毛人凤对蒋经国也下过不少工夫。他知道对这位“太子”不能像对俞济时一样花点钱就可以打通这条路。他还是和戴笠一样叫军统中留俄的大特务王新衡等去联系。蒋经国的野心很大，随时都在作继承父业的准备，毛人凤便在这方面投其所好。1948年蒋经国奉父命去上海主持推行金圆券平抑物价时，毛人凤曾下令保密局在上海的所有单位和每一特务都要倾全力来帮助执行这一任务。他自己还经常赶到上海为其提供情况和策划，处处想法讨好。蒋经国为了要树立威信，准备扣押上海青帮头子杜月笙的儿子杜维屏的时候，毛人凤害怕弄得不好下台，曾进行劝阻。但蒋经国认为此人不办，局面无法打开，坚持自己意见，毛人凤只好同意他这一做法。结果杜维屏被扣押后，问题弄得很僵，毛人凤又从中为之多方奔走，最后弄成虎头蛇尾，蒋经国还埋怨特务们没有尽到全力支持。
1949年9月间，蒋介石去昆明的那天，毛人凤先去机场布置。后来蒋经国先来了，毛人凤在休息室中对蒋经国说话时低三下四的。他还对下属说：“你把重要的情况好好报告一下，对经国先生就应当像对总裁一样。”
此外，他对原来和军统有很深关系的胡宗南、宋子文、汤恩伯、杨森等也都靠得很拢。
善于借他人之手排除异己，很迷信看相、算命和风水这类东西
毛人凤的阴险毒辣，有不少地方比戴笠还要胜过一筹。他常常强调情况与过去不同，不得不采取更为毒辣的办法。
他最毒辣的一手，是在全国快解放前保密局逃往台湾的时候，不少叛徒比一般人都害怕，争先恐后急于要走，他却偏偏把这些人留下来，不准他们去台湾。南京解放前，一些在保密局特种政治问题研究组工作的叛徒，全被他丢了下来，甚至连组长瞿梦秋都没有带走。他认为这些叛徒能利用的地方已利用得差不多了，去到台湾人地生疏，起不了什么大作用。台湾地方小，也不需要用这么多人，去了只有增加负担，留下来的好处却大得很。
他的心里是有算盘的：第一，过去国民党抓到这些人，不但没有杀掉，而且给了他们官做，当然这些人对共产党是不利的。共产党再抓到他们，一定要算这笔账，很有可能被杀掉。这时国民党就可以大肆宣传，我们都不杀的人，被共产党杀掉了。这是最好的材料，他们的亲友也会对此产生很大反感，认为国民党还要好得多。第二，丢下这些人，可以给共产党增添不少麻烦，同时也必然要涉及到他们不少的亲友。这样一来，至少要花大量人力去搞清楚他们的情况，而我们留下来的人员便可以减少一些危险。第三，如果这些人没有被杀而又重新得到共产党的信任给予工作，那便证明他们在许多问题上有了隐瞒。那时军统再派人去找他们联系，如果不肯干的话，便可以威肋他们，宁可同归于尽。第四，这些人在替军统工作时，生活待遇都很不错，以后在共产党内不但要受到轻视，生活也过得不好。在相形之下，他还会留恋军统。
在他这一措施之下，不少过去怕死而变节的叛徒，像抗战期间的十八集团军洛阳办事处长，四野参谋处作战科长(四平街战役被俘叛变)，解放前在重庆被捕后叛变的市委书记，以及1947年在北平、西安等处被捕的一批地下党员中少叛变的人，都一起被他抛弃下来。有些叛徒一听到叫他们留下，不让去台湾，甚至跪下去哭了起来，他还是不答应。当时许多特务连家里的老妈子都坐上飞机跑了，而这些人却眼泪巴巴地准备当俘虏。甚至一些替军统拼死拼活干了多年的老叛徒，最后也被他甩下了一批。保密局第二处副处长黄某，抗战时随同张国焘一起工作，任过专做延安情报活动的陕北站站长，解放前夕拖家带眷在成都找到毛人凤，一再哭着要求去台湾，毛人凤坚决不答应，还命令他继续去西康活动。又如替军统搞过多年训练，当过华中区区长的苏联留学生叶某，以及在军统任过督察室主任的徐某等多人，都被他甩下。
可是毛人凤对一些他认为可能回到人民行列去的叛徒和脱党分子，却又坚决要他们去台湾，害怕这些人将来对军统工作不利，最典型的一个例子是他对在军统中主持过多年训练工作的余乐醒。余乐醒是留法勤工俭学学生，以后留学苏联。毛人凤知道他与一些留法留苏的中共领导人认识，他不肯走，便一再强迫他去台湾。余乐醒只好把老婆孩子等先送去台湾，自己留在上海。后来毛人凤听到有人说余乐醒行动可疑，便又不让他去，而准备逮捕他，但又没有证据，怕引起内部的反感。因余在军统中工作的亲戚即达40余人之多，学生更是数以千计，所以不敢贸然下手。
