某天夜里，某军事基地发生了爆炸，有两台机甲逃离了基地。
另一边，真嗣在几天前出了院，现在正在楼顶独自一人一边欣赏着夜景的美，一边听着歌时。突然天空上有几架NERV的战斗机飞过。这引起了真嗣和还在洗澡的明日香的注意。
明日香连衣服都没穿好便奔向楼顶想看看是怎么一回事。
远处，逃离了基地的两台机甲降落到了第三新东京市。但因为距离问题没看清是不是使徒。
明日香：为什么？为什么没有紧急避难通知啊！敌人是谁？新的使徒？现在又不知道真嗣和美里去那闲逛了。
真嗣：那个，我在这呢。
真嗣突然的说话，明日香突然发现自己衣服没有穿好感到了害羞和尴尬。
真嗣：额，那个，抱歉啊，不过有一说一你的身材还是挺好的。（尬笑）
明日香：Danke für das Kompliment.！（谢谢你的夸奖）
明日香直接一脚踢向真嗣
真嗣：啊~！（惨叫）
第二天，在上学的路上明日香在昨天的事件中机甲留下的脚印坑里站着。
明日香：Good morning。
真嗣：站在那里面会被巡逻人员骂的。
明日香：证据明明这么确凿却还要把它叫做迷之移动物体，这里的治安到底怎么了。
绫波：要迟到了，我先走了。
明日香：什么啊优等生，你要去哪啊。
真嗣：明日香你也是快点走吧。
明日香：喂！等等我啊！
到了学校后，因为是新学期所以听说会有转学生来，而且还是个女的，这众人非常的激动。
上课铃响了，所有人都回到了自己的座位上，准备迎接新的转学生。转学生到了，老师要求做自我介绍。
转学生：大家好，我叫雾岛真名，叫我雾岛就行了，以后还请多多关照。
冬二：彼此彼此。
课堂的气氛欢乐了起来。
老师：好的，请多关照，正好，这学期碇旁边的同学转走了，那么雾岛同学你就坐真嗣旁边好了。
雾岛走到了自己位置后坐了下来，真嗣望了一眼后又把头扭了回去。随后雾岛跟真嗣说了一句“你叫碇，是吗？”
真嗣：嗯。（点头）
雾岛：那以后请多关照了，碇君。
其他学生随之起哄，但坐在另一旁的明日香看的好不自在，一脸吃醋的表情看着真嗣和雾岛。
下课铃响了，学生们纷纷走出了教室，雾岛再次找到真嗣并跟他搭话。
雾岛：看来班主任是个温柔的老师，这我就放心了。
真嗣：所以你找我有事吗？
雾岛：其实我想知道碇君你的名字。
真嗣：名字吗，真嗣，我叫碇真嗣。
雾岛：是真嗣啊，我说我今天是为了真嗣才6点起床穿上这身衣服的，你信吗？
真嗣：别开这种玩笑了，我们认识连一小时都没有呢。
雾岛：对了，这所学校的楼顶对学生开放吗？
真嗣：开放啊，怎么了？
雾岛：我想和真嗣一起到上面看风景，行吗？
真嗣一脸疑惑，此时明日香过来了，而且还听见了雾岛说的话。
明日香：怎么了真嗣？不是只要是个女孩子就行吗？
真嗣：是明日香啊，怎么了？
明日香：一来就用名字称呼，你们该不会是青梅竹马吧？
真嗣：不是这样的啦，只是碰巧说上话而已。
雾岛：真嗣，我们去楼顶吧。
说完直接拉着真嗣走了。到了楼顶，真嗣在一旁站着，而雾岛欣赏着风景不经的感叹道“真美丽”，真嗣误以为她说的是第三新东京市然后跟她介绍了一下，但是雾岛说的并不是城市，而是城市后面的山。
真嗣：山吗？的确，那一抹绿色，给人一种安详感。但自从来到这里后几乎每一件事是好事，真是悲哀啊。
雾岛：真嗣，你是EVA的驾驶员吧。
真嗣：不是吧！？怎么这件事是个人就能知道啊。
雾岛：我啊，对自己存活着又不能帮上忙感到很不甘心，我真的很羡慕能成为驾驶员的真嗣你啊。
真嗣：是吗......
