抗战胜利后，唐纵大走鸿运。蒋介石在戴笠没死之前，就有意培植唐纵，以便更好地实现他的特务统治。
1945年冬，蒋介石下令结束侍从室，改在国民政府参军处下设立军务局，把原来侍从室的工作大部分继承下来，以他的亲信俞济时任局长，唐纵被调升为参军处的中将参军，除仍为蒋介石主管全国情报外，还兼看有关警政、保安等其他机要文件。一个亲信在他出任参军时看他，问到他以后的工作是否和过去一样，他只简单地回答：“差不多。”那个亲信知道他的老脾气，不会谈这些。
1946年春天，蒋介石先后到南京、北平、上海等大城市视察时，除了带着俞济时、陈希曾、竺培基等侍从人员外，唐纵是参军中唯一的随行人员，他每次随蒋介石出发的前一两天，总要先到军统局找毛人凤了解这些地区的情况。一些刚从这些地方发到军统局的电报，还没有来得及缮呈蒋介石的重要情况，他都亲自摘抄在他的手册中，以便随时当面向蒋介石报告，或备充蒋介石查询时的材料。
1946年2月间，唐纵随蒋介石去上海视察时，报纸上发表了他被任命为内政部次长的消息。他一回重庆，许多大特务去向他道喜。他尽量压抑住自己的喜悦心情，谦虚地说他的能力有限，对这样一个重要职务没法承担起来，担心辜负委员长的栽培等一套话。
当时许多大特务都很兴奋，认为今后军统人员可以通过他的关系向地方行政单位发展。他马上婉言拒绝，说：“大家（指军统特务）以后的工作更忙更重要，只怕人还不够用，哪能要求派人搞这方面工作。只怕那时我希望请人来帮忙，戴先生也不肯给我。”有的特务原先以为通过唐纵的关系可以当行政专员或省政府的厅长，听了他这几句话都很失望。
1946年3月20日晚上，戴笠摔死的消息得到证实以后，毛人凤准备向蒋介石请求派人主持军统工作时，曾召集他认为最可靠的几个人商谈。到场的人有副主任秘书张毅夫，处长何芝园、郑修元，戴笠的侄儿医务所长戴夏民，还有沈醉。大家商定请求蒋介石指定郑介民当局长。会后，毛人凤再三叮嘱，不能让唐纵知道这件事。当时不仅毛人凤不欢迎唐纵来当局长，在场的几个人也和毛人凤一样认为唐纵为人太拘谨，气魄太小，在他手下不方便的地方太多。而郑介民一向不注意小节，而且当时已去北平担任军调部工作，由郑介民继任，等于由毛人凤负责。如由唐继任，他马上可以来办公，一定抓得很紧，所以不愿意他去。
尽管毛人凤再三叮嘱，沈醉在第二天一早去南京给戴笠收尸之前，汽车路过上清寺时，还是悄悄地去看过唐纵，并把毛人凤的决定告诉了他，他苦笑了一下，慢腾腾地说：“他不希望我去，我也不想去收拾这个烂摊子。”
当沈醉从南京回到重庆的第二天上午，唐纵打电话找沈醉去他家。沈醉向他报告戴笠暴死的惨状时，他丝毫没有什么难过的表情，而且带着不耐烦的神情听沈醉谈戴笠死的情况。沈醉只好很简单地说完，听完后他只冷淡地说：“这是没有办法可避免的事情，人都死了，难过也无用。”接着，他又说：“我现在工作和过去不同，天天得出去办公。你回去把戴先生过去用的汽车挑一辆好点的给我用。”
沈醉一听心里好不难过，感到这个人太寡情了，不想再说什么只好答应他马上去办。沈醉正要走，他又说：“委员长已决定要郑介民先生当局长，要我和毛人凤先生当副局长，在郑介民没有回来前，由我代表。我坚辞不了，实际上我是不会去的。他们不欢喜我，我也没有时间去。”他还表示，以后军统局的问题多得很，戴笠生前得罪的人太多，他乐得不去插手。
