在二军围绕着塔克拉玛干大沙漠新闻迭起的这些日子里，罗元发和张贤约所率六军也在哈密拉开了一个大场面——组织人民解放军历史上规模空前的空运和车运。十六、十七两师的所有人员、物资（包括骡马），基本上都是从空中运到哈密和迪化的。1033个架次的飞机，在将近三个月时间内，穿梭于河西与北疆之间。到1949年12月底，六军的12446人、2027匹骡马和骆驼以及十几万公斤的物资，便全部抵达哈密、镇西、奇台、吐鲁番、鄯善、迪化、绥来、古牧等地区。
其时，南疆、北疆各主要驻点的部队，已基本到位，特别是标志着全疆在握的三个控制点喀什、伊宁和迪化，都建立起巩固的关防体系，通信联络畅通，同起义部队的边防交接也进行得非常顺利。剩下的两块骨头，一是进军阿山，一是遵照毛泽东“你们进军的任务，包括出兵西藏，解放藏北”的指示，攀越喀喇昆仑山，进军西藏阿里地区，都正在积极准备中。
王震早在11月6日就率领一兵团前指，由酒泉飞抵迪化。十几天后，彭德怀、张治中和贾拓夫，也从兰州飞过来了。领导同志们决定，在乌鲁木齐搞一次由人民解放军一兵团、民族军和起义部队共同组织的“三军”联合入城仪式，时间定在12月9日。
这天上午，彭德怀和张治中及王震、包尔汉、陶峙岳、刘孟纯、赛福鼎、曲武、陶晋初等人，登上乌鲁木齐南大街商业银行大楼的阳台，检阅部队。
“三军”入城式开始。中国人民解放军战车团由东门进城；三区民族军由西门以八路纵队入城；起义部队选派骑兵自北门跃马而入。顿时，音乐、锣鼓、鲜花、彩带飞满大街，看热闹的各族群众挤得街路两旁水泄不通。“三军”竞相抖起威风，各展雄姿，按规定，都从“大十字”转向南去，经过“检阅台”前出南门，去往南梁。
当夜，免不了有一场盛大的欢迎晚会，地点就在风云际会的西大楼。包尔汉考虑得非常周到，各族各界的头面人物都邀请到了，代表们来自方方面面，场面搞得相当有气氛。
宴会之后才是晚会，节目分两大块，先表演新疆各民族歌舞，接着演出郭沫若的名剧《棠棣之花》。为表演这个戏，包尔汉还专门跟郭沫若取得了联系，亲自挑选新疆的名演员担纲，并在演出前广泛散发了汉、维、蒙、哈等多种文字的剧情说明书，效果相当好。连平常不怎么爱看戏的彭德怀，也跟着剧情三番五次地拍巴掌，连说：“安排得不错，很不错！”
张治中自始至终心里暖呼呼的，眼里含着一股热意。看到新疆能有今天，真是酸甜苦辣、五味俱全。演出间隙，他叹了一口气，对身边的彭德怀和包尔汉说：“我来新疆做了一件错事，对不起新疆人民，我不该把麦斯伍德这个人扶持起来，造成了同三区民族革命运动联合局面的破裂……”
彭德怀笑道：“人又不是神仙，哪个没得错误哟。新疆如果不是你奠定大局，哪里能有这么便当！你的功劳大于过失嘛，而且大了很多。新疆人民会记住你的！”
这话是公正的，它出自彭德怀的口，张治中极为在乎。他顿觉通体舒泰，眼前花团锦簇春光无限，下边的戏越听越有滋味。
一个星期后的12月17日，二军十五团还在大沙漠中向和田奔袭，新疆军区和新疆省人民政府即宣告成立。军区司令员和政委由彭德怀兼任，王震任第一副司令员（后为代司令员），陶峙岳任第二副司令员，赛福鼎任第三副司令员；张希钦任第一参谋长，曾震五任第二参谋长；徐立清任政治部主任，曾涤、哈提诺夫当副主任。新疆省人民政府主席仍由包尔汉担任，高锦纯、赛福鼎任副主席。王震入疆时，中共中央新疆分局就已经成立。在分局领导下，对省政府机关成员也进行了改组，增加和调整了一些省府成员。邓力群被任命为宣传部长兼省政府外交办公室处长。
12月20日，中央人民政府人民革命军事委员会发布命令，将新疆三区民族军改编为中国人民解放军第五军。毛泽东以中央军委主席的名义任命第五军领导成员：军长法铁依·伊凡诺维奇·列斯肯，副军长兼参谋长伊斯哈可夫·马尔果夫，副政委曹达诺夫·扎依尔，政治部主任奴尔也夫·巴吾东。列斯肯和马尔果夫二位，都是苏联人，列斯肯在1953年经组织批准去苏治病，再也没有回来；马尔果夫是1960年批准回国的。他们为民族军早期的建设，付出了辛劳和智慧，历史上功不可没。
