此时的元朝虽然被赶出中原大地，但仍有很大的实力，妄图重新统一中原。此时的元朝还有一位名将，同时也是最后的名将------扩廓帖木儿。
扩廓帖木儿，蒙古人，在蒙语中译为青铁。当然，他还有一个家喻户晓的名字：王保保。他本是元朝太尉赛因赤答贝的儿子，后来被元朝大将察罕帖木儿收为养子。后随察罕帖木儿四处围剿起义军，徐达攻下大都，他逃往山西。
元顺帝在徐达的追赶下逃往上都，由于在大都享受过太多荣华富贵。此时，那逃往上都的元顺帝认为上都不如大都繁华，命令王保保带兵从徐达手中夺回大都。当时徐达并没有在驻守大都，而是在外征战。
王保保认为，徐达只有两条路可走：①要么前来增援②要么放弃大都。但是徐达却选择了让王保徐哭笑不得的第三条路，给王保保上了一堂生动的军事课。
徐达率兵直捣王保保的老巢-----太原，太原可是王保保的根据地，如果太原失陷，即使大都被拿下，也终究是一座孤城。王保保立刻带着他的骑兵增援太原，没想到机动性不错，竟和徐达的骑兵相遇了，中原骑兵将和蒙古骑兵将大战一场。
众所周知，在没有飞机和坦克的古代，骑兵的机动性无疑有目共睹。自蒙古兴盛以来，成吉思汗的骑兵凭着马打遍天下无敌手，甚至把身强体壮的欧洲人都打到落花流水。昔日里被压迫的汉人不断学习的蒙古骑兵战术。今天，徐达带领着中原人自己的骑兵和蒙古骑兵一较上下。
天色渐渐黑了，王保保决定明日与明军决战，但是徐达却出其不意，半夜带兵杀入元营。王保保看起来比较好学，此时的他还在挑灯夜读，明军的突袭让他手无举措，仓慌之下带着部下逃走了。
王保保后来逃到了和林，此时的北元皇帝不再是元顺帝妥欢帖木儿，是他的儿子爱猷识理达腊。在此之前，爱猷识理达腊和元顺帝的父子关系不是很融洽，两人为了皇位斗得你死我活，一度导致朝政动荡，在朱元璋打到大都之后，父子关系才稍微缓和，家庭暴力事件逐渐减少，开始一致对外。
爱猷识理达腊在蒙语中译为寿吉度，洪武元年，徐达进汉大都前夜，元顺帝和他的爱妃带着爱猷识理达腊仓皇逃往上都。
不久明军占领上都，元顺帝又带着他逃往应昌。洪武三年，元顺帝驾崩。爱猷识理达腊即为北元皇帝。在明军攻破应昌之后，这位北元皇帝又逃往和林。这个北元第16任皇帝虽然总是逃跑，但是非常有“雄心壮志”，他梦想恢复大元当年的威武雄风，再一次统一天下。为了实现梦想，他定年号为宣光，并重用王保保和蛮子等人，多次击败了明军的进攻。
北元的存在，让刚刚成立的明朝坐立不安，严重威胁着明朝边境安全。洪武五年，朱元璋派徐达、李文忠、冯胜分兵三路前去剿灭爱猷识理达腊。
徐达几战胜利之后，被胜利冲昏了头脑，一路高歌猛进，竟然中了元军的埋伏。几万大军葬身沙漠，徐达拼死突围才逃走，和徐达一样，李文忠也同样损失惨重。
相比而言，冯胜这一路人马就显得战果累累。冯胜手下有一个叫傅友德的人。冯胜交给他几千人马，想试试他的本事，但没有教给他具体任务。傅友德带着他的人马，不久就找到了元军，二话不说，冲上去就是连杀带砍，连续几战都大获全胜。
冯胜看出了他的本事，放心将主力交给傅友德，傅友德得到主力军之后更是如虎添翼。几战下来，明军缴获无数的牛羊和物资，以至于元军看到傅友德就跑，明军也班师回朝了。北元虽然被傅友德打得很惨，也毕竟挫败明军两员大将。爱猷识理达腊给北元留下最后一条命。
洪武七年，朱元璋对北元政权以示善意，将爱猷识理达腊的儿子放回北元。洪武八年，北元名将王保保死于达剌那海衙庭。
