
白天的时间被排满，他只能在夜里练功。朱翊钧再进武库挑选功法，如今身为皇帝武库之中数十万功法供他随意挑选，人和境界的功法他已看不上了他的随意一拳都远胜人和级别的功法。朱翊钧在书架中来回穿梭，最终拿了一本宗师境的炼体功法《百战磐体》。
炼体功法入门要消耗大量奇珍异草用作药浴，价值不菲高拱下台他搜刮的钱财刚好能拿一份出来供自己修炼。
