黄巾起义后孙策之父孙坚被朱儁推荐为佐军司马攻打黄巾军，孙策与家人留在寿春居住。
孙策十几岁时就在寿春结交名士，名声渐渐传播开了，舒县人周瑜慕孙策之名，专程到寿春拜访。周、孙两人同岁，且均少年有志，杰出通达。因而于寿春一见如故，便推诚相待。
中平六年（189年），孙坚前去讨伐董卓。周瑜便劝孙策携母亲弟弟移居舒县，孙策应允。在舒县，孙策结交了很多社会上流人物，江、淮一带的名士都来投奔他。
初平二年（191年），孙坚因攻打荆州而被荆州牧刘表的部下黄祖所杀。孙策当时十七岁，将父亲孙坚葬在曲阿后，孙策一家举家迁到江都。
孙策初平四年（193年），守孝结束后，孙策到寿春找袁术准备讨回之前其父孙坚的旧部建功立业及为父报仇。袁术听其言语，察其举止，知道他能屈能伸，大有过人之处。但要马上将孙坚旧部还给他让他自立，自己又心有不甘。于是，袁术便说：“我已任命你的舅父吴景为丹阳太守、你的堂兄孙贲为都尉。丹阳是出精兵的地方，你可去投奔他们，召集兵勇。”
因为徐州牧陶谦非常忌惮孙策，而现在孙策的舅父吴景任丹杨太守，于是孙策就带着母亲迁居曲阿，与吕范、孙河一起投靠吴景，并依赖吴景召募到了数百人。后来讨伐泾县山贼祖郎，把祖郎打跑了。
兴平元年（194年），孙策带着数百人去投奔袁术。袁术这才将孙坚旧部数千人中的一千多人交还给孙策统领。太傅马日磾持节安抚关东，在寿春以礼征召孙策，并表奏朝廷任命孙策为怀义校尉。袁术麾下的大将桥蕤、张勋等都倾心敬重孙策。
就连袁术也常叹息说：“如果我袁术有孙郎这样的儿子，死也可瞑目无憾了。”孙策部下有一骑兵，犯罪后为逃避责罚，逃进了袁术的军营，藏到马棚里面。孙策派人追捕，直冲袁术营中，将罪犯搜出，就地斩首。事情结束后，孙策又前往袁术处赔礼请罪。
袁术说：“兵士叛变，理当惩处，有什么可请罪的呢？”从此军中更加敬畏孙策。
不过袁术为人反复无常，往往言而无信，他曾许诺让孙策任九江太守，过后却改用自己的亲信，丹阳人陈纪担任此职，孙策对此很失望。后来，袁术准备攻打徐州，向庐江太守陆康索求三万斛军粮，陆康不给，袁术大怒。
孙策以前在舒县时曾去拜访过陆康，陆康看不起孙策，只让自己的主簿接待，自己不出来相见，为此，孙策也对陆康怀恨在心。
袁术就派孙策去攻打陆康，并且允诺说：“之前我错用陈纪，经常后悔自己用错人了。如果这次你能抓获陆康，庐江郡就真正属于你所有了。”孙策奉命出击，拿下了庐江郡。
可是，袁术却任用他的老部下刘勋当了庐江太守，这让孙策对袁术更为失望。
兴平元年（194年），汉献帝派刘繇担任扬州刺史，扬州过去的治所是寿春，而寿春已被袁术占领，刘繇便在孙策的舅父吴景和堂兄孙贲的协助下南渡长江，在曲阿设立了治所。这次孙策攻打庐江，刘繇忧心忡忡，因为他知道，吴景、孙贲是袁术任命的，他们又是孙策的自己人，担心他们与袁术、孙策联手吞并自己，于是就用武力逼赶他们，吴景和孙贲只好退往历阳。
刘繇派部下樊能、于麋驻扎在横江津，让张英驻扎在当利口，来与袁术对抗。袁术则任用自己的老部下惠衢为扬州刺史，以吴景为督军中郎将，和孙贲一起率兵进击张英，却一连几年都未能攻克。
