“边防三将案”后，张居正担心戚继光心中幽怨，行事失措，经常写信对其进行善意的提点与规劝，要他以大事为重，谨慎小心，注意搞好与上下左右的关系。
为了给戚继光一个更宽容的工作环境，张居正尽力协调他与周边文官的关系，多次与巡关御史沟通，希望他们不要找戚继光的麻烦，还给顺天巡抚刘应节和参政凌云翼等人写信，让他们帮助戚继光调适众情，使其能顺利进行工作。
戚继光对张居正的关照心存感激，将他视作亦师亦友的存在，书信言谈中更加谦恭，二人的关系也日益亲密。
高拱虽然行事专横，但励精图治，洗刷颓风，振兴朝政，政绩卓然，的确是治世能臣。他也深知蓟镇能稳如泰山，戚继光不可或缺，所以并没有选择继续打压戚继光，反而在很多方面给予支持。
在高拱、张居正和谭纶的全力支持下，戚继光只需要专心于军事而不必参与政治。凡是应当安排的事，都已经由总督和内阁大学士安排妥当，如果连他们都无法安排，那戚继光也不必再多费唇舌。
在如此良好的工作环境下，戚继光顺利完成了长城和敌台的修建，蓟镇防御已今非昔比，固若金汤。边兵的训练也走上正轨，士卒的战斗力与日俱增。
为了进一步提高蓟镇边兵的战斗力，戚继光不断申请南兵北调，到隆庆四年入蓟作战的戚家军兵力已达万余。虽然提高了边兵的素质，但客观上也造成了蓟镇军内部南北兵混杂，矛盾丛生的情况。
一来南兵本就是在由戚继光一手操练出来的，因此戚继光对南兵可以指挥自如，管理如意，而北兵则无法适应这样严格的要求。造成南兵普遍瞧不起北兵，而北兵又觉得南兵骄横，彼此都看不顺眼。
二来由于这种战斗力的差距，导致车骑步混编部队的核心，车营主要力量来自于南兵，也就是说技术兵种都被南兵占据，而北兵只能做一些“苦差事”，这也引起了北兵的不满。
而南北两地的将领非但不去劝阻，反而有个别人做一些火上加油的举动，这更加剧了双方之间的矛盾。戚继光深知要保持军队的战斗力就必须尽快解决这一问题，将为兵之首，要解决南北兵之间的矛盾，首先就要解决南北将领之间的矛盾。
隆庆四年(1570年)六月，戚继光召集麾下所有不当值的将领，前往蓟镇最大的河流--州河视察水上防务，他把所有人集中在一条大船上，等船起航后，他环顾众人问道：“诸位知道我们现在哪里吗？”众将士面面相觑，不知该如何回答，有性子直率的答道：“回禀将军，我们乘船在州河上。”戚继光指着外面齐心协力操船的士卒道：“对啊，我们在州河的大船上，全船之人只有同心协力，掌舵的掌舵，掌桨的掌桨，撑帆的撑帆，才能将此船撑过州河，等船到对岸，大家才能去往自己的目的地。可如今我们还身在船上，如果人心不齐，力不往一处使，一旦遇到风大浪急，随时倾覆，大家都只能一起被淹死。”
看到大家都若有所思，戚继光趁热打铁道：“蓟镇就是我们托付身家性命的大船，如果大家四分五裂，勾心斗角，一旦鞑靼铁骑来袭，此船必将倾覆，覆巢之下无完卵，到时候不分南北，无论恩仇，都只能一起赴死。”
众将领闻言明悟了戚继光的良苦用心，都羞愧不已，纷纷向他表示今后一定抛弃地域之见，精诚团结。
后来戚继光还详细切实地分析了南北兵的长短利弊，找出南北兵互相帮助、互相融合的方法，采取很多措施解决这些矛盾。从此之后南北将领和士卒之间的团结，有了明显的好转，蓟镇边兵战力获得了明显的提升。
隆庆四年(1570年)十月，戚继光到任蓟镇后的第二个重大考验来临了。俺答召集鞑靼各部商议南下蓟镇犯边，出动铁骑数万，号称十万大军，一时间蓟镇风云变幻，战事一触即发。
戚继光却镇定自若，他迅速安排好长城沿线的防御，并调集各车步骑混编营到指定区域驻守，随时听候调遣，并知会临近两镇总兵，做好共同防御的准备。万事俱备，戚继光期待着给俺答一个狠狠的教训。
可就在此时，俺答获悉了明军的防御部署，他预感到自己可能占不到便宜，就放弃了南下的企图，下令掉头北撤。这一出人意外的事件，完全是由于戚继光应对得当，部署有方造成的。然而邻近的两镇却争相把功劳据为已有，为此还在朝堂上发生激烈争执。
只有戚继光不争不抢，在奏折中把功劳都归于其他二镇，风格高下立见。连隆庆帝都坦言：“戚继光不欲争功，颇有郭汾阳之风。”
此次鞑靼北撤，还意外促成了一个重大历史事件“隆庆和议”。俺答在南侵失败后，意识到随着戚继光、谭纶、王崇古等名将的调任，大明北部防御已经今非昔比，自己再想像以前一样南下劫掠已很难实现，他开始考虑与大明封贡议和。
隆庆四年（1570年）年十二月，从俺答之孙把汉那吉投降明朝开始，鞑靼开始与明朝商谈“封贡”，到隆庆五年（1571年）三月，大明朝廷对鞑靼俺答汗封以王号“顺义王”，并开放十一处边境贸易口岸，使蒙古人能通过贸易获得中国资源，史称“隆庆和议”。
“隆庆和议”后，鞑靼俺答部逐渐放弃南侵，大明北部防御的压力大减，戚继光也失去了在战场上和俺答一较高下的机会。他内心是充满遗憾的，但同时又是非常欣慰的，一将成名万古枯，戚继光并不愿意用将士的生命和百姓的安危来换取自己的功劳。
