毛人凤把签请严办马汉三的报告当面送给蒋介石以后，据说蒋介石曾考虑了很久，因马是国大代表，不得不慎重一些。蒋介石没有照例批上“准予枪决”而只批了“准予扣押讯办”。毛人凤便决定亲自赶赴北平扣押马汉三。他临行的前一日还笑着对下属说，他参加军统工作十来年，还是第一次亲自去扣捕人。
毛人凤到北平的第一天，还和马汉三等谈笑自若地敷衍了一番，第二天才在一次临时召集的紧急会议上把马汉三、乔家才、刘玉珠等当场扣押起来，并勒令参加马汉三等组织的特务都要写悔过书，检举马等的不法活动，如不好好坦白悔过，便以马等为例，还要严办。这样，军统中这个小集团便一下被他打垮。
马汉三等人解到南京后，消息很快在军统内部传开。毛人凤自扣押马汉三以后，便再没有和马见过面。马汉三等人关在保密局设在南京宁海路19号接收汉奸特务组织的一所牢房内。根据王蒲臣等在北平搜集到的大量材料，和马汉三供词的记录，毛人凤才再次签报蒋介石将马汉三等人枪决。蒋介石只批准了杀马汉三和刘玉珠两人。马在看守所中，曾多次请求见毛人凤一面，每次总是由司法处长李希成代为提出。毛人凤狞笑了一声说：“有什么话叫他同你(指李)说好了，我见他做什么？”
马被扣押以后，郑介民和他老婆都非常着急，但又不便出面袒护，也无法公然托人说情，因为他们知道属于郑派的大特务，毛人凤都恨之入骨。郑介民妻便找沈醉打听，沈醉便据实告诉了她，并且暗示马已把他和许多人贪污分成的事和盘托出。她听了很着急。当沈醉把这情况向毛人凤谈及时，毛人凤很得意地说：“回答得很好！免得她们再来啰嗦。这还能讲什么人情吗？”
蒋介石批准枪决马、刘两人的当天，毛人凤便命令司法处长李希成立即在监狱内执行。马汉三被杀后，当时有许多传说。有人说毛人凤在临刑前去看过马，还有人说马要求先打麻醉剂才执行枪决。马、刘被杀以后，当时连许多毛派的特务们在背后谈论起这件事时都感到做得太狠了些。
另外，从毛人凤对他族侄毛森的态度上，也可看出他那种六亲不认的凶狠手段。毛森是军统杭州特训班毕业学生，抗战初期任军统浙江省站杭州分站站长，以后任行动总队长、中美所爆破训练班副主任、忠义救国军前进指挥所主任等职，一向在东南一带活动。毛森每来重庆，在毛人凤家中进出最多。毛人凤也有意培植毛森，因此抗战胜利后毛森便在汤恩伯的京沪警备总司令部任第二处长、衢州绥靖公署第二处处长等职。由于毛人凤的关系，毛森很得汤恩伯的信任。上海解放前，汤恩伯部驻上海，毛森得任上海市警察局局长。这是个杀人不眨眼的刽子手。当时上海许多人对他恨之入骨，把他的名字加上两个字，叫他作“毛骨森森”，以形容他的凶残。而毛人凤当时对他可说是信任到极点，任何事都与他商量。
上海解放后，毛森逃到福建，任厦门警备司令，不久便与美国直接勾搭上了。毛人凤当时正在苦闷，看到美国特务迟迟不来直接帮助他，听到毛森却先他而得到美国主子的重视，很不痛快，便想以他个人关系和军统组织关系叫毛森把和美国的勾结全部交出来，由保密局统一办理，恢复过去军统时代与美国的合作。当时不但毛森不愿意，美国方面也只答应直接进行个别支援。这既可以选择它所认为最有用途的忠实奴才，又可避免正式露面。毛人凤一再严令，但毛森以为自己羽翼已成，又能得美国主子的器重，也就不理会毛人凤的那一套。他直接从美国手中得到了一批武器和电台，在东南沿海一带地区进行活动。
他们叔侄之间翻了脸之后，毛人凤公开对付不了这个通过自己一手扶植起来的侄儿，便决定派人去进行暗杀。毛森在军统中一向是搞这类工作的，他也知道毛人凤会在他不听指挥后对他下毒手，因此防备也很严密。最后，毛人凤不得不采用公开通缉的办法，准备逮捕毛森。但直到全国解放前夕，国民党在大陆已无立足之地的时候，他还在打算要杀掉毛森，只是由于无从下手而没有结果。
毛人凤对共产党和民主人士是一贯主张“斩草除根”的，甚至连小孩都杀了不少。
1949年春，沈醉在重庆，有天一个学生陈月华找他，请他向毛人凤说情，保释黄显声将军。他便向毛人凤去说。毛人凤听了笑笑，望了他很久才轻轻地说：“这种人到现在才放出去，对我们会有好处吗？你真太不懂政治斗争了！”后来毛人凤在重庆主持的大屠杀中，首先被害的便是黄显声将军。