吴郡都尉朱治是孙坚的老部下，过去曾任孙坚的校尉，太傅马日磾在寿春的时候，任命朱治为副官，后又被任为吴郡都尉。他发现袁术政德不立，就劝说孙策趁机收取江东。
于是孙策就去见袁术。孙策对袁术说：“我家旧日对江东人多有恩义，我愿带兵去帮助舅父征伐横江。横江攻克之后，我还可在当地召募士卒，大概能召募三万人。那时，我再率领他们助您平定天下，谋成大业。”
袁术知道孙策对自己不满，但他认为，刘繇占据曲阿，王朗占据会稽，孙策未必能有什么作为，就答应了他的请求，并表奏朝廷任命孙策为折冲校尉，代理殄寇将军，只给他配备一千多的士卒及相应的军需品，战马几十匹，宾客中愿意跟随者几百人。
一路上不断有人来投奔孙策，等到了吴景的驻地历阳时，孙策的兵众已发展到五、六千人。孙策的母亲已先从曲阿迁来历阳，孙策又将母亲迁往阜陵居住。然后渡江转战，所向势若破竹，无人敢与他交锋，而且军令很严整，百姓们都依附他。
孙策这个人相貌英俊，言谈幽默，性格豁达开朗乐于接受意见，又善于用人，所以兵士和百姓对待他，没有不尽心尽力的，都愿意效死于他。
兴平二年（195年），孙策从历阳渡江，打败了刘繇。刘繇放弃丹徒西逃。于是孙策令朱治从钱塘进攻吴郡，吴郡太守许贡在由拳抵抗朱治，朱治大败许贡，许贡逃走依附山贼严白虎，朱治于是代理吴郡太守的职责。
袁术在寿春得知孙策击走刘繇后，上表奏请孙策为殄寇将军，把周尚召回寿春，并派其堂弟袁胤取代周尚任丹阳太守。
建安元年（196年），孙策进攻会稽。王朗败溃后投降，于是会稽平定。占据会稽后，孙策将原有长吏全部更换，自己兼任会稽太守，又以吴景为丹杨太守，以孙贲为豫章太守，分豫章另置庐陵郡，以孙贲弟弟孙辅为庐陵太守，朱治为吴郡太守。彭城人张昭、广陵人张纮、秦松、陈端等为谋士。同年，孙策派遣奉正都尉刘由、五官掾高承拿着孙策的奏章拜谒许都朝廷，并向朝廷进贡礼物。
曹操派议郎王誧携带汉献帝的诏书给孙策，任命他为骑都尉，袭父爵乌程侯，兼任会稽太守，并命他与吕布、陈瑀等一起讨伐袁术。孙策觉得自己统领这么多兵马，骑都尉的职务有点低了，想得到个将军的封号。
于是派人向王浦透露了这个意思，王浦当即以皇帝的名义宣布孙策权代明汉将军。当时，陈瑀军驻海西，孙策按诏书要求，整顿兵马，要去与吕布、陈瑀会面，谋划军机，参同形势。但他率军走到钱塘时，情况却发生了变化。
原来陈瑀想要乘机夺取孙策的地盘。他派人秘密渡江，拿着三十多个印信给丹杨、宣城、泾县、陵阳、始安、黟县、歙县等地的大帅祖郎、焦已及吴郡乌程严白虎等，让他们作内应，等孙策的部队一开拔，马上攻取他的郡县。
孙策发现这一阴谋，大怒，派吕范、徐逸统兵直扑海西，大破陈瑀，俘获他的将士、妻儿等共四千多人。陈瑀往北逃奔袁绍。
建安三年（198年），孙策派徐琨赶走袁术所派的丹阳太守袁胤，平定宣城以东各地，迎接刚从袁术处回来的吴景担任丹阳太守，之后孙策亲自进攻丹阳泾县以西。他先进击陵阳，擒获祖郎，又进击勇里，擒获自封丹阳太守的太史慈。孙策平定丹阳回师吴郡后，拜太史慈为折冲中郎将，授祖郎为门下贼曹。
这时，袁术之前任命的周瑜为居巢长，鲁肃为东郡长，但二人知袁术难成大器，在孙策平定丹阳时相继弃官渡江来投奔孙策，孙策亲往迎接周瑜，拜建威中郎将，当即给周瑜增兵二千人，马五十匹。