大约在3月底或4月初，戴笠摔死的消息在报上公布不久，又发表了以郑介民为军统局局长，唐纵、毛人凤为副局长的简短消息。郑介民马上在报上公开否认，唐纵也打电话向沈醉查询这一消息是否为军统所发，并且很不高兴地说：“这没有什么好处，为什么发这些消息？”以后沈醉查明这是中央社记者从军委会办公厅方面采访到的，向他报告后，他虽没有和郑介民一样公开否认，对外却一直说他根本不过问军统局的事。事实上他的确很少过问军统局的工作，虽然蒋介石正式命令他代理局长，他还是一样，只在不得已的情况下经郑介民毛人凤两人一再邀请才去一下。等到军统局改组为国防部保密局的时候，他这个挂名的副局长兼代局长也取消了。
虽官运亨通，但日子却很不好过。处理“李、闻血案”大伤脑筋
戴笠死之后，蒋介石对唐纵更加重视了。
戴笠生前拟有统一掌握全国警察的计划，准备成立警察总监部，由他兼任总监。当时，李士珍也正在倾注全力夺取这一职位，以实现他的“十年建警计划”。后来，戴笠突然死去，军统中一般人都认为这个单位一定会被李士珍抢去。正在这时，蒋介石找唐纵去研究这个问题。有一天，唐纵突然向毛人凤要戴笠所拟的有关建警计划的其他材料。唐纵自己虽然没有透露蒋介石已属意于他，而毛人凤却向许多大特务谈出了蒋介石连续找唐纵研究的消息。
戴笠原来拟订的警察总监部的计划，规模很庞大，与中央各部组织差不多。这个规划大致上是这样：总监之下设副总监、正副秘书长各一，分设四个署执掌行政、保安、刑事、外事等业务。署之下设几个处，分掌总务、教育、交通、通讯等。又有几个室，主管秘书、人事、会计、督察等。唐纵在起草拟订这个机构时，首先感到这个名称太刺目，组织也太庞大。他力主缩小一点，只求职权范围能达到掌管全国警察为度，名称和组织应比中央一般的部要低一些。这时参加帮他起草的特务们，如内政部警政司司长酆裕坤，副司长汪弼，原中美合作所主任秘书潘其武等人，虽一再建议不必多作更改，他始终不予接受。潘其武几次与毛人凤谈到这个问题，希望毛人凤去劝劝他，毛人凤总是笑一笑，不表示任何意见。
1946年7月，蒋介石任命唐纵为内政部警察总署署长，免去他内政部政务次长的职务。当时，唐纵非常高兴，因他从没有做过主管官，对这样一个署长已感到心满意足了。而许多准备转到警察界去做官的大特务却很失望，暗地里说：“唐纵先生得手了，我们却没有着落。”
唐纵一向以谨慎稳健着称，在酝酿起草成立警察总署期间，他一直不先作人事上的安排。他在军统中关系最深的一些人，如他的小同乡刘国宪、罗杏芳，都是他从小学同学一直到黄埔六期同队，抗战期间由他介绍分别在重庆稽查处任副督察长、邮检所长、军统特务团副团长，还有他的堂弟唐振文、堂兄唐振寰，几乎经常去找他，希望早点知道给他们什么职位，但他始终不肯表示。直到他拿到了任命状，他才找毛人凤、郑介民商量人事安排问题，忙了一个多月才大体上作出决定。8月中旬，警察总署宣告成立，同时人事也初步快定，大致如下：
署长唐纵，副署长酆裕坤；（1947年又加了一个副署长，原重庆市警察局长唐毅。）
第一处处长汪弼，主管行政；
第二处处长李搴，主管教育；
第三处处长李国俊，主管保安；
第四处处长潘其武，主管刑事；
