阿富汗尼认为人与自然界是完全不同的，“人是自然界的延续”的观点是不能成立的，只有《古兰经》能正确解释人的起源，《古兰经》告诉我们说真主以泥土创造亚当并以自身灵气吹送进他的体内，于是他具有了生命，成为安拉的创造物。阿富汗尼由此分析说，西方有些人的意图是用达尔文的进化论动摇穆斯林的宗教信仰，分裂他们的力量，以达到他们殖民主义的目的。他和其他穆斯林学者一样，认为宇宙万物皆源自安拉，皆为安拉创造意志的反映。他把宇宙万物统归于安拉，坚信“认主独一”，认为安拉是存在的依据，情感的源泉，意志的主宰者。安拉是惟一的“真实存在”。物质力量及人类情感皆为安拉的属性。宇宙是安拉存在的一面“镜子”，宇宙万物是安拉各种美德的表现。安拉以力量创造了大自然，以知识创造了情感。精神与物质、灵魂与肉体，自然规律与人类文明的秩序浑然一体，密不可分。这种既坚持安拉创世之说，又崇尚理性的宇宙观，构成为阿富汗尼认识论的主要内容，从而形成了其独特的世界观和宗教观。
阿富汗尼强调，人是安拉的创造物也是人自身的创造物。他认为，与其说人是有理性的动物，不如说人是能够生产的动物。人有发明和创造的能力，才使人成为人，这正是人与动物的根本区别。他说，创造和发明是人类生存的重要条件，人的创造能力及其效果，确定了人类的思维和价值的一种表现形式。所以，人是超脱大自然的动物。人类社会生活的必需品和人类社会的发展进步，是通过人的发明创造获得的，人的精神和道德也是在这一基础上发展起来的。
由此他肯定了人的主观能动性，也指明了科学和文明化知识在人类社会发展进步中的重要性。他通过对比分析，认为西方的强盛在于科学技术的发达。穆斯林国家要强大、昌盛，出路也在于学习科学知识，以此才能恢复昔日的荣耀。
阿富汗尼还曾就哲学的能动作用，在《哲学的益处》一文中作过详细论说：哲学使人从狭隘的动物感转向宽广的人类情感。它以自然的智慧之光破除迷信，驱散黑暗，为人类带来光明；哲学使人从盲目、肤浅过渡到清楚、深刻。它把人类从野蛮、愚昧、无知中解救出来，进入知识和技能的“德性之域”。总之，哲学使人成为人，过上圣洁理智的生活。哲学的目标是追求人类的理性、灵魂、生活方式上的完美无缺。它是人类知识活动的第一动因，也是产生知识、创造科学、工业发明和工艺技巧发展最重要的动因。
关于哲学和科学的关系，阿富汗尼明确指出：除科学外，世界没有统治者，过去、现在是这样，将来也必将如此；人类凡已知的皆因科学而知，凡先进的民族皆因科学发达而着名，科学是各个领域先进技术的基础。但较之科学，哲学更为重要，因为哲学具有永恒的普遍性主题。它是具有“普通灵魂地位”和“积蓄力量能力”的科学。阿富汗尼认为，伊斯兰教传播发展的历程表明，理智的科学曾经在阿拉伯世界繁荣过，它们才是真正的伊斯兰教和阿拉伯科学。
关于哲学与宗教的关系，阿富汗尼指出，任何宗教都有其不合时宜的一面，这样说，并不是为伊斯兰教开脱。宗教和哲学并无明确界限，宗教中有哲学成分，相反如果哲学仅仅作为王权的工具时，哲学也就不成其为使人明智的科学，而变成了一种新的宗教。只要人类还继续存在，教条和自由思想的争论、宗教和哲学的斗争就不会停止。作为信仰的宗教和作为理性的哲学的斗争就不会停止。作为信仰的宗教和作为理性的哲学，要长期并存下去，这是因为哲学家和科学家都有无法探究的宗教领域。阿富汗尼认为，早期伊斯兰教是纯真的，但随着时代的变迁，外来因素进入伊斯兰世界，造成不良影响，如宿命论歪曲了天命论，希腊哲学、佛教、基督教等的影响，使得伊斯兰教内出现了诡辩论。由于外来的不良影响，而使伊斯兰世界道德沦丧，国力从强变弱。而当穆斯林失去了他们的优良道德时，他们就会变得如此衰弱，以至于一小股欧洲十字军就能够在他们之中建立和维护一个牢固的立足点达200年。为此，他提倡要排斥外部的不良影响，但同时要吸收西方先进的科学文化与技术，使伊斯兰教能适应新的社会经济条件，从而在新的形势下，保持和复兴伊斯兰教。
