法门寺地宫为唐密曼荼罗的观点发布后，也迅即有了不同看法。1995年4月2日的《中国文物报》上，罗炤发表《法门寺塔地宫不是曼荼罗》一文，否定“地宫为舍利供养坛城”的观点，以及已经“实现了大唐王朝舍利供养曼荼罗全面揭秘”的说法。认为“无论从教义、仪轨上，还是从具体供设上考察，法门寺塔地宫都不是曼荼罗坛”。“捧真身菩萨与鎏金菩萨为金胎合曼之做法……等等，都难有文献与事实的根据”。“考虑到建立曼荼罗的目的、条件、修曼荼罗法的作用，以及曼荼罗坛的形制特征，对照宝函和地宫的具体情况，笔者认为十分清楚：宝函、地宫都不是曼荼罗坛”。时过3个月，丁明夷也在《中国文物报》上着文《法门寺地宫唐密曼荼罗之我见》，重申地宫为唐密曼荼罗的一些主要观点，还着重从塔下结坛的记载再加论证，最后强调“对金胎两部曼荼罗之研究，应明其总体上的分别，解其法演之义，予以活看，不可拘泥”。8月27日，罗炤又发表《再谈法门寺塔地宫不是曼荼罗——与丁明夷先生商榷》，进一步论证其观点，对唐密曼荼罗的说法再行反驳。不久，唐普式撰文《认清法门寺塔地宫的唐密曼荼罗》（后改题《法门寺塔地宫的唐密曼荼罗之我见一兼与罗炤先生商榷》发表），反驳罗炤论文的观点，维护地宫唐密曼荼罗说点，但认为45尊宝函造像为81尊曼荼罗。
1998年召开98法门寺唐文化国际学术讨论会，有9篇论文讨论密教问题，但其中除吴立民、韩金科的原作《法门寺地宫唐密文化述略》、唐普式《从法门寺地宫试论唐密教相法理及其曼荼罗》也重申以前的观点之外，其他7篇论文都没有讨论法门寺密教文物及其内涵，说明地宫为唐密曼荼罗之说的热潮至时已经降温。
其后日本学者赖富本宏针对吴立民、韩金科《法门寺唐密曼荼罗之研究》，2000年发表《中国法门寺出土的密教系列文物》，对该书中的错误作了纠正。2002年，笔者在台北召开的密教文化学术研讨会上递交一篇论文《法门寺捧真身菩萨莲座顶面梵字释证》，对捧真身菩萨莲座顶面上的三组梵文字母作了解读，纠正了吴立民、韩金科书中对大日如来三身真言的误解。2004年4月，日本学者越智淳仁在上海召开的空海与中日文化交流国际学术研讨会上递交论文《法门寺四十五尊金刚界曼荼罗的八大明王》，对韩伟提出、吴立民与韩金科论证的45尊宝函金刚界曼荼罗中的四神和四大明王的认定提出质疑，通过考证，认为45尊宝函上的八尊忿怒像是佛顶曼荼罗系列中展示的八大明王。
二、法门寺地宫的宗教内涵法门寺地宫是否具有密教曼荼罗的内涵，学术界有两种截然不同的观点，大多数学者认为地宫密教文物的放置布局具有某种密教曼荼罗的象征意义，也有部分学者认为地宫并非密教曼荼罗。而主张地宫具有密教曼荼罗内涵的学者也有很大分歧，有的认为地宫在舍利入藏时密教文物布置为供养坛场，有的认为地宫布置为北斗七星护摩坛场，有的认为地宫为中道一实的两部（金胎）四大（大、三昧耶、法、羯摩）曼荼罗世界。
笔者曾系统探讨法门寺地宫的密教内涵，早在1990年提出地宫为佛舍利供养坛场的观点，至今仍然坚持这一看法。本文认为尽管地宫建筑格局不能说是密教曼荼罗，但在地宫内举行舍利供养法会、将密教器物设置为舍利供养坛场还是有根据的，反对者从曼荼罗的一般概念以及举出的一些密宗经轨依据都不足于否定这一观点。至于北斗七星护摩坛场的说法虽有一定道理，但综合来看论据欠缺。而两部四大曼荼罗的说法，除其中采用笔者供养坛场的观点外，其自己建立的观点及其论据都来自日本晚期密教，用后世的观点解释唐代密宗教法，完全不能成立。