第五处处长黄天迈，主管外事；
第六处处长李叶，主管总务。
主任秘书马策，督导室主任胡国振。
以后这些处长常有变动，这里不一一列举。当时这个署的人事安排，包括唐纵、郑介民、秘各派的人。其中的李国俊、李叶、胡国振、马策等，是唐纵自己找去的。黄天迈是郑介民推荐的郑介民派中的骨干分子。潘其武是毛人凤的左右手。还有大批科长、股长、督导员，也是原来毛派中的骨干。此外，还有李士珍介绍的人。第一处处长汪弼是副署长酆裕坤多年的得力副手。警察总署刚成立形成为清一色的唐派天下了。
在起草警察总署的规划时，唐纵已露出了他的野心，那便是过去连戴笠都没有考虑到的一个问题：控制各省保安团队，使“保”、“警”一元化。
一次，唐纵去昆明公干，当时云南省警务处长李毓桢向唐纵报告，说云南警务处在执行任务中最伤脑筋的问题，是保安团队与警务处的职权没有明确划分，因此不能很好地配合，彼此之间经常闹摩擦。特别是在有共产党游击部队出没的地区中，警察局的保警队和地方的保安团队在“清剿”中不但不能统一行动，往往各自为政，坐失良机。唐纵听了之后只是简单地说：“这个问题很快就可得到解决，将来可以把事权统一起来就好办了。”
虽说保安团队是军队组织，警察机关管不了，但在他的计划里，警察机关是可以管保安团队的，可见他的野心之大。
1947年初，国防部又设立了一个保安事务局，由唐纵兼任局长。这个局主管全国保安团队的整编、训练和装备。下面只设两个处，由唐纵选定刚从陆大将官班毕业的军统特务赵世瑞等去担任处长，全部人员只有40多人。这个局的编制虽然不大，却很有权，可以主管全国所有的保安团队。终于实现了唐纵的计划。
蒋介石这一新的措施，当时很多人都感到意外，不明白唐纵是用什么方法使蒋介石同意他的计划的。
后来警察总署第四处处长潘其武在和毛人凤谈话时透露，原来唐纵在蒋介石身边工作时，早就了解到蒋介石抗战胜利后就会进行反共内战。蒋介石对中共领导的地方武装力量感到担心。唐纵便建议统一全国警察和保安部队，并举出云南警保之间存在矛盾而使中共地方武装力量日益坐大为例证。因此蒋介石把主管保安部队的职权一起交给了唐纵。
1947年4月，各省扩大警务处的职权，改组成为警保处把警察和保安部队的领导权集中统一起来。在蒋介石反共的罪恶行动中，唐纵也越来越显得重要起来。
抗战胜利后，唐纵虽官运亨通，但日子却很不好过，使他伤脑筋的事层出不穷。
他刚刚成为警察总署长，连总署还没有正式成立，只是一个光杆署长的时候，就在昆明发生了举世震惊、全国人民一致愤慨万分的“李、闻血案”。蒋介石为了应付各方面的责难，急电召唐纵赴庐山，当面命令他去昆明调查这个血案，他回到南京连觉都不能睡，连呼“伤脑筋”不止。
唐纵回南京求援于毛人凤，希望毛人凤尽全力协助他完成蒋介石交给他的第一件任务，带几个得力助手去昆明协同办案。毛人凤因为刚从重庆“还都”南京，身边只有少数干部，分不出人来帮他。警察总署的刑事警察处长潘其武又以尚未明令发表，并且正碰上中美所办理结束工作，不愿随他同去。后来还是毛人凤给他出了个主意，叫他去重庆选几个人。因为当时有些人还没有走，有些走了又回到了重庆。他无可奈何，只好先去重庆。他先从南京打了一个长途电话给军委会原邮航检查处长李肖白和军统局行动处长郑修元，叫他们不要离开重庆，准备随他去昆明。他到重庆后，李肖白又向他推荐曾任军统特务队长、内江警备司令部稽查处长、当时任中美所汽车总队长的许建业一同前去。