在处理哲学与科学、宗教的关系时，阿富汗尼采取了灵活态度。
一方面针对埃及、印度等地的穆斯林民众愚昧落后、厌恶哲学、一味排斥西方科学的偏向，他在各种场合一再呼吁解放思想，重视哲学和科学，指出宗教信仰的本质是追求真理，它与哲学、科学的精神是一致的，而哲学和科学是没有国界的，劝告穆斯林不应以坚持信仰为名，拒绝外来的科学知识。另一方面，针对印度现代改良派代表人物阿赫默德汗的自然主义和盲目崇拜西方的倾向，阿富汗尼又对宗教与哲学的密切关系作了充分的肯定。不过，他所说的宗教是指理想中的伊斯兰教，而哲学则指伊斯兰哲学，他认为二者的精神是完全一致的。
3.阿富汗尼的宗教信仰观
作为一个穆斯林学者和信徒，阿富汗尼极为关注伊斯兰教的传播和发展，关注穆斯林世界的繁荣和强大，由此他积极倡导宗教改革，希望通过穆斯林学者的积极探讨和欧洲学者对伊斯兰教的善意批评，能够消除伊斯兰教传播过程中某些错误的观点，以此坚持回归真正的伊斯兰教，促使穆斯林力量和文明得以恢复。他认为伊斯兰教和科学的原则是和谐的，而且确实是理智融合了伊斯兰教。
为了更加明确地表明自己对伊斯兰教的观点，阿富汗尼在《驳自然主义者》一文中，对伊斯兰教现代改良派和所有怀疑宗教信仰的人进行了抨击。他认为无神论者或自然神论者是怀有阴谋的人，他们不信神是对文明的诋毁，因为宗教是人类文明的基础。而无神论者却以为世界并没有超凡的神，并要把他们的理论渗透到伊斯兰教中。
他指责达尔文的生物进化论引起了强烈的叛教潮流，达尔文把世界惟一的基础归之于物质，在物质背后无任何事物。生活中的一切，即使是思想感情，也是物质的一种表现，只不过是形式上的变化。物质不灭，物质处在不断变化之中。这种进化理论的结果就是没有灵魂，没有宗教，否认神的存在。因此，阿富汗尼认为，这种理论不仅危及事实，也对社会安宁和人类幸福构成威胁。
在《驳自然主义者》一文中，阿富汗尼强调宗教信仰是建立人类文明社会的基石。他认为，个人有信仰才能取得完美的知识，成为有德行的文明人；一个民族有了信仰才能用科学和健全的知识不断启迪族人的心灵，进入光明的世界。由此可知，阿富汗尼既充分肯定科学、哲学的能动作用，又认为这种能动作用来源于对真主的信仰。他特别解释了伊斯兰教的进取精神是指每个穆斯林在安拉面前应对自己的行为负责，他认为宇宙万物之发生、发展皆有先因后果关系，是井然有序的。安拉为第一因。人类意志也是事物的原因和结果的一部分，人类可以自由作出决定，但安拉通过理想和诸先知指明决定如何作出。阿富汗尼相信前定之说，相信一个人如能正确行事，安拉会同他在一起。
阿富汗尼一再强调宗教信仰的价值，他认为真正的伊斯兰教给人以三条真理：第一条真理是，确信人是世界的主人和一切被圣地创造出来的事物的主人，是最高尚的生灵；第二条真理是每个宗教信仰者皆以自己的宗教团体为最好，以自己的民族为最高尚，违背宗教者必定陷入迷雾；第三条真理是人被送到人世间，就是使他自己更完美，从而为另一种生命作准备。人生的目的在于取得完美的人格，过渡到一个比现实更广阔、更高尚、更完美的世界，从一个狭小、充满可憎之物的悲怜境地走向一个宽广、没有痛苦、永远康乐的天地。这是稳定社会秩序的最好的前提条件，是步人幸福之门的前提信念。从对这三条真理的接受，就可以产生三大美德，它们是虔诚、忠实和谦虚。谦虚是虔诚、忠实的基础，人类的文明与幸福皆取决于此，这是一个社会的基础。无神论者、自然主义者否定这些真理，也就破坏了人类社会的基础。阿富汗尼分析并概括了伊斯兰教的四大特点：一是信仰安拉是宇宙万物的主宰；二是提倡各民族平等；三是提倡精神与智慧是人类幸福的源泉；四是规定以全部知识和学问教育全民族。