第五军下辖两个步兵师（每师辖三个团）和两个独立骑兵团。步兵第十三师师长买买提依明·伊敏诺夫，师辖三十七、三十八、三十九三个团和一个炮兵营；步兵第十四师师长是阿里木坚诺夫·乌拉拜音，师辖四十、四十一、四十二团和一个炮兵营。军直属部队除独立骑兵一、二两团外，还有城防营、战斗营、后备队、警卫连、教导营、医院等单位。
第五军的组织建设有一个充实提高的问题。1950年初，新疆分局和军区党委决定，从一兵团抽调一批老同志支援过来。二军副军长顿星云首当其冲，调到第五军当政治委员；四师政治部主任李恽和调任五军政治部副主任；马洪山任十三师政委，胡政任十四师政委。
1950年1月10日，在伊宁组织授军旗仪式后，中共第五军和所属各师的党委，也建立起来了。这支在民族革命基础上创立起来的人民军队，从此踏上新途。
与第五军整编命令宣布的同一天，中共中央军委关于国民党起义部队改编为中国人民解放军第二十二兵团的命令也宣布了。新疆军区对二十二兵团团以上干部的任命亦同时宣布。陶峙岳为二十二兵团司令员，王震兼任政委，原四十二师师长赵锡光任副司令员，六军政治部主任饶正锡任副政治委员，参谋长还是陶晋初，二军五师政委李铨调任政治部主任。
兵团下辖一个军和两个直属骑兵师。军的番号为第九军，司令部及直属队由原整编第四十二师的司令部及直属队组成，驻地在景化。军长由赵锡光兼任，二军六师师长张仲瀚调任政委。第一副军长王根僧，第二副军长陈德法，李祖堂为参谋长，副参谋长曾文思。
九军下辖三个师，二十五师由一七八旅、一七九旅、边卡第一大队及边卡瓜化第一大队组成，驻地在迪化。师长是刘振世，六师副政委贺振新调任副政委。第一副师长杨延英，第二副师长陈海洲，参谋长李雪谷，政治部主任刘一村；二十六师由整七十八师师直二二七旅和一七八旅骑兵团组成，驻绥来、景化两地。师长罗汝正、政委王季龙。第一副师长高戍光，第二副师长周茂，参谋长熊略，政治部主任鱼正东；二十七师原由六十五旅、一二八旅组成，驻焉耆、库车、阿克苏。师长陈俊、政委龙炳初，第一副师长文升桥，第二副师长韩际隆，参谋长李存忠，政治部主任傅志华。
兵团直属骑兵第七师，由原来的骑一师整编而成。师长仍为韩有文，政委于春山。第一副师长韩荣福，第二副师长郭全梁，第三副师长马全吉，参谋长李纲，政治部主任杨贯之；直属骑八师由原骑四旅、骑九旅组成，驻莎车。师长马平林，政委张献奎，第一副师长李朝弼，第二副师长刘抡元，参谋长祝元开，政治部主任杨烈光。
对二十二兵团的思想改造和组织改编是同步展开的。改编中，王震即从一兵团的二、六两军抽出1070名干部、153名战士和600多名参军的学生，充实到各部队中间。他们中间有945人是中共党员，依靠这批人在部队中迅速建立起党、团组织，而取缔原有的国民党和三青团组织，一下子把部队的“血”给换过来了。
第一野战军的拿手好戏新式整军运动派上了用场。从1950年2月兵团各级党组织建立起来之后，王震就在二十二兵团广泛开展以划清阶级界限为中心的民主诉苦运动和阶级教育，回忆对比一搞，阶级觉悟起来了，再把《白毛女》《血泪仇》《九件衣》这样一些剧目演上几遍，士兵们的情绪也就上来了，从挖暗藏的“特务分子”“反动党团骨干”“封建帮会头子”到挑自己灵魂深处的“半条心”思想，人人争先恐后，几个回合下来，部队里里外外焕然一新。然后，诸如尊干爱兵、拥政爱民、三大纪律八项注意等教育，就水到渠成了。
最难办的当然是军官。根据一军在西宁改造马家军旧军官的经验，搞集训是个好办法。因而新疆军区决定办军政干部学校，把起义部队的政工人员、特工人员以及编余军官1774名，分批集中训练，以使他们“脱胎换骨”。
这不是一件容易的事，往往这边在“脱胎换骨”，那边的纰漏照出不误，而且一出就骇人听闻。军政干部学校首期集训队从1950年1月16日开学，按照一期三个月的计划，到3月初刚好渐入佳境。王震正准备派政治部的笔杆子们去总结经验时，忽从二十二兵团骑七师蹦出一个天字号的消息：该师17个连队的2511名官兵，在迪化地区六个县（市）大举叛乱！