雾岛：来，给你这个。
雾岛从口袋里拿出一条项链，交给了真嗣。并给真嗣带上了。
这时，从楼梯口传来声音，是明日香。
明日香：真嗣！我们去NERV总部吧。
真嗣：这么快？
明日香：对不起雾岛同学，我们有要事在身。
真嗣：啊，我明白了，走吧。
说完便离开了学校，三人坐在列车里，绫波看着书，真嗣听着歌，不理会明日香在一旁的调侃。
明日香：别害羞啊，受欢迎的人可真好。喂，不要老是只顾自己听歌啊。
说完猛的拔掉了真嗣的耳机，但没想到用力过猛不小心砸到了随身听，而且还砸烂了，明日香在一旁意识到了自己刚刚犯的错，连忙道歉。
真嗣：算了算了，不用道歉的啦，正好可以换一个，毕竟这个随身听是上个世纪的产品了。把壳装回去拿来收藏也不错。
然后雾岛突然出现在他们面前，真嗣和明日香感到惊讶，开学第一天就无辜旷课，真强。
真嗣：雾岛同学，你怎么来了？
雾岛：上课很无聊，你们也带我去NERV吧。
真嗣：真是的，众所周知，NERV总部是个人就能进。
到了总部，绫波和明日香先后进入，真嗣则在门口告诉雾岛非相关人员不能进入，而且没有ID卡也不能进入。而且还有扫描系统，可以检测是否有人会趁机而入。
然而雾岛下一步却是保住了真嗣，说“这样扫描出的应该是一个人了吧（装可爱）”
无奈之下真嗣只好带她进入总部，随后来到了更衣室门口。
真嗣：在我换好衣服出来之前得在门口等我，不能乱跑，明白了吗。
雾岛：好的。
真嗣进入了更衣室，从衣架上拿下了以前初号机配对的作战服，又看了看之前战斗时所弄出来大口子，便放回去了，拿起了二号机的男式作战服并换上。
真嗣换好了作战服出来了，雾岛见后夸真嗣穿作战服很帅，随后明日香和绫波也出来了，雾岛一看，真嗣和明日香的作战服是同样的，不经问到“你们是情侣吗？”
两人脸红着连忙解释不是，只是因为某些原因才得穿一样的而已。
真嗣：都换好了吧，那我们走吧，还有，雾岛同学麻烦你继续在这里等我们一下，测试完后就回来，你别乱跑啊。
雾岛：了解。
说完三人便往实验室走去，三人在模拟体内测试着同步率，但是赤木发现了不对，因为真嗣的同步率迟迟上不去，无法采取资料。
美里：真嗣，你没睡着吧。
真嗣：我醒着呢。
明日香：是在想那个女孩吧。
真嗣：不是的啦。老
明日香：爱可以拯救人类吗？
美里：明日香，不要私下交头接耳。
明日香：对了，我不是弄坏了你的随身听吗，来猜拳吧，如果赢了的话我可以给你买你最想要的锐族X26随身听怎么样。
真嗣：唉？真的？我早就想要了。
这时模拟体的情况突然变得不正常。
赤木：是不是有bug？
美里：是真嗣拿出干劲了吧。
这时真嗣因为过于的激动右手不小心抽了一下，把观察模拟体的玻璃打裂了，然后警报响了。
赤木：立刻停下实验，并把刚才的数据删除。
伊吹：可是真的好吗，这都是宝贵的实验资料。
赤木：快！
清理完数据后真嗣三人在休息室内坐着，而赤木正在对真嗣说教。
赤木：EVA可不是玩具，要是使徒功过来时失败了那可就麻烦了！真嗣，你知道吗。
真嗣：抱歉，是我太激动了。
赤木：算了，今天是实验中止，各自调整好状态。
美里：还有，禁止熬夜。
这时碇司令来了，寻问实验为什么突然中止，赤木也将事实一一说道。