由此，阿富汗尼认为，伊斯兰教是一种超凡的信仰，同时也是一种理智的信仰。它鼓舞人们自由地运用他们的思想，在某种条件下，人们所发现的不会和真主的预言相悖。只有伊斯兰教才使得人们从幻觉和迷信中解放出来，使得人们能发挥他们的各种才能。所以说伊斯兰教是一种伟大的信仰。在伊斯兰教的基本教义之中，最重要的就是相信真主在人的天性中是惟一的至尊，在一切事物的创造中是独立的至高无上的力量。他认为，穆斯林对真主的信仰，是开启智慧、了解自然和社会一切事物的基础，是形成自身知识、理性和精神的源泉，是发挥自身创造和发展伊斯兰文明的力量的源泉。
他还认为，除了伊斯兰教，没有其他宗教给人们以自尊和平等的感知。犹太教和印度教否认人的平等。基督教除了教士阶层，所有的人都否认能够从真主那儿得到直接的知识，而且还教给人们理智和教义是不相容的。人们的理智可以在伊斯兰教中得以实现，先知从神那里得到的法规和自然的法规是一样的，人们的思想可以从对宇宙万物的学习中分辨出来。当然，对于这种观点的理解有时也会出现困难。如果人的理智可以得到生活中所有的必要的事实和真理，那么还会需要预言吗？阿富汗尼的答案解决了这个问题。尽管理智在原则上可以得到事实，但是人类自身却不能观察到理智所教给的法规。人类充满了自己的情感和欲望，这些情感和欲望只能被公正原则在四方面加以控制。如果每个人都用武力来守卫自己的权利，就势必会导致混乱或压制；如果每一个人遵从自己所认同的荣誉，尽管荣誉的概念从一个社会到另一个社会是会改变的，甚至不同的阶层也是不一样的；如果每个人的言行都是由政府控制的，但这仅仅能克制某种不公正，却不能产生真正的公正；如果人们相信神的存在，想念无限的生命及最后审判日，这种信仰对道德准则的服务提供了坚固的基础。这样预言就有了它实际的用处，那就是预言家建立和维护的是一个道德社会。控制人类社会有两种中坚力量，一种是具有启发判断力的教师，一种是道德教师。他们训练感情而且指出养成美德的方法，如果没有他们，就不会有对正义的坚持。
信伊斯兰教就意味着一切从善的行动。阿富汗尼强调，对于穆斯林，正确的态度不是由于某些事物是从神那里直接传来的，就要被动地听从。对于这些将会到来的事，正确的态度就是对于神的意愿负责地去行动。一个人在神赋予他一切行动之前是负责任的，他对于社会的幸福是负责任的。真正的伊斯兰教暗示了宇宙万物都是按原因、结果这个顺序出现的，但神是第一个创造者。人类意愿的决定是这个顺序上的必然的部分，他们是自由的，但是神却是通过理智和预言暗示了他们是怎样创造出来的。如人做了好事，神就会相伴，就是要他远离被动，激励他去积极行动。不行动而使个人达到完美以及得到另一个世界的幸福是不真实的，行动会得到在这个世界的幸福和成功。伊斯兰教的法规同样是自然的法规，如果一个人遵从了伊斯兰教的教义，他也就实现了他自己的自然法规。因此，就会得到这个世界的幸福与成功。个体的真实也就是社会的真实，当社会遵从了伊斯兰教的法规，他们就变得强大，当他们违背法规时，就变得很弱小，因为伊斯兰教要求团结和共同负责，这就是一个强大民族的秘密。
阿富汗尼坚信伊斯兰教，但反对因循守旧，而积极主张宗教改革。他认为，一个人如果毫无理由而相信某一事物，满足于模仿和遵从先祖的遗训，那么他的心灵就不可避免地会拒绝接受知识，就会变得越来越无知，以致无力分辨善恶、是非和美丑。他在伊斯坦布尔发表的一次讲演中概述了他对伊斯兰教历史命运的看法：“今天伊斯兰教好比一条船，船长是穆罕默德，全体穆斯林是这只圣船的乘客。不幸的是，这只圣船在海上突遇风暴，就要沉没，所以大家都有义务拯救它。”阿富汗尼一度主张泛伊斯兰团结，但如同他一贯力主宗教改革一样，都是为了拯救危机之中的穆斯林各族人民。
由于种种原因，阿富汗尼的宗教改革目标未能如愿以偿，但他试图通过改革，使伊斯兰教成为民族团结、反帝爱国、弘扬理性的目的则是一目了然的。可以说，阿富汗尼所作的努力为伊斯兰教的现代改革奠定了基础，铺平了道路。