在上海临解放前，毛人凤曾派人去逮捕余乐醒，但他因得到在稽查处工作的一个学生打电话通知他，才没有遭到毛人凤的毒手。
毛人凤很迷信看相、算命和风水这类东西。他最要好的助手，保密局局长办公室主任潘其武，对他在这方面的影响也不小。不论在重庆、南京、上海，潘其武发现有什么有名的相命家，总要带毛人凤去试试看，当国民党彻底失败逃到西南准备最后挣扎的时候，毛人凤也附和一些军政头子的迷信说法，认为国民党的惨败，不是由于它们本身的腐朽和失去全国人心，共产党打胜仗也不是由于得到全国人民的拥护和领导的英明，最主要的原因是国民党政府那面国旗犯了错误。因为它是青天白日满地红，象征国民党被共产党包围，满地都是红的，他准备正式向蒋介石建议，立刻把国旗改正过来。他们要把国旗改为国民党的党旗一样，全部是青天白日，而把满地红缩小成为一点红放在白日中间，这样做的意思是用以象征国民党包围和吞并共产党。1949年10月间，毛人凤在昆明和下属津津有味谈到这个问题时，还感到这一发现太迟了一点。
毛人凤对戴笠的遗物不大爱使用，他对戴笠先前乘坐的小轿车一直不感兴趣。毛人凤还没有回南京前，蒋介石把戴笠常用的几辆轿车分别给了他和郑介民、唐纵。他坐了几次便要把车子转让给副主任秘书张严佛。戴笠在南京、上海等地接收的房子，他一处也不要，宁愿自己另找。有些人还以为他比郑介民、唐纵两人高明些，其实他是由于迷信关系，害怕不吉利；甚至连戴笠生前自行设计的军统新建的大厦门中那间最好的办公室，他也忌讳，不愿在那里面去办公，而选择一间他认为方位朝向最适宜于他的一间办公室，一直不肯变动。当他从副局长升为局长后，许多人都劝他搬到郑介民那间局长室去，他坚决不同意。问他为什么？他笑着说：“我这间办公室很顺利，何必去动它。”由于命中缺火，毛人凤的化名便叫“以炎”，多年来一直用这个化名。
爱好京戏，喜好玩弄女性
毛人凤对京戏特别爱好，他在昆明一个多月，几乎每天都要看一场甚至两场京戏。当时马连良和于素秋在云南大戏院演出，他每晚都要去，因此昆明警察局刑警大队长周伯先每晚总是在戏院给他订好十几个座位，并先派特务在前后两排布置好，把中间一排五六个最好的座位留给他。周伯先还同时在戏院门前派出一批特务等候照料，一等他下汽车，特务们便前呼后拥地把他送进戏院去。那种排场，使得整个戏院看戏的人都为之侧目。他对此却非常得意，事情再忙，也得抽空去看一出压轴戏。
毛人凤曾多次想把于素秋聘到台湾去，于素秋经常和他接近，曾几次到他家拜访。毛人凤一听见于来，立刻把要办的事都搁下来，和于一谈就是几小时，这时谁也不敢去惊动他们。有次于素秋白天有戏要出台，戏院经理到时找不到她。一打听她到毛人凤家来了，便派人赶来接她回去准备出演。她仗着毛人凤的势力对来人说：“你们是怕今天客人要退票呢，还是准备以后不做生意？毛先生留我吃饭，你们敢不敢说个不字？”戏院里的人一声不吭走了，只好回去挂上一面“于素秋因急病不能演出”的牌子请求观众原谅。
毛人凤和戴笠一样爱玩弄女性，不过毛人凤的条件没有戴笠那么优越，往往只能利用机会和乘人之危来达到他的目的。抗战时，军统特务李广和在山西的天主教中有一点力量，一向利用这个关系从事特务活动，并与日伪发生关系。当时他还不了解蒋介石早在实行曲线救国政策，因此不敢把他同日寇的关系据实报告军统。当他奉日寇特务机关命令到重庆进行活动时，被戴笠发觉，将他扣押起来。这时李的老婆刘青芳便到处活动，想见见戴笠，没有见到，却先见到了毛人凤。毛人凤看刘青芳非常风骚，便起不良之心。当她请求见见李广和的时候，毛人凤在征得戴笠的同意后，便亲自陪同她去见李。经过几次接触之后，毛人凤便达到目的。戴笠死后，不但李被释放出来，不久还由毛人凤派为天津警备司令部稽查处长。后来刘青芳还想利用她和毛人凤的关系竞选国大代表，毛人凤也答应支持她。她便仆仆风尘，经常来往于天津南京之间，和毛人凤的关系越来越不避讳。还有重庆警察局刑警处长谈荣章的老婆，因常常有事请求毛人凤帮忙，不久也落入毛人凤的圈套。毛人凤也答应帮助她竞选国大代表。这只是两个例子，类似的事还不少。
自戴笠死后，毛人凤领导军统不过两三年便被赶出了大陆，于1956年在台北因病死去，被蒋介石追赠上将军衔。