碇司令：真嗣，如果你操作不了EVA就走吧，不要碍事。
之后真嗣在洗澡时一直在发泄被父亲这么说的心情。
真嗣：可恶！你根本什么都不懂我！一直用命令的语气说话！司令了不起吗！
洗完澡后去找了雾岛，但是没有找到，最后在真嗣更换作战服的衣柜里看到了一张纸条，上面写着“致真嗣。抱歉真嗣，我突然有事就先走了。雾岛。”
真嗣：看来是先回去了啊，算了，不管了，回去买菜喽。
买完菜后回到了家的真嗣清点着菜钱。而明日香在一旁学着化妆。
真嗣：土豆150日元，俩萝卜100日元，一颗洋葱80日元，一袋青椒150日元（100日元约等于6元人民币）一共480。
明日香：青椒好苦的。
真嗣：苦对身体好。
明日香：还有，洋葱要好好抄一下，我吃不了辣。
真嗣：要不明日香你也学学料理帮帮我？
明日香：不要，还有，你是不是和那个叫雾岛的女孩发生了什么？
真嗣：啊？什么叫“什么”啊？
明日香：你抱着她进了NERV吧。
真嗣：NERV是有啦，但我们什么都没发生，真的。（一脸肯定的回答到）
明日香：是吗？真嗣看招！
明日香抱住了真嗣，真嗣想推开但是明日香抱的太紧了，明日香仔细闻了闻真嗣衣服上的味道，发现的确是有雾岛的味道。之后明日香就爆发了，场面一度混乱。
真嗣：抱歉，下次不敢了。
明日香：你还想有下次？（愤怒的眼神）
真嗣：啊不不不，是以后都不会了。
场面恢复了平静。
明日香：还有真嗣，一直以来，谢谢你了。（再次抱住真嗣）
真嗣：啊？
明日香：因为真嗣你是唯一能做我恋爱实验体的人。
真嗣：什么意思？（一脸疑惑）
后知后觉的真嗣发现自己衣服上好像沾到了什么，一看，是明日香涂了口红后沾到的唇印。
明日香：这好像是洗不掉的口红耶。
真嗣：这简直是纯白衣服上的恶魔爪印，洗不掉，那我就漂掉。漂白剂，漂白剂！
明日香：沾到了又怎么了，这可是本小姐的，你应该感到高兴。
真嗣：我的确很高兴，但要是这给美里小姐看到了怎么办，她可是成年人，鬼知道会出现什么联想啊。
明日香：算了算了，我带你重新买一件吧，你先去把这件换了。
随后他们买好了衣服，在回去的路上时看见了绫波，真嗣上前寻问为什么这么晚了还不回家？绫波说与真嗣无关，这让真嗣无话可说。（聊天鬼才-绫波）
真嗣：绫波啊，看你这么喜欢看书，你平时都看什么书啊？而且边走路边看书很危险的。
绫波：我也是没办法，毕竟因为经费问题零号机还没有修好。
他们走进了一家饮料店，点了三杯果汁后谈论着他们的现状。
真嗣：老爸每天交给绫波那么多的任务，相比之下我们还有时间闲逛......
明日香：别把我和你算一起。
绫波：吸（吸果汁中），第一次尝到的味道。
真嗣：怎么样，好喝吗？
绫波：还好。
真嗣：那就好。
明日香：真嗣真是对第一任关怀备至啊。
真嗣：你又开始说这种话了。
明日香：还不是你对人家女孩扭扭捏捏的，我这是在帮你做铺垫。
真嗣：我也只是想和朋友说说话而已。
绫波：朋友吗，我想知道像你们这种拍档关系的是朋友吗。
明日香：这个啊，倒是没有去想，真嗣，你觉得呢。
真嗣：那就有两种关系了，如果是男男的话那毋庸置疑就是好兄弟了。那如果是男女的话那我还真不知道了。
明日香：你这跟没说有什么区别。
真嗣：......还真没区别。
明日香：......