唐纵过去执行蒋介石交办事件，没有一次不是上午奉命下午就动身的，可是这次他却迟迟不飞昆明，而在重庆呆了几天，有人说唐纵在南京时就已知道李、闻血案是云南警备总司令霍揆彰所干的，但实际并非如此，要是那样，他便不必跑重庆找人了。实际上，他了解到霍揆彰有重大嫌疑，还是毛人凤打电报告诉他的，他才决定马上带沈醉和李肖白、郑修元、许建业4人动身去昆明。在没有得到毛人凤的电报前，他每晚在寓所花园中徘徊到深夜，还不断找沈醉和李肖白等研究，他那时的苦闷心情是过去很少看到的。
唐纵到了昆明，听到军统云南站长王巍向他详细报告，知道确系霍揆彰派人暗杀李、闻的情况后，本来可以放下重担，但他仍旧感到伤脑筋。因为霍揆彰是陈诚系统的重要骨干分子，唐纵不但怕得罪霍，更怕得罪陈，因此对此案如何处理很感棘手。
霍揆彰认为蒋介石派唐纵去昆明查办此案，是蒋介石有意包庇他，所以不愿承认这一罪责。因此唐纵在向蒋介石报告中，有些问题也不敢肯定。霍揆彰只承认自己约束部下不严，以致发生这种由于一时激愤所造成的偶然事件。蒋介石看出唐纵在处理这个问题上有困难，便另派顾祝同前往。消息传到昆明，唐纵一方面很高兴，感到责任轻松了，不必自己出面去得罪人；另一方面感到自己的面子有些难堪，堂堂一个警察总署长第一次出马亲自查办案件就遇到这样头痛的事。唐纵回到南京，毛人凤请他吃饭时，他还说：“昆明气候虽然很好，但这件事太伤脑筋，一直没有睡好吃好，体重比去时减轻了。”
第二件使唐纵大伤脑筋的事是1947年发生在上海的“金都血案”。事情是发生在上海金都戏院门口，由于警察和宪兵发生冲突，双方开枪射击，宪兵人多火力强，当场打死警察6人，打死打伤过路的市民10余人。当时，火并行动虽被制止，但双方均认为吃了亏而不服气。第二天起，全市警察一律罢勤，要求严办肇事宪兵。宪兵也全体罢岗，要求严办警察。当时，上海警察局长俞叔平和淞沪警备司令宣铁吾，用了最大力量压制两方不准再闹，而个别地区的警察与宪兵仍时起冲突，动辄开枪互击。蒋介石据报后，曾打长途电话给宣铁吾，大骂一顿，叫他把出事原因和责任立即查报。那几天，上海市民人心惶惶，多不敢随便外出，怕遇上宪警互相射击时成为流弹下的冤死鬼。
这场轰动上海、南京的大案件，当时报上曾连篇累牍地作了详细报道。“金都血案”发生后的第三天，唐纵派了警察总署督导员李哲会同宪兵司令部一个科长一同去上海实地调查。隔了几天，唐纵在国民政府的纪念周上遇到宪兵司令张镇还开玩笑地说：“你们宪兵打死了我们警察，是准备赔钱呢还是赔人？”唐纵平日和张一向很要好，说话也很随便。哪知这次却不同于往常，张因刚受到蒋介石的责骂，正在为上海肇事的宪兵抵赖，说是警察先开枪，宪兵有几个人被打伤。张见唐纵这样质问，怀疑唐纵向蒋介石告了他的状，立刻冒起火来，气冲冲地指着唐纵的鼻子说：“你不要乱说，究竟谁先开的枪你弄清没有？”唐纵一向有涵养，对这种突如其来的责难，总是一笑置之，连忙把话扯开，又经在旁的人劝说，两人都走了。唐纵回到办公室，立即叫人打电话到上海催李哲赶快查明真相，据实上报。