另外沈醉还曾向毛人凤保释过一个军统特务陈为诚。他也认为这种人放出去将来对军统不利，而在大屠杀时和另外几个特务一起杀掉了。
善解人意，能迎合蒋介石的心理
毛人凤和许多处长们在闲谈时，经常提到他第一次随同戴笠去见蒋介石的情况，感到非常得意。他说，蒋介石在办公室接见他们时，态度非常随便，完全不像接见一般将领那样严肃。蒋介石在和他们谈话时，一面还叫人把一般宁波式的小点心拿了出来，一面吃一面听他们谈话。毛人凤对蒋介石这种随便态度，认为是最亲切和亲信的表示。
戴笠从1942年以后每次离开重庆时，总是先向蒋介石报告，将军统工作交与毛人凤代为负责。最初蒋介石并不重视毛人凤，有什么事情还是找郑介民和唐纵当面告诉他们，由他们转告毛人凤去办。戴笠每到一地，总有些报告送给蒋介石，往往是用电报发到重庆后由毛人凤派人抄得端端正正亲自送去。毛人凤去时，最初大都是先见唐纵(当时唐纵任蒋介石侍从室第六组组长，主管各方面送蒋的情报)，由唐纵引见。一般性的东西，则交由唐纵代转。以后时间长了，蒋介石看他办事稳重，业务也熟练，便开始直接找他。约在1943年春间，戴笠不在重庆，有天毛人凤正和几个处长谈问题，突然接到蒋介石秘书的电话，说蒋介石叫他马上去一趟。他高兴异常，立刻换衣前往，回来还津津有味地向同僚谈到蒋介石见他的情况。以后蒋介石时常在戴笠出门后找他，他也渐渐习以为常，不那么感到紧张了。
蒋介石对毛人凤的看法，一直到戴笠死了的时候，都只把他看成是一个守成有余、老练持重的内勤人材。因为几年间在戴笠出门时，他没有敢向蒋介石提出过自己对工作的意见，而只是为戴笠转送报告，并把蒋介石的指示转告戴笠。所以等到戴笠死后，蒋介石决定以当时正在北平军调部工作的郑介民继任时，还一再当面叮嘱毛人凤要好好帮助郑介民，当初也没有要他继承戴笠的表示。但毛人凤的作法，却慢慢不同起来。这一方面是由于郑介民很忙，军调部的工作已使他感到头痛，同时他一向少过问军统的工作，自己又没有大批干部，自然渐渐把领导军统的工作转到毛人凤身上来。
毛人凤能进一步取得蒋介石信任的主要原因，是他善通人意，懂得如何迎合蒋介石的心理。戴笠在世的时候，蒋介石非常信任他，甚至也少不了他。但抗战胜利后，蒋介石已感到戴笠兼职过多，特别是从他和美国发生关系后，野心越来越大，美国公开答应支持他搞海军，使他不能专心致力于军统特务工作，而感到不很满意。这些话是唐纵在戴笠死后有次在军统局公开向毛人凤和几个处长级的大特务谈出来的。
军统迁到南京不久，还在马台街22号办公的时候，毛人凤经常和亲信下属在闲谈中谈到戴笠的私生活和戴笠对付一些军政首脑的作风。毛人凤对过去军统内部工作了如指掌，但戴笠在外边的许多情况他又不能完全了解。有时许多外勤负责的大特务们在谈到戴笠在世时许多独裁的情况，特别是使许多人感到不满意的问题时，毛人凤总是问得很详细，别人以为毛人凤准备给戴笠写什么传记一类的东西来纪念戴笠，谁也没有料到他是为了自己取得蒋介石的信任而做准备，避开戴笠的缺点，为自己往上爬作借鉴。
毛人凤能够自己提笔写东西，许多重要报告，总是仿照戴笠亲笔书写送给蒋介石。他有一个保密的习惯，当他在写东西或批阅文件时，遇到有人去找他谈问题，便把卷宗盖起来，把笔搁下，笑嘻嘻地和人接谈。除了一般性的例行公文，他极少当着别人面前批阅，因此他暗中搞些什么，很不易为人所了解。
他为了向蒋介石表示自己比戴笠更忠实，便抓住戴笠最大的一个弱点来做文章。因为到抗战末期，戴笠所兼的公开职务已有不少，加之胜利后野心越来越大，已引起蒋介石的不满。戴笠如果不死，蒋介石也不会将全国的警察领导权交给军统。为了掌握全国警察的领导权，蒋介石没有接受戴笠推荐的人选，而亲自委派首都警察厅厅长和上海、北平等大城市的警察局长。蒋介石还曾召见李士珍，并叫侍从室研究李士珍提出的十年建警计划等一系列措施。从这一系列的事情都不难看出，蒋介石是不愿戴笠兼职过多的。毛人凤便选择了这一点来表明自己的态度，没有任何野心，自然能讨得蒋介石进一步的信任。
有一天，毛人凤见了蒋介石回来，非常高兴地找了几个平日与他最接近的人一起谈话，他津津有味地谈到，今后要使军统工作“专业化”，不主张搞秘密工作的大特务们再去兼任与本身业务无特别需要的公开职务，要把公开机关与秘密单位划分他还说，不准军统大小特务私自兼营商业，过去搞的生意都要停止。以后除了由保密局办的“三有公司”外，个人均不得以任何方式和用亲人的名义去入股经商，一经查出，便以违犯纪律论处。他还谈到，今后在工作上不能对外徇情，要求所有特务一心一意为蒋介石尽忠。