明日香：还有，你不要看真嗣这么强，但他的内心很软弱的。
真嗣：是你总是在欺负我好吧。
绫波：碇，你要坚强起来，不能再软弱下去。
真嗣：嗯。
明日香：还有还有，真嗣现在大概是正直青春期了，会对我又看有摸的了。
真嗣：这是误会！是你总是整我好吧，不要尽爆我黑料啊。
绫波：我会如实禀告给碇司令的。
真嗣：别别别，千万不要告诉老爸，我以后会注意的。
绫波迟迟不出声。
真嗣：在听吗？
明日香：对了，今天你请好了。
真嗣：诶？为什么？
明日香：就当你左拥右抱的代价好了，现在正是你英雄救美之时。
听完后真嗣崩溃了，买了新衣服，又要支付三人份的饮料，而且做为动漫迷的真嗣（这里真嗣的设定是改为了喜欢二次元的动漫迷）前几天刚买了一个手办，初中生的钱包要吃不消了。而且现在是开学期，是月初，所有真嗣接下来的一个月会吃土。
这时雾岛又一次出现了在他们面前。
雾岛：各位，好久不见。
明日香：什么好久不见啊，明明今天才转来这的。
雾岛：真嗣也在啊，正好，一起回去吧。
真嗣：啊？
明日香：真嗣得和我一起回去，抱歉呐。
雾岛：那我也一起吧。
明日香：我们还有事，不能和你一起。
真嗣：那个，大家冷静一下。
这时冬二和剑齐也来了，场面一度混乱。
冬二：嘿各位，是在喝酒吗，会被老师骂的。
真嗣：你们也来了。
剑齐：我们是看见雾岛同学才来的，既然都在那要不开个转学生欢迎会吧。
真嗣：待って（等等），我们只是在和果汁而已。
雾岛：我是来找真嗣的。
明日香：你说什么！
真嗣：啊这......
冬二：真是的，你这家伙怎么这么有福气啊。
剑齐：碇真嗣，在黄昏之时与美少女们一起品尝果汁，又与美里小姐和明日香过着同居生活，真是令人羡慕啊！（逐渐哭了）
绫波：我要先走了。
冬二：时间也不早了，我们还是回去吧。
剑齐：等等我啊。（一脸哭丧）
雾岛：还能再见的吧，真嗣。
真嗣：啊，明天见吧。
说完大家各自回家了，真嗣和明日香乘坐电车回到家后明日香突然问到雾岛算真嗣的什么。
真嗣：怎么突然问这个，快点脱鞋进屋吧。
明日香：你是喜欢那种类型吗？
真嗣：我就说回来时你在电车上这怎么闷闷不乐的，原来是为这事。
明日香：我和她你把谁放在第一位？
真嗣：又是这种无聊的比较。
明日香：还是我好一点吧。
真嗣：我可以说我全都要吗？
明日香：别给我开玩笑。
真嗣：那你觉得我怎样呢。
明日香：你想让我说？
真嗣：如果非要比的话，你是第一（脸红）
明日香：......（脸红）
真嗣：好了，快点进屋吧。
明日香：嗯。
到了晚上，真嗣在洗澡时不经想到，不知是时而才会表示的好感，还是女孩的真心，或是在外国养成的习惯。这也让真嗣不知道明日香喜欢的到底是自己还是像加持先生那样的成熟类型。
另一边，中东一个小国的NERV被袭击了，现在只剩下残骸，而站在残骸之中的一位男子解除了EVA装甲，而这位男子是黑衣男-碇巧。
巧：第12个了，看来又能上头条了呢。只有引起那帮老头子（指seele的成员)的注意才能让我的计划进行到底啊。
巧：我何时才能再次见到你啊，老爸。
第五章-钢铁女友-第一集-完
预告：真相一步步的被解开，雾岛的身份到底是什么？为何一直缠着真嗣？而巧下一步计划又会是怎样的能？
第五章-钢铁女友-第二集-真相
