在正式宣战后，神圣中意志帝国向毛斯与尼亚发起进攻并以破竹之势占领了它们，其殖民地被帝国盟友接管。但是斯夫却挡住了中意志帝国的进攻，其原因是它之前得到了情报，所以可以对其军队进行调整。不像另外两个，只调动了大约五分之二的军队。期夫战役陷入僵局，而美利克里斯帝国也对中意志帝国宣战。这时的中意志帝国陷入了一个进退两难的境地，如果议合，将失去占领的领土并引发国内不满；如果继续战争，可能将战火烧到本土还不一定赢。美利克里斯帝国也是这么想的，所以尽管边境数十亿精兵对峙却未开一枪一炮。
对峙一周后，由星联搓商，决定将战场放在殖民地，不得在地球本土发动任何战争。
欧阳靖：“所以事情就是这个样子的，你将被调往帝国近卫军第4骷髅军团担任指挥官，前往奥塔星系准备发起进攻。”
神圣中意志帝国的军事力量分帝国国防军，帝国近卫军，帝国皇家近卫军，帝国行刑队，帝国宪兵五支军事力量。其中帝国皇家近卫军由皇帝直接指挥，其余由最高统帅部指挥。帝国宪兵是最高统帅部用来管理帝国国防军的；帝国行刑队是最高统帅部用来清理外星土著的；帝国近卫军是从国防军中挑出最精锐的军队以保证最激烈战区的胜利。当然，国防军是军事主力。
墨痕接过任命后与其军队前往了奥塔主星。其骷髅军团由近卫军太空军第7航空队和国防军太空军第2航空队空军力量，近卫军陆军第1，2步兵师，第3“中意志”装甲师，帝国处刑队第十五师为陆军力量。以及少量帝国宪兵组成的军事集团。这支军团的旗舰是弑神者号战舰，它是噬神者号的娣妹舰，不同的是，它完全为战争而生。
在奥塔星系，墨痕指挥骷髅军团在奥塔主星进行空降突袭并占领敌指挥部，俘虏了敌指挥官并迫使投降。经此战役，墨痕升为少将并让其军队得到了最强大的装备。同时云轩也升至上校并获得了圣骑士十字勋章。
之后，墨痕被调往美利克里斯帝国克斯里昂星球级要塞群和克赛拉太空军基地这个美利克里斯帝国经营近百年的军事基地。在攻陷那里后就可以占领后面大量的资源区，对神圣中意志帝国继续战争起到了决定性的作用。
在克斯里昂星球级要塞群，墨痕使用古斯卫星级舰载巨炮对要塞进行了为期一周的狂轰乱炸要塞群本来二十座要赛只剩七座，其中还可以运行的只有三座。并且它们全部都投降了。之后墨痕调遣了三十五艘帝国星际歼击舰对克赛拉基地进行封锁。帝国星际歼击舰，是帝国为了打击敌商船而制造的。经过两周的封锁，克赛拉基地内驻军投降，总计浮获150万人，歼灭50万人。随后用三周时间，墨痕占领了克兰工业星球以及数十个资源采集星球。经此一役，墨痕升为中将并进入了帝国最高统帅部前沿指挥部，他也成为了在面容上最年轻的高阶指挥官。
接下来的两周，墨痕的骷髅军团陆续攻陷了米斯里和里斯两座工业星球。但是后方的美利克里斯帝国间谍成功策反了部分居民与外星土著并让其造反，在资源采集和工业星球进行破坏并以矮行星做为据点劫持商船已对帝国造成困扰，于是墨痕被调往后方消灭抵抗组织。
在消灭抵抗组织之前，除补充兵力外，大量处刑队也加入了清除行动。墨痕也明白，处刑队大量投入也注定了清除计划不止仅限于外星土著。
刚开始，墨痕的军队只是对零散的抵抗组织进行定点清除。在清除了大约五十个抵抗组织据点后骷髅军团被调往米立克斯矮行星带以及米立克斯主星。在那里，有着殖民地最大的抵抗组织，它们已经对帝国运输线造成了规模损失所以必须被清除。
在之前的战斗中，抵抗组织使用其飞船体积小，方便逃跑的优势攻击商船，并集中大型飞船攻击落单的帝国巡洋舰。这种策略对帝国的刻板进攻十分管用，而最高统帅部则认为是因为火力不够，所以又部暑了一百艘星际巡洋舰。而墨痕则申请更多的星际歼击舰，他的理由是大型战舰每天需要大量补给，如果用歼击舰打击其运输线他们就不会让大型战舰出航，因为这样风险太大。他们也不会为了几个矮行星冒险。毕竟米立克斯主星对抵抗组织更加重要。
之后，三千艘歼击舰准备就绪，对抵抗组织发起了为期三周的运输线打击。抵抗组织运输线瘫痪各个星球坐吃山空，纷纷沦陷。在米立克斯主星外层空间，抵抗组织旗舰坠毁，抵抗组织覆灭。