从那以后，在保密局外勤站长的调整中，开始将一些兼有公职的大特务站长的职务免去。许多特务在胜利后都在偷偷搞投机生意，戴笠在世还有所畏惧，戴笠死之后，这些人几乎把军统工作放在次要地位，而主要是抢劫敌伪物资和大做投机生意。
毛人凤针对这些问题来讨好蒋介石，自然引起不少人的反感。许多人在背地里谈论开来，都认为毛人凤不主张特务多兼公职是由于他自己的出身关系。他没有军校的学历，公开职务也只当过县政府的秘书，所以他在抗战胜利前，军统内勤特务都急于搞任官任职的手续时，他却不愿搞。因为他尽管平日也说过他在黄埔四期住过几天，以后便离开了，想以此说明自己也是黄埔学生，但谁也不承认他这一关系，他也不能利用这个出身。同时他老婆做的生意不少，当然用不着他来出面了。
其实他那种讨好蒋介石取得信任的方法，连他自己也不能做到，一些规定不久也陆续改变了。如新提拔起来的一些省站站长，都是他认为最忠实可靠的特训班毕业学生，像重庆站长吕世琨、贵州站长钱霁林、西康站长董士立等，都是临训班毕业的。而一些担任公开机关职务的像重庆稽查处长罗国熙，绥靖公署二处处长徐远举，贵阳省会警察局长东方白，警备副司令陈世贤等人，都是军统老资格，哪里肯接受这些后辈的领导。不到一年，毛人凤只好改变办法，仍由一些公开单位负责的大特务兼任省站站长，统一领导各省的工作。
雷厉风行闹了一阵不准特务兼营商业的命令也不再提，事实上谁也不肯听从这一命令。
蒋介石听到他的建议后，却信以为真，认为经过他几次三番整顿以后，的确比过去好得多了，还当面夸奖过他。他回来虽然很高兴，但也常常表示有隐忧。因为他自己非常清楚，这是在欺骗蒋介石，好在那时是无官不贪，官官相护，谁也不会在这些问题上来找特务的毛病向蒋介石去告发。纵然有些人知道特务在搞生意，而他们也会毫不掩饰地坦白承认，甚至请人帮忙，因为只要加上一个这是“工作上的掩护”名义，谁也不再过问了。
从重庆还都南京以后，毛人凤最初居住的地方是在梅园新村中共驻南京办事处的附近。有天，他又照例派汽车把南京某浴室一个最好的搓背工人接到他家中去给他刮脚、捏脚，突然接到俞济时的电报，说蒋介石要了解有关中共在上海、南京、重庆等大都市活动情况的材料，要毛人凤把过去搜集到的有关这方面的情报立刻整理好亲自带去见蒋介石。毛人凤便打电话到局里叫他的机要秘书毛钟新转告情报处把有关材料整好，由交通股派人送给他。
这个交通员只去过毛人凤家中一次，还是晚上去的，他拿了这份东西糊里糊涂竟送到中共办事处。中共办事处的收发员见是“送呈毛人凤先生亲启”的文件，也照例收下，并拿送文簿给他看。当他看到是中共驻京办事处的收文图章，急出了一身冷汗，三脚两步来到沈醉的办公室，把情况告诉他，问他怎么办？
沈醉考虑了下，叫他不急于报告毛人凤，设法把这件东西取回来。沈醉一面叫这个交通员立刻带上送文簿去取回这个文件，只说还有一点东西没有装进去，要拿回去一下，同时他自己带了六个便衣警卫，开了一辆汽车跟在送公文的三轮卡后面，准备万一办事处不肯退回，便不顾一切硬抢回来。当他的车子停在离梅园新村不远的地方等候着的时候，这个交通员进去一会儿便把原信取了回来。交通员说：“幸好原件取回没有被拆阅，要是这份东西给共产党拿去了，那还得了，真不知会有多少人头落地。”后来这个交通员也以嫌疑重大被扣押侦察了好久才释放。
拉拢权贵，手腕高明，决不轻易得罪人，对蒋经国更是俯首帖耳
毛人凤拉拢豪门权贵的手腕可说比戴笠更肯下功夫。戴笠由于长期以来得到蒋介石的信任，越来越骄横跋扈，许多权贵与他往来都有三分畏惧，十几年间树敌不少。毛人凤在这一点上与戴笠的作风却大不相同，因为他和蒋介石的关系不深，在国民党政府中资历很浅，所以处处学郑介民和唐纵的办法，决不轻易得罪人。
当时在蒋介石政权中最得宠的陈诚，一向是讨厌军统和戴笠的，戴笠死后，他更想趁机打击。毛人凤对这样一个劲敌，的确花了不少心思。陈诚的个性极强，也特别骄横，要想化敌为友，实在不是一件简单的事。