由于两部四大曼荼罗说的核心观点一一沸指舍利供养曼荼罗说采用笔者观点而不标明出处，且无限夸大其研究意义，为了弄清法门寺地宫密教内涵研究的前后经过，澄清事实，笔者特将1990年9月递交首届国际法门寺历史文化学术研讨会的论文《法门寺出土文物中有关密教内容考释》有关部分迻录于下：
地宫文物的放置程序是否与密教仪轨有关？这是人们所关心的一个重要问题，现从种种迹象来看，舍利入藏时，在地宫进行过密宗的舍利供养法仪式。凡供养造像及文物设置的程序都与此有直接的关系。但地宫三室中后室最为典型，后室文物中大部分仅仅是供养物而已，只有少数与密宗有关的文物及其内容具有意义。
首先从密宗舍利供养法会所奉主尊来看，据《觉禅抄》所记，曰本真言宗舍利法会所奉主尊有以下几种：（1)据《摄真实经》卷下载：“安毗卢遮那佛像，于其前安置舍利，此名金刚界”。(2)据宝思惟《大陀罗尼未法中一字心咒经》，供释迦金轮、舍利，或大日金轮，释迦金轮。（3)释迦，宝生。（4)佛眼、大曰（金刚界）、本尊、宝生、宝菩萨、军荼利、如意轮、大轮金刚、一字金轮佛顶。（5)金刚界大日、胎藏界大日、本尊、四天王、一字金轮。（6)部主大日，或宝生、或金轮，诸尊三十七尊或四天王。（7)佛眼、大日、五佛、本尊、宝生、吉祥天女大金刚轮、一字金轮。《阿娑缚抄》记：（1)大毗卢遮那、三部诸尊、护塔善神。（2)释迦、宝楼阁（宝菩萨）。兴然《四卷》记：（1)部主：胎藏大日，诸尊：四天王、本尊、佛舍利、一字金轮。（2)释迦、金轮。（3)释迦、三十七尊。《白宝口抄》记：（1)金刚界大日、宝生。（2)胎藏大日、宝菩萨。（3)释迦、宝生。（4)大曰、佛眼、本尊、一字金轮。《门叶记》记：胎金大日，释迦、药师、阿弥陀等（舍利报恩讲法会)。
从这些记载看，供奉舍利时，所请部主最常见的是大日、释迦、宝生、金轮，所请诸尊最常见的是佛眼、四天王、三部诸尊、三十七尊等。八重宝函的主尊造像，也不外以上诸尊，以舍利、大日金轮、释迦、如意轮、药师为部主，以四天王为诸尊（包括第五重造像主尊），组成舍利供养曼荼罗。其中，如意轮观音，密号持宝金刚，以莲花如意宝珠为三昧耶形，又圣观音入宝部三摩地为如意轮观音，故造如意轮观音像为代表宝生佛、宝菩萨、又表佛舍利。因宝珠与舍利同体。药师作部主的较少，据《白宝口抄》（卷十二）药师法，有胎藏“大日与药师同体”之说；又东寺金堂安药师，讲堂安金刚界大日，有安二部大曰之意（以药师代表胎藏大日）。故金函亦以药师代表胎藏大日，以大曰金轮代表金刚界大日（住智拳印故），同时表金轮（五佛顶以金轮为最），以如意轮代表宝生佛，以舍利法中最尊崇诸尊：两界大日、释迦、宝生、金轮并舍利为部主，以四天王等为护法诸尊。另据报道，第八重函造像为礼佛图、说法图、阿弥陀极乐世界图等。其中说法图或取意于释迦说舍利事（《涅盘经》后分），阿弥陀图取意供养舍利可超生西方净土之说，诸造像与舍利曼荼罗无关。
其次，从供养坛场看，前、中室呈长方形，而后室呈方形，与密宗供养法中的护摩坛场相同。舍利护摩坛，一般用增益法，增益法即方形。《金刚顶瑜伽护摩仪轨》说“增益（炉）应正方”。空海《秘藏记》说：“增益法，其终福德者即观我身。遍法界成黄色方坛”。后室即方形，又作法供物均金黄色。