在米立克斯主星的临时指挥部，处刑队第一集团军群少将西罗斯面见了墨痕并说道：“我不喜欢绕圈，所以我就直说了。没有您的帮助，我的清除无法有效进行。”墨痕：“所以您想让我在哪方面帮助您？”西罗斯：“我需要您将所有来自抵抗组织的俘虏转交给我。同时为我提供他们的详细情况，比如家庭情况。”墨痕：“我的军队与军队打仗，而你的军队只会屠杀。”西罗斯：“的确，抵抗组织每杀你一个人都要付出五十人的代价，而我的人只要二个人。在战斗力上来说你的人确实更强大。”墨痕：“确实。”西罗斯：“帝国正在进行一场伟大的战争……”墨痕：“战争？在我在旧地球上经历战争时你还没有出生呢，所以不要和我谈战争。”西罗斯：“那是，毕竟您已经6000多岁了，尽管有5500年在冷冻休眠中度过。另外，我找到了你在曾经的战争中曾反对杀死逃兵，他显然是你的朋友，一名上尉，而杀死了一名上校，那时你是一个少校，之后以一名少尉的身份继续服役，后来还参加了帝国生命科学部门的人体冷冻计划，竟然没人发现……”墨痕：“够了！你到底想要什么？”西罗斯：“我想要每名俘虏的详细信息。”墨痕：“我知道你要这个是为了屠杀与他们有关的所有人。”西罗斯：“只是亲属。”墨痕：“我拥护清除外星土著。但是杀掉俘虏这会对我方的俘虏造成危险。”西罗斯：“你可能不知道，星际条约最新定义，非正规军投降俘获者不算俘虏，不受条约保护。”墨痕：“好吧，我会提供信息。但是你的屠杀必须在我的军队离开后进行。”西罗斯：“这是当然。”
西罗斯离开后，墨痕迫于无奈向他发送了俘虏详细情况。
在战俘营，云轩在交换指挥权后准备离开时他目暏了处刑队的士兵鞭打俘虏。他上前制止但却遭道了嘲讽，云轩气得直接扇了那个士兵一巴掌。事情快闹大时，西罗斯正巧路过，在说明了身份后向云轩说道：“帝国处刑队已经接管了战俘营和这颗星球，所以你无权干涉。”云轩：“根据星际条约规定，我们必须善待俘虏。你的士兵明显违规了。”西罗斯：“他们不是俘虏而是暴乱者。”说着对一个战虏开了一枪并使其死亡。“命令就是命令。”西罗斯说道，“你也只能听从命令。”
云轩气愤地回到指挥部想对墨痕说刚才的事情，但墨痕率先说道：“通知所有部队离开这颗星球。”云轩：“处刑队的那群人在屠杀俘虏！难道我们不管吗？”墨痕：“我们没有能力去管。”云轩：“为什么？！如果让我们的士兵知道……”墨痕：“绝对不能让他们知道，这会严重影响士气。”云轩：“没错。但这不是一场正义的战争！”墨痕：“没有一场战争是正义的！”云轩愣住了，过了一会儿墨痕说道：“我们如果无法成为像威皇一样的主导者，我们都是在艰难地，试图活下去的人。”
在墨痕准备继续说话的时候，来自最高统帅部的命令打断了谈话。命令骷髅军团重新前往前线作战。
到达奥塔主星的前沿指挥部后，墨痕了解了最新的情况：在奥斯尼亚工业行星，6900万国防军精锐被歼灭。使得美利克里斯帝国重新发起反攻，占领了米斯里和里斯两座工业星球。所以最高统帅部想要进行反攻。近卫军骷髅军团责备攻占米斯里和里斯。
一周后，米斯里和里斯确实被夺回，但是作为副指挥的云轩却一直精神不振。
几天后骷髅军团被调往林克工业星球准备加入对库斯工业星球的进攻。
在前往林克星球途中，墨痕对云轩说道：“战争永远是这样，伴随着屠杀与奴役。我们无法改变。相信我，我所经历的，远远超过你。”云轩：“这样，如果我们输了，连上帝都不会救我们。”墨痕：“因此我们必须赢。”云轩：“指挥官，您说你的经历，能不能说来听听。”墨痕：“当然可以，还有，以后直接叫我名字就好了。”接着墨痕讲了他在林克星（第一章）和在地球（本章）的故事后云轩问道：“您是如何保持容颜不老的呢？”墨痕拿出一支血清说道：“这种血清能让人体达到极限。再加上我被移植过机械手臂和冷冰了五百多年。实际在外活动只有几百年。年龄的话应该是6070岁。”
这时，飞船到达了林克星，墨痕云轩被通知库斯战役失败，帝国转攻为守。林克星球即将变成前线星球，为了保存有生力量，国防军十亿军团将撤退至奥塔主星。而近卫军骷髅军团负责守住林克星球并掩护撤退。墨痕明白，闪电战已经结束。
