经过王大臣一案，使得冯保惹恼了朝中众多大臣，大家都对他诬陷高拱的险恶行径嗤之以鼻。而张居正没了高拱一派的制约，因此牢牢地坐稳了首辅这把交椅。
张居正刚上任时朱翊钧就单独召见他，共商大计。由于明穆宗在位从没有召见过大臣，所以这事在当时曾引起轰动，使廷臣看到朱翊钧承业治国的精神和决心，又大大提高了张居正的威信。
“朕方在冲年，尚赖文武亲贤，共图化理，与民更始。一应事务内阁商议之后由朕审批即可。”朱翊钧将最终审批权力始终握在自己手中，只有自己同意了才能执行虽然劳累，但用舍予夺，皆由他一个人。
群臣以为还是如同隆庆时期一样，商议后将政务交给皇帝走个过场。万历前期确实会像隆庆一样，等到羽翼丰满就是这权力发挥的时候。到时若有人反对，这事朕继位之初便与你们商量好了。随意找借口杀了就是。
十一月，张居正上疏实行“考成法”，以六科控制六部，再以内阁控制六科，将内阁变成改革中枢，控制从朝廷到地方的各级行政机构，为之后的改革扫清了障碍。在朱翊钧的支持以及冯保的配合下没有人出来反对。
攘外必先安内，皇族、王公、勋戚、宦官利用政治特权，以投献、请乞、夺买等手段，大量占夺土地。
全国纳税的土地，约有一半为大地主所隐占，拒不缴税，严重地影响了国家收入。控制地方官员可使改革的阻力大大减少，朱翊钧要将大明清洗一番，做到真正的上下一统。
张居正在内阁处理政务，忽听门外下人喊道：“皇上驾到。”抬头便见朱翊钧大步走来，起身弯腰：“微臣参见陛下。”还不及张居正肩膀高的朱翊钧将他扶起“张先生免礼。”
身后的冯保拿出圣旨：“张居正听旨~~，大明积弊已久必须要改革了，这件事你来负责具体的事物你们商量着来，敢有阻拦改革者五品以下可先斩后奏，五品以上先将他绑了再说，钦此。”
万历将大柄悉以委居正，张居正固然有大才，但之所以能被委任内阁首辅，施展政治报负，是因为有冯保的全力支持。下一步朱翊钧要敲打一下冯大伴了，从内阁回乾清宫的路上两人如往日一样走着，朱翊钧回头对冯保道：“冯大伴，朕听说宫里的人都称你为“内相”啊，连元辅张先生都得给你送礼。”
冯保一听马上跪了下去：“陛下明鉴啊，奴才对您忠心耿耿，这都是下面的人胡言乱语，待奴才将他们舌头割了免得污了皇上您的耳朵。”朱翊钧一摆手：“行了，以前的账先记着吧，去将李芳接出来朕现在身边缺能用的人，东厂和锦衣卫留意一下阻止改革的人。”说完头也不回地走回去。
锦衣卫都督朱希孝从后面拍了拍冯保的肩膀：“冯公公皇上要你我共事，今后多多关照啊。”“朱大人放心，皇上给咱家戴罪立功的机会咱家怎么可能不珍惜呢，这次不管是谁送礼咱家都不留情面。”冯保为自己躲过一劫庆幸了一下。