再次，从供物分布看，后室以八重宝函为中心，靠后正中。两边立护法天王，四角各置阏迦瓶或吉祥瓶及羯摩杵图样，宝函前置香炉，其他供物均在宝函前方（后室前部）。这也基本符合供养坛场的一般分布位置。尤其从后室五瓶的位置看，四隅各一瓶，偏东北一瓶，疑原来在中央部位。《陀罗尼集经》说：“取五宝瓶，东北角安一瓶，东南角安一瓶，西南角安一瓶，西北角安一瓶，正中心安一瓶”。又增益法用黄色瓶，此五瓶皆黄色（四角鎏金，中黄琉璃）。凡息灾、增益、灌顶用金瓶、玻璃瓶、瓦瓶（见上阏伽瓶考释部分），此五瓶，四角之瓶皆钣金成形，中一瓶为玻璃质，又中室八棱瓶为瓷质，属瓦类。又增益法四角置羯摩杵。《一字佛顶轮王经》说：扇底迦坛方形，“四角各画二金刚杵，十字交叉”。《大日经疏》说秘密曼荼罗：“其界唯用羯摩金刚智印，周匝相连以为其道。”阏迦瓶五组羯摩杵，或即表示四界，以羯摩杵周匝相连。《阿娑缚抄》说“护磨坛上以羯摩四枚置四角”o故四角瓶如上所说，充当阏伽瓶、宝瓶、羯摩杵三种功用。又日本真言宗报恩舍利讲，有梵赞锡杖并置锡杖座一项，地宫后室二枚锡杖或与此相关；又《释迦文佛仪轨》释迦曼荼罗中佛后置锡杖，或也与此相关。
舍利供养法在唐代及其以前很盛行，就法门寺舍利来说，每次迎奉都要在内道场举行供养法会，也送两街诸寺供养。圆仁入唐时，诸寺也多次举行佛牙供养会。密宗寺院也多进行佛牙会，形成了独特的密宗舍利供养法（也称驮都法）以及报恩舍利讲。后来日僧入唐，空海、圆行、圆仁等均从大兴善寺、青龙寺等寺携回舍利，并将舍利供养法传入曰本，形成日本东、台两密舍利供养法及舍利讲，日本真言宗和天台宗定期举行舍利供养会和舍利讲，如东寺每年十月十五日在金堂举行(《东宝记》卷六），有记载的最早的一次是在康和五年（1104)；金刚峰寺最早在久安二年（1W6)十月二十三日（《高野春秋编年辑录》第六）；比叙山舍利会由圆仁创建于贞观二年（860)，在总持院始行(《三宝汇词》卷下）。这说明东台二舍利密法是由空海、圆行、圆仁等从唐代密宗东传过去的。清代天台僧继僧作《舍利忏法》，其中坛供诸尊（供释迦，左金刚手，右摩尼金刚菩萨），所作经轨，持念奉请，多密教内容。元度《舍利仟缘起序》说继僧“既隐天台，蝉蜕人世，乃修一切秘密法门”，又说他“稽古考今，立为仟法”。亦说明此前诸代舍利仟法多取自密宗内容，密宗舍利法流行于世。
通过以上两个部分的考释，可以得出这样几个结论：第一，凡与密教有关的文物，大多来自皇室的供奉，由文思院特意制造，表明晚唐皇室信奉密教，或者说在皇室的佛教信仰中密教占有突出的地位。第二，地宫及其文物中的密教内容，大多依据密教经轨，与唐代密宗有直接的关系，说明会昌法难之后密宗仍然十分活跃，仍然影响着皇室以及社会上的佛教信仰。第三，整个地宫及其文物内容体现两个思想：一供施舍利，以求所愿，二是保护舍利，佛法永存。故地宫中最多的文物及其内容，一是供奉物，二是护法造像。密教造像和坛场设置也并不十分严格，就是说并非通常所见的诸种曼荼罗，所有内容均以供舍利、护舍利而取舍，地宫及其文物中也多与密宗无直接关系，而属于传统的一般密教信仰内容。