骑一师反心不灭再作乱，马家军劣根难移又生事
二十二兵团整改过程中，王震最担心的就是这个骑七师。道理很简单，他对马家军的秉性太了解了。
第一次与陶峙岳在酒泉谈起部队改编时，王震问陶：“青海过来一个马辅臣和马振武，要找马呈祥说降，不知这件事你知道不知道？”
这件事陶峙岳当然知道。马呈祥后来不再坚持入关与这两个人的出现大有关系。但是，马振武和马辅臣没有把马呈祥劝回青海老家去，差一点还被马呈祥带走了。当时，马呈祥决定朝汗、离开新疆，这在陶峙岳看来就够了。陶一直认为送走马呈祥是最明智的一着棋。马走后，对于谁来接任骑一师师长这个问题，陶曾颇费思量。最后选定了韩有文。以韩当时的职位与听话的程度，陶峙岳觉得自己这个选择也是明智之举。
听了陶峙岳对骑兵一师情况的介绍，王震许久未置一词。
陶峙岳有点奇怪，便试探性地问：“王司令对马家军是怎么看的？”
王震想了想说：“以我与马家军打交道的体会看，打马要打头马，降马要以马对马，韩有文这个人能力怎样，我姑且不论，但若是让他来带马家军，我看还不如当初把马呈祥留下来。”
留马呈祥？陶峙岳摇摇头，他觉得王震不了解当时的情形。
王震主张留马呈祥并不是对他有什么期望，而是可为权宜之计。马家军的劣根，王震比陶峙岳体会更深，因而，从毛泽东到彭德怀，提到新疆的起义部队时，都异口同声有这么一说：除马呈祥的骑一师之外，其余部队都可以保留改编。当然这只是说说而已，倘若真的如此处理，乱子恐怕不会等到今天。
总之，骑一师的“反心”并不让人感到奇怪，从陶峙岳宣布通电起义那天起，就已显露出来。韩有文在通电的前一天晚上，曾把团以上军官召集在一起通了个气，尽管话说得极为含蓄，还是被人轰了下去。当时闹得最凶的是两个家伙，一个叫马廷龙，一个叫马祥翕。他们已不止一次扬言：与共产党不共戴天！
打那以后，马廷龙和马祥翕就整天骑在马上，到各个连队窜来窜去，俨然以马呈祥的党羽自居，见到士兵就说：“马师长迟早是要回来的，他才是咱们的师长！你们别听陶峙岳他们胡说八道，共产党长不了，大家都沉住气，忍耐一时，只要将来机会成熟，咱们抱成一团，听我的指挥，共产党就不能把咱们怎么样！”
这期间，韩有文也找陶峙岳报告过几次，但每次陶都说：“你掌握着，别刺激他们，耐心做些说服工作，晓以利害，坚持一天算一天，等解放军一进新疆，看他们还敢翻天不成。”
一定程度上说，韩有文这个“维持会长”当得还算不错，少不了像过去陶峙岳招待马呈祥那样，隔三差五准备一桌斋饭，把姓马的请来吃吃喝喝，和气一团，好歹让马廷龙、马祥翕二人那股“气”“沉”了两三个月。
改编之后，教育改造工作每天都在“刺激”这两匹野马，部队见天就是揭发、受训，特别是谈到西路军的那些往事，马廷龙和马祥翕终于承受不住了。
马廷龙跑到连队跟士兵们说：“弟兄们，共产党今天不杀咱们，明天也会杀咱们；明天不杀咱们，后天也会杀！谁愿意在这里等死谁就等吧，死了丢到山谷里喂狼，活该倒霉！谁有种跟我干，拼他娘的鱼死网破……”
马家军的士兵有几个手上没沾解放军的血？一天天的揭发情知躲也躲不过去，加之这些人当兵多半为了吃喝嫖赌，仗着手里有支枪，作威作福的日子过惯了。如今改编为解放军，纪律那么严，又捞不着外快，生活艰苦更是不用说了。有个班副到维吾尔族人的店里摸了几块钢洋，还给了人家还差点被枪毙，有朝一日犯了事死在共产党的枪口下面，还不如……
韩有文师长和于春山政委跑到连队差点就没有活着回来。一见王震，韩有文就结结巴巴报告：“这些王八蛋都疯了……疯了……”
王震问：“说服教育工作都做了没有？”
“都做了，”于春山说，“有些干部处于观望态度。士兵面前根本无法说话，一开口就起哄，有的还动手打，杨贯之主任被打得鼻青脸肿，不是团里跟去的人拉得快，差点就送了命。”
韩有文补充道：“韩荣福副师长也负了伤，趴在地上不能动哩！”
“死了多少人？”王震问。
韩有文瞟一眼于春山，不大敢说。于春山麻着胆子报告：“到我们来时，已经有13人了，都是派进去的同志，其中9名干部。”
王震问：“他们究竟要干什么？”
“他们要杀……人，要杀……”韩有文讲不利索。