1994年6月完稿、1995年8月出版的《中国密教史》中，笔者又重申这一观点，并作了新的补充：
另外，真身舍利放置地宫时，由密宗僧人主持进行过某种供养仪式，最能说明问题的是放置第三枚指骨舍利的后室四角各置有上签羯摩杵的阏伽瓶。又秘龛内放置舍利的塞金尽顶银函，其造像属金刚界曼荼罗。后室呈方形，供物多黄金色，符合密教供养法中增益护摩坛的仪轨。这都说明在归藏、安置舍利时，在地宫内举行过密教的增益护摩等供养法”。
其中只有秘龛内放置舍利的鎏金尽顶银函及其金刚界曼荼罗造像，依据后来韩伟发表关于45尊宝函的论文补充之。
本书还增补了密宗与法门寺佛舍利供养的有关具体史实，尤其咸通十四年（873)启迎真身舍利与密宗的直接关系：
咸通十四年前后为迎奉而供献的物品多有密教风格，及至迎奉同时文思院制造的供奉物仍然如此，这就证明了除迎送活动之外的所有从准备、制作供奉物到供养过程，在很大程度上都是由密宗僧人来主持的，其中又以内道场的僧人为骨干。实际上智慧轮和智英以个人名义供施的宝函上錾刻奉为皇帝敬造、资福皇帝等字样，表明了他们是受命为皇室特意制造的。
对于这个结论，还有两件事可以提供佐证。一是全部迎奉活动主要由三项内容构成：制造供品、供养法事、启迎和归藏，而前两项与密教紧密相关。按《志文碑》（《大唐咸通启送岐阳真身志文碑》），第三项活动由皇帝派了内宫供奉官和内殿首座以及僧官和地方官负责，总之以内宫僧俗为首。内宫僧人主要由显教讲论僧和密教持念僧两部分组成，《志文碑》中的几位内殿首座和大师，当属于前一类人。其余三分之一则是密宗僧人。
其二，启迎真身舍利的起因与密宗有直接关系。《志文碑》栽，先是有九陇山禅师师益上表懿宗，请求在法门寺真身舍利塔下结坛，结果“果获金骨，潜符圣心”，于是决定启迎舍利。其中所谓“塔下结坛”，属于密宗行法范围内的事。一般结坛有三种情况，一是度僧受戒而设坛场，一是供祭膜拜而设坛场，一是灌顶行法而设坛场。其中戒坛与此无干；祭坛，因为还未启得舍利，也不相涉；唯有密宗的曼荼罗坛，才与“塔下结坛”以期得舍利发生联系。密宗结坛，行供养法、舍利法、增益法、息灾法等，这与启迎舍利的目的是完全一致的。故师益所乞并敕准在塔下结坛的，一定是指密宗坛法而言。
地宫中出土的另一件文物，也证实曾在法门寺塔下举行过密宗的坛法活动。标号为FD3：002-2的鎏金铜浮图，或称单檐铜精舍，实际上是一件密宗修法用的道具，叫作宝楼阁，此件当全称五峰金刚宝(摩尼）楼阁（论证详见下文）。此宝楼阁没有记入《衣物账碑》中，且留有会昌灭法时被砸损的痕迹。说明它不是此次所供之物，是启迎舍利之前密宗所用的法器。有此道具，就可证密宗在法门寺塔下进行过结坛活动。此道具或者懿宗接到报告后派内道场的密僧带去的，或者原来就在法门寺；法门寺原有密宗僧人活动，师益或知道这一点，故有乞密僧结坛塔下之请。如果它属于模仿密宗曼荼罗道具而造的供奉物，可能就一直放在法门寺的真身院以供奉影骨的。密宗阿阇梨有制造一般舍利的技术，中晚唐时来求密法的日本僧，往往得到数百数千的舍利赠送付嘱，这也成为皇帝敕密宗僧人进行与其舍利法相关的结坛活动的可能性。又智慧轮造出供奉宝函的时间，与旧隧道西北角舍利之所得时间相去仅十九天，时间相隔之如此之近，使人不能不怀疑在塔下结坛并获金骨，策划并力促懿宗启迎真身舍利的，莫非就是智慧轮其人！
